归肾经补阳药的网络药理学机制研究

目的运用网络药理学的方法对归肾经补阳药的分子作用机制进行预测。方法选择归肾经补阳中药肉苁蓉、菟丝子、冬虫夏草、韭菜子、沙苑子、仙茅、续断以及胡芦巴作为研究对象,通过TCMSP数据库检索中药化学成分,利用口服生物利用度(OB)、类药性(DL)值筛选活性成分及Pub Chem数据库的化学相似性靶点预测方法对中药活性成分进行靶点预测;通过STRING数据库寻找归肾经补阳药靶蛋白之间的相互作用关系以及KEGG通路分析;通过加权Page Rank算法评价蛋白互作(PPI)网络中的节点,并对信号通路进行打分。基于通路富集分析及PPI分析筛选核心靶蛋白。利用Cytoscape 3.6.0软件,分别构建化合物-关键靶点网络、药材-关键靶点PPI网络和关键靶点-通路网络,并对其作用机制进行了初步探讨。结果筛选出归肾经补阳药核心靶蛋白21个,信号通路40条。归肾经补阳中药可能通过T细胞调节、性激素调节、免疫反应、延缓衰老等途径发挥温补肾阳的作用,其作用机制可能与甲状腺激素、神经营养因子、TNF及雌激素等信号通路有关。结论基于网络药理学的研究方法有助于寻找归肾经补阳药的关键靶点和信号通路,为深入诠释补肾阳药的分类含义提供有益的信息和数据支撑。     

基于随机森林算法的川芎成分-靶点-疾病网络的预测研究

该研究搜集KEGG数据库中小分子药物及其酶、离子通道、G蛋白、核蛋白等4类药靶数据作为训练集,建立基于随机森林法的药物-靶点相互作用模型;采用十折交叉验证评价模型精度,获得4类药靶模型的预测正确率分别为71.34%,67.08%,73.17%,67.83%。利用该模型对川芎26个化学成分进行靶点预测,并构建其成分-靶点-疾病网络,所得结果得到了较好的文献验证。该文所建模型具有较高的预测精度,可用于发现其他中药成分的潜在作用靶点。     

应用系统生物学方法从次生代谢物作用蛋白受体角度探索吴茱萸的归经研究

目的以吴茱萸的归经研究为例,构建基于系统生物学从次生代谢物作用蛋白受体角度研究中药归经的新方法。方法建立吴茱萸的次生代谢物成分-作用受体的复杂网络,以至少与5个化合物高度选择为条件选取蛋白受体,并将受体组织器官分布、功能与吴茱萸归经脏腑循经器官与功效互相比较应证。结果共获得吴茱萸的次生代谢物高度选择作用的34个受体,其分布和功能与吴茱萸传统归经的循经解剖器官组织归位及功效高度一致。结论应用本方法从成分作用受体角度说明中药归经的现代科学物质基础及机制,将助推归经相关研究,具有重要的参考价值。     

基于指纹相似度的药物-靶点相互作用预测

药物通过结合人体靶点发挥药效,识别药物-靶点相互作用对于药物新功能发现至关重要。该文提出基于分子子结构的靶点指纹特征和基于指纹相似度的药物-靶点特征计算方法,构建随机森林分类模型识别和预测药物-靶点相互作用,通过酶、离子通道、G蛋白偶联受体和核受体数据集测试并与现有方法对比分析,并将所提模型应用于中药成分-靶点相互作用预测,实验结果表明所提方法的有效性。     

基于生物信息学方法的坤泰胶囊分子网络及生物功能初步探析

目的基于和颜?坤泰胶囊(以下简称坤泰胶囊)各组分对应靶点信息集,运用生物信息学方法探析其发挥疗效的潜在分子网络及生物功能。方法将坤泰胶囊6味组方药材逐一在中药系统药理学研究数据库(TCMSP)、TCM-mesh中检索获得每一种药材所对应的化学成分,并与经液相色谱-电喷雾质谱联用技术(LC-ESI-MS/MS)检测得到的坤泰胶囊活性成分进行比对,剔除重复成分,获得坤泰胶囊含有的活性成分,再将这些成分逐一在数据库中检索获得其对应的靶点信息,形成化合物-靶点信息集。利用DAVID、KEGG、COSMIC等数据库,对化合物-靶点信息集进行功能富集分析、靶标的组织特异性表达分析,以及蛋白-蛋白相互关系网络分析。结果结合数据库与LC-ESI-MS/MS检测,共获得29个成分,获得对应的靶基因186个。这些靶基因显著富集在神经中枢、乳腺、卵巢等组织中。经DAVID的基因本体(gene ontology,GO)分析结果显示,这些靶标显著集中于细胞质、线粒体、细胞外基质等细胞器,主要发挥脂肪酶、激酶以及氧化还原酶等活性,参与代谢、能量通路、凋亡等生物过程。KEGG通路富集分析表明这些靶标显著参与PI3K-Akt、m TOR、胰岛素等信号通路。结论通过坤泰胶囊活性成分-靶标信息集的建立,利用各生物信息数据库与分析手段,从分子水平为坤泰胶囊的临床疗效提供佐证,也为进一步拓展其临床应用提供依据。     

淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病分子机制的网络药理学及分子对接研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM生物信息学分析工具收集3味中药主要成分及潜在的作用靶点,并将其与阿尔茨海默病(AD)相关基因进行映射,得出3味中药治疗AD的作用靶标,构建蛋白-蛋白相互作用网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG通路富集并构建"重要活性成分-靶标-作用通路"图。将蛋白-蛋白相互作用网络图中排名前5位的靶标及目前已知与AD发病密切相关的四个基因(淀粉样前体蛋白、Tau蛋白、乙酰胆碱酯酶、糖原合成酶激酶-3β)与3味中药主要有效成分进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到77个有效成分,428个靶基因及56个信号通路。分子对接表明3味中药有效成分和靶基因的结合效果与西药去铁胺、盐酸多奈哌齐和靶基因的结合效果相似。系统对接显示中药有效成分与靶基因结合性较好。结论:淫羊藿、黄芪、葛根均有直接治疗AD的作用,且效果与西药类似;治疗的分子机制与钙信号通路、Toll样受体信号通路、mTOR信号通路等相关。     

基于BP神经网络的咳嗽疾病归经研究

目的采用BP神经网络构建咳嗽疾病归经预测模型,通过对不同患者咳嗽的症状预测出咳嗽的病位,为疾病归经探索新方法。方法收集整理来源于四川省中医药大数据平台的咳嗽患者数据,运用BP神经网络算法,通过对174例有效样本数据进行神经网络模型的训练和测试。结果当训练样本和测试样本比例为9∶1时,文章建立的疾病归经神经网络模型预测准确率最高,为95.01%。结论 BP神经网络技术可为疾病归经研究提供新思路,为疾病归经的科学化和客观化提供新方法。     

基于网络药理学左金丸治疗胃溃疡的机制

目的基于网络药理学研究左金丸治疗胃溃疡的机制。方法通过中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)收集左金丸中2味药材(吴茱萸、黄连)活性成分,利用Swiss Target Prediction数据库查找活性成分的靶点,与pharm GKB、CTD、Genecards数据库比对得到治疗胃溃疡的靶点,进行GO功能、KEGG通路富集分析, cytoscape构建中药-成分-靶点-通路网络图,Systems Dock Web Site进行分子对接。结果从吴茱萸、黄连中筛选出41种活性成分,检索出228个靶蛋白,与胃溃疡有关的靶点有30个。两者治疗胃溃疡可能涉及神经递质代谢、氧运输和代谢相关靶点,以及5-羟色胺突触、花生四烯酸代谢、癌症等相关途径。结论本研究反映了左金丸中吴茱萸、黄连多成分、多靶点、多途径的作用特点,为后续相关作用机制考察提供了方向。     

不同归经补益中药对骨转移癌CXCR4表达的影响

目的观察不同归经补益中药对骨转移癌骨趋化因子受体4(CXCR4)的抑制及机制。方法采用转移性大鼠乳腺癌细胞,按Medhurst方法复制骨转移癌模型。40只大鼠按照体重分层,采用随机数字表法分为假手术组、模型组、肾经组、肺经组和肝经组,每组8只。造模后肾经组(补骨脂、肉苁蓉及益智仁)、肝经组(熊胆粉)、肺经组(党参、黄芪及百合)给药量为10 mL/(kg·d),相当于生药45 g/(kg·d)灌胃,假手术组及模型组给予去离子水灌胃,持续20天。观察不同归经补益中药的作用,通过影像学方法进行评分、测量肿瘤体积,HE染色观察形态,免疫组化法检测CXCR4表达并进行半定量分析。结果骨转移癌模型出现骨质破坏和肿瘤生长等表现。与假手术组比较,模型组肿瘤体积增大(P0.01),模型组骨质破坏严重,评分升高(P0.01),CXCR4表达升高(P0.01)。与模型组比较,肾经组肿瘤体积缩小(P0.05),骨质破坏明显减轻,评分降低(P0.05),CXCR4表达明显下降(P0.01);肺经组和肝经组上述指标与模型组比较,差异均无统计学意义(P0.05)。结论归肾经中药对骨转移癌灶的生长具有一定的抑制作用,其机制可能通过阻断SDF-1/CXCR4生物学轴及下游信号通路,达到抗肿瘤定向侵袭和增殖的目的。归肺经、归肝经药物不存在类似作用,不同归经中药对机体的作用存在靶向特异性。     

