日本血吸虫尾蚴（中国大陆株）表达序列标签的获取及同源性分析

目的：了解日本血吸虫尾蚴cDNA文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据。方法：日本血吸虫尾蚴cDNA文库中的噬菌体侵入大肠杆菌BM25．8后环化成质粒。筛选出转入质粒的菌株。提取质粒DNA,用质粒上的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签（EST0。通过BLASTx及BLASTn公共数据库经编辑分析的EST序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新EST序列,以编写好的程序和E-mail方式递交,以获得GenBank登录号,通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析。结果与结论：在测出的58个EST中有3个核苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有2个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有7个EST的蛋白质序列与其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有27个EST的蛋白质核苷酸序列同源性都很低。     

肝癌内高表达新基因的部分cDNA克隆

目的寻找人肝癌相关的基因。方法应用Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交技术，对表达序列标记（ＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅ－ｑｕｅｎｃｅｔａｇｓ，ＥＳＴ）基因克隆进行筛选，以得到的基因片段为探针，筛选人胎肝ｃＤＮＡ文库。结果得到一个在肝癌内高表达的ＥＳＴ基因片段。进一步筛选人胎肝ｃＤＮＡ文库，得到一命名为ＦＬ６的ｃＤ－ＮＡ克隆，核苷酸序列测定表明，ＦＬ６长度为１４６４个碱基，检索最新版本ＧｅｎｅＤａｔａｂａｓｅｓ（ＥＭＢＬ９６．６），未发现同源基因。实验结果还显示该基因在胎儿各组织内有不同的表达特性。结论该基因可能与细胞的增殖、癌变过程相关。     

中山医科大学博士后吴忠道发现新的日本血吸虫基因

中山医科大学基础医学博士后吴忠道在站研究发现新的日本血吸虫基因，已被ＧｅｎＢａｎＫ接受进入新序列号。吴博士在站２年间由余新炳教授指导下开展研究工作。通过对已构建的日本血吸虫（中国大陆株）成虫ｃＤＮＡ文库（ＳｊｃＤＮＡ）的免疫学筛选分离和鉴定血吸虫重组抗原ｃＤＮＡ克隆，应用对再感染具有抵抗力的个体混合血清，从ＳｊｃＤＮＡ文库中筛选到５个日本血吸虫抗原基因（ｃＤＮＡ）克隆，１个为ＳｊＧＳＴ基因克隆，另４个为日本血吸虫未知基因重组克隆，其ＥＳＴ序列均已被ＧｅｎＢａｎＫ接受并获得进入新序列号，经初步的免…     

人染色体8p11.2亚带ANK1位点附近区域表达序列的分离与克隆

目的分离人染色体８ｐ１１．２亚带ＡＮＫ１位点附近区域基因的表达序列。方法采用ｃＤＮＡ选择法从定位于该区域的人工酵母染色体（ＹＡＣ）中分离基因的表达序列，并从分离的表达序列中选取１个序列用于筛选人胎脑ｃＤＮＡ文库。结果获得７个表达序列，其中５个可与目的ＹＡＣ反杂交。所得的表达序列ＢＨＬＣ１５２与鼠的ＣＡｒＧ盒结合因子基因高度同源，ＢＨＬＣ７４与编码心室肌肌球蛋白的碱性轻链１（ＭＬＣ１）基因高度同源，表明ＢＨＬＣ７４可能编码一种ＭＬＣ１的同工蛋白。分离的其它表达序列与数据库内一些位置和功能尚不清楚的表达序列标签（ｅｘｐｒｅｓｅｄｓｅ－ｑｕｅｎｃｅｔａｇ，ＥＳＴ）仅有部分同源性。用表达序列ＢＨＬＣ１１９筛选人胎脑ｃＤＮＡ文库，获得１个插入片段长１９５１ｂｐ的克隆，序列分析表明它编码１７４个氨基酸，该序列与所有已知的蛋白质序列无同源性。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ印迹分析结果显示，在人胎脑总ＲＮＡ中呈现１条约３．５ｋｂ带；组织表达分析表明，此系一广泛表达的基因。结论ＢＨＬＣ７４可能作为与８ｐ相关的心脏病候选基因，其它序列至少可以作为定位在ＡＮＫ１位点附近区域的肿瘤抑制基因的初筛基因。     

