DVL2基因多态性与中国汉族人群先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联研究

背景:近20年来小鼠的分子胚胎学研究进展获得了大量关于脊椎发育的分子信息,用同线性分析法确立先天性脊柱侧凸的候选基因已成为可能.目的:通过候选基因DVL2上关键单核苷酸多态性位点的筛查,探索DVL2与中国汉族人群先天性脊柱侧凸及其不同临床表型之间的关联.方法:采用病例-对照研究,入选127例中国汉族先天性脊柱侧凸患者和127例对照组.根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,应用Haploview 4.1软件选取DVL2的标签和功能单核苷酸多态性.根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型.对所有样本应用SNPstream UHT Genotyping系统对所选单核苷酸多态性位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组单核苷酸多态性位点间是否存在连锁不平衡.结果与结论:共筛选5个位点:单核苷酸多态性1(rs2074222)、单核苷酸多态性2(rs222837)、单核苷酸多态性3(rs222835)、单核苷酸多态性4(rs10671352)和单核苷酸多态性5(rs222836),其基因型分布在病例和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡;5个位点处于完全连锁不平衡状态;5个位点的基因型/等位基因/单倍体型与先天性脊柱侧凸的发生风险之间不存在相关性.在进一步与先天性脊柱侧凸临床表型的关联分析中没有发现阳性位点.提示在中国汉族人群中DVL2基因可能不是引起先天性脊柱侧凸及其不同临床表型的主要因素,有待于进一步深入研究.     

LMX1A基因多态性与中国汉族人群先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联

背景：先天性脊柱侧凸是由于胚胎期脊柱椎体发育异常引起的脊柱侧凸,其遗传病因学假说开始引起许多学者的重视。目的：通过候选基因LMX1A上关键单核苷酸多态性位点的筛查,探索LMX1A与中国汉族人群先天性脊柱侧凸及其不同临床表型之间的关联。方法：入选127例中国汉族先天性脊柱侧凸患者,另选取外伤、感染、炎症性疾病等患者127例为对照组。根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,应用Haploview 4.1软件选取LMX1A的标签和功能单核苷酸多态性位点。根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型。所有样本应用SNPstream UHT Genotyping系统对所选单核苷酸多态性位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组单核苷酸多态性位点间是否存在连锁不平衡。结果与结论：共筛选6个位点：SNP1（rs 1819768）、SNP2（rs 12023709）、SNP3（rs 16841013）、SNP4（rs 4656435）和SNP5（rs 4657412）和SNP6（rs 4657411）,其基因型分布在病例组和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡;在基于基因型的关联分析中发现阳性位点SNP1和SNP2,单位点分析显示两位点基因型在病例组和对照组中的分布频率差异有显著性意义（P=0.026和P=0.026）,在进一步非条件Logistic回归分析中发现这两个位点的基因型分布最符合Ressessive（OR=0.38;95%CI=0.15～0.94,P=0.029,AIC=354.9）遗传模型;SNP1、SNP2、SNP3和SNP6处于连锁不平衡状态,SNP4和SNP5也处于完全连锁不平衡状态,但单倍体型与先天性脊柱侧凸的发生风险之间不存在相关性;在进一步与先天性脊柱侧凸临床表型的关联分析中发现SNP1基因型AC型、SNP2基因型AG型、SNP3基因型CT型与有椎体形成障碍先天性脊柱侧凸的易感性升高有关。结果提示在中国汉族人群中LMX1A基因可能和先天性脊柱侧凸的发生、发展相关,是一个重要的易感基因。     

