掌叶大黄转录组测序及蒽醌类合成关键酶基因差异表达分析

目的 研究掌叶大黄Rheum palmatum蒽醌合成关键基因。方法 利用RNA-seq技术对掌叶大黄根、根茎、叶进行转录组测序和生物信息学分析。结果 经Trinity软件组装后获得140224条Unigenes,全部Unigenes能被非冗余蛋白库、核酸序列数据库、京都基因组百科全书数据库、蛋白质序列数据库、蛋白家族数据库、基因本体联合数据库、同源蛋白簇数据库等公共数据库注释。差异基因分析结果显示,掌叶大黄的根与叶相比,差异表达基因总数为4175个,根与根茎相比,差异表达基因总数为992个,叶与根茎相比,差异表达基因总数为4469个。差异表达基因代谢途径分析分析发现,苯丙烷生物合成通路在叶比根中被显著富集。蒽醌类化合物合成相关关键差异表达基因分析发现,关键差异表达基因主要涉及甲羟戊酸（mevalonic acid,MVA）途径、甲基赤藓糖醇（methylerythritol 4-phosphate,MEP）、莽草酸及聚酮途径的13个基因。结论 为进一步挖掘大黄有效成分生物合成过程中的关键基因,为解析调控其有效成分生物合成途径提供研究基础。     

药用植物冬凌草高通量转录组测序与分析

目的:得到冬凌草高通量转录组数据,为挖掘冬凌草二萜类生物合成途径关键基因,研究冬凌草ESTSSR分子标记提供数据来源。方法:利用Illumina Hi Seq 4000高通量测序技术,采用Trinity的方法从头组装、序列拼接和去冗余处理;基于BLAST完成Unigene编码蛋白NR功能注释、GO分类、KEGG代谢通路注释和分类、功能基因挖掘,SSR分子标记挖掘。结果:获得冬凌草叶与茎两种不同组织共12 GB转录组数据,得到3 7961个Unigene基因,平均长度1063 bp;得到冬凌草叶和茎转录组有60条unigenes参与萜类化合物骨架合成、6条unigene参与各种萜类化合物合成,有26条unigene参与二萜化合物合成途径,叶与茎两种组织中有差异表达的基因4565个,其中在茎中表达较高的为1668个,在叶中表达较高的有2697个,与二萜类化合物合成相关的差异表达基因有15个。结论:本研究为冬凌草二萜化合物生物合成途径中关键基因的挖掘和分子育种提供了数据信息,为深入研究冬凌草中冬凌草甲素等有效成分的生物合成途径及其调控机制提供基础。     

基于转录组测序揭示适度干旱胁迫对丹参基因表达的调控

目的对丹参进行转录组测序,分析丹参不同组织响应适度干旱胁迫的分子机制。方法以栽培4个月的丹参为材料,设置适度干旱胁迫组(土壤相对含水量55%～60%)和对照组(土壤相对含水量75%～80%),应用IlluminaHi Seq2000分别对根和叶进行转录组测序,对测序后的结果进行基因功能注释、差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs)筛选和共表达网络分析等。结果转录组测序共获得58085条Unigene。其中28846条被注释,根和叶中的DEGs分别有1853、1457个。GO富集结果表明,丹参根和叶中的DEGs在GO功能部位中的分布基本一致,均在代谢过程、刺激响应、细胞结构、催化活性等功能中得到显著富集。KEGG途径富集分析表明,根中DEGs显著富集在DNA复制、植物激素信号转导、植物-病原菌相互作用、胡萝卜素合成等途径,叶中DEGs则主要富集在氨基酸、生物碱、苯丙烷类生物合成等途径。适度干旱胁迫能促进丹参叶中苯丙烷类、根中萜类化合物生物合成途径关键酶基因的表达,是促进丹参有效成分累积的基础。AP2/ERF、b HLH、b ZIP、WRKY、MYB类转录因子在根和叶中差异表达均较显著,基因共表达网络分析预测了在适度干旱胁迫下可能参与调控萜类基因表达的转录因子。结论通过高通量转录组测序,揭示了适度干旱胁迫对丹参不同组织基因表达的调控特征,可为深入研究丹参药效成分的生物合成机制和在栽培中的合理灌溉提供科学依据。     

