黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的网络药理学研究

目的:探讨黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的药理机制。方法:通过中药系统药理学分析平台检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘冠心病的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、冠心病靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出黄芪、川芎主要活性成分23个,对应靶点209个,其中15个核心靶点的相关信号通路数是4个。KEGG信号通路包括冠状动脉粥样硬化、核因子-κB信号通路、白细胞介素17信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论:黄芪-川芎药对可通过多靶标、多通路来治疗冠心病。     

基于网络药理学探究黄芪-川芎药对治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的基于网络药理学研究益气活血药对黄芪-川芎治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法 从TCMSP数据库筛选黄芪、川芎活性化合物及靶点，在Uniprot数据库转化为基因靶点，通过Cytoscape 3.8.0构建化合物-靶点网络。在OMIM、DisGeNET、TTD数据库及文献报道收集缺血性脑卒中的治疗靶点，构建疾病-靶点网络。将化合物-靶点网络与疾病-靶点网络结合，筛选黄芪-川芎药对治疗缺血性脑卒中潜在核心靶点。利用STRING平台，获得核心靶点PPI网络。将核心靶点进行GO功能富集分析及KEGG富集分析。结果 筛选出黄芪-川芎药对的活性化合物17个，潜在核心靶点18个，包括IL-1β、NOS3、CASP3、BDNF等，可通过调节PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路、TLR信号通路、NF-κB信号通路等多个途径，参与调节NO生物合成、细胞凋亡、炎症及免疫反应、血管生成及器官再生等机制，从而改善缺血性脑卒中病理损伤。结论 通过网络药理学揭示了益气活血药对黄芪-川芎"多组分、多靶点、多机制"治疗缺血性脑卒中的作用特点，为其深入研究提供了科学依据。     

基于网络药理学分析“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病作用机制

目的利用网络药理学方法预测“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病的主要活性成分、作用靶点、信号通路与作用机制。方法通过检索TCMSP、Pub Chem、Swiss Target Prediction、Uni Prot等数据库获得药物活性成分和靶点;在Gene Cards数据库获取冠心病相关靶点;借助Cytoscape软件构建药物—疾病靶点网络和PPI网络;利用R语言对“黄芪—水蛭”治疗冠心病的靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Auto Dock Tools和Pymol软件绘制蛋白-药物分子对接模型。结果共获得“黄芪-水蛭”药对79个活性成分、425个药物基因靶点、630个疾病靶点,药物-疾病共同靶点101个,PPI核心网络包含靶点76个,并得出前20位GO和KEGG富集结果,所得药物成分与靶点蛋白可成功对接。结论“黄芪-水蛭”药对起效的主要活性物质包括常春藤皂苷元、联苯双酯、熊竹素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、芒柄花黄素、12-甲基十四烷酸甲酯、Hirudinoidine A、10-十九烯酸甲酯、11-十六碳烯酸甲酯、Hirudinoidine B等成分,可能通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗信号通路、松弛素信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等调控NPM1、HSPA5、YWHAZ、EGFR、ESR1、VCAM1、MYC等基因表达,进而对气虚血瘀型冠心病起到治疗作用。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤中川芎-赤芍药对调节血管新生的分子机制