LMX1A基因多态性与中国汉族人群先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联

背景:先天性脊柱侧凸是由于胚胎期脊柱椎体发育异常引起的脊柱侧凸,其遗传病因学假说开始引起许多学者的重视.目的:通过候选基因LMX1A上关键单核苷酸多态性位点的筛查,探索LMX1A与中国汉族人群先天性脊柱侧凸及其不同临床表型之间的关联.方法:入选127例中国汉族先天性脊柱侧凸患者,另选取外伤、感染、炎症性疾病等患者127例为对照组.根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,应用Haploview 4.1软件选取LMX1A的标签和功能单核苷酸多态性位点.根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型.所有样本应用SNPstream UHT Genotyping系统对所选单核苷酸多态性位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组单核苷酸多态性位点间是否存在连锁不平衡.结果与结论:共筛选6个位点:SNP1(rs1819768)、SNP2(rs12023709)、SNP3(rs16841013)、SNP4(rs4656435)和SNP5(rs4657412)和SNP6(rs4657411),其基因型分布在病例组和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡;在基于基因型的关联分析中发现阳性位点SNP1和SNP2,单位点分析显示两位点基因型在病例组和对照组中的分布频率差异有显著性意义(P=0.026和P=0.026),在进一步非条件Logistic回归分析中发现这两个位点的基因型分布最符合Ressessive(OR=0.38;95%CI=0.15~0.94,P=0.029,AIC=354.9)遗传模型;SNP1、SNP2、SNP3和SNP6处于连锁不平衡状态,SNP4和SNP5也处于完全连锁不平衡状态,但单倍体型与先天性脊柱侧凸的发生风险之间不存在相关性;在进一步与先天性脊柱侧凸临床表型的关联分析中发现SNP1基因型AC型、SNP2基因型AG型、SNP3基因型CT型与有椎体形成障碍先天性脊柱侧凸的易感性升高有关.结果提示在中国汉族人群中LMX1A基因可能和先天性脊柱侧凸的发生、发展相关,是一个重要的易感基因.     

江西汉族人群NRG3基因rs17101655 T→G单核苷酸多态性与ITP的关联性研究

目的：运用TaqMan探针法对NRG3基因rs17101655 T→G单核苷酸多态性进行基因分型,探讨rs17101655 T→G单核苷酸多态性与原发免疫性血小板减少症（ITP）的关联性,为该病的发病机制提供重要线索。方法针对NRG3基因rs17101655位点T→G多态性,设计1对PCR引物和TaqMan探针,通过实时荧光PCR扩增进行基因分型;采用病例-对照研究,对中国汉族江西地区200例ITP和200例健康对照人群进行基因分型,比较两组人群基因型分布及频率差异。结果Rs17101655位点T→G多态性的基因型和等位基因频率分布在ITP病例组和对照组中分布差异无统计学意义（P〉0.05）。结论 TaqMan探针法可快速、高效地对单核苷酸多态性进行基因分型,本研究结果显示NRG3基因rs17101655位点不作为中国汉族人群ITP的易感位点。     

急性心肌梗死中环状RNA CDR1as位点筛选的研究

目的 探讨PubMed筛选文献、千人基金组计划(1 000 genomes project)、Haploview软件联合应用于筛选与心肌梗死相关的单核苷酸多态性的文献的可行性。方法 使用PubMed网站检索并确定心血管疾病相关基因,1 000 genomes project网站检索中国汉族人群CDR1as基因的单核苷酸多态性(SNP)数据。应用Haploview软件以最小等位基因频率(MAF)>0.05、r2> 0.8作为筛选标签SNPs指标。结果 CDR1as基因41个SNPs位点筛选出3个检测位点,分别为rs12688274、rs5907638、rs76284232。结论 通过PubMed、千人基因组计划和Haploview联合使用可实现标签SNPs筛选,值得进一步探究。     

