一起诺如病毒感染性腹泻暴发的病原学调查分析

目的检测某高校一起感染性腹泻暴发疫情的标本,以明确其致病原,为制定防控措施提供依据。方法采集患者的粪便、呕吐物、唾液、手涂抹样标本,健康人群的粪便标本,患者宿舍外环境标本进行检测。采用四号琼脂、Mac、SS、沙门科玛嘉培养基对标本进行划线分离培养与系统生化鉴定常见肠道致病菌细菌学种类。采用普通PCR、多重RT-PCR和实时荧光RT-PCR方法进行诺如GⅡ型病毒和C组轮状病毒检测,并对阳性标本进行测序鉴定。结果共检测291份标本,病毒总阳性率17.53%,其中诺如GⅡ型病毒检测阳性45份,阳性率15.47%,C组轮状病毒阳性率2.06%。98份病例标本检出阳性率高,总阳性率37.76%,其中诺如GⅡ型病毒阳性率31.63%。54份健康人群标本诺如GⅡ型病毒阳性检出率7.41%,环境标本诺如GⅡ型病毒检测阳性率7.19%。结论本起疫情为主要由诺如GⅡ型病毒引起的诺如病毒感染性腹泻暴发,致病病原中同时混杂有C组轮状病毒。     

宁波市食源性腹泻患者中3种相关病毒的检测与分型

目的了解腹泻患者中食源性相关病毒感染情况与流行特征,为防控病毒性胃肠炎提供依据。方法采集2 129份食源性腹泻患者粪便标本,用实时荧光定量PCR法检测轮状病毒、诺如病毒和甲型肝炎病毒核酸;用NSP4和VP1基因对轮状病毒和诺如病毒流行株分别测序。结果检出轮状病毒核酸52份,阳性率为2.44%,以A组感染为主;检出诺如病毒核酸113份,阳性率为5.31%,以Ⅱ型为主。VP1基因将诺如病毒分为GⅠ.2、GⅡ.6和GⅡ.17 3个型;A组轮状病毒均带NSP4毒力基因。全年均可检出病毒,秋冬季是发病高峰;全人群均可检出,5岁~及其以下年龄组的阳性率高于18岁~年龄组,差异有统计学意义(P0.05)。结论检测发现A组轮状病毒和GⅡ.17型诺如病毒是本市病毒性胃肠炎主要流行病原。病原感染途径多样、带毒者多、人群普遍易感、全年均可检出,本市人群随时有暴发疫情的可能。应加强关注,强化检测,以减少疾病的流行。     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果 120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37. 5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ. 2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ. 2型。     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

2012-2014年湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒感染及基因型别分析

目的 了解湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒的感染状况及基因型别。 方法 2012年1月-2014年12月采集湖南省哨点医院腹泻患儿的粪便标本,应用诺如病毒特异性引物进行扩增,选择扩增阳性产物进行基因测序和进化分析。 结果 936份粪便标本RT-PCR检测诺如病毒核酸,阳性100份,阳性率10.68%。对40份诺如病毒核酸阳性标本进行基因序列测定与分析,38份为GⅡ型,其中31份为GⅡ.4型。在31株GⅡ.4型中,Sydney 2012和GII.4 Den Haag 2006b各栓出14株。 结论 2012-2014年湖南省哨点医院儿童腹泻病例中诺如病毒的感染率较高,GⅡ.4是优势株,其中GⅡ.4 sydney 2012和Den Haag 2006b是主要型别。     

丽水市一起学校暴发诺如病毒疫情的实验室基因检测分析

目的测定丽水市一起学校病毒性胃肠炎暴发疫情诺如病毒的RNA聚合酶区(RdRp)和衣壳蛋白区(VP1)基因序列,从分子水平对病原进行分型鉴定。方法收集疫情现场现症患者肛拭子、呕吐物、各类饮用水、可疑食物留样标本总计98份,采用荧光定量PCR方法检测诺如病毒,将阳性标本通过测序引物RT-PCR扩增RdRp和VP1基因序列并测定,通过生物信息学软件进行基因分型鉴定和序列分析。结果共检出诺如病毒阳性4份,阳性检出率为4.08%(4/98),均为GⅡ基因型;RdRp和VP1序列BLAST和种系发生分型结果均显示为诺如病毒GⅡ.4亚型。结论诺如病毒优势流行株GⅡ.4亚型是本次学校病毒性胃肠炎暴发疫情的重要病原体。     

