吉林省2018-2020年甲型H3N2亚型流感病毒耐药基因分析

目的掌握2018-2020年吉林省内H3N2亚型流感流行株对金刚烷胺类药物以及神经氨酸酶抑制剂类药物的耐药情况,为流感的临床治疗及预防控制提供参考依据。方法选取甲型H3N2亚型流感毒株34株,对M2和NA基因进行PCR扩增,测序后对耐药位点进行分析。结果2018-2020年吉林省分离到流感毒株981株,其中甲型流感病毒毒株934株,乙型流感毒株47株。在分离到的甲型流感病毒毒株中,57.49%为H1N1pdm亚型毒株,39.61%为H3N2亚型毒株。对34株H3N2亚型流感病毒测序结果显示M2基因S31N耐药位点上发生了突变;在NA耐药相关基因位点E119V、Q136K、D151A、I222V、H274Y、R292K、N294S均未发生突变。结论吉林省2018-2020年以甲型流感流行为主。34株甲型H3N2亚型流感病毒均对金刚烷胺类药物耐药,但仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

浙江省近年甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的 分析浙江省2009 2013年初甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)序列进化特征。 方法 提取浙江省2009 2013年初29株甲型H1N1流感病毒基因组RNA,反转录－聚合酶链反应(RT-PCR)扩增NA基因,测序并拼接出ORF。以浙江省不同年份与地域15份代表性毒株NA序列和GenBank数据库中选取的22株2009 2012年国内外甲型H1N1流感病毒NA基因序列,采用MEGA 5.1软件对其进行序列比对并构建种系发生树。 结果 扩增并测序获得29株甲型H1N1流感病毒的NA基因ORF的全长序列,与国内外甲型H1N1流感病毒NA序列比对后显示序列的同源性较高,浙江省毒株与北美早期甲型H1N1流感病毒典型代表株A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.20％~99.50%,其中采集于2012年末和2013年初的4份病毒NA与A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.63%~99.14%。在1株采集于2010年1月的甲型H1N1流感病毒NA的基因序列中发现可导致奥司他韦耐药的H275Y突变基因型。 结论 虽然浙江省后期的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因累积了更多的变异,但所有毒株之间基因同源性仍然较高,所有毒株的神经氨酸酶基因同源性达到98.20％及以上,序列分析结果证实1份毒株携带奥司他韦耐药基因型突变。     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析

目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。     

2015-2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化分析

目的了解2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化特征、抗原表位和耐药位点突变情况。方法在中国流感监测信息系统下载流感病毒核酸检测阳性率并划分流行高峰,选取2015 — 2019年湖北省39株经实时荧光PCR检测阳性后病毒分离培养的甲型H1N1流感病毒株并测序,另在全球流感共享数据库下载13株湖北省毒株序列,采用生物信息学软件分析其进化簇分布、抗原表位和耐药突变位点,通过三维建模,分析其突变位点结构。结果2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒每年流行高峰持续长达11～14周,流行强度逐年增加,在血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）进化树6B簇内进化出6B.1A到6B.1A7等多个分支,发现12处HA抗原表位突变位点和2处NA基因耐药位点,其中毒力标签D222G和耐药位点I223V三维模拟结构差异明显。结论2015 — 2019年甲型H1N1流感病毒流行强度不断提高,进化出多个分支簇,零星检出毒力标签和耐药突变位点,该分析有助于提高湖北省流感病毒流行病学和基因进化监测水平。     

新余市甲型H1N1流感病毒H275Y突变监测

目的分析2013年-2014年新余市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)第275位氨基酸变异情况,掌握甲型H1N1流感病毒耐药特性。方法收集新余市流感监测哨点医院的流感样病例的咽拭子标本,采用狗肾传代细胞(MDCK)对标本进行病毒分离,随机选择15株甲型H1N1流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因部分片段,应用限制性内切酶片段长度多态性分析(RFLP)方法进行酶切分析。结果新余市15株甲型H1N1流感病毒中,仅有A/江西渝水/SWL1220/2014(H1)发生了H275Y突变,它具有Oseltamivir耐药性。结论新余市绝大多数甲型H1N1流感毒株对Oseltamivir敏感,但仍有必要持续监测和防范Oseltamivir耐药毒株的出现。     