基于转录组测序的青风藤内青藤碱合成途径分析

目的 探究控制青藤碱含量的表达基因、青藤碱合成途径中的控制位点以及表达路径。方法 利用HPLC法对6个种群共49株青风藤的根和茎分别进行了青藤碱含量的测定,选定青藤碱含量差异倍数大的2个种群,即陕西宝鸡与贵州遵义,分别选取其中最具代表性的青风藤植株,并取其根和茎进行转录组测序,命名为HR/LR、HS/LS。结果 将clean reads进行拼接得到355 201个转录本,其中包括275 491个Unigene。在HR/LR和HS/LS中差异基因分别有23 562和37 143个。GO分析显示这些差异基因功能明显富集在天冬氨酸型肽链内切酶活性与天冬氨酸肽酶活性上,推测这些差异基因可能编码这2种酶。KEGG富集结果表明HR与LR以及HS与LS 2组中的差异基因共同参与糖类代谢、蛋白质与细胞膜结合、维生素C合成。q RT-PCR验证了异喹啉生物碱合成途径上游关键基因表达情况,发现与青藤碱的积累呈正相关。结论 本研究初步了解了造成青藤碱含量差异的分子机制,为深入了解青藤碱积累规律与合成途径提供了参考。     

党参不同组织化学成分分布及转录组学分析

目的 分析党参不同组织转录组特征，解析党参根中活性成分积累的遗传基础，为党参的高品质生产与种植提供理论依据。方法 选取盛花期党参根、茎、叶、花不同组织为实验材料，采用高效液相色谱法（HPLC）检测党参苷Ⅰ、党参炔苷、苍术内酯Ⅲ含量，利用RNA-Seq对不同组织进行转录组测序，通过基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）数据库富集分析筛选分析差异表达基因，探讨党参不同组织化学成分分布特征及转录谱特征。结果 党参根中党参多糖及党参苷Ⅰ含量显著高于其他各组织。党参根转录谱与茎、叶、花存在显著差异，差异基因表达聚类分析、GO、KEGG富集分析发现差异基因主要富集在黄酮类、苯丙烷类生物合成、蔗糖淀粉代谢、植物激素信号传导、植物病原菌互作、MAPK级联信号传递、三磷酸腺苷结合转运盒（ABC）转运蛋白等途径。苯丙烷类化合物生物合成相关基因在根、花中表达量显著上调，ABC转运蛋白则多在花中高表达，党参多糖合成关键酶基因蔗糖：蔗糖1-果糖基转移酶（1-SST）、果聚糖1-外切水解酶（1-Feh）及大量与次生代谢产物积累密切相关的胁迫响应基因等在党参根中显著上调表达。结论 党参根中活性成分含量与转录谱特征与茎、叶、花等组织存在显著差异，表现出组织特异性，同时胁迫响应相关基因及活性成分菊粉型果聚糖、苯丙烷类化合物合成相关基因在根中表达上调。     

金钗石斛中3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶基因的克隆及特征分析

目的克隆金钗石斛Dendrobium nobile中3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase,HMGS)基因DnHMGS,并进行生物信息学和表达分析。方法采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得DnHMGS基因cDNA全长;生物信息学分析编码蛋白的理化特性、结构域等特征;用DNASTAR、MEGA软件分别进行氨基酸多序列比对和进化树构建分析;借助实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测基因组织表达模式。结果 DnHMGS基因全长为1 816 bp(GenBank注册号KX789180),编码一条由474个氨基酸组成的多肽,相对分子质量为52 458.47,等电点5.98。DnHMGS蛋白具有植物HMGS酶的典型结构域和活性中心,与凤梨、稻、玉米等单子叶植物亲缘关系较近。DnHMGS基因具有组织表达特异性,接菌前,DnHMGS转录本在金钗石斛叶中的表达量最高,为根、茎中的2倍以上。但接菌后DnHMGS基因表达情况转变为茎叶根。结论首次从金钗石斛中克隆得到HMGS基因的全长cDNA,该基因的分子鉴定为进一步揭示该基因在金钗石斛萜类物质合成代谢途径中的作用及菌根真菌影响石斛碱生物合成的调控机制奠定了基础。     