一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究导致本次急性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2015年2月7日北京市某旅行团急性胃肠炎暴发疫情病例标本进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测,并对感染病例的诺如病毒进行RNA依赖性RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区基因序列的检测和分析。结果 18份便标本经Real-time PCR检出12份GⅡ型诺如病毒阳性标本,RdRp区和VP1区序列扩增各得到11条诺如病毒基因序列。根据RdRp区和VP1区系统进化分析证明感染病例的诺如病毒分型为GⅡ.17型。该病毒株与引起暴发疫情的诺如病毒GⅡ.17型新变异株珠海ZHITHC-12株高度同源,RdRp区和VP1区核苷酸差异分别为0%和0.1%,氨基酸差异均为0%。结论引发北京某旅行团旅客急性胃肠炎暴发疫情的病原体是引起中国2015年暴发流行的诺如病毒GⅡ.17型新变异株。     

一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原学诊断及基因型分析

目的 了解合肥市某工地一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原及其基因型。方法 采用实时荧光PCR方法对16份肛拭子标本和7份水样标本进行诺如病毒、札如病毒和星状病毒核酸筛查,对诺如病毒核酸阳性标本采用RT-PCR扩增Rd Rp-VP1区基因,并进行基因序列测定,在线比对确定病毒基因亚型,运用MEGA软件构建基因进化树,进行基因比对和进化分析。结果 14份肛拭子和2份水样标本诺如病毒核酸阳性,札如病毒和星状病毒核酸均阴性,获得9条诺如病毒Rd Rp-VP1区基因序列,均为GⅡ. P17-GⅡ. 17型。结论 这是一起因饮用水污染GⅡ. P17-GⅡ. 17型诺如病毒引发的急性胃肠炎暴发疫情。     

2012—2014年南通市感染性腹泻病毒学监测结果

目的了解病毒对南通市感染性腹泻的影响及其流行规律,为制定病毒性腹泻防治措施提供基础资料。方法采集哨点医院感染性腹泻患者的粪便标本,运用RT-PCR或PCR技术检测诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、札如病毒和腺病毒核酸,利用Excel 2007及SPSS 19.0对资料进行统计和流行病学分析。结果 987份感染性腹泻样品中病毒核酸阳性样品为96份,总阳性率为9.73%,诺如病毒2型的阳性率最高,为5.27%;其次为轮状病毒和星状病毒,分别为2.43%、1.14%;札如病毒、腺病毒和诺如病毒1型检测阳性率较低,分别为0.61%、0.41%和0.30%;混合感染的感染率为0.41%。病毒核酸阳性以诺如病毒2型和轮状病毒为主,分别占阳性总数的52.00%、24.00%。轮状病毒与诺如病毒感染出现的高峰皆为冬春季。结论病毒是南通市感染性腹泻的重要因素之一,诺如病毒和轮状病毒是该地区病毒性腹泻的主要病原,流行季节以冬春季为主。     

浙江省2006-2007年暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 分析浙江省2006-2007年暴发性病毒性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行病学特征.方法 收集监测期间暴发性病毒性胃肠炎疫情患者的粪便标本及相关流行病学资料.采用RT-PCR及荧光定量RT-PCR检测诺如病毒.随机选掸部分阳性标本扩增部分多聚酶区和衣壳蛋白片段,进行序列测定,结合诺如病毒I(GI)、Ⅱ(GⅡ)基因型参考株进行进化分析.结果 诺如病毒感染暴发性胃肠炎共5起,发生时间均集中于9-12月,送检标本63份,诺如病毒检测阳性45份.序列分析结果显示,浙江省诺如病毒序列与诺如病毒GⅡ/4型参考株同源性最高,其中与北京2006年、荷兰2006年诺如病毒GⅡ/4型变异株最为接近,核苷酸同源性分别为99.7%和98.5%～99.0%.诺如病毒与北京、荷兰流行的GⅡ/4型变异株处于同一分支.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,流行时间集中于秋季,其流行株为GⅡ/4型变异病毒株.     

