应用基因芯片技术比较两种不同表型的胆管癌组织中基因表达的差异

目的 研究与胆管癌侵袭，转移表型及预后相关的基因表达情况。方法 应用基因芯片（cDNA array)技术，从两个胆管癌标本分离得到的mRNA逆转录合成探针，分别与尼龙膜上的14802个基因进行杂交，杂交后的膜经扫描仪成像和软件进行光密度分析得出表达发生改变的基因。结果 所分析的14802个基因或序列中，表达差异的基因或序列共有754条，其中有455条是已知功能的基因，经进一步分析得出有30余条是比较有意义的，如：MUC18，KGF，TCF－4，PSP94，Smad5,TACCA,α－Catenin,Syndecan-1,Angiogenin,myosin等。结论 胆管癌组织中与肿瘤转移及预后相关的基因是很多的，应用基因芯片技术，为同时分析多个基因的表达状况提供了一个可用的方法，这一方法为了解不同生命过程中基因表达概况提供了一种途径。     

基因芯片在筛选胆管癌相关基因差异性表达的应用研究

目的　应用cDNA芯片技术进行肝外胆管癌相关基因表达谱差异分析 ,筛选胆管癌相关基因。方法　按一步法分别抽提 6例胆管癌和正常人胆管黏膜总RNA、纯化 ,逆转录合成掺入荧光分子的cDNA链探针 ,与 10 68条人PCR微矩阵芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析比较二种组织基因表达谱差异。结果　胆管癌与正常胆管黏膜的基因表达谱分析 ,发现有 194条基因表达差异 ,6组标本 47条与肿瘤相关的基因一致向上或向下表达 ,2 3条表达上调 ,2 4条表达下调。结论　基因芯片能快速筛选胆管癌相关基因 ,分析这些差异表达的基因能够阐明胆管癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系 ,并识别肿瘤的标记物。     

不同分化胆管癌间差异表达基因的研究

目的 从基因表达水平上探讨不同分化胆管癌及其预后的机理,寻找与胆管癌分化发育相关的基因,从整体上分析不同分化胆管癌差异表达基因的情况,为胆管癌的早期诊断和治疗寻找一些Marker。方法 从高、低分化胆管癌组织中提取总RNA作为比较材料,采用差异显示PCR（DDRT-PCR）技术,将两种组织中差异表达的基因cDNA经PCR扩增,采用反向Northern blot鉴定,以排除假阳性,将有显著差异的PCR产物克隆到质粒载体上,测序并进行同源性比较。结果 得到了9个有显著差异的cDNA片段,其中一个序列分析的结果与LR（Laminin receptor）基因序列高度同源。另有一个序列与EST的大量序列同源。结论 通过对差异显示技术一系列条件的探索和改进,建立了有效的DDRT-PCR法,并在高、低分化胆管癌差异表达基因的研究方面获得了满意结果。     

同种异基因大鼠心脏移植急性排斥反应的相关基因分析

目的运用基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植后急性排斥反应的基因表达谱。方法建立同种异基因大鼠颈部心脏移植模型,并设同种同基因大鼠颈部心脏移植作为对照。术后5d,两组移植心脏中抽提总RNA,纯化后的mRNA进行逆转录制备杂交探针,应用含有4096个靶基因的表达谱芯片对两组移植心脏组织进行差异表达谱分析。结果两组之间杂交信号有明显差异,同种异基因心脏移植术后差异表达基因共有210条(下调96条,上调114条),其中已知基因有33条(下调13条,上调20条),未知基因177条(下调83条,上调94条);已知基因中有15条(上调2条,下调13条)尚未见报道。结论运用基因芯片技术分析同种异基因心脏移植术后急性排斥相关基因,可为进一步研究其发病机理和为治疗提供新思路。     

不同分化胆管癌间差异表达基因的研究

目的 从基因表达水平上探讨不同分化胆管癌及其预后的机理。寻找与胆管癌分化发育相关的原因，从整体上分析不同分化胆管癌差异表达基因的情况，为胆管癌的早期诊断和治疗寻找一些Marker。方法 从高，低分化胆管癌组织中提取总RNA作为比较材料，采用差异显PCR（DDRT-PCR）技术。将两种组织中差异表达的基因cDNA经PCR扩增，采用反向Northern blot鉴定，以排除假阳性，将有显差异的PCR产物克隆到质粒载体上，测序并进行同源性比较。结果 得到了9个有显差异的cDNA片段，其中一个序列体魄 结果与LR（Laminin receptor)基因序列高度同源。另有一个序列与EST的大量序列同源，结论 通过对差异显技术一系列条件的探索和改进，建立了有效的DDRT-PCR法，并在高，低分化胆管癌差异表达基因的研究方面获得了满意结果。     