基于网络药理学研究归肾丸对薄型子宫内膜大鼠的治疗作用机制

目的 该研究通过网络药理学的方法探讨归肾丸治疗薄型子宫内膜的关键核心靶点及相关信号通路等作用机制,进一步运用动物实验加以验证所得靶点,验证归肾丸对薄型子宫内膜的影响。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库检索归肾丸中8味中药组成的有效化学成分、活性成分靶点和靶点简称;运用GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索薄型子宫内膜相关的靶点基因;运用韦恩软件对归肾丸的药物靶点和薄型子宫内膜的疾病靶点进行取交集操作,将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2软件进行可视化分析获得“药物-疾病”的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;再将交集靶点输入Enrichr数据库和David数据库分别进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。以得到的可能核心关键靶点作为理论基础,建立大鼠薄型子宫内膜模型,归肾丸及雌激素干预21 d后,通过苏木素-伊红（HE）染色法观察大鼠的内膜厚度;通过蛋白免疫印迹法（Western blot）和实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测表皮生长因子受体（EGFR）,基质金属蛋白酶9（MMP9）,白细胞介素1β（IL-1β）,丝裂原激活蛋白激酶14（MAPK14）这4个核心关键靶点的蛋白和mRNA的表达水平。结果 通过韦恩软件共获得130个交集靶点;将130个交集靶点导入STRING数据库和Cytoscape软件中,得到包括33个节点,107条边的蛋PPI网络;DAVID 6.8数据库进行GO分析中的功能注释分析,共涉及167个生物过程（BP）,22个细胞组分（CC）,39个分子功能（MF）;DAVID 6.8数据库进行KEGG富集分析,与薄型子宫内膜相关的通路共34条;Western blot和Real-time PCR分别对6组大鼠子宫内膜组织中的EGFR,MMP9,IL-1β,MAPK14蛋白和mRNA的表达结果进行分析,归肾丸能够增强EGFR,MMP9,IL-1β,MAPK14蛋白和mRNA在薄型子宫内膜上的表达。结论 通过网络药理学的理论分析及动物实验的研究结果发现,归肾丸能够有效改善薄型子宫内膜的相关指标,并通过增加EGFR,MMP9,IL-1β,MAPK14蛋白和mRNA表达水平,促进内膜组织增殖,改善内膜偏薄的症状。     

不同归经中药在生物系统发育树的分布规律及关联关系分析

中药药性理论是中医药理论的核心组成部分,归经理论是中药药性理论的重要组成部分,按经选药,可以提高中药用药的准确性和针对性,对指导中医临床组方用药具有重要意义。为研究中药归经在系统发育树的分布,及与科属之间的关联关系,为诠释和评价中药归经提供依据,本文以2 435味中药涉及的3 044种中药物种为研究对象,采用关联规则挖掘和系统发育树构建方法,分析了不同归经中药在生物系统发育树上的分布规律及其关联关系。结果发现,在研究的中药物种的频数分析中,属于植物界的物种中,归入肝经的物种最多为1 151种;属于种子植物门的,归入肝经的物种最多为1 109种;属于单子叶植物纲的,归入肺经的物种最多为110种。在关联规则挖掘的过程中,很多与同一归经关联程度高的规则分布在系统发育树的同一分支中,或者在发育树上的距离非常近,如与肾经关联程度较高的红豆杉属植物;与肝经相关程度较高的为忍冬科、茜草属;与大肠经相关程度较高的为石榴属。结果提示药性和生物的门纲科属等亲缘关系信息具有一定的关联关系,部分亲缘相同或相近生物物种的中药可能会具有某些相同的归经。这为中药新资源的药性预测和评价、中药临床配伍和精准治疗提供了新的评价指标和参考依据。     