天然木脂素的代谢工程和合成生物学研究进展

天然木脂素是一类由2分子苯丙素衍生物氧化聚合而成的植物次级代谢产物,具有抗肿瘤、抗炎、抗病毒、抗氧化和保肝等多种药理活性。随着系统生物学的发展,木脂素的生物合成途径正逐步被解析,应用代谢工程和合成生物学合成木脂素及其衍生物已成为研究热点。综述了木脂素生物合成及其工程改造的国内外研究进展,为含木脂素类中药的研究与开发提供参考。     

基于比较转录组的夏枯草组织差异表达分析

目的分析夏枯草Prunella vulgaris果穗、茎、叶片转录组,挖掘夏枯草次生代谢产物生物合成的功能及调节基因。方法利用Illumina高通量测序技术对夏枯草不同组织进行转录组测序,并从差异表达的基因中鉴定次生代谢物生物合成的相关酶基因。结果在夏枯草的3个不同组织的转录本中,共有8 270个Unigenes在至少2个样品间差异显著。对不同组织差异表达的基因进行KEGG富集分析,结果表明,不同组织中苯丙素类生物合成的基因表达均有较大的变化。在夏枯草差异基因中分别搜索三萜类和酚酸类生物合成途径的关键酶,共鉴定到31个三萜类生物合成相关的Unigene,16个酚酸类生物合成相关的Unigenes,113个P450相关的Unigenes。结论本研究为后续发掘夏枯草次生物质代谢合成途径相关功能基因提供依据,也为夏枯草次生代谢物的生物合成调控研究奠定基础。     

基于转录组的厚朴次级代谢产物途径基因挖掘及分析

目的利用厚朴叶和茎转录组测序数据挖掘与厚朴次级代谢产物相关的转录本信息。方法厚朴转录组数据库中的8707条Unigene可注释到代谢途径中,并对基因表达进行分析。结果 222条Unigene参与了18个次级代谢途径;涉及苯丙素、生物碱、萜类化合物的生物合成代谢,涉及Uningene数目分别为50个,17个和55个;叶和茎中差异表达序列数目为96个,其中上调数量为62个,下调数量为34个。结论对厚朴次生代谢的转录本信息进行了挖掘,并绘制了苯丙素类和萜类基因调控图。     

石斛不同种、不同药用部位中多糖含量测定

目的 测定不同种石斛及金钗石斛、马鞭石斛、叠鞘石斛、鼓槌石斛的不同药用部位中多糖的含量.方法 采用紫外-可见分光光度法.结果 不同种石斛茎中多糖含量为:球花石斛18.96 %,马鞭石斛24.89 %,金钗石斛20.49 %,报春石斛15.83 %,肿节石斛8.27 %,叠鞘石斛16.32 %,鼓槌石斛15.33 %,美花石斛28.28 %,兜唇石斛9.26 %;4种石斛不同药用部位多糖的含量:金钗石斛根15.36 %,茎20.49 %,叶22.30 %;马鞭石斛根17.56%,茎24.89 %,叶20.88 %;叠鞘石斛根9.48 %,茎16.32 %,叶17.42 %;鼓槌石斛根10.06 %,茎15.33 %,叶19.81 %.结论 该实验方法简便、快速、准确.各种石斛及其根茎叶中多糖含量均比较高,从资源的综合和可持续利用的角度考虑,建议可以全草入药;美花石斛、球花石斛、报春石斛、叠鞘石斛、鼓槌石斛、肿节石斛茎在进行药效研究的提前下,确认是否可以替代当前<中国药典>品种入药.     

