基因芯片技术在肿瘤研究中的应用

基因芯片又称DNA微阵列(DNA m icroarray)是近年发展起来的一项DNA分析技术,一般包括寡核苷酸芯片和cDNA芯片2种,其基本原理是在固相载体上按照特定的排列方式固定上大量已知的DNA片段,形成DNA微矩阵,将样品DNA/RNA通过PCR/RT-PCR扩增、体外转录等技术渗入荧光标记分子后,与位于芯片上的已知序列杂交,最后通过扫描仪及计算机进行综合分析,比较不同荧光在各点阵的强度,即可获得样品中大量基因表达的信息。基因芯片在一张微小的芯片上能够在同一时间内平行分析大量的基因,进行大量信息的筛选和检测分析。目前研究认为,肿瘤的发生和发展是一个多阶段、多基因参与的复杂过程。正常基因的突变、癌基因的异常激活以及肿瘤抑制基因的失活、基因本身的多效性和机体免疫因素,决定了肿瘤表型的表达与否[1]。基因芯片不仅为研究肿瘤发生发展过程中相关基因的激活和失活提供了强有力的工具,也为肿瘤的诊断和治疗提供了新的武器。1基因芯片用于寻找肿瘤相关基因用cDNA微阵列技术通过比较组织细胞基因的表达谱差异,可以发现新的可能致病基因或疾病相关基因。G ress等[2]从胰腺癌细胞株PATU、胰腺癌组织、慢性胰腺炎及对照胰腺组...     

基因芯片技术在中医药研究中的应用

基因芯片(gene chip),又称DNA芯片、DNA微阵列(DNA microarray).DNA芯片是将大量的DNA片段按预先设计的排列方式固定在载体表面,如硅片、玻片,并以此为探针,在一定的条件下与样品中待测的靶基因片段杂交,通过检测杂交后的信号实现对靶基因信息的快速检测.基因芯片可以分为很多种类,常见并广泛应用的有cDNA微点阵和寡核苷酸原位合成.基因芯片能对微量样品中的核酸序列进行检测和分析,其高通量、快速、并行化采集生物信息的特点更是优于其他传统的技术方法.基因芯片技术以一种系统、整体的方法进行研究,打破了"一种疾病、一种基因"的陈日模式,整体宏观上研究生物体基因的表达及功能.目前,基因芯片技术在中医学中的应用主要有:证、经络、藏象、针灸,以及中药的研制开发.     

基因芯片及其医学应用研究进展

基因芯片(Genechip)，又称DNA芯片、DNA微阵列(DNA microarray)，是将大量的DNA片段按预先设计的排列方式固化在载体表面如硅片、玻片，并以此为探针，在一定的条件下，与样品中待测的靶基因片段杂交，通过检测杂交后的信号，实现对靶基因信息的快速检测。基因芯片可以分为很多种类，常见并广泛应用的有cDNA微点阵和寡核苷酸原位合成。基因芯片能对微量样品中的核酸序列进行检测和分析，其高通量、快速、并行化采集生物信息的特点更是优于其他传统的技术方法。     

基因芯片在胃癌研究中的应用

基因芯片，又称DNA芯片、DNA微阵列，是指将大量特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针，有规律地排列固定于硅片、玻片、塑料片等固相支持物上制成的芯片。将此芯片与标记好的待测样品的基因按碱基配对的原理进行杂交，再通过激光共聚焦荧光检测系统对芯片进行扫描。并配以计算机系统对每一探针上的荧光信号作出检测和比较，即能迅速得出所要的信息。     