白细胞介素-17基因多态性与山西东南地区汉族人群2型糖尿病的相关性

目的 研究山西省东南地区汉族人群白细胞介素-17(IL-17)基因单核苷酸多态性及其与2型糖尿病（T2DM）的相关性。方法 收集健康对照组和T2DM组受试者基本信息及临床资料,提取全血DNA,采用聚合酶链反应-高温连接酶反应对IL-17基因4个位点（rs2275913、rs3819024、rs4711998和rs8193036）进行多态性检测。结果 两组IL-17基因4个SNP位点基因型和等位基因频率分布差异均无统计学意义（P> 0.05）,在校正年龄、BMI、WC和血脂异常等因素后,两组研究对象在不同遗传模型下的基因型及等位基因频率分布差异亦无统计学意义（P> 0.05）。进一步分析显示,T2DM组rs2275913位点AA基因型FPG和HOMA-IR显著低于AG和GG基因型,三组间差异有统计学意义（P <0.05）;而三组间BMI、FINS、HbA1c水平差异无统计学意义（P> 0.05）。此外,T2DM组rs3819024位点AA基因型WC、HOMA-IR显著高于GG基因型,差异有统计学意义（P <0.05）。结论 IL-17基因rs2275913、...     

云南汉族、基诺族色氨酸羟化酶2基因rs1386494、G1463A多态性与精神分裂症的关联研究

目的探讨云南地区汉族与基诺族精神分裂症患者色氨酸羟化酶2（TPH2）基因rs1386494、G1463A单核苷酸多态性与精神分裂症的关系。方法采用病例对照研究的方法,运用分子生物学技术检测TPH2基因两位点多态性,并结合PANSS症状评分分析两位点多态性与两族精神分裂症症状特点的关系。结果（1）rs1386494位点基因型频率、等位基因频率在基诺族样本中分布差异无统计学意义（P〉0．05）;（2）汉族病例组中携带rs1386494位点AA基因型的个体数高于正常对照组（P=0．004）,而等位基因频率分布差异无统计学意义;（3）在两族样本中均未观察到G1463A多态性现象;（4）基诺族同胞对中两位点多态性分布差异无统计学意义（P〉0．05）;（5）云南汉族患者rs1386494位点A等位基因携带者PANSS抑郁因子分值高于未携带者（P〈0．05）;（6）两族病例合并统计后三种基因型携带者抑郁因子分值差异有统计学意义（P〈0．05）。结论（1）TPH2基因rs1386494多态性可能与基诺族精神分裂症抑郁症状有关,该位点AA型突变纯合子可能与云南汉族精神分裂症相关。（2）rs1386494位点A等位基因可能与云南汉族精神分裂症患者的抑郁症状有关;（3）G1463A位点在云南汉族、基诺族人群中可能不存在多态现象,其中针对云南汉族、基诺族精神分裂症患者及正常人群rs1386494、G1463A位点的检测尚属首次。     

我国广东地区汉族人群类风湿性关节炎患者 IL-6启动子基因多态性的研究

目的了解我国广东地区汉族人群白细胞介素-6（IL-6）基因启动子-572C/G和-174G/C位点单核苷酸多态性对类风湿性关节炎（RA）的影响。方法应用序列特异性引物-聚合酶链反应（PCR-SSP）检测168名体检健康者和120例RA患者的IL-6基因启动子-572和-174位点的基因型。结果我国广东地区汉族人群IL-6基因启动子-572位点存在C→G的突变,其基因型和等位基因频率分布在RA组和对照组比较差异有统计学意义（基因型频率：2χ=16.14,P=0.003;等位基因频率：2χ=16.71,P〈0.001）,其G等位基因在RA患者中明显低于健康对照组[比值比（OR）=0.36,95%可信区间（CI）：0.21-0.61];-174位点存在G→C的突变,其基因型和等位基因分布频率在两组间差异亦有统计学意义（基因型频率：2χ=25.75,P〈0.01;等位基因频率：2χ=25.99,P〈0.01）,其C等位基因在RA组明显高于健康对照组（OR=2.26,95%CI：1.91-2.68）。结论我国广东地区汉族人群IL-6基因启动子存在-572C/G与-174G/C的单核苷酸多态性,且这2个位点多态性与RA有关,其中IL-6-572位点的G等位基因可能对RA有保护作用,而IL-6-174位点等位基因C可能与RA发病的易感性有关。     