赣州市2014年新型甲型H1N1流感病毒NA基因特征及耐药性分析

目的：分析江西省赣州市2014年新型甲型H1N1流感病毒NA基因的特点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供参考依据。方法随机选择17株新型甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增NA基因片段,双向序列测定,采用DNAStar5.0和Mage4.0序列分析软件分析NA基因特征以及耐药性位点。结果17株毒株的NA基因片段与代表株A/California/07/2009(H1N1)的序列核苷酸序列进行比对,核苷酸序列同源性高达98.4%以上,氨基酸的同源性也高达97.0%以上。17株毒株的NA活性中心位点氨基酸及周围的辅助位点氨基酸均未发生氨基酸替换。结论17株毒株的NA基因片段保持高度的同源性并均对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物敏感,但仍应加强对流感病毒的耐药性监测,为制定新型甲型H1N1流感的防制措施提供技术支持。     

2009~2012年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA与NA基因的进化分析

摘要：目的：研究杭州地区2009年至2012年甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,分析该病毒的遗传变异和抗原的分子水平转变。 方法：用RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA基因和NA基因片段并进行测序,用DNAMAN和MEGA 4.0生物信息学软件对HA和NA基因序列进行进化分析。 结果：建立的RT-PCR可成功检测HA(C)、HA(D)和NA基因,遗传进化分析结果表明,杭州地区甲型H1N1流感病毒的HA与NA氨基酸序列的亲缘系数与WHO推荐的病毒株及国内代表株的同源性均为98.9%~100%;三维构象结果表明,HA编码的蛋白质有5个位点发生改变,而NA编码的蛋白质仅发生2个位点改变。 结论：2009年至2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA和NA基因序列与世界范围内流行的病毒参考株具有高度同源性,但HA与NA蛋白质表位存在某些氨基酸位点的改变。     

2009至2016年中国甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析及流行趋势预测

摘要:目的：分析2009至2016年中国甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因（NA）进化特征,预测其流行趋势,为流感疫苗评价提供依据。 方法：从全球共享禽流感数据倡议组织（GISAID）数据库及美国国家生物技术中心（NCBI）数据库下载甲型H1N1流感病毒NA基因序列1 141条。利用邻接法进行系统进化分析和遗传变异分析,利用Bayesian skyline Plot预测流行趋势。 结果：2009至2016年中国甲型H1N1毒株NA基因与参考毒株的同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布。除2012年,其余各年份的毒株均通过不同模型得到正向压力选择位点。动力学分析显示2017年甲型H1N1可能达到一个流行高峰。 结论：甲型H1N1流感病毒NA基因所编码的氨基酸逐年变异,需进一步加强流感监测。     

江西省2009年至2012年甲型H3N2流感病毒耐药性分析

目的：分析江西省2009-2012年甲型H3N2流感病毒M2以及NA基因的特点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供参考。方法从江西省流感监测网中随机选择19株甲型H3N2流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增M以及NA基因片段,双向序列测定,采用DNAStar5.0和 Mage4.0序列分析软件分析M2以及NA基因特征以及耐药性位点。结果19株毒株M2基因31位氨基酸均由丝氨酸(S)突变为天冬酰胺(N);所有毒株NA蛋白催化活性位点和辅助位点均未发生氨基酸替换。结论19株毒株均对金刚烷胺类药物耐药,对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物均敏感,但仍应加强对流感病毒的耐药性监测。     

2009－2018年湖南省甲型H1N1亚型流感病毒监测结果及其全基因组进化分析

目的分析2009 — 2018年湖南省流感哨点医院甲型H1N1亚型流感监测结果,对分离病毒全基因组进化情况和分子特征进行分析。方法在全省14个市州的23家哨点医院开展流感监测工作,每周每家哨点医院门诊采集5 ~ 20份流感样病例的咽拭子标本进行核酸检测和/或病毒分离。 对分离的毒株全基因测序,使用BEAST软件贝叶斯方法构建基因进化树,序列与疫苗株进行比较。结果2009 — 2018年湖南省流感监测哨点医院共采集流感样病例标本190 289份,其中甲型H1N1流感阳性8 014份,阳性率为4.21%。 时间分布共有7个较明显的流行高峰,峰值以2009年最高。 1 ~ 5岁（占25.13%）和5 ~ 15岁（占32.83%）年龄组所占比重较多,人群男女性别比为1.23∶1。 对分离的60株甲型H1N1亚型流感病毒进行同源性分析,与疫苗株相比全基因组序列的同源性在97.2% ~ 99.9%之间。 贝叶斯基因进化树呈现阶梯状生长。 推断最早的公共祖先出现在2 009.177年,平均进化速率为2.695×10?3个替换?位点?1?年?1。 贝叶斯天际线模型分析甲型H1N1流感的种群动态2009 — 2018年间基本维持稳定。 表面蛋白选择压力分析dN/dS值为0.201与0.219。 表面蛋白血凝素分子的主要变异位点为L8M、S91R、S160G、S181T、A214T、I312V。 2株病毒神经氨酸酶分子出现H275Y耐药位点的突变。结论2009 — 2018年湖南省每年甲型H1N1流感阳性率和甲型H1N1流感所占流感比例各不相同,流行高峰出现在冬季,病例以儿童和少年为主,病毒基因持续变异,种群动态稳定。     