基于关联规则和复杂系统熵聚类的膝骨关节炎用药规律研究

目的:基于中医传承辅助平台(TCMISS)软件,分析膝骨关节炎中药处方的用药规律。方法:收集近5年治疗膝骨关节炎文献中的中药处方,采用关联规则apriori算法、复杂系统熵聚类等无监督数据挖掘方法,分析处方中各种药物的使用频次、归经及药物间的关联规则,挖掘药物核心组合和新处方。结果:对筛选出的263个中药处方进行分析,确定处方中药物的使用频次、归经及药物间的关联规则,挖掘出16个核心组合和4首新处方。结论:膝骨关节炎常用的药物为活血化瘀药、补血药、补气药、补阳药、祛风湿散寒药等,具有补肾、活血功效的药物是主要组成部分。药物归经主要为肝、肾两经。治法主要是补益肝肾、活血化瘀。中医传承辅助平台(TCMISS)有助于处方的用药规律研究。     

基于数据挖掘对小柴胡汤类方性味归经功效属性关系的发现研究

目的:通过对主要加味药的频数分析,探索小柴胡汤类方的性味归经及其功效属性关系。方法:以《中医大辞典·方剂分册》为方剂来源,收集有关小柴胡汤类方的方剂,以频数分析为切入点,引入黄金分割法,统计分析优选出的主要加味药及其药物功效、药性、药味、归经。结果:在收集到的509首方剂中,共涉及171味加味药,其中25味为主要加味药,频数之和为1 506,占所有加味药的62.53%,以白芍为首,以清热药为最,性味归经以寒、苦、归脾经为主。结论:运用频数分析的数据挖掘方法,能较好地发现小柴胡汤类方加味药的用药特点和配伍规律,为临床遣方用药提供理论指导。     

基于决策规则模型及均匀设计拆方的右归丸配伍规律研究

目的:利用基于粗糙集理论的决策规则模型评价右归丸的疗效,探究其中补阴药、补阳药和边缘药的相互作用及地位,进而改进右归丸的配伍.方法:把大鼠分为正常组、肾阳虚模型组、右归丸原方组以及右归丸均匀设计的药方组5组,共8组.分别检测其四碘甲腺原氨酸(T4),皮质醇(CORT)和睾酮(T).建立基于粗糙集的决策规则模型,通过决策规则分析补阴药、补阳药和边缘药3者之间的相互作用.结果:右归丸中补阴药和补阳药之间具有协同作用;同时右归丸的边缘药对补阴药有促进作用;当右归丸的补阳药药量较小时,边缘药对其有促进作用,当补阳药药量较大时边缘药与补阳药之间有拮抗作用.结论:右归丸的配伍应注重阴阳并补、阴阳互济,补阴补阳同样重要;同时要根据右归丸中补阳药的药量来确定合适的边缘药药量,以提高整个复方的药效.     

基于中医临床文献分析糖尿病周围神经病变的用药规律

目的:研究中医治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的临床用药规律。方法:收集2008—2019年中国知网(CNKI),万方数据库,中国生物医学文献服务系统(SinoMed)和维普数据库中发表的主题为"糖尿病周围神经病变"与"中医"的文献以及PubMeb数据库中检索词为(diabetic peripheral neuropathy)AND TCM的文献,筛选后建立数据库,采用频次统计、关联规则和构建复杂网络的数据统计方法,分析中医临床用药的功效、频次、性味归经、常用药对及核心处方等规律。结果:纳入治疗DPN的文献461篇,涉及中药275种,总使用频次6 361次。频数统计结果显示出现频次最高的中药为黄芪;各类药物功效中以活血祛瘀药使用最多,其次为补气药;药物性味以甘味、温性为主;药物归经以入肝经药物居多。关联规则分析得到支持度最高的药对为当归-黄芪,复杂网络分析得到的核心中药为黄芪、当归、川芎、鸡血藤、桂枝、红花、地龙、赤芍、丹参、桃仁。结论:该研究较为全面地分析了中医临床治疗DPN的用药规律,发现补气血兼活血祛瘀、通络止痛是该病的主要治疗手段,这一发现可为DPN的中医临床用药和中药新药开发提供参考。     