DNA芯片技术及其临床应用

<正> DNA芯片(DNA chips)也称为DNA微阵列(DNA microar-rays)、基因芯片(gene chips)或高密度寡核苷酸微阵列(high-density oligonucleotide arrays),它是在一个固相支持物(如硅、玻璃或硝酸纤维膜、尼龙膜)的表面,排列了成千上万个已知基因的克隆,或包括了一个遗传因子及其全部可能突变的cDNA或寡核苷酸序列。这种高密度的DNA片段排列,可以在一个实验中检测上万个基因的表达,甚至可以提供一个有机体全部基因表达的鉴定。DNA芯片技术的发展和临床应用,宣布了一个疾病诊治的新时代的到来。     

纳米基因芯片在微生物学分子诊断中的应用

开发纳米基因芯片的目的，就是将其用于微生物学分子诊断。纳米基因芯片技术具有广泛的用途，通过未知的带电生物分子特异性地与芯片上的已知分子结合，从而对其进行分析。采用电导分子杂交和基因控制技术在基因芯片上分析DNA多态性或基因突变，可在同一基板上精确、迅速地同时进行几种测试。本文叙述纳米基因芯片技术在分子诊断测试中的广泛应用，如鉴定病原菌、细菌耐药性和细菌分型等，以及在研究传染病病原菌的作用、人类染色体缺陷和研制疫苗等方面的巨大潜力。     

基因芯片与卫生微生物检验

基因芯片又称DNA微阵列，是采用原位合成或显微点样技术，将数以万计的DNA探针固化于支持物表面，有序地集成一系列可寻址识别的基因片段，与标记的样品进行杂交后，通过检测杂交信号来实现对生物样品的快速检验或医学诊断，它具有高通量、可并行检测的特点。根据载体上核酸分子的不同，分为cDNA芯片和寡核苷酸芯片等。它在临床微生物检测中的应用为其在卫生微生物检验中的应用奠定了良好的基础。     

荧光交换标记法基因表达芯片的数据挖掘

目的 探讨荧光染料交换标记设计的基因芯片数据挖掘方法,并对低剂量电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱数据进行分析.方法 应用GencSifter在线软件和 Panther 生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO数据库的 8 个样品 GSM(包含4个时间点),选择正确的参数设置上载数据,运用ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行功能归类分析.结果 获得203条差异表达基因,合并相同基因名后为176条基因.双向聚类和主成分分析发现,样品的24 h时间点基因表达谱与前3个时间点有显著差异,功能归类分析提示,多个生物通路如细胞周期、核酸代谢、DNA代谢等被显著激活.结论 应用这种方法可以挖掘荧光交换标记的微阵列数据,低剂量电离辐射对人成纤维细胞基因表达有时间累积效应,可能引起DNA损伤、细胞周期阻滞等变化,诱导细胞凋亡.     

基因芯片技术在肿瘤研究中的应用

<正> 基因芯片又称DNA微阵列(DNA microarray),是90年代兴起的一项前沿DNA分析技术。它是指固着在固相载体上的高密度DNA微点阵,即将大量靶基因或寡核苷酸片段有序地。高密度地(点与点间距一般用于500μm)排列在玻璃、硅等载体上,用不同的荧光染料通过逆转录反应将不同组织或细胞的     

基因芯片的应用及其数据分析方法

基因芯片是生物芯片的一种，是最先研究也是最成熟的生物芯片。基因芯片又称DNA芯片、DNA微阵列，是近几年发展起来的又一新的分子生物学研究工具。它综合了分子生物学、半导体微电子技术、激光化学、计算机科学等众多学科领域的相关技术，使其具有高通量、快速、并行化采集生物信息的特点。基因芯片技术以一种系统、整体的方法进行研究。打破了“一种疾病，一种基因”的陈旧模式，整体宏观地研究生物体基因的表达及功能。笔者就基因芯片的应用及数据分析方法作一简要介绍。     

白血病部分未知基因片段与公共生物信息资源的比较与分析

目的 快速分析白血病K562细胞中未知基因的结构与功能，方法 用白血病未知基因片段的碱基序列与网上多种公共生物信息资源进行比较，分析未知基因的结构与功能。结果 有四个基因片段与已知的蛋白或蛋白酶的碱基序列完全相符或高度同源；有一个基因片段除与17号染色体高度同源外，与其它数据库均无显著同源性。结论 四个基因片段为与细胞的增殖与分化相关的已知基因，有一个基因片段可能为新的功能性的白血病基因。     