IRF5 rs10954213基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

目的研究山东地区汉族人群干扰素调节因子5（IRF5）基因rs10954213单核苷酸多态性,探讨其与系统性红斑狼疮易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性等方法对92例系统性红斑狼疮患者和88名健康对照IRF5基因rs10954213G/A多态性进行分析,计算基因型和等位基因频率。结果SLE患者IRF5rs10954213GG、GA、AA基因型频率分别是0.318、0.409和0.273,与对照组间有显著差异（χ2=6.36,P〈0.05）;SLE患者IRF5rs10954213A、G等位基因的频率分别为0.609、0.391,与对照组有显著差异（χ2=6.26,P〈0.05）。结论山东汉族人群IRF5基因位点rs10954213的多态性,可能与山东地区汉族人群SLE的易感性有关。     

染色体9p21上rs1333049单核苷酸多态性与新疆维吾尔族及汉族心肌梗死的相关性分析

目的探讨染色体9p21上rs1333049基因多态性在新疆维吾尔族(维族)和汉族心肌梗死患者中的分布特征。方法 227例心肌梗死患者(梗死组)(维族115例,汉族112例)和192例冠状动脉造影正常者为对照组(维族92例,汉族100例),应用TaqMan单核苷酸多态性基因分型方法进行基因分型,比较维、汉族梗死组和对照组rs1333049基因型频率和等位基因频率的分布情况。结果维、汉族梗死组rs1333049位点基因型分布频率与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05);维族梗死组等位基因分布频率与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05),汉族梗死组等位基因分布频率与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05);维、汉族梗死组rs1333049位点CC与CG基因型分布频率高于对照组(P<0.05);梗死组维族CC与CG基因型分布频率高于汉族(P<0.05),维族C与G等位基因与汉族比较差异有统计学意义(P<0.05);Logistic回归分析显示,rs1333049的CC表型是新疆维、汉族心肌梗死的独立危险因素。结论染色体9p21的rs1333049位点CC与CG基因型为维族心肌梗死的易感相关危险基因型;C等位基因为维族心肌梗死患者患病的危险等位基因。     

湖北汉族人群TRIB1基因多态性分布特征及其与冠心病的关联性分析

目的研究tribbles同源物1（果蝇）（TRIB1）基因内含子区和3′UTR区2个标签单核甘酸多态性（TagSNP）（内含子区：rs235110;3′UTR区：rs235108）与冠心病的关系及其在湖北省汉族人群中的分布特征。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法对湖北地区236名健康汉族人和139例冠心病患者的TRIB1基因单核苷酸多态性（SNP）进行分析。并用PCR产物纯化后测序验证酶切结果。同时检测研究对象的血浆三酰甘油（TG）和总胆固醇（TC）水平。结果TRIB1基因的2个TagSNPs的分布特征符合Hardy-Weinberg平衡定律（rs2235110：χ^2=0.481,P=0.488;rs2235108：χ^2=0.570,P=0.450）。TG水平在冠心病组rs2235110位点基因型亚组内,差异有统计学意义（P〈0.05）。上述多态性位点在冠心病患者和正常人群中的分布无差异。rs2235110具有中等多态信息量（PIC）（rs2235110位点PIC=0.368 7,H=0.487 5）,几乎达到其PIC的理论最大值。结论本研究人群的rs235108、rs235110各位点的基因型和等位基因频率可代表湖北省汉族人群的分布特征,与HapMap数据库中其他SNP构成单倍型联用可作为一个理想的遗传标记。但没有发现其与冠心病的相关性。     