2013～2016年东部沿海地区甲型H1N1流感病毒分子特征分析

摘要：目的：通过分析东部沿海地区（江苏、浙江和上海）甲型H1N1流感病毒［A(H1N1) pdm09］的分子特征,为防控A(H1N1) pdm09流感提供科学依据。 方法：从GISAID数据库中获得江浙沪地区2013～2016年分离的A(H1N1) pdm09病毒株和WHO推荐疫苗株的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因序列。运用MEGA6.0软件分析HA和NA的分子特征、关键氨基酸位点和耐药位点的变异情况。 结果：进化树分析显示江浙沪地区A(H1N1) pdm09病毒株与WHO参考株的HA、NA基因序列差异较小,与WHO推荐疫苗株A/California/07/2009(H1N1)间的同源性分别为97.0%～99.5%和97.9%～99.6%;与WHO推荐疫苗株A/South_Africa/3626/2013(H1N1)间的同源性分别为98.0%～99.8%和98.6%～99.9%。病毒氨基酸变异分析显示70株A(H1N1)pdm09病毒的HA蛋白均发生83位(P83S)、203位(S203T)和321位(I321V)突变,且2016年分离株出现A195V突变;HA的裂解位点未发生变异,仍为IQSR↓GLF;2013年有2株NA蛋白出现H275Y耐药位点的变异。 结论：2013～2016年东部沿海地区A(H1N1) pdm09流感病毒的HA和NA蛋白与WHO推荐疫苗株具有高度同源性,关键的氨基酸位点发生变异与病毒的毒力及对药物的敏感性相关,因此我们要密切关注A(H1N1) pdm09病毒,防止其再次发生暴发。     

昆明市2009～2013年 B 型流感病毒血凝素及耐药基因分析

目的：研究B型流感病毒HA、NA全基因序列,为流感防控提供支持。方法从云南省疾病预防控制中心流感实验室分离毒株中挑选代表株进行H A和N A全基因序列分析。结果发现Bv型毒株和标准株比有K129N、K80R、K48E的变异,其中K129N在120环区域,除2009年分离株外,其他Bv株均有75位点的变异。By毒株HA基因相同突变位点比较多,如N116K、S150I、N165Y、S229D、D196N等,云南分离株都有D196N的变异位点,增加了糖基化位点的可能性。研究发现所有的NA基因没有发生耐药性基因的突变,同源性相对比较高,但有基因重组毒株生成。结论云南分离株B型流感病毒突变位点多,并且有重组毒株生成,说明加强监测耐药株的重要性。     

2017-2020年流感流行季节河北省甲型H1N1流感病毒耐药性及耐药基因分析

  目的  分析河北省2017 — 2020年流感流行季节甲型H1N1流感病毒对神经氨酸酶抑制剂类药物（NAI）的耐药情况,为流感的预防控制提供依据。  方法  选取2017 — 2020年流感流行季节37株甲型H1N1流感病毒毒株进行生物学耐药实验,使用荧光发光法检测病毒对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性。 选取38株甲型H1N1流感病毒提取核酸后对神经氨酸酶NA基因进行PCR扩增,测序后对耐药位点进行分析。  结果  选取的“A/河北新华/SWL1106/2017”对奥司他韦敏感性降低（IC₅₀=30.98 nmol/L）,其余36株甲型H1N1流感病毒全部对奥司他韦和扎那米韦敏感,对奥司他韦的半数抑制浓度（IC₅₀）平均数为0.46 （0.07～1.14 ）nmol/L;对扎那米韦的IC₅₀平均数为0.27 （0.07～0.85 ）nmol/L。 序列分析发现1株发生了H275Y突变,为奥司他韦耐药株。  结论  2017—2020年河北省流行的绝大部分甲型H1N1流感病毒对NAI类药物敏感。     

广东地区新甲型H1N1流感病毒对奥司他韦的耐药性分析

目的 调查广东省2009年新甲型H1N1流感病毒对奥司他韦的耐药情况,为临床用药提供指导,监测流感流行株的变异趋势.方法 2009年4-12月,对广东省流感监测哨点医院收集患者鼻咽拭子,用MDCK细胞或者鸡胚,分离得到流感毒株221株.利用神经氨酸酶化学荧光抑制实验检测毒株对奥司他韦的IC50,筛选出对神经氨酸酶抑制剂...     