基因表达谱芯片在筛选直肠癌转移相关基因中的应用

目的探讨直肠癌发生淋巴结转移过程中相关基因群的表达和初步功能。方法按一步法抽提人直肠癌原发灶和转移淋巴结组织的RNA,将2000条人类基因PCR产物按微矩阵排列于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的直肠癌原发灶和转移淋巴结组织总RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA-链做探针,混合后与上述基因芯片杂交,经严格洗片后扫描芯片荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果在2000条基因中,直肠癌原发灶与转移淋巴结组织间存在差异表达的基因共43条(2.1%),其中上调11条(0.5%),下调32条(1.6%)。表达异常的基因与细胞周期调节、细胞骨架与运动、细胞凋亡、细胞内信号传递、DNA的合成与修复、DNA的结合与转录、蛋白质的翻译合成及免疫功能相关。结论微矩阵基因芯片在筛选直肠癌转移时,相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点,直肠癌转移相关基因差异表达谱的分析为预防和控制直肠癌的转移提供了新的思路与线索。     

胆管癌全基因组表达差异的初步观察

目的 通过比较肝门部胆管癌与胆总管中下段癌的全基因组表达差异,进一步揭示胆管癌发生、发展的内在分子机制。方法 采用含21329条Oligo DNA的人类全基因组寡核苷酸芯片,对3例肝门部胆管癌与正常胆管配对检测差异表达基因,另取4例胆总管中下段癌标本与正常胆管配对检测差异表达基因,通过SAM分析,得到两者间差异表达基因,并采用实时定量RT-PCR验证芯片结果。结果 肝门部胆管癌与胆总管中下段癌之间基因表达既存在共性,又存在差异。与正常胆管组织相比,两者共同上调基因244条,共同下调基因399条;而两者差异表达基因共82条（ratio≥2.0或≤0.5）。通过SAM分析（q=0）,两者显著差异表达基因共40条,其中上调基因29条,下调基因11条,包括AREG、EPHA2、SPP1、PACE4等。结论 高通量的基因芯片技术能够筛选出大量的胆管癌差异表达基因,肝门部胆管癌与胆总管中下段癌的基因表达亦存在着明显的聚类性质差别。     

Survivin基因在肝门部胆管癌组织中的表达及其与nm23和PTEN相关性的研究

目的:探讨Survivin基因在肝门部胆管癌组织中的表达情况以及与nm23和PTEN基因表达的相关性。方法:应用免疫组织化学方法测定肝门部胆管癌及相应癌旁正常组织中Survivin、nm23和PTEN基因的表达,分析Survivin基因表达与肿瘤组织病理分级、淋巴结转移以及nm23和PTEN基因的相关性。结果:44例肝门部胆管癌组织中,Survivin基因阳性表达率63.6%,15例癌旁组织中Sur-vivin基因阳性表达率为6.67%,二者比较差异有统计学意义(P<0.05);Survivin基因表达与病理分级无关(P>0.05),与淋巴结转移无关(P>0.05);Survivin基因表达与PTEN及nm23的表达呈负相关(P<0.05)。结论:Survivin基因的高表达在肝门部胆管癌的发生、进展和转移过程中可能起重要作用;联合检测Survivin与PTEN及nm23基因表达可能有助于临床诊断及判断预后。     

SBC基因芯片研究骨肉瘤发病转移相关基因及其发现

[目的] 运用基因芯片技术探索骨肉痛发病及转移相关基因,研究基因表达水平对于骨肉瘤发生及转移的重要意义.[方法] 采用2个公认的骨肉瘤细胞株及1个成骨细胞株,提取总RNA,合成牛物素标记的cRNA与SBC基因芯片杂交.随机挑选4个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光法(SYBR Green Ⅰ)实时RT-PCR法定量测量术中收集的新鲜骨肉瘤标本及两株细胞中各基因的表达水平,应用ABI Prism 7 300分析其与成骨细胞株之问的表达差异.[结果] 以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限,在SBC芯片包含的所有基因(约15 000个转录本)中,2个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调189个基因;共同下调84个基因.随机挑选4个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符.[结论]骨肉瘤是一种多基因病变,应用基因芯片技术有助丁发现该肿瘤的基因变化规律.     