菘蓝木脂素类糖基转移酶基因IiUGT349克隆及功能表征北大核心CSCD

对菘蓝转录组数据进行系统挖掘,获得110条假定糖基转移酶。利用原核表达和体外酶促体系,获得了1条新的木脂素糖基转移酶基因,暂命名为IiUGT349。活性检测发现IiUGT349能催化落叶松树脂醇生成落叶松树脂醇-4-O-β-D-葡萄糖苷和落叶松树脂醇-4′-O-β-D-葡萄糖苷。生物信息学分析表明,IiUGT349的开放阅读框(ORF)为1 401个碱基,编码467个氨基酸,编码的蛋白质理论等电点为5.96,相对分子质量为52.77 kDa。系统发育树分析显示IiUGT349和已报道的木脂素糖基转移酶同源性较低,归属于UGT90家族,可能代表了一类新的木脂素糖基转移酶。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示IiUGT349在根、茎、嫩叶和叶中均表达,其中在茎中表达量最高。体外酶促反应显示IiUGT349对落叶松树脂醇最佳反应时间为12 h,最佳反应温度为45℃。亚细胞定位发现IiUGT349定位于植物细胞质和细胞核中。该研究克隆得到了1条新的属于UGT90家族的木脂素糖基转移酶IiUGT349,为深入研究此关键酶基因功能和菘蓝木脂素糖苷生物合成途径奠定了基础,对木脂素糖苷活性成分的合成生物学研究有重要意义。     

盾叶薯蓣须根响应低磷胁迫的GC-MS代谢产物及基因表达特征分析

目的 探讨盾叶薯蓣须根在低磷胁迫下的代谢产物及基因表达特征。方法 设置重度胁迫组、中度胁迫组与正常组模拟盾叶薯蓣低磷胁迫实验,在胁迫初期采取盾叶薯蓣须根,分别利用气相色谱-质谱联用技术（GC-MS）衍生化及RNA-seq技术对其代谢产物和转录组特征进行分析,通过对不同处理代谢产物的多元统计分析、差异表达基因的功能分析及数据挖掘,筛选低磷胁迫下盾叶薯蓣须根产生的代谢标志物,分析差异表达基因的代谢通路特征。结果 从盾叶薯蓣须根中共检测到116个GC-MS代谢产物,不同低磷处理下盾叶薯蓣须根的代谢特征存在明显差异,利用正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）模型从不同处理须根的代谢产物中筛选到6个差异代谢物,主要为糖类、醇类等成分,这些物质可能是盾叶薯蓣须根响应低磷胁迫的代谢标志物;重度胁迫组与正常组中筛选到的差异基因主要富集到过氧化物酶途径、磷酸盐和次磷酸盐代谢途径,重度胁迫组与中度胁迫组中筛选到的差异基因主要富集到谷胱甘肽代谢途径及磷酸戊糖途径;从须根中筛选出177个潜在响应低磷胁迫的差异基因,涉及萜类骨架、肌醇生物合成等多个途径,这与盾叶薯蓣须根部位响应低磷胁迫的代谢差异物多为糖类与肌醇等物质相吻合。结论 低磷胁迫下盾叶薯蓣须根部位的代谢产物及基因表达均发生了相应的应答,差异代谢物与差异表达基因具有密切的关系,该研究为盾叶薯蓣响应低磷胁迫的分子机制提供理论依据。     

铁皮石斛中性/碱性转化酶(DoNI2)基因的克隆和表达分析

目的克隆珍稀濒危兰科药用植物铁皮石斛中性/碱性转化酶(alkaline/neutral invertase,NI)家族基因成员,并对其进行定量表达以及生物信息学分析。方法采用转录组测序和RACE技术相结合克隆NI基因的cDNA序列,利用生物信息学工具对其进行分析,并采用实时荧光定量PCR方法检测NI基因在铁皮石斛根、茎和叶中的表达情况。结果克隆获得1个新的铁皮石斛NI基因,命名为DoNI2(Gen Bank登录号KY794404),全长2 397 bp,开放阅读框(ORF)为1 836 bp,编码611个氨基酸。DoNI2蛋白预测的理论相对分子质量和等电点分别为69 050和6.38,不稳定系数为42.95,疏水性系数为-0.232。DoNI2基因在铁皮石斛根、茎和叶中均有表达,其中在茎中表达量最高,根中最低。不同生长年限茎中DoNI2基因表达量与NI酶活性呈显著正相关。结论克隆了线粒体型的DoNI2基因的全长c DNA序列,为进一步阐明该基因在铁皮石斛蔗糖代谢途径中的重要作用奠定基础。     