免疫筛选日本血吸虫成虫cDNA文库基因的亚克隆与鉴定

目的 亚克隆免疫筛选日本血吸虫ｃＤＮＡ文库得到的基因。方法 在体外将血吸虫ｃＤＮＡ文库基因的ＰＣＲ产物和ｐＧＥＭ－Ｔ载体连接,转染大肠杆菌ＸＬ１－Ｂｌｕｅ,经抗生素及呈色底物Ｘ－ｇａｌ粗筛,再用限制性内切酶及ＰＣＲ方法进一步鉴定。结果 成功地将文库中４个大小不同的日本血吸虫基因片段连接到载体中,获得４个重组子。结论 为可能编码保护性抗原的血吸虫基因测序和将其亚克隆入真核表达质粒奠定基础。     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosomajaponicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法将插入于pTriplEx2 质粒上的cDNA进行测序,测序结果经BLASTn程序搜索,发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit, eIF2α) 基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2 质粒上的5'端测序引物相匹配的PCR下游引物,从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上,并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI 站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索;用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因,核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87%和79%,编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因,编码eIF2α亚基,全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的 对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosoma japonicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法 将插入于pTriplEx2质粒上的cDNA进行测序，测序结果经BLAS Tn程序搜索，发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit，elF2α)基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2质粒上的5′端测序引物相匹配的PCR下游引物，从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上，并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索；用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果 发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因，核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87％和79％，编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论 用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因，编码eIF2α亚基，全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

抗日本血吸虫病天然分子疫苗免疫猪血清筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库结果分析

目的通过天然分子疫苗免疫猪血清作为探针筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库,应用表达序列标签获得日本血吸虫新基因.方法制备天然分子免疫猪血清,将筛选的尾蚴cDNA文库中大肠杆菌XL1-Blue侵入大肠杆菌BM25.8后环化成质粒,筛选出已转入质粒的菌株.提取质粒DNA,进行测序,得到一个表达序列标签(EST).通过NCBI网站的BLASTx及BLASTn公共数据库,编辑分析EST序列并进行同源性比较.结果从26个克隆样品中筛选出8个阳性克隆,其中有一个新基因(GenBank登录号DQ097517),该基因全长861 bp,有完整的阅读框架,与蜜蜂(Apis mellifera)SMC3蛋白编码的mRNA基因序列同源性最高.结论疫苗免疫猪血清可作为筛选日本血吸虫新基因的有效探针,新发现1个日本血吸虫相关基因.     

人树突状细胞cDNA质粒文库的构建及其大规模随机测序体系的建立

建立人树突状细胞（ＤＣ）的ｃＤＮＡ文库,通过大规模随机测序克隆免疫新分子。方法：来源于正常人外周血的单核细胞,体外经ＧＭ－ＣＳＦ和ＩＬ－４培养,扩增出高纯度的ＤＣ,抽取纯化ｍ ＲＮＡ,转录成ｃＤＮＡ,定向插入ｐＳＰＯＲＴ２．０载体,建立人ＤＣ的ｃＤＮＡ 质粒文库;用ＡＢＩ３７７全自动测序仪对该文库进行同源性比较,筛选出代表未知基因ＥＳＴ,然后在ＧＣＧ 软件中进行分析,对重要的未知ＥＳＴ克隆其全长ｃＤＮＡ。结果：所扩增的ＤＣ经流式细胞仪分析高表达ＭＨＣ－Ⅰ,ＭＨＣ－Ⅱ,Ｂ７,ＣＤ１ａ 和ＣＤ８３等表面标志,能强烈刺激同种异体Ｔ淋巴细胞的体外增殖反应;建立的ＤＣｃＤＮＡ 文库９２％ 以上克隆有平均１．６ ｋｂ 大小的插入片段;从所测的１２ ０００余条ＥＳＴ中筛选出代表未知基因的３ ０００余条,克隆到１０９条全长新基因,包括属于细胞因子、细胞因子受体、趋化因子和粘附分子等家族的免疫新分子,部分全长基因已在Ｇｅｎｅｂａｎｋ 中登录。结论：成功建立了人ＤＣ的ｃＤ－ＮＡ 基因文库及其大规模随机测序体系,并克隆到免疫分子。建立人树突状细胞（ＤＣ）的ｃＤＮＡ文库,通过大规模随机测序克隆免疫新分子。方法：来源于正常人外周血的单核细胞,体     