目的:分析血府逐瘀汤关键药对川芎-赤芍调节血管新生的物质基础和作用机制。方法:从TCMSP数据库及Drug Bank数据库挖掘川芎-赤芍的成分及其对应靶蛋白,从GeneCards数据库获取“血管新生”相关基因;利用Omicshare数据库中的Venn功能获取川芎-赤芍干预血管新生的靶点后,借助Cytoscape(3.8.2)软件构建“活性成分—川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白”网络关系图,在String数据库构建“川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白—人类蛋白”互作网络,并筛选核心靶点;所得靶点的基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析在Omicshare网站进行。借助AutoDock vina软件对核心靶点和关键活性成分进行分子对接。结果:获得川芎-赤芍活性成分20种,相关靶蛋白117种,川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白72个,其中,关键活性成分为黄芩素、鞣花酸、β-谷甾醇、豆甾醇、杨梅酮、(+)-儿茶素、阿魏酸、川芎嗪等,关键靶蛋白为蛋白激酶Bα(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、P53肿瘤蛋白(TP53)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、环加氧酶2(PTGS2)、热休克蛋白90αA1(HSP90AA1)、c-fos原癌基因蛋白(FOS)等。GO结果提示,该药对在细胞增殖、生长、生物粘附、细胞聚集等方面影响血管新生;通路富集结果显示,AGE-RAGE通路、IL-17通路、流体剪应力与动脉粥样硬化信号通路等是药物作用的主要通路。分子对接提示核心靶点与关键化合物具有良好的结合能力。结论:血府逐瘀汤中的川芎-赤芍药对通过多靶点、多途径对血管新生起调节作用,为血府逐瘀汤干预血管新生的进一步研究及临床应用提供一定理论依据。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的活性成分及作用机制。方法 从中药系统药理学分析平台获取丹参-葛根药对活性成分和作用靶点,通过GeneCards数据库获取心肌纤维化的相关靶点,使用Venny 2.1软件获取两者共同靶点;运用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建共同靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络并进行拓扑学分析;采用ClusterProfiler R功能包对共同靶点进行基因本体(GO)功能和KEGG通路富集分析;最后使用Cytoscape 3.7.1软件构建“活性成分-靶点-通路”网络并分析。结果 筛选得到丹参-葛根药对候选活性成分30个,活性成分和心肌纤维化共同靶点41个。共同靶点PPI网络的平均点度值为19.7,平均介数为19.1,度值和介数均超过平均值的靶点共有14个。KEGG显著富集到73条通路,其中与心肌纤维化相关的通路有6条。“活性成分-靶点-通路”网络显示,丹参中的木犀草素、丹参酮IIA和葛根中的葛根素、β-谷甾醇等活性成分通过共同调控脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、血流剪切力与动脉粥样硬化、缺氧诱导因子-...     

基于网络药理学探究兰艾双香方治疗细菌感染的机制研究*

目的 旨在通过网络药理学的研究方法寻找兰艾双香方在治疗细菌感染方面存在的潜在的分子机制及相关分子通路,为进一步研究兰艾双香方提供理论依据。方法 通过中药数据分析平台（TCMSP）筛选兰艾双香方的活性成分及对应靶点,对兰艾双香方进行复方成分分析,利用Cytoscape软件构建兰艾双香方治疗细菌感染的“单味药-活性成分-作用靶点”网络,再通过Gene Cards,OMIM和DigSee 3个数据库整合细菌感染的相关靶点,将靶点数据导入jvenn平台做出韦恩图,导入String平台得到PPI,导入Metascape中对兰艾双香方治疗细菌感染的作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,根据KEGG富集得到的通路绘制相关气泡图,将KEGG分析得到的通路导入Cytoscape软件构建“靶点通路”网络。结果 ①筛选得到兰艾双香方共110个药效成分和1 788个作用靶点,关键靶点包括过氧化物酶体增殖物激活受体、血管内皮生长因子A、肿瘤坏死因子和表皮生长因子受体等;②细菌感染相关靶点1 442个;③蛋白互作核心网络共97个蛋白,分析得到4个蛋白模块;④获得2 401个GO生物过程,KEGG通路富集筛选得到324条相关信号通路,通路类型包括癌症的路径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎、肿瘤坏死因子信号通路、小细胞肺癌、利什曼病、HIF-1信号通路、军团杆菌病等,这些通路均与细菌感染的发生发展相关;⑤结果证实,兰艾双香方可能通过调节细胞代谢、增殖与凋亡、脂代谢等多种途径达到治疗细菌感染的目的,该目的是多成分、多靶点和多通路相互作用的结果。结论 兰艾双香方在癌症、糖尿病和乙型肝炎疾病进展过程中并发细菌感染的治疗可能有更好的疗效。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨黄芪多糖治疗慢性心力衰竭作用机制

目的基于网络药理学和分子对接方法分析黄芪多糖治疗慢性心力衰竭的分子生物学机制。方法利用Swisstarget数据库筛选出黄芪多糖活性成分的作用靶点,利用GeneCards数据库筛选慢性心力衰竭疾病作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape构建蛋白互作网络进行可视化分析,利用David数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,利用iGEMDOCK软件进行分子对接。结果筛选出黄芪多糖的潜在靶点299个,与慢性心力衰竭疾病相关的靶点28个,信号通路26条。结论黄芪多糖治疗慢性心力衰竭具有多靶点、多通路作用的特点,其作用机制可能是通过调节慢性心力衰竭发展过程中VEGFA、TP53、IL2、TLR4、CASP3、ACE等基因的表达,调控HIF-1信号通路、钙信号通路和PI3K/Akt信号通路等对慢性心力衰竭进行干预。     