基于数据挖掘和网络药理学的2型糖尿病用药规律及机制分析

目的:挖掘中医药治疗2型糖尿病(T2DM)的组方用药规律,并探讨高频药物作用机制。方法:以中国知网、万方医学网收录的期刊文献为资料来源,使用Excel 2013,SPSS Modeler 14.1,SPSS Statistics 19.0软件,对纳入标准的中药进行关联规则分析、因子分析和系统聚类分析,使用BATMAN-TCM系统对高频药物进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,构建靶点-通路-疾病关联图,揭示潜在作用机制。结果:在纳入标准的92首方剂中,单药黄芪最为常见,药物四气以温、寒为主,五味中甘、苦味为主,归经中肝经居多,使用最多的药物类别为补虚药、活血化瘀药。关联规则分析中发现关联强度最高的药对组合为6种,因子分析中提取7个公因子,系统聚类分析中归为6大类。KEGG通路分析发现高频药物黄芪富集疾病与T2DM有关的有6种,生物学通路共有24条。结论:T2DM的治疗多以甘温药黄芪(补虚药)为主,临床使用可与甘平药茯苓、苦寒药丹参、甘寒药生地黄等组合用药,以及可随证配伍活血化瘀、清热等药物。高频药物黄芪治疗T2DM的作用机制可能是通过干预磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt),淀粉和糖代谢等相关信号通路,作用于核苷酸外焦磷酸酶/磷酸二酯酶(PDEs),腺苷A1受体基因1(ADORA1),腺苷A2A受体基因(ADORA2),神经肽第二受体(NPY2R),内皮一氧化碳合成酶(NOS3)靶点有关。     

抗抑郁中药复方的组方特点及作用机制研究

目的解析中药复方中抗抑郁中药的宏观属性(四气、五味、归经等)分布规律及中药与现代药理作用机制的相关性。方法采用数据挖掘的方法对中国知网(CNKI)中关于中药复方抗抑郁的文献进行分析。结果检索出1018篇文献,整理出163首复方,涉及262味中药,8种现代药理作用机制;通过频数统计、关联分析以及聚类分析,发现起到抗抑郁作用的中药多为苦、辛,温、寒,归肝、脾、心经的中药,且不同时代的用药规律出现明显的差异性,具体表现为明代以前以"肺脾二经"为主,明代后期至现代以"肝脾二经"为主的用药规律。结论具备抗抑郁作用的中药属性及作用机制具备一定的分布规律,抑郁症可从肝脾论治,且与脑肠轴相关机制关系密切。这为新的抗抑郁药物及其成分的活性筛选以及抗抑郁药物的实验研究提供数据以及方法学参考。     

中医药治疗多囊卵巢综合征方剂用药规律分析

目的:基于中医传承辅助系统软件,分析和总结中医药治疗多囊卵巢综合征的用药规律,并根据用药规律对新方剂做出预测。方法:收集中国全文期刊数据库(CNKI)中治疗多囊卵巢综合征的文献并建立方剂数据库,运用中医传承辅助系统软件挖掘其中的用药规律。结果:筛选治疗多囊卵巢综合征的方剂166篇,分析得到治疗多囊卵巢综合征的38味常用药物、11种常用药对用药模式,22个新方核心组合及11个新处方。结论:分析显示治疗多囊卵巢综合征的药物主要以补肾活血化痰类药物为常见。通过聚类分析得到的新方,与临床上治疗多囊卵巢综合征常用方剂桂枝茯苓丸、归芍地黄汤合越鞠丸、加味导痰汤等有相似的治疗作用,但同时又参以补脾疏肝之药物,以补脾虚调达肝气。其配伍组合符合补肾活血、化痰祛瘀等临床主要治疗思路,有利于指导临床实践,为临床新药的开发和利用奠定的一定的基础。     

基于数据挖掘初探国医大师廖品正辨治视神经萎缩用药规律

目的运用中医传承辅助平台(V2.5)挖掘分析国医大师廖品正治疗视神经萎缩的用药规律,总结探讨其潜在新方。方法收集整理廖品正老先生治疗视神经萎缩的中药处方90首,运用频次统计、关联规则、基于熵聚类方法规律分析等方法进行药物规律及特点的挖掘。结果 90首处方中共包含113味中药,使用频次较高的中药为枸杞子、灵芝等,补虚药使用最多,多用甘、平之品,归肝经药物最多;通过关联规则分析,得到17个常用药物组合;基于熵聚类方法规律分析得到10个潜在新方。结论国医大师廖品正认为视神经萎缩与肝、脾、肾关系密切,瘀阻脉道是其主要病机,治疗时多选用补益肝肾、活血通络的药物。