小鼠红细胞分化相关因子cDNA片段的克隆与分析

目的克隆与小鼠红细胞终末分化相关因子的基因,并对其表达特性进行分析。方法用致贫血Ｆｒｉｅｎｄ病毒（ＦＶＡ）诱导ＢＡＬＢ／ｃ小鼠脾脏产生大量ＦＶＡ原红细胞,后者经分离纯化并在促红细胞生成素作用下进行体外培养。采用减除杂交与ＰＣＲ相结合的方法,用未经培养的ＦＶＡ诱导的原红细胞（０ｈＦＶＡ原红细胞）的ｃＤＮＡ对培养３６ｈ的ＦＶＡ诱导的成红细胞（３６ｈＦＶＡ成红细胞）的ｃＤＮＡ进行多次减除杂交和ＰＣＲ扩增,构建上述３６ｈｃＤＮＡ的质粒减除文库并进行差异筛选。对阳性克隆进行核苷酸序列测定及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ印迹分析。结果获得１个４７２ｂｐ的ｃＤＮＡ片段,其中含有１个３０９ｂｐ的开放阅读框架,编码１０２个氨基酸。经ＧｅｎＢａｎｋ进行同源比较,未发现同源序列,已被ＧｅｎＢａｎｋ接受,（编号ＡＡ１１４３６９）。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ印迹分析表明,该ｃＤＮＡ在培养３６ｈ的ＦＶＡ中、晚幼红细胞中呈差异表达,其ｍＲＮＡ全长约为５００～６００ｂｐ左右。将其暂命名为小鼠红细胞分化相关因子（ＭＥＤＲＦ）基因。结论ＭＥＤＲＦ基因在红细胞分化的中、晚幼阶段特异表达,表明ＭＥＤＲＦ是一个新的与红细胞终末分化相关的因子。     

日本血吸虫核苷二磷酸激酶基因的获得和序列分析

目的 从日本血吸虫(Schistosorna japonicum,Sj)成虫cDNA文库中筛选日本血吸虫新基因，为日本血吸虫病的防治提供药物靶标或候选疫苗。方法 筛选日本血吸虫成虫cDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行DNA测序，再对新基因序列进行步移法测序获取全长cDNA，并利用生物信息学技术对其进行分析。结果 获得了1个编码日本血吸虫核苷二磷酸激酶新基因的cDNA序列(AY226980)，全长594bp，编码157个氨基酸，编码蛋白与人类或鸽、鸡、鼠及果蝇的核苷二磷酸激酶高度同源。结论 利用表达序列标签法、步移法测序和生物信息学技术三者相结合，成功获得了编码日本血吸虫核苷二磷酸激酶基因的cDNA序列。     

日本血吸虫(中国大陆株)成虫表达序列标签的获取及分析

随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库单个重组克隆进行部分测序以获得EST（ex-pressed　sequence　tag）,获得的EST通过 BLAST程序同EMBL寄生虫数据库和GeneBank数据库进行比较及同源性分析。结果在随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库150个单个重组克隆中,获得了56个有价值的EST序列,其中47个在GeneBank dbEST中登录。7.1％EST序列为日本血吸虫已知序列,3.6％为日本血吸虫同源序列,曼氏血吸虫或其他生物的同源序列占25％,未知序列占55.6％。通过同源性分析可知,大多数同源序列具有看家基因功能。另外,也发现了几个有价值的基因。     

Cloning and expression in Escherichia coli of a new gene of Schistosoma japonicum encoding casein kinase Ⅱ beta subunit