基于代谢组学和转录组学探究草珊瑚叶和根中黄酮类成分差异积累的转录调控机制北大核心CSCD

为了探究草珊瑚叶和根中黄酮差异积累的分子调控机制,该研究以草珊瑚叶和根为材料,采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术和高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行转录组学和代谢组学联合分析,筛选黄酮类差异代谢物和关键差异代谢酶基因,并随机选取其中8个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果表明,通过代谢组学分析发现在草珊瑚叶和根中共获得37个黄酮相关差异代谢物,包括乔松素、根皮苷、柚皮素、山柰酚、无色矢车菊素、5-O-咖啡酰莽草酸等;通过转录组学分析发现草珊瑚叶和根中共获得36条黄酮相关差异基因,包括2条PAL、3条4CL、2条CHS、4条CHI、2条FLS、1条DFR、1条CYP73A、1条CYP75B1、3条PGT1、6条HCT、2条C3′H、1条CCOAOMT、1条ANR、1条LAR、2条3AT、1条BZ1、2条IFTM7、1条CYP81E9。同时,预测了C2H2、bHLH、bZIP等6个转录因子参与调控草珊瑚叶和根中黄酮合成差异积累。qRT-PCR结果显示,随机选取的8个参与黄酮合成的酶基因在草珊瑚叶和根中上下调表达趋势与转录组测序结果一致。该研究初步解析了草珊瑚叶和根中黄酮类成分差异积累的转录调控机制,为进一步阐明其中关键酶基因及相应转录因子对草珊瑚中黄酮类成分积累的调控作用奠定基础。     

内生真菌对铁皮石斛多糖和生物碱合成关键酶基因表达的影响

目的分析内生真菌菌株GXRz2、GXRz3和GXRz10对铁皮石斛多糖含量和多糖合成途径关键酶尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(UDP-glucose pyrophosphorylase,UGPase)基因表达以及生物碱含量和生物碱合成途径中关键酶3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme-A reductase,HMGR)、法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase,FPS)基因表达的影响。方法铁皮石斛幼苗施加内生真菌菌液,采用分光光度法测定铁皮石斛多糖和生物碱含量。以18 S rRNA为内参照基因,荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测多糖、生物碱关键酶基因表达的变化。结果铁皮石斛活性成分多糖含量较高,主要集中于茎,根中最低;而生物碱含量较低,主要存在于叶,根中最低,3株内生真菌处理均能在一定程度上促进铁皮石斛多糖及生物碱的积累。qRT-PCR技术检测UGPase、HMGR和FPS基因在不同内生真菌处理下的相对表达,结果显示,内生真菌GXRz3和GXRz10均可显著提高铁皮石斛UGPase、HMGR和FPS基因的表达量;其中,多糖合成途径中,UGPase基因在茎中的相对表达量最高,叶次之,根中最少;生物碱合成途径中,HMGR基因在茎中的相对表达量最高,叶次之,根中最少,而FPS基因在叶中的相对表达量最高,茎次之,根中最少。结论内生真菌可能通过调控UGPase的表达,影响多糖的合成,结合多糖积累情况,推测UGPase可能是铁皮石斛多糖合成途径中的关键酶;内生真菌可能通过调控HMGR、FPS的表达,影响生物碱的合成,而结合生物碱积累情况,推测FPS可能是生物碱合成途径中的关键酶。     

旋覆花不同部位代谢组比较分析

目的:探索旋覆花Inula japonica Thunb.次生代谢产物成分及其在旋覆花不同部位分布的差异性。方法:采用非靶向代谢组学方法对旋覆花根、茎、叶、花的代谢组进行比较分析。结果:共鉴定出675个代谢物,通过多元统计分析筛选出350个差异代谢物。其中,在23个黄酮类化合物中筛选出15个显著差异代谢物。代谢途径分析表明,淀粉和蔗糖代谢,丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢,植物激素信号转导代谢途径显著富集。结论:旋覆花不同组织中代谢物分布不同,不同组织间差异代谢物重要代谢途径的解析为旋覆花的合成生物研究提供参考。     