2011—2015年北京西城区成人门诊腹泻患者诺如病毒与轮状病毒感染的流行病学特征

目的了解门诊腹泻病例中诺如病毒和轮状病毒感染现状,分析本辖区病毒感染性腹泻的流行特征。方法以2011—2015年在北京市西城区两所三甲医院成人肠道门诊就诊的腹泻病例作为监测对象,对其进行诺如病毒和轮状病毒检测及流行病学调查分析。结果调查检测腹泻病例共714例,200例检测阳性,总阳性率28.01%;其中轮状病毒检测阳性率为10.08%;诺如病毒检测阳性率为18.63%。诺如病毒检测阳性率显著高于轮状病毒阳性率(χ~2=7.211,P<0.05)。诺如病毒检测阳性病例中有腹泻10次以上、恶心、呕吐、水样便症状的病例百分比明显高于检测阴性病例;轮状病毒检测阳性病例中有腹痛症状的病例百分比明显低于检测阴性病例,腹泻10次以上的病例百分比明显高于检测阴性病例;诺如病毒及轮状病毒检测阳性病例中,便常规检查分别有白细胞和红细胞的病例百分比均显著低于检测阴性病例,差异有统计学意义。结论北京市西城区成人肠道门诊就诊的腹泻患者中诺如病毒和轮状病毒感染较为普遍,腹泻多次水样便、恶心、呕吐是诺如病毒感染的常见症状;次数较多的无腹痛腹泻是轮状病毒感染的常见表现。     

广州市某医院儿童秋冬季腹泻诺瓦克样病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解广州市某医院2003年秋冬季儿童腹泻中诺瓦克样病毒(NLVs)感染的流行病学特点及病毒的基因型。方法 收集2003年10月至2004年1月临床诊断为病毒性腹泻而就诊的患儿粪便标本，采用引物JV12Y／JV13I进行逆转录-聚合酶链反应检测NLVs，阳性标本的PCR产物经纯化、测序进行基因分析。结果 收集的358份标本中检测出NLVs42份，阳性率11．73％。3岁以下的婴幼儿阳性40例，占95．24％，其中6月龄～1岁组与1～2岁组阳性率最高，分别占38．10％、35．71％。年龄最小者只有25天龄。4个月中，11月阳性率最高为17．27％，其次是2004年1月、2003年10、12月，阳性率分别为15．79％、8．11％、11．36％。抽取11份阳性标本进行测序分析，结果5份为GⅡ-3群，5份为GⅡ-4群，1份为GⅡ型，但尚不确定所属群。随机抽取20份轮状病毒阳性标本检测NLVs，未发现合并感染。结论 广州市某医院儿童腹泻的散发与NLVs感染有关，并且存在着不同的基因型，流行优势株为GⅡ-3群与GⅡ-4群的病毒株。     

南宁市朝阳溪污水中诺如病毒GⅡ.4型变异株基因分析

目的了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)GⅡ.4变异株的基因特征。方法 2011年1~12月采集72份南宁市朝阳溪污水,经实时荧光逆转录-聚合酶反应(Realtime RT-PCR)方法进行NV核糖核酸(RNA)检测,阳性标本进行基因克隆测序和遗传进化分析。结果 72份污水中均能检测到NV RNA,基因Ⅰ组(GenogroupⅠ,GⅠ)NV RNA阳性率为70.83%,基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)阳性率则达100.00%,共为16个基因型,有18株为GⅡ.4型,其中2株为2006b变异株,其余16株均为2010变异株。检测到的2006b变异株和2010变异株在衣壳蛋白N/S区第94位氨基酸均发生变异,而在第6位、第15位仅2010变异株发生了变异,2006b变异株(除SW2011041-2株外)均无变异。这些变异株与同年南宁市腹泻病例中NV GⅡ.4型变异株核苷酸型内同源性分别为96.70%~98.93%和97.42%~99.64%。结论南宁市朝阳溪污水中NV存在很高的遗传多样性,其来源可能是周边居民中的感染者;GⅡ.4型NV中2010变异株为优势株,其在人群中可能存在隐性感染;污水监测是人间NV感染监测的重要补充。     

Epidemiology and genetic diversity of group A rotavirus in pediatric patients with acute gastroenteritis in Thailand, 2018–2019