Background Nowadays it is now a focus topic in schistosomiasis research to find ideal vaccinecandidates and new drug targets for developing anti-schistosomiasis vaccine. We cloned a new gene, casein kinase Ⅱ beta subunit, of Schistosoma japonicum (S. japonicum) and express it in Escherichia coli (E. coli). Methods The ESTs obtained in our laboratory were analyzed by homologous searching, and a new gene was recognized. The full-length cDNA of the new gene was obtained by joining the 3‘ RACE PCR fragment and the EST clone. To express the new gene, the cDNA was cloned into pGEX-4T-1 vector and then transformed into E. coli JM109. The recombinant protein was analyzed by SDS-PAGE and Western-blot. Results A 908 bp cDNA was isolated from S. japonicum and identified to be casein kinase Ⅱ beta subunit gene by sequence analysis. The open reading frame of the gene encodes a protein of 217 amino acids exhibiting 75.8%, 75.8%, 73.9%, 68.2%, 51.6% identity to the amino acids sequence of the corresponding genes of Homo sapiens (H. sapiens), Xenopus laevi (X. laevi) , Drosophila melanogaster (D.melanogaster), Caenorhabditis elegan (C. elegan), and Schizosaccharomyces pombe (S. promber) respectively. The predicted molecular weight of the protein was 24. 921 kDa. The new cDNA sequence had been submitted to GenBank, and its accession number is AY241391. This cDNA was subcloned into the pGEX-4T-1 vector and expressed in E coil JM109. The recombinant protein could be recognized by the S. japonicum infected rabbit serum. Conclusion The full-length cDNA sequences encoding S. japonicum casein kinase Ⅱ beta subunitwere firstly sequenced, cloned, and expressed in E coil.     

双阳型梅花鹿脾脏细胞cDNA文库的构建和四个EST的发现

目的：开发和利用中国梅花鹿的基因资源,以期拥有一批梅花鹿基因的专利,并在专利保护下生产具有自己知识产权的基因工程药物。方法：用Trizol试剂提取梅花鹿脾脏细胞中的总RNA,分离得到mRNA后,用逆转录方法合成与mRNA互补的cDNA单链,再以此cDNA单链为模板,得到与该cDNA互补的另一条DNA链,将得到的DNA双链分子通过合适的Adapter连入pSPORT1质粒,将此重组质粒通过电转化方法导入E.coli DH5α菌,得到脾脏细胞的cDNA文库。筛选出阳性重组子,测序并分析得到的ESTS序列。结果：成功地构建了双阳型梅花鹿脾脏细胞cDNA文库;并对部分库容cDNA进行了克隆和测序,在这一过程中发现4个与已知基因同源的表达序列标签(ESTS),其中2个EST分别是梅花鹿视网膜母细胞瘤的同源基因和梅花鹿维生素K依赖性蛋白前体cDNA的部分序列。结论：通过构建cDNA文库的方法成功地得到了一批有价值的梅花鹿的基因片段。     

Generation and analysis of 113 adult stage Schistosoma japonic um (Chinese strain) expressed sequence tags

目的：运用表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）技术快速、节约、有效地获得有关日本血吸虫（中国大陆株）成早表达基因的知识。方法：随机挑取日本血吸虫（中男大陆株）成虫cDNA库单个重组克隆进行部分测序以获得EST,获得的EST通过BLAST程序同EMBL寄生虫数据库和GeneBank数据库进行比较及同源性分析。结果：本研究共随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA库单个重组克隆314个,获得了132个有EST价值的序列,其中113个成功在GeneBank dbEST中登录。7.6％有EST价值的序列为日本血吸虫已知序列,4.5％为日本血吸虫同源序列。曼氏血吸虫或其他生物的同源序列占有EST价值的序列的23.5％,未知序列占57.6％。通过同源性分析,发现了几个令人感兴趣的基因,另外,大多数同源序列具有看家基因功能。结论：EST方法具有快速、有效地获得有关日本血吸虫（中国大陆株）成虫表达基因的知识的价值。     

日本血吸虫新基因的克隆及分析

目的：克隆并分析日本血吸虫（Schistosoma japonicum,Sj）新基因,提供有效的疫苗候选分子。方法：用Sj雄虫可溶性抗原免疫家兔血清为探针筛选Sj成虫cDNA文库,将所获阳性克隆的插入片断进行PCR扩增并测序,通过互联网NCBI GenBank和蛋白质分析软件进行分析。结果：共筛选得11个阳性克隆,经分析有2个新基因,分别是Sj-P8（GenBank注册号AF517843）和Sj肌球蛋白cDNA序列（GenBank注册号AY770506）,分别编码含75个氨基酸的跨膜蛋白和含212个氨基酸的蛋白片断。结论：Sj-P8和Sj肌球蛋白cDNA序列可能为日本血吸虫疫苗的研究提供有价值的材料。     