药用植物中木脂素生物合成DIR基因研究进展北大核心CSCD

药用活性成分多来源于药用植物的次生代谢产物,是药用植物发挥药效的物质基础。木脂素是一类分布广泛,存在高效生物活性的植物次生代谢产物,在临床实践中,发现木脂素类化合物具有抗病毒、抗肿瘤、抗菌和抗氧化等活性。木脂素的化学结构多样,一般含有多个手性中心,且多具有旋光性,其生物合成要依赖植物体内的氧化偶合反应,该反应常常存在位置选择和立体选择,使合成的木脂素难以形成外消旋体,而主要以一种立体构型存在。Dirigent(DIR)是一类指导木脂素生物合成的蛋白,这种蛋白在指导木脂素合成的位置选择和立体选择上发挥着重要作用。关于木脂素类化合物生物合成的植物体外研究显示,缺少DIR蛋白参与时得到外消旋的终产物;DIR蛋白参与反应时,则可得到以一种立体构型存在的产物,表明DIR蛋白在植物次生代谢产物生物合成过程中起不对称诱导作用。该研究系统综述了DIR蛋白的生物学意义,DIR基因的克隆情况、基因结构、催化机制以及在菘蓝、杜仲、连翘、丹参、三七和五味子等药用植物中的研究进展,为DIR基因的后续研究工作提供参考。     

基于非靶向代谢组学的槲蕨代谢产物分析

目的 分离鉴定槲蕨不同部位中功能成分并为其代谢产物生物合成途径提供重要信息。方法 采用非靶向代谢组对槲蕨的根茎、叶柄、叶的代谢组分进行高度富集比较分级。结果 在根茎、叶柄和叶中共鉴定出493个代谢物,通过多元统计分析筛选出98个差异代谢物（DAMs）。其中,四甲氧基黄酮代谢物在槲蕨的叶柄中表达最高,显著高于叶;芹菜素代谢物在槲蕨的叶中表达最高,显著高于根茎和叶柄;其余13个黄酮类代谢物均集中在槲蕨的根茎中,显著高于其他部位。根茎、叶柄和叶的DAMs主要富集在淀粉和蔗糖代谢通路。结论 可为槲蕨不同部位中功能成分的分离鉴定和代谢生物合成途径的解析提供参考。     

地黄叶片响应遮阴处理的分子响应机制解析

目的:分析遮阴后地黄叶片中差异表达的基因,揭示地黄响应遮阴的分子机制。方法:对地黄"温85-5"植株进行60%遮阴、90%遮阴和全光照3种处理,以Ion Proton平台对90%遮阴和全光照2种处理的样品进行转录组测序,筛选差异表达的基因。结果:遮阴后地黄叶片变平展,泡状凸起减少或变小,叶片变薄,叶肉栅栏组织和海绵组织细胞减少、变小。同时,有2393个基因在遮阴处理的叶片中差异表达,其中,遮阴后上调表达的基因有1456个,而下调的基因有937个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析发现植物-真菌互作代谢通路、苯乙醇苷生物合成通路、萜类成分合成通路、光合作用通路等120个代谢通路相关的差异基因得到了富集。在遮阴后的叶片中,参与光合作用的差异基因全部下调表达,生长素响应蛋白基因(ARF)上调表达,赤霉素(GA)通路DELLA基因下调表达,乙烯通路苏氨酸蛋白激酶基因(CTR1)上调表达,参与梓醇与毛蕊花糖苷合成通路的催化酶基因表达与它们遮阴后含量的变化规律也有一定的相关性。结论:分析了遮阴后地黄叶片的转录组信息,筛选到一些差异表达的基因,为进一步解析地黄遮阴响应的分子机制奠定基础。     

基于转录组测序研究不同海拔生境神农香菊的基因表达差异＊

目的 比较神农香菊不同海拔生境的主要生态环境因子差异和基因表达谱差异，研究神农香菊适应不同海拔生境的分子机制。方法 利用WheatA获得海拔相关的主要生态因子如温度和降水等并进行差异统计分析，利用转录组测序获得黄龙堰与宋洛两个不同海拔生境的神农香菊样本的基因表达谱，并基于GO、KEGG等数据库进行基因注释、功能富集分析，获取样本间的差异基因及其关联的代谢通路。结果 光照和温度是影响神农香菊生长发育的最重要的生态因子。不同海拔种植点样本的差异表达基因主要富集到植物激素信号转导、萜类、苯丙素类、不饱和脂肪酸类等次生代谢生物合成途径。其中，参与萜类生物合成途径的相关基因在不同海拔种植样本间显著上调或下调表达。结论 神农香菊可能通过调控萜类关键表达基因如DXS、DXR、HMGCS等的表达适应生境变化。研究结果为深入研究神农香菊不同海拔适应机制及新品种培育提供数据支撑。