中药材蜈蚣及其混伪品DNA条形码鉴别研究

利用DNA条形码技术对蜈蚣药材进行鉴别,为蜈蚣药材鉴定提供新的方法。该研究以COI条形码序列为基础,对蜈蚣实验样品进行DNA提取,PCR扩增和双向测序,用MEGA6.0软件对所有5个物种的50份样品进行序列比对和邻接（NJ）树构建。结果显示实验样品均可以获得COI序列,蜈蚣药材与其混伪品COI序列种间平均K2P距离为0.222,种间最小K2P 距离为0.190,基于COI序列构建的邻接（NJ）树中少棘巨蜈蚣单独聚在一枝,与其混伪品可以相互区分。因此基于COI条形码序列可以准确鉴定蜈蚣及其混伪品。     

基于COI序列的紫河车药材及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

利用COI序列对紫河车及其常见混伪品进行DNA条形码分子鉴定,探究准确、快速鉴定紫河车及其混伪品的方法。该研究共收集6个种41份样品,以COI作为条形码序列,对紫河车的正品及其混伪品提取基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,运用CodonCode Aligner进行序列拼接后,采用 MEGA6.0 软件进行序列比对,分析比较种内、种间序列差异,并构建正品紫河车及其混伪品的NJ树。结果表明紫河车COI序列种内平均K2P距离为0.001,种内最大K2P距离为0.008,紫河车的正品来源人与其混伪品种间存在较多变异位点。由所构建的NJ 树显示紫河车与其混伪品均可明显区分。基于COI序列的DNA条形码技术可以鉴定紫河车及其混伪品,为紫河车的鉴别提供了新的工具。     

蕨类药材石韦及其混伪品的psbA-trnH序列鉴定

为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用最大似然法（ML）构建系统聚类树。结果表明：石韦药材3个基原植物的psbA-trnH序列种内最大遗传距离均小于其与混伪品的种间最小遗传距离;ML树显示石韦药材可与其混伪品明显分开;psbA-trnH序列可作为蕨类药材的DNA条形码,能准确、稳定鉴定蕨类药材石韦及其混伪品。     

基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较

为考察ITS2 序列和psbA-trnH 序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建系统发育树。结果显示,车前和平车前的ITS2 序列长度分别为199,200 bp;两者的ITS2序列种内最大 K2P 遗传距离均小于与混伪品的最小种间K2P 遗传距离;基于ITS2 序列构建的NJ 树中,车前、平车前及其混伪品都表现出良好单系性,都能相互明显区分。表明ITS2序列能将车前子药材与混伪品进行很好的区分。车前和平车前的psbA-trnH序列长度均为340 bp,两者的psbA-trnH 序列种内最大K2P 遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P 遗传距离;基于psbA-trnH 序列构建的NJ 树结果显示,除大车前外,车前子药材与其余混伪品可以明显区分。因此,ITS2序列作为DNA条形码,车前子及其混伪品具有良好的鉴别能力,对保障车前子用药安全具有重要意义。     

基于ITS2条形码的两面针药材及其混伪品的鉴别

目的 利用ITS2条形码鉴别两面针药材及其混伪品,为两面针药材鉴定提供新方法.方法 采用PCR法扩增ITS2(转录第二间隔区)序列,双向测序后运用CodonCode Aligner、MEGA软件进行数据处理,构建系统聚类树(NJ树).结果 两面针药材及其混伪品基因组DNA降解明显,但不影响ITS2条形码的PCR扩增和测序,ITS2条形码序列分析表明种内与种间遗传距离具有较大差异,基于ITS2条形码构建NJ树可鉴别两面针药材及其混伪品.结论 ITS2条形码适用于两面针药材及其混伪品的鉴别,为两面针药材快速、准确鉴定提供新方法;为两面针基原研究提供重要的分子鉴定证据;同时为DNA条形码技术应用于其他根、茎类中药材的鉴定提供了示范作用.     