未知基因KH与公共生物信息资源的比较与分析

目的 快速分析K562细胞中未知基因KH的结构与功能。方法 以mRNA差异显示技术筛选的K562细胞在0．2mg／ml苦参碱诱导前、后3小时的差异基因为研究对象，采用基因片段的碱基序列与Internet网上多种公共生物信息数据库进行比较，分析未知基因KH的结构与功能。结果 对其中的4个片段进行序列分析和同源性比较，有3个基因片段与已知蛋白或蛋白酶的碱基序列完全或高度同源；有1个基因片段除与16号染色体高度同源外，与其它数据库均无显著同源性，暂命名KH基因。结论 KH基因可能是苦参碱作用K562细胞后表达量发生改变的候选新基因。     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

抑制差减杂交方法筛选辐射诱导细胞恶性转化模型中的差异表达基因

目的:筛选辐射诱导的支气管上皮细胞恶性转化模型中的差异表达基因.方法:应用抑制差减杂交方法(SSH)构建辐射诱导的细胞转化模型差异表达基因的cDNA文库.对差减文库进行PCR筛选,对得到的差异片段进行测序及BLAST分析;对部分筛选出来的差异表达基因使用荧光定量PCR方法检测并确认其变化;将新的序列表达标签(EST)登录到GenBank上.结果:在80个进行测序的克隆中,得到确定序列的共73个.在转化细胞中表达下降的序列41条,BLAST比较分析结果:得到已知序列6条;未知基因的EST序列20条;空载体序列7条;8条为重复测定序列.在转化细胞中表达上升的序列32条,BLAST分析:已知序列14条;未知基因的EST序列9条;重复测定的序列9条.对其中的部分基因改变进行荧光定量PCR检测,结果表明辐射转化组中MY06、HACE1、ZNF143、HNRPH1的表达量明显增加(与对照组相比,转化组中的mRNA分别增加了3.49、29.38、12.99、5.00倍);而PCBP2、RPL15、TCERG1的表达量下降(与对照组相比,转化组中的mRNA分别减少了1.89、48.77、11.95倍).将得到的29个未知序列登录到GenBank,序列ID:EB643220～EB643248.结论:利用抑制差减杂交方法成功建立了恶性转化细胞模型差异表达cDNA文库,包含大量功能未知的新基因;ZNF143表达增加,其与细胞的增殖与分裂有关,TCERG1作为转录辅助激活因子在mRNA转录和后期的修饰过程中起到重要的作用,PCBP2是一个Polyc连接蛋白,具有蛋白翻译调节功能,这些基因在辐射致癌中尚无研究报道.     

利用mRNA差异显示和基因芯片技术联合筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌患者的差异表达基因

目的 通过乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的比较研究筛选乳腺癌转移相关基因。方法 首先利用mRNA差异显示（mRNA DD）技术筛选乳腺原发癌与其配对的淋巴结转移癌的差异表达基因片段,将差异基因片段克隆、测序并与GenBank同源性比较;然后利用同位素标记的反向斑点杂交和荧光标记的基因芯片杂交方法验证筛选得到的差异基因;采用实时定量逆转录聚合酶链反应（real-time RT—PCR）方法检测差异表达基因在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的mRNA表达。结果 乳腺癌的淋巴结转移癌与其原发癌的基因表达谱具有高度一致性,但也有少量差异表达的基因;mRNADD筛选得到16个差异基因,包括4个未知基因并已登录在GenBank,序列号为BG518428、BG518429、BM005520、BM005521,4个已知序列未知功能基因和8个已知基因。其中驱动蛋白样DNA结合蛋白（KNSL4）和二氢嘧啶脱氢酶（DYPD）为在同位素标记的反向斑点杂交和基因芯片杂交的验证结果中证实在转移癌中的表达较原发癌下调的基因。KNSL4 mRNA在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的表达,随着细胞转移能力的增强呈下调趋势。结论 乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的相似性证实,淋巴结转移癌是其原发癌的转移亚克隆,二者的差异表达基因可能与细胞的转移表型相关;KNSL4和DYPD为3种方法均证实的在转移癌中表达下调的基因,是潜在的乳腺癌转移相关基因;KNSL4与乳腺癌细胞转移的生物学行为相关,提示其可能在乳腺癌转移中起重要作用。     