CYP4F2基因单核苷酸多态与缺血性脑卒中的相关性

目的 探讨CYP4F2 基因多态与中国北方汉族人群缺血性脑卒中的相关性.方法 采用病例-对照研究,检测CYF4F2基因rs2108622、rs3093100、rs3093105、rs3093135、rs1558139位点,以及该基因rs2108622-rs3093100-rs3093105-rs3093135构成的单倍型在对照组、IS组及不同性别组中的多态分布.结果 CYP4F2基因rs2108622位点GG基因型可能是男性缺血性脑卒中患者的独立的风险因素(P=0.018,OR=2.53,95%CI 1.15～5.56),且其风险性主要来源于G等位基因(P=0.013,OR=1.48,95%CI 1.09～2.02).rs2108622-rs3093100-rs3093105-rs3093135构成的GGGT单倍型与男性缺血性脑卒中具有相关性,GGGT单倍型可能是IS的危险单倍型(OR=1.545,95%CI 1.144～2.087,P=0.004).结论 CYP4F2基因的多态与男性IS具有相关性,可显著增加男性IS的患病风险.     

自噬相关基因5基因多态性及其单倍体型与帕金森病的相关性研究

目的 探讨自噬相关基因5( Atg5)基因3个标签单核苷酸多态性(Tag SNP,rs17587319C/G、rs573775C/T、rs9486315C/T)及其单倍体型与帕金森病(PD)发病的关系.方法 采用病例-对照研究,PD患者80例(病例组)和健康体检者87例(对照组)为对象,应用聚合酶链反应-限制性酶切片段长度多态性分析方法(PCR-RFLP)检测Atg5 Tag SNP rs17587319C/G、rs573775C/T、rs9486315C/T,并分析其基因型及等位基因频率在正常人群及PD患者中的分布特点.结果 Atg5 Tag SNP rs17587319C/G的C等位基因频率病例组为89.4％ (143/160),对照组为74.7％(130/174),差异有统计学意义(P＜0.01);病例组CC基因型频率为78.7％ (63/80),对照组为58.6％(51/87),差异有统计学意义(P＜0.01).SNP rs573775C/T和rs9486315C/T的等位基因频率及基因型频率在两组问的差异无统计学意义(P＞0.05).Logistic回归分析结果SNP rs17587319C/G的CC基因型与PD的发病有独立相关性(P＜0.01).单倍体型分析结果病例组中H1、H2单倍体型的频率高于对照组(P＜0.05和＜0.01).结论 H1,H2单倍体型和Atg5 Tag SNP rs17587319C/G的C等位基因可能是PD的危险因素.     

PPARG基因单核苷酸多态性与2型糖尿病血脂异常的相关性研究

目的研究PPARG基因单核苷酸多态性（SNPs）与中国汉族2型糖尿病（DM）及血脂异常的关系。方法测定593例2型DM患者及626名正常健康者SNPsrs1801282、rs12636454和rs11128597基因型,分析其与2型DM及血脂水平的关系。基因分型采用单碱基延伸法（SBE）。结果2型DM组SNPs rs1801282、rs12636454和rs11128597基因型及等位基因频率分布与对照组间差异均无统计学意义（P〉0．05）。2型DM组中rs1801282AB＋BB基因型总胆固醇（TC）、血糖和低密度脂蛋白胆固醇（LDL—C）水平显著高于AA基因型（P均〈0．01）。rs1l2636454AA基因型三酰甘油（TG）水平高于AB＋BB基因型（P〈0．05）。rs11128597AA基因型血糖水平高于AB＋BB基因型（P〈0．01）。结论PPARG基因与中国汉族人2型DM无直接相关,但可能参与2型DM的血糖水平和脂质代谢的调节。     

汉族健康人群血管紧张素转换酶多态性及其血清水平的研究

目的调查汉族健康人群血管紧张素转换酶(ACE)基因的单核苷酸多态性(SNP)分布与血清ACE水平的相关性。方法提取132例健康个体外周血有核细胞DNA,应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测ACE基因的2个标签SNP(tag SNP)rs4353和rs4305;应用单一试剂速率法检测血清ACE水平。结果汉族健康人群ACE基因rs4353多态性中AA型占23.4%,AG型占47.7%,GG型占28.9%;rs4305多态性中AA型占10.1%,AG型占49.6%,GG型占40.3%。rs4353的AA和AG基因型血清ACE水平明显高于GG基因型;rs4305的AG基因型血清ACE水平明显高于GG基因型(P0.05)。结论 ACE基因2个tag SNP的基因型与血清ACE水平密切相关。     