高凝状态大鼠肝脏差异表达基因反向消减cDNA文库的初筛

且的对本室构建的高凝状态(PTS)大鼠肝脏差异表达基因反向消减cDNA文库进行初步筛选。方法用巢式PCR扩增法制备“正向”和“反向”消减cDNA探针;采用差异筛选方法,用这两种探针对PTS大鼠肝脏差异表达基因反向消减cDNA文库进行筛选;将获得的阳性克隆cDNA进行序列分析;并与GenBank DNA数据库(non—redundant,and non—mouse and non—human EST entries)中的DNA序列进行同源性分析。结果差异筛选获得5个阳性克隆,序列测定及同源性分析表明,其中2个克隆很可能是GenBank DNA数据库中尚没有的新基因或DNA序列,另外3个克隆很可能代表GenBank DNA数据库中已有的基因或DNA序列。结论大鼠肝脏5个PTS相关基因序列、尤其是其中2个GenBank中尚没有的新基因或新DNA序列的发现,为深入探讨PTS发生的分子机制及肝脏在PTS发生中的作用打下了坚实的基础。     

人肝脏高凝状态相关基因的筛选

目的 筛选人肝脏高凝状态（PTS）相关基因的全长cDNA序列。方法 采用差异筛选法对本室建立的PTS大鼠肝脏差异表达基因消减cDNA文库进行筛选；以获得的差异cDNA克隆为模板，采用PCR方法扩增目的片段；以PCR产物作探针，用噬菌斑原位杂交法筛选人肝脏cDNA文库，经初筛、二筛和三筛后，将获得的阳性克隆转入E．coli BM 25．8，使λTripIEx环化成质粒pTripIEx，经酶切鉴定后进行DNA测序。结果 从人肝脏cDNA文库中筛选获得4条全长cDNA序列，经序列测定及生物信息学分析发现，其中3条的表达产物分别为纤维蛋白原、纤维蛋白原相关蛋白、10号染色体开放阅读框架104mRNA；另1条与氨基甲酰磷酸合成酶1同源。结论 以PTS大鼠肝脏差异表达基因cDNA为探针，从人肝脏cDNA文库中筛选获得4条PTS相关cDNA全长序列。     

紫外线致弱尾蚴免疫兔血清筛选血吸虫成虫cDNA文库

目的 :寻找照射致弱尾蚴中起免疫保护作用的抗原分子 ,为血吸虫病疫苗研究提供新的候选抗原。方法 :用紫外线照射致弱尾蚴免疫兔血清筛选日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)成虫cDNA文库 ,并对阳性克隆的插入基因片段进行PCR扩增及测序分析。结果 :经三轮筛选 ,获 10个阳性克隆 ,其插入的SjcDNA片段大小为 1 5～1.8kb。初步测序获 5个部分序列 ,其中 2个序列分别与Sj动力蛋白轻链 5 (DLC 5 )及Sj线粒体基因明显同源 ,其余 3个序列为未知的新基因片段。结论 :获得的阳性克隆插入基因片段可能为编码抗日本血吸虫感染的抗原基因     

日本血吸虫铁蛋白基因的筛选,克隆与表达

采用Ｓｊ未成熟虫卵抗原超免疫兔血清对Ｓｊ成虫ｃＤＮＡ文库进行筛选，并对可能具有抗日本血吸虫生殖／卵胚发育潜能的抗原汾子进行克隆，表达。常规法免疫筛选Ｓｊ成虫文库，获得单个阳性克隆，ＰＣＲ扩增后琼脂糖电泳测定基因大小，ＤＮＡ测序，基因库搜索，找出同源基因。共鉴定出６个不同的基因克隆，选择其中的铁蛋白基因亚克隆于ｐＧＭＣ载体，重组蛋白以ＧＭＣＳＦ（粒细胞巨噬细胞集落刺激因子）－ＳｊＦｅｒ融合蛋白的形成