基于ITS2序列鉴定中药材升麻及其混伪品

该研究选用ITS2序列对升麻及其混伪品进行分子鉴定,从而确保用药安全。实验采用DNA条形码技术,对升麻及其混伪品的ITS2核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,利用MEGA 5.0软件对相关数据分析,构建邻接（NJ）系统聚类树进行鉴定分析。结果表明升麻药材的3个基原物种：大三叶升麻Cimicifuga heracleifolia、升麻C. foetida、兴安升麻C. dahurica,其ITS2序列长度分别为217,219,219 bp,3个基原物种ITS2序列与混伪品的种间平均K2P距离大于其种内平均K2P距离,ITS2系统发育树显示,升麻的3个基原物种均各自聚为一单系分支,并与其他混伪品明显分开。ITS2序列能够有效准确地鉴别中药材升麻及其混伪品。     

中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。     

中药材锁阳的ITS2条形码分子鉴定研究

目的：应用DNA条形码技术准确、快速鉴定中药材锁阳及其混伪品。方法：采用试剂盒法提取药材的基因组DNA,PCR扩增其核糖体DNA的内转录间隔区（internal transcribed spacer 2,ITS2）并进行双向测序,应用CodonCode Aligner V 3.7.1对测序峰图进行校对拼接,比较ITS2序列的GC含量,采用MEGA 5.0计算种内、种间 Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,通过中药材DNA条形码鉴定系统比对和构建NJ 系统聚类树进行鉴定分析。结果：锁阳药材的ITS2序列长度为229 bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.003,锁阳药材及其混伪品的种间平均K2P遗传距离为0.760,种间最小K2P遗传距离明显大于锁阳种内的最大K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明ITS2 序列可区分锁阳及其混伪品。结论：ITS2条形码可有效鉴定中药材锁阳及其混伪品,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。     

全蝎DNA条形码分子鉴定研究

目的:本研究通过COI序列对全蝎及其混伪品进行DNA条形码鉴别,为全蝎药材分子鉴定提供科学依据。方法:通过野外采集东亚钳蝎正品,对采集样品形态学鉴定、DNA提取、PCR扩增COI序列,测序建立东亚钳蝎的正品COI数据库,通过比对确定东亚钳蝎正品和伪品的DNA条形码。结果:实验共获取310份东亚钳蝎样本。通过序列分析,确定东亚钳蝎COI序列长度为658 bp。采用MEGA 6.0软件对东亚钳蝎样品及混伪品进行序列比对,构建邻接(NJ)树。结果表明东亚钳蝎COI序列扩增成功,与混伪品COI序列明显区分。结论:本研究运用COI条形码序列可准确鉴定全蝎的基原动物及其混伪品,为后续全蝎药材的分子鉴定提供了新的可行性方法。     

应用ITS2条形码鉴定中药材合欢皮、合欢花及其混伪品

为准确鉴别中药材合欢皮、合欢花及其混伪品,该研究应用ITS2条形码对46份药材及其混伪品进行鉴定研究。通过对样本进行基因组DNA提取,PCR扩增和双向测序获得ITS2序列。所得序列经CodonCode Aligner 拼接后,基于隐马尔可夫模型的HMMer 注释方法去除两端5.8S 和28S 区段,用软件MEGA5.0对序列进行分析比对,并基于K2P模型进行遗传距离分析。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ树对序列鉴定能力进行评估。结果表明,药材基原物种合欢的ITS2序列种内最大K2P遗传距离均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离;应用相似性搜索法分析结果表明ITS2 序列可准确鉴定合欢药材及其混伪品;NJ树显示合欢药材与其混伪品可明显区分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2条形码可稳定、准确地鉴别合欢药材及其混伪品。     

凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定

该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。     

基于COI基因的龟甲及其混伪品的DNA条形码研究

目的:利用COI基因对乌龟及常见混伪品进行分子鉴定,探讨快速、准确鉴定龟甲及其混伪品的方法.方法:在全国范围内收集龟甲的正品及其混伪品8种,共22份样品,提取DNA,得到其COI序列.用Contig Express,Dnaman,Edit Sequence,Mega 5等软件进行变异位点分析,并构建正品龟甲其混伪品的N-J树.结果:龟甲的正品来源乌龟与其混伪品种间存在较多变异位点.由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支.结论:基于COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定龟甲及其混伪品.     