基于网络药理学及分子对接发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制。方法:TCMSP查询当归-川芎药对的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;GeneCards网站在线获取肺栓塞的疾病靶点,Venny 2.1在线获取药物和疾病交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析并使用Cytoscape构建网络图,利用Metascape进行GO和KEGG分析。使用Cytoscape软件构建“药物-靶点-通路”网络图。PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。建立肺栓塞大鼠动物模型,治疗组予以中药当归-川芎药对灌胃治疗2周,对照组予以等量水灌胃,酶联免疫法检测两组大鼠血清相应靶点蛋白表达。结果:当归-川芎药对中的8个有效成分通过多条通路直接作用于25个疾病靶点治疗肺栓塞,其中β-谷甾醇、豆甾烯醇、杨梅酮、芎萘呋内酯等是核心成分,半胱氨酸蛋白酶3（caspase 3,CASP3）、雌激素受体1（estrogen receptor alpha,ESR1）、肉瘤病毒17癌基因（JUN）、前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）是核心靶点。GO富集分析结果显示,交集基因最可能相关的生物过程主要涉及细胞对形态发生、激素反应、有机环化合物的反应等,细胞组分主要涉及膜筏、膜微区、线粒体外膜等,分子功能主要涉及半胱氨酸内肽酶活性、泛素蛋白连接酶、蛋白二聚酶活性等。KEGG通路富集分析结果提示当归-川芎药对主要参与低氧诱导因子-1（HIF-1）、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路。分子对接结果提示核心成分与重要靶点间的结合性较好。酶联免疫检测显示治疗组血清ESR1、JUN、PTGS2蛋白表达均高于对照组（t=-8.018、-10.370、-6.545,均P＜0.01）。结论:当归-川芎主要通过调节HIF-1、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路的ESR1、JUN、PTGS2等疾病靶点,干预酶的活性、脂代谢、神经变性等生物学过程,进而治疗肺栓塞。     

当归-川芎药对治疗脑梗死的“调控网络”和机制

目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TTD数据库以及PharmGKB数据库筛选与脑梗死相关的靶点,并通过Cytoscape3.6.1软件筛选"药物-靶点-疾病"网络中的关键靶点;最后,利用DAVID 6.8在线分析工具对得到的关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并运用Omicshare在线分析工具对通路富集结果进行可视化。结果:通过筛选得到当归-川芎药对的共同靶点229个,脑梗死相关的作用靶点102个,通过网络合并和拓扑最终得到当归-川芎药对治疗脑梗死的关键靶点493个,其中涉及154个生物过程,65种细胞组成,51种分子功能及20条具有显著意义的通路(P0.01,FDR0.05)。结论:当归-川芎药对可能通过Thyroid hormone信号通路、Neurotrophin信号通路、MAPK信号通路及PI3K信号通路发挥治疗脑梗死的功效。其中,Thyroid hormone信号通路可能是治疗脑梗死的新方向。     

黄芪-丹参药对活性成分网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法对黄芪-丹参药对的主要活性成分的作用机制进行分析,探讨其多成分、多靶点、多通路的相关关系。方法:首先将黄芪-丹参药对中14个主要活性成分(黄芪甲苷、芒柄花苷、芒柄花素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、丹酚酸B、紫草酸、迷迭香酸、丹参素、原儿茶醛、丹参酮IIA、二氢丹参酮I、丹参酮I、隐丹参酮)依据Pharm Mapper数据库构建多成分-蛋白网络;然后采用MAS和KEGG数据库获得靶蛋白的作用通路;最后,采用Cytoscape软件建立黄芪-丹参药对成分-靶点-通路网络模型。结果:黄芪-丹参药对中的14个效应成分涉及63个靶点蛋白和69条作用通路。预测结果得到文献印证。网络模型中每个靶点蛋白、每条作用通路出现的平均频次分别为8.31次、7.62次,每个效应成分的平均靶点蛋白数、平均作用通路数分别为4.57、4.93。结论:为深入研究黄芪-丹参药对的药效作用及其机制提供参考。     