Group A rotaviruses (RVAs) are the major viruses that cause acute gastroenteritis in young children worldwide. The objective of this study was to investigate the prevalence and genotype diversity of RVAs circulating in children with acute gastroenteritis in Thailand in 2018–2019. A total of 1170 stool specimens were obtained from children admitted to hospitals with diarrhea and screened for RVAs by nested RT-PCR. The RVA genotypes were determined by multiplex-PCR or nucleotide sequencing and phylogenetic analysis. Out of 1170 stool specimens, 209 (17.9%) were positive for RVAs. The RVA G9P[8] genotype (24.4%) was the most dominant genotype, followed by G3P[8] (22.9%), G8P[8] (22.0%), G1P[8] (16.7%), G2P[4] (6.7%), G1P[6] (2.3%), G1P[4] (1.0%), G3P[4] (1.0%), G9P[4] (1.0%), mixed-infections of G1P[4] + G1P[8] (1.0%), and GXP[8] (0.5%). Moreover, an uncommon RVA G3P[10] genotype (0.5%), bearing bat-like VP7 and VP4 genes, was detected. This study reveals the prevalence and genetic diversity of RVA genotypes in children with acute gastroenteritis in Thailand. The knowledge obtained from this study is helpful for understanding the epidemiology of rotavirus in Thailand. The emergence of uncommon RVA strain G3P[10] provides an evidence for interspecies transmission of human and animal rotaviruses.     

医院内诺如病毒感染的三种病原学检测方法应用比较

目的找到一种简便易行的检测感染性腹泻粪便标本中诺如病毒的方法。方法用两种酶免疫吸附试剂盒检测北京地区婴幼儿腹泻和综合医院内成人感染性腹泻粪便标本中的诺如病毒,并用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)作对照,评价这两种试剂盒。用两种试剂盒分别检测69份儿科病房标本和来自3家综合医院15份成人医院内感染性腹泻的粪便标本中诺如病毒;其中5份儿科病房和15份成人病房的粪便标本还同时进行了RT-PCR检测。结果84份粪便标本中,试剂盒甲的诺如病毒检出率为20.2%(17/84),试剂盒乙的诺如病毒检出率为36.9%(31/84);两种试剂盒的符合率为73.8%(62/84),但试剂盒乙的检出率显著高于试剂盒甲(P<0.01)。在应用了RT-PCR检测的20份标本中,阳性率为55.0%(11/20)。试剂盒甲与RT-PCR检测结果相比,检出率明显低于RT-PCR(P<0.05),试剂盒乙与RT-PCR检测结果相比,检出率差异无统计学意义(P>0.05)。3家综合医院的成人标本中,每家医院都有2份或2份以上送检标本诺如病毒检测阳性,结合临床诊断可判定为诺如病毒医院内感染暴发。结论酶免疫吸附方法检测诺如病毒感染简便易行、利于推广,试剂盒乙可以替代RT-PCR方法应用于临床。3家综合医院都存在诺如病毒医院内感染的暴发。     

Detection of novel GII.17 norovirus in Argentina, 2015

During the winter of 2014–2015 a novel GII.17 norovirus strain emerged as a cause of large gastroenteritis outbreaks in Asia; displacing the long-term predominant strain, GII.4. Although sporadically detected, the emerging GII.17 virus was described in North America and Europe. In this study, we describe the presence of this novel strain in Argentina (South America), and provide new information on the genetic diversity of GII.17 noroviruses.Ten stool samples from individuals (1–88 years old; median: 5 years old) experiencing gastroenteritis symptoms from San Martín de los Andes, Argentina were tested for Norovirus using RT-PCR. Subsequently, Norovirus positive samples were analyzed by sequencing. Norovirus was found in four out of 10 samples received. Partial sequencing of the ORF2 was available for 3/4 samples: two samples belonged to genotype GII.4 and one to genotype GII.17 (Arg13099). Sequence analyses of the VP1 encoding region revealed that the GII.17 Argentinean strain presented characteristics from both, the new (cluster C), and older (cluster A and B) GII.17 strains. Phylogenetic and sequence analyses of the RdRp region showed that this strain was closely related to strains from genotypes GII.P3, GII.P13 and GII.P17; however, did not cluster within any of them.This study represents the first report of this emergent strain in South America, and presents further evidence of the genetic plasticity of the GII.17.     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。