市售中药材冬葵子和苘麻子ITS2条形码鉴定

目的利用ITS2条形码序列对市售中药材冬葵子、苘麻子进行分子鉴定,以保证药材使用的正确性和临床药效。方法收集冬葵子、苘麻子及其3种混伪品样品共87份。对实验样品进行ITS2基因片段扩增并双向测序,利用HMMer注释方法获得ITS2序列,再经Codon Code Aligner 6.0.2拼接,使用MEGA6.0进行种内、种间变异分析,遗传距离计算并构建NJ系统发育树;将所得序列转换成二维码图片,扫描识读后通过中药材DNA条形码数据库进行验证。结果冬葵子和苘麻子外观形态相似;冬葵子ITS2序列长度232 bp;GC量为67.6%;苘麻子ITS2序列长度231 bp,GC量为54.1%,二者均无种内变异。冬葵子和苘麻子ITS2序列比对后长度为233 bp,共存在50个变异位点。鉴定结果显示,收集的56份冬葵子药材中26份均为苘麻子,剩余30份为正品。冬葵子和苘麻子与其他3个混伪品的K2P遗传距离为0.224~0.868,平均距离为0.630,种间遗传距离远大于种内遗传距离。基于ITS2序列构建系统发育树可见冬葵子、苘麻子及其3个混伪品各自单独聚成一支,ITS2序列能够明显将其区分;此外,使用二维DNA条形码扫描可准确验证5个物种。结论 ITS2序列能够成功鉴定冬葵子、苘麻子及其常见混伪品,为种子类药材鉴别提供了新工具;二维码技术与DNA条形码技术的结合可以为药材的基原物种提供准确唯一的二维DNA条形码信息,可更好实现药材市场的信息化监管。     

基于ITS2序列的海桐皮及其混伪品DNA分子鉴定

目的应用ITS2条形码技术,对海桐皮ErythrinaeCortex及其混伪品进行分子鉴定。方法通过提取31份海桐皮药材基原植物刺桐E.variegata、乔木刺桐E.arborescens及其混伪品的基因组DNA,扩增ITS2序列并测序;同时从GenBank下载混伪品序列15种38条,运用MEGA7.0软件进行序列比对,进行种间序列差异分析比较,并构建Neighbor-jioning(NJ)系统进化树,预测ITS2二级结构。结果在海桐皮2种基原中,刺桐的ITS2序列长度为232bp,乔木刺桐的ITS2序列长度为230bp,均为单倍型,可以明显区分;同时与其他刺桐属及易混品之间遗传距离较远。NJ树结果显示刺桐、乔木刺桐及其他易混品均单独聚为一支,表现出良好的单系性;依据ITS2二级结构,刺桐、乔木刺桐及其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异,可以直观地将刺桐与乔木刺桐,以及其与易混品进行区分。结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别海桐皮药材,为保障安全用药提供了新的技术手段。     

基于ITS2序列的东北透骨草及其混伪品DNA分子鉴定

目的应用ITS2条形码鉴定东北透骨草及其混伪品,为东北透骨草药材鉴定提供新方法。方法提取35份东北透骨草及其混伪品的基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank;从GenBank下载13种东北透骨草及其混伪品ITS2序列42条;对提交与下载的77条序列,应用MEGA7.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离,构建Neighber-jioning(NJ)系统进化树,并预测ITS2二级结构。结果东北透骨草3种基原的种内最大K2P遗传距离均远远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离;NJ树结果显示东北透骨草及其混伪品药用植物均可明显区分,表现出良好的单系性;比较ITS2二级结构发现,东北透骨草与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别东北透骨草,为保障安全用药提供了新的技术手段。     

基于ITS条形码的滇鸡血藤及混伪品分子鉴定

目的：基于内转录间隔区（ITS）序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法。方法：以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取滇鸡血藤及其混伪品的总DNA,对ITS序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算Kimura2-parameter遗传距离,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果：滇鸡血藤ITS序列片段长度为675 bp,共包括19种单倍型,与其主要混伪品的差异位点为212、223、224 bp,系统发育树显示,ITS序列能够区分滇鸡血藤及其混伪品。结论：ITS条形码可以作为区分鉴定滇鸡血藤及其混伪品的分子条形码,包含19个单倍型的单倍型数据库覆盖了滇鸡血藤全部的单倍型。