基因芯片技术及其应用

基因芯片技术是九十年代初随着人类基因组计划的发展而兴起的新兴技术 ,它通过缩微技术 ,同时分析成千上万个样本 ,将现在生命科学研究中许多不连续的分析过程集成于硅芯片或玻璃芯片等介质上 ,使这些分析过程连续化、微型化、集成化和自动化。由于典型的基因芯片是在介质表面有序地点阵排列 DNA,因此又叫 DNA 微阵列 ( DNAmicroarray) ,将待测样本标记后同芯片进行杂交 ,通过检测杂交信号并进行计算机分析 ,从而判定待测标本中基因是否存在或存在多少。随着基因芯片技术的发展 ,又出现了以蛋白、组织和细胞等为材料的芯片 ,统称为生物…     

基因芯片技术及其在肝炎病毒检测中的应用

基因芯片(或DNA芯片、微阵列)是近年发展起来的新的分子生物学研究工具。在1cm左右的芯片上可以同时分析几百至数万个基因，具有高通量、快速获取有关生物学信息的特点，在基因表达谱分析、疾病诊断和预测、病原体检测、药物筛选等方面具有广阔的应用前景。病毒性肝炎是一种重要传染病，基因芯片将在肝炎病毒的检测中显示其价值。     

基因芯片技术及其肾移植临床中的发展与应用

目的:基因芯片是指在固相支持物上将大量DNA探针以微阵列的方式固化,已标记的样品与之杂交,通过检测杂交信号,计算分析,得出样品的基因信息〔1〕。它包括DNA芯片和cDNA芯片,该技术包括4个方面:芯片的制备、样品的制备,分子杂交和检测分析。由于它具有高通量的特点,为解析肾移植中复杂的基因调控网络提供了一项崭新的技术手段。本文综述了基因芯片技术在肾移植组织配型、排斥反应、免疫抑制剂肾毒性、术后感染等方面的初步应用。     

基因工程技术应用现状简介

近年来分子生物学研究不断深入,2000年6月26日,美国、英国、法国、德国、日本和中国等国家共同宣布人类基因组“工作框架图”绘制完成,这是基因工程技术史上具有划时代意义的成就。下面就基因工程技术在科研、医药、工农业生产等方面的应用作简单阐述。1在科研领域的应用1.1基因芯片分析技术基因芯片是指DNA微阵列,基因芯片分析技术是将大量DNA片段有规则地固定在某介质上,从而检测特定基因表达的一项技术。这项技术的关键是将巨大的DNA分析缩小到很小的芯片上,利用光电技术对信息进行探测,最后用计算机加以分析。它将过去生物学中的复…     

基因芯片技术在感染性疾病研究中的应用

基因芯片技术是现代生物研究技术中较为先进的技术之一,以极高的密度将特定的寡核苷酸片段或基因片段排列在片基上,与荧光标记的样本按碱基配对的原理同步杂交,可对基因的序列或功能进行研究。基因芯片技术具有高通量、微型化和较好的可对比性特点,在感染性疾病的检测、诊断、耐药性、致病机制方面的研究不断发展,前景广阔。该文就基因芯片技术在感染性疾病研究中的应用进行综述。