STAT4基因启动子区单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮相关性研究

目的检测深圳地区汉族人群信号转导和转录活化因子4(STAT4)基因单核苷酸多态性(SNP),探讨其与系统性红斑狼疮遗传易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对74例SLE患者和95例正常对照STAT4基因启动子区rs16833431 A>G位点进行检测,计算其基因型和等位基因频率,并结合临床进行分析。结果 SLE患者STAT4 rs16833431位点基因型频率AA(16.2%)、AG(47.3%)、GG(36.5%),等位基因频率A(39.9%)、G(60.1%),与正常对照组基因型频率AA(16.8%)、AG(45.3%)、GG(37.9%)和等位基因频率A(39.5%)、G(60.5%)相比无统计学差异(P>0.05)。结论 STAT4基因rs l6833431 A>G位点多态性与深圳汉族人群SLE遗传易感性无相关性。     

环氧合酶-2基因-1195G>A多态性位点与缺血性脑卒中患者阿司匹林抵抗的相关性

目的:探讨环氧合酶-2(COX-2)基因-1195 G>A多态性位点与缺血性脑卒中(IS)患者阿司匹林抵抗(AR)的相关性。方法:纳入中国北方汉族IS患者210例,根据血小板聚集率分为阿司匹林敏感(AS)组147例,非AS组63例。采用扩增阻碍突变系统(ARMS)结合TaqMan探针的实时荧光定量PCR方法检测-1195 G>A多态性。结果:-1195G>A位点基因型、显性模型分布频率在AS组及非AS组中差异均无统计学意义(P>0.05);非AS组中-1195G>A位点(GA+AA)基因型频率及A等位基因频率高于AS组,差异均有统计学意义(x2=4.96,P=0.03;x2=5.50,P=0.02);多因素分析提示,与GG基因型相比,COX-2的-1195G>A位点(GA+AA)基因型发生AR可能性更大(OR=2.41,95%CI为1.09~5.37,P=0.03)。结论:COX-2基因-1195G>A位点遗传变异与可能IS患者发生AR相关,可能是AR发生的一个遗传易感性位点。     

白细胞介素16基因多态性与广西地区汉族女性膝关节原发性骨性关节炎的易感关联

背景：目前的基因研究表明,膝关节原发性骨性关节炎的发病风险与白细胞介素类基因有关联性。目的：观察白细胞介素16基因多态性与女性膝关节原发性骨性关节炎的相关性。方法：收集71例Kellgren/Lawrence评分大于2分的膝关节原发性骨性关节炎患者及85例健康对照的广西汉族女性的静脉血标本,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术对两组白细胞介素16的rs 11556218,rs 4072111,rs 4778889多态位点进行基因分型,计算两组基因型和等位基因的分布差异,分析白细胞介素16基因多态性与膝骨性关节炎的易感关联。结果与结论：两组3个SNP位点的各基因频数在两组中的分布符合Hardy-Weinberg平衡,等位基因比较差异无显著性意义。单个位点显性模式非条件Logistic回归显示,在rs 11556218的3种基因型的比较中,T/G基因型较T/T基因型的膝原发性骨性关节炎的发病风险显著减低（OR=0.41,95%CI：0.21～0.83,P=0.02）;在rs 4072111中,C/T基因型比C/C基因型的发病风险显著增加（OR=2.36,95%CI：1.19～4.68,P=0.03）。结果证实,广西地区汉族女性人群白细胞介素16的遗传变异与膝关节原发性骨性关节炎的易感性关联。