应用高密度寡核苷酸(Oligo)基因芯片筛选胶质瘤相关基因

目的应用高密度寡核苷酸（Oligo）基因芯片技术筛选胶质瘤相关基因。方法抽提5例胶质瘤和10例正常脑组织的总RNA并逆转录为cDNA，其中Cy5、Cy3的dNTP分别掺人胶质瘤和正常脑组织的cDNA，混合后杂交含22000个人类基因人类高密度Oligo基因芯片，经过洗片和扫描，获得荧光信号图像并用计算机分析，随机抽取3种差异表达基因用PCR验证它们胶质瘤和正常脑组织中的差异表达。结果从22000条基因中筛选出差异表达基因242条，其中123条表达上调，119条表达下调，包括细胞周期蛋白、细胞凋亡、细胞骨架和运动蛋白等相关基因。结论基因芯片技术的胶质瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胶质瘤相关基因，并高效对基因功能进行研究，有助于认识肿瘤发病机制。     

生物钟基因Clock、Bmal1蛋白在胆管癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨人类生物钟基因hClock及hBmal1蛋白在人类胆管癌组织中的表达,并研究其表达与人类胆管癌的关系。方法:采用免疫组织化学法检测60例人类胆管癌组织及癌旁组织中hClock基因、hBmal1基因蛋白产物(Clock蛋白及Bmal1蛋白)的表达。结果:60例人胆管癌组织与相应癌旁组织中,Clock蛋白在胆管组织中阳性率为33.33%(20/60),在癌旁组织中阳性率为81.67%(49/60),两者阳性表达率差异有统计学意义(P0.05);而Bmal1蛋白在胆管癌组织中阳性率为73.33%(44/60),癌旁组织中阳性率为36.67%(22/60),两者阳性表达率差异也有统计学意义(P0.05)。Clock蛋白与Bmal1蛋白表达均与胆管癌TNM分期有关(P0.05)。在胆管癌组织中Clock蛋白与Bmal1蛋白表达呈负相关(r=-0.481,P0.05)。结论:Bmal1蛋白可能与人类胆管癌的发生有关,与侵袭、转移的关系有待深入研究,而Clock蛋白可能为胆管癌发生的抑制因素。     

胃癌肝转移相关基因的克隆鉴定

目的克隆胃癌肝转移的相关基因。方法将标本分成有肝转移和无肝转移的胃癌原发灶两组，每组9例。提取组织总RNA，反转录成cDNA，将RT—PCR的扩增产物在PAGE测序胶上电泳，经EB染色分离两组差异表达的基因片段，TA克隆差异片段后进行测序，用GenBank BLAST软件进行同源性分析。将其中获得的1个与人内源性逆转录病毒基因片段做为标志物，用RT—PCR检测其在肝转移胃癌、无肝转移胃癌组织中的表达。结果有肝转移与无肝转移胃癌组织之间存在明显的基因表达差异，差异明显的10个基因片段均呈高表达。与人内源性逆转录病毒同源的基因片段在有肝转移胃癌组织中有7例表达，在无肝转移胃癌组织中有2例表达（P=0．007）。结论肝转移以胃癌癌基因突变为主，人内源性逆转录病毒基因片段在有肝转移胃癌组织中的表达高于无肝转移胃癌组织。     

Assessment of differential gene expression patterns in human colon cancers

OBJECTIVE: To use a novel genomic approach to determine differential gene expression patterns in colon cancers of different metastatic potential. SUMMARY BACKGROUND DATA: Colorectal cancer is the third leading cause of cancer deaths in the United States; despite aggressive treatment strategies, the 5-year survival rate for metastatic cancer has not changed in 50 years. The analysis of changes in gene expression patterns associated with metastasis may provide new treatment strategies. METHODS: Human colon cancer cells KM12C (derived from a Dukes B colon cancer), KML4A (a metastatic variant derived from KM12C), and KM20 (derived from a Dukes D colon cancer) were extracted for RNA. In addition, RNA was extracted from normal colon, primary cancer, and liver metastasis in a patient with metastatic colon cancer. Gene expression patterns for approximately 1,200 human genes were analyzed and compared by cDNA array techniques. RESULTS: Of the roughly 1,200 genes assessed in the KM cell lines, 9 genes were noted to have a more than threefold change in expression (either increased or decreased) in the more metastatic KML4A and KM20 cells compared with KM12C. Assessment of tissues from a patient with metastatic colon cancer demonstrated a more than threefold change in the expression of 14 genes in the primary cancer and liver metastasis compared with normal mucosa. CONCLUSIONS: Using cDNA expression array technology, the authors identified genes with expression levels that are altered with metastasis. The ability to analyze and compare the expression patterns of multiple genes simultaneously provides a powerful technique to identify potential molecular targets for novel therapeutic strategies.     