基于网络药理学方法探究秦艽-蚕沙药对治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨秦艽-蚕沙药对治疗类风湿性关节炎（RA）的物质基础及其作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选秦艽-蚕沙药对的活性成分,结合人类基因组注释数据库Genecards筛选治疗类风湿性关节炎的潜在疾病靶点。利用Venny 2.1.0绘制秦艽、蚕沙、疾病的韦恩图,通过药对与疾病的共有交集,基于Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点-疾病然网络图,利用Cytoscape 3.8.2软件和String数据库构建成分-靶点-疾病网络图和靶点间的蛋白互作网络,使用CytoNCA插件利用BC值筛选出核心靶点,采用Metoscape平台对靶点进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路与基因功能富集分析。结果：经过筛选,共获得秦艽-蚕沙的10个有效成分,与类风湿性关节炎（RA）相关的关键化学成分9个,药对-类风湿性关节炎疾病的共同靶点82个,PPI关键靶点21个,GO富集分析结果包括生物过程、细胞组分、分子功能,各筛选出了10条柱状图;KEGG富集分析发现相关信号通路14条。结论：秦艽-蚕沙药对治疗类风湿性关节炎具有多组分、多靶点、多途径的调控特点...     

基于网络药理学探讨厚朴-广藿香治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学预测厚朴-广藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Dis-ease 2019,COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制.方法:通过TCMSP,BATMAN-TCM数据库查询和相关文献检索筛选出厚朴-广藿香的活性成分及对应作用靶点,经过Uniprot数据库查询靶点对应的基因,将其标准化;利用GeneGards数据库对COVID-19相关靶点进行预测,将两者进行映射,借助ImageGP在线平台绘制维恩图,筛选药物疾病共有靶点;利用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病靶点"网络;通过STRING数据库获取靶标蛋白相互作用网络关系并利用Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络.最后利用Metascape数据库进行GO富集分析与KEGG通路分析,借助ImageGP在线平台对结果进行可视化处理.结果:根据条件筛选得到厚朴-广藿香活性成分15个和227个潜在作用靶点,其中与COVID-19共同靶点47个.GO功能富集分析得到GO条目4854个(P<0.01),其中生物过程(Biological Process,BP)条目4178个,细胞组分(Cellular Component,CC)条目311个,分子功能(Molecular Function,MF)条目365个.KEGG通路富集筛选得到187条信号通路(P<0.01),涉及IL-17信号通路、NF-κB信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡等.结论:厚朴-广藿香中主要潜在活性成分桉树醇、厚朴酚、葛花苷元、槲皮素等可能作用于IL6、TNF、TP53、CASP3、MAPK1、IL10、CCL2等关键靶点调节多条信号通路,从而起到治疗COVID-19的作用.     

基于网络药理学的黄芪-鸡血藤配伍治疗白细胞减少症作用机制研究

目的 采用网络药理学挖掘黄芪-鸡血藤药对配伍治疗白细胞减少症的作用靶点以及信号通路,探究其治疗白细胞减少症的物质基础和作用机制。方法 从TCMSP数据库收集黄芪、鸡血藤的化学活性成分,通过Genecards和CTD数据库收集白细胞减少症的靶点以及所选中药成分作用的靶点。对白细胞减少症疾病靶点以及黄芪-鸡血藤药物靶点进行映射,构建作用靶点的PPI网络模型,筛选出排名前10的Hub基因;采用Cytoscape软件建立化合物-疾病靶点的网络模型,利用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果 确定黄芪-鸡血藤药对活性化合物治疗白细胞减少症靶点网络包含19个化合物,108个靶点,关键靶点涉及PIK3CA、IL-6、TNF、IL-2、IL-10、KRAS、EGFR、CSF2、IL-3和IL-2RB。涉及的主要KEGG通路富集分析确定信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用,药物代谢,造血细胞系,JAK-STAT信号通路等。结论 黄芪-鸡血藤药对是通过调节PIK3CA、IL-6、TNF、IL-2、IL-10等基因,调控药物代谢,细胞因子-细胞因子受体相互作用,造血细胞系,JAK-STAT等信号通路,通过复杂网络模式治疗白细胞减少症。      

基于网络药理学探究黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物靶点疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个；GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个；KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。     

基于网络药理学的枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的分子机制研究

目的基于网络药理学方法研究枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选与枳实薤白桂枝汤相关的化学成分及其作用靶点;通过OMIM和NCBI数据库获取与冠心病相关的靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。应用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型;利用Cytoscape软件构建"复方-活性成分-作用靶点-疾病"相互作用网络;运用R语言进行KEGG通路和GO功能富集分析。结果经数据库分析共获得了1801个疾病靶点,42个药物作用靶点。对其中26个共同相关靶点(占枳实薤白桂枝汤靶点的62%)进行分析,发现共有119个生物学过程及58条通路被显著富集。结论枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多靶点、多通路的特点。其作用机制可能与调控冠心病发展过程中细胞代谢与凋亡、脂质代谢等过程有关。     

