基于TCGA数据库挖掘肺腺癌预后相关的甲基化位点和基因

目的:通过对TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库的数据挖掘,扫描全基因组范围内的肺腺癌预后相关的甲基化位点?方法:采用2016年4月从TCGA网站下载的肺腺癌预后数据及基于Illumina Methylation 450芯片的全基因组甲基化数据,经过数据连接,纳入同时有临床预后信息和甲基化数据的肺腺癌患者232例?采用Cox比例风险模型分析各位点甲基化水平对肺腺癌总生存率的影响,并评估其与对应基因mRNA表达的相关性,进一步评估mRNA表达对肺腺癌预后的影响?结果:纳入的232例肺腺癌患者的平均年龄为(64.823 ± 9.300)岁,平均生存时间为(20.217 ± 17.067)个月?本研究发现肺腺癌预后相关最显著的甲基化位点为位于基因EHBP1区域的cg03955927(P=1.98×10-7),对应的HR值及95%可信区间为0.605(0.501~0.731)?筛选的肺腺癌预后关联性最强的前20个甲基化位点中,17个位点的高甲基化水平为肺腺癌预后的保护因素,其他3个为危险因素?5个甲基化位点的甲基化水平与对应基因的mRNA表达相关,其中cg12013757对应的KRI1基因的mRNA表达与肺腺癌的预后有关