胆管癌组织中KAI1/CD82和层黏素受体的关系

目的 探讨肿瘤转移抑制基因KAI1/CD82和层黏素受体(laminin receptor,LNR)在胆管癌组织中的表达相关性及与胆管癌侵袭、转移的关系.方法 应用免疫组织化学方法检测和分析48例胆管癌组织中KAI1/CD82和LNR的表达,并探讨其和临床病理特征的关系.结果 KAI1/CD82的阳性表达率为31%(15/48),LNR的阳性表达率为54%(26/48).分化程度越高,KAI1/CD82阳性表达率越高(χ2=3.911,P<0.05),而LNR的阳性表达率则越低(χ2=6.970,P<0.05);KAI1/CD82在有淋巴结转移的阳性表达率较无淋巴结转移低(χ2=5.765,P<0.05),而LNR在有淋巴结转移的阳性表达率则较无淋巴结转移高(χ2=9.952,P<0.05).KAI1/CD82和LNR呈负相关(r=-0.462,P<0.01).结论 胆管癌组织中LNR的表达上调与KAI1/CD82表达减少或缺失有关,并且在胆管癌的侵袭、转移中起重要作用.     

PROX-1与Ki-67在胆管癌中的表达及意义

目的：探讨PROX-1及Ki-67在胆管癌中表达及意义。 方法：用免疫组化法检测46例肝门部胆管癌患者（伴淋巴结转移29例,无淋巴结转移17例）癌组织与23例胆管良性病变患者胆管组织中PROX-1及Ki-67的表达,分析PROX-1及Ki-67的表达与胆管癌淋巴转移及其他临床病理因素的关系。 结果：PROX-1与Ki-67两者的阳性表达率在良性病变胆管组织、无淋巴结转移胆管癌组织、伴淋巴结转移胆管组织中依次增高,差异均有统计学意义（均P<0.05）;两者的阳性表达率均与胆管癌的分化程度有关（均P<0.05）,而与患者的性别、年龄无关（P>0.05）;胆管癌组织中PROX-1与Ki-67表达正相关（r=0.831,P<0.05）。 结论：PROX-1与Ki-67的高表达与胆管癌的恶性生物学行为密切相关,且两者表达量之间存在关联性。

     

血管内皮生长因子C和微淋巴管密度与胆管癌淋巴结转移及预后的关系

目的:探讨胆管癌组织中血管内皮生长因子C(VEGF-C)的表达及微淋巴管密度(MLVD)与胆管癌临床病理特征及预后的关系。方法:应用免疫组化法分别检测47例胆管癌、40例近癌的非癌胆管及15例正常肝外胆管组织中VEGF-C的表达和D2-40标记的MLVD。分析两者间的相关性,及其与临床病理特征和预后的关系。结果:胆管癌组织中VEGF-C的阳性表达率明显高于近癌的非癌胆管和正常胆管组织(均P<0.05),胆管癌和近癌的非癌胆管组织中MLVD明显高于正常胆管组织(均P<0.05);VEGF-C的表达以及MLVD与胆管癌浸润深度、TNM分期、淋巴结转移密切相关(P<0.05),且MLVD还与胆管癌分化程度有关(P<0.05);VEGF-C阳性胆管癌组织MLVD明显大于其阴性胆管癌组织(P<0.05),且VEFG-C表达与MLVD呈正相关(r=0.615,P<0.05);VEFG-C阴性表达患者预后明显优于其阳性表达患者,复发者胆管癌组织中的MLVD明显高于无复发者(P<0.05),且MLVD与患者生存期呈负相关(r=-0.542,P<0.05)。结论:VEGF-C的表达和MLVD与管癌淋巴结转移、预后密切相关,VEGF-C可能是预测胆管癌淋巴结转移的有效指标之一。