长春市2018-2020监测年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因特征分析

目的 分析长春市2018-2020年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因特征,了解其变异情况及遗传进化特征.方法 选取2018-2020年度甲型H1N1流感病毒分离株72株,PCR扩增NA基因并进行序列测定;利用生物信息学软件对分离株的NA基因进行进化和变异分析.结果 长春市72株分离株与疫苗株A/Califo...     

宜春市2011年至2012年乙型流感病毒耐药基因分析

目的 分析宜春市2011~2012年B型流感病毒耐药基因位点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供依据.方法 采集宜春市流感监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,选择分离到的16株B型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因后进行基因序列测定,用DNAStar5.0,Mage3.1生物软件对测序结果进行分析处理,翻译出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 16株B型流感病毒NA区域核苷酸序列长度均为1140bp,编码380个氨基酸,所有毒株的NA蛋白催化活性位点和辅助位点均未发生氨基酸替换.结论16株毒株均对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物敏感,我们应该继续对流行株耐药情况进行检测.     

新余市甲型流感病毒M基因进化及金刚烷胺类耐药性分析

目的分析新余市2013年-2015年甲型流感病毒M基因进化及金刚烷胺类耐药情况,为临床治疗和疾病防控提供依据。方法随机选择30株甲型流感病毒,经核酸提取、one-step RT-PCR扩增M基因片段和双向序列测定,通过DNAStar5.0和Mage5.0序列分析软件获得有关数据。结果在M基因上,16株H3N2毒株、14株新型H1N1毒株核苷酸序列的同源性分别99.2%、98.8%,且与相应的疫苗推荐株高度同源,H3N2毒株与新型H1N1毒株与相应的疫苗推荐株相比较,大部分(13/16)H3N2毒株未发生变异,所有新H1N1毒株均发生1~2个氨基酸替换;30株新余市甲型流感毒株M2蛋白第31位氨基酸位点均由丝氨酸(S)突变为天冬酰胺(N)。结论新余市2013年至2015年甲型流感毒株相同亚型间M基因同源性较高,30株甲型流感毒株均具有金刚烷胺类药物抗性,对流感病毒耐药性问题应该给予重视。     

广东流感H3N2亚型神经氨酸酶基因变异和耐药分析

目的 揭示广东地区2007～2010年甲型H3N2毒株神经氨酸酶(NA)基因特征、变异及对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性.方法 采用时空抽样方法选取毒株,检测广东2007～2010年甲型H3N2毒株NA基因核苷酸序列,同时检索全球NA基因序列作为参照,采用Mega 5.05和BioEdit 7.0.1软件对NA基因核苷酸序列进行比对和分析;分析毒株变异进化速度;采用NA酶活性阻断试验检测病毒的奥司他韦和扎那米韦药物敏感性.结果 广东2007～2010年H3N2毒株NA基因同义进化(Ks)和错义进化(Ka)速度分别为1.69×10-3～1.84×10-3核苷酸/年和1.07×10-3～1.15×10-3核苷酸/年,Ks值约为Ka值的1.5倍,揭示NA基因受自然选择压力较大.疫苗株A/Perth/10/2009与2010年和2011年广东毒株NA基因同源性分别为97.7%～98.2%、97.6%～97.7%.广东毒株NA基因有6个抗原表位变异,尤其是367位和369位氨基酸的变异频率较高.毒株A/Guangdong/548/2008发生耐药相关位点D151V,出现对奥司他韦敏感性降低;其余分离毒株均对奥司他韦和扎那米韦敏感;各年份毒株药物敏感性差异没有统计学意义.结论 广东2007～2010年甲型H3N2毒株NA基因的6个抗原表位有变异,抗原变异的积累可能出现流感暴发;D151V变异可能降低H3N2病毒对奥司他韦敏感性,但广东大多数H3N2毒株对奥司他韦和扎那米韦仍敏感.     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。