黄芪治疗慢性肾炎中的网络药理学研究

目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性肾炎的作用靶点和机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄芪的有效中药活性成分及中药靶标,之后从Gene Cards数据库筛出慢性肾炎的疾病靶标,然后利用Cytoscape 3.7.0软件绘制得到相应调控网络,在String数据库中构建出黄芪与慢性肾炎共同靶标的蛋白相互作用网络。最后利用R软件对二者的共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选后得到黄芪有效药物成分20个,对应的药物-疾病作用靶点共74个,包括VEGFA、蛋白激酶AKT1、CXCL8等。GO功能富集分析主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、氧化还原酶活性等。涉及的KEGG通路主要包括HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论运用网络药理学研究方法可推测黄芪治疗慢性肾炎的主要活性成分、功能活动、作用机制和信号通路,为日后的进一步研究提供了理论支撑和思路。     

西洋参茎叶三醇组皂苷抗缺血性脑卒中作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨西洋参茎叶三醇组皂苷(PQTS)在缺血性脑卒中(IS)发生发展过程中潜在的作用机制。方法：整合Swiss Target Prediction、中医药百科全书(ETCM)、 SEA Search Server和DisGeNET等数据库获取PQTS作用于IS的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过拓扑网络分析得到PQTS作用于IS的核心靶点。通过DAVID在线分析网站进行潜在作用靶点的基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,获取相关信号通路。应用Cytoscape 3.9.1软件构建PQTS-靶点-信号通路网络,进行拓扑网络分析,筛选PQTS潜在主要活性成分。通过AutoDock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：得到PQTS作用IS的潜在作用靶点122个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡调控、细胞内信号传导过程和细胞对外源性物质的调控等生物学过程,KEGG富集分析涉及白细胞介素信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白...     

川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移作用

目的 利用网络药理学方法和分子对接技术研究川芎治疗肺癌脑转移的潜在分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取川芎的化学成分和作用靶点；通过GeneCards数据库筛选肺癌脑转移的相关靶点；借助Clusterpro-filerR包进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape及STRING数据库构建川芎“活性成分-靶点-疾病”网络、蛋白相互作用网络，根据拓扑学参数筛选川芎治疗肺癌脑转移的核心成分及作用靶点，并将两者进行分子对接；最后，通过川芎处理人肺癌细胞PC9，运用Western blot法检测相关蛋白表达对核心靶点进行初步验证。结果 本研究共筛选出（Z）-藁本内酯、丁苯酞、油酸、杨梅酮等48个有效成分；INS、BDNF、FOS、VEGFA、PTGS2、ESR1、MAPK14、PTGS1等49个靶点蛋白；核受体活性、配体激活、转录因子活性等57个生物学功能；Prolactin signaling pathway、Breastcancer、Etrogen signaling pathway等40条信号通路。分子对接结果显示，杨梅酮、丁苯酞、4-羟基-3丁基苯酞、（Z）藁本内酯、洋川芎内酯-E等成分与BDNF、FOS、PTGS2、MAPK14等7个核心靶点有较强亲和能力。Western blot结果显示，0.1 mol/L和1 mol/L川芎处理肺癌细胞PC9后PI3K的磷酸化水平分别为（86.51±13.09）%、（71.58±5.56）%，AKT的磷酸化水平分别为（87.49±13.09）%、（71.47±13.02）%，VEGF的水平分别为（84.39± 8.95）%、（80.65±10.07）%，且差异均具有统计学意义（P<0.01）。结论 川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移的作用。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于网络药理学分析附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选附子-干姜药对活性成分;通过UniProt数据库获取活性成分的可能作用靶点;采用GeneCards数据库获取溃疡性结肠炎疾病靶点;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析;采用Cytoscape 3.7.1软件构建附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的药物-成分-靶点-疾病网络图;采用Bioconductor中R包进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 从附子-干姜药对中共筛选出活性成分32个,药物与疾病共同靶点110个; PPI网络共有节点107个,边1007条; GO功能富集分析生物学过程(BP)、分子生物学功能(MF)和细胞组分(CC)分别为1659,117,53条; KEGG信号通路富集分析得到136条相关通路,主要涉及细胞凋亡(Apoptosis)、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路等。结论 附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制具有多靶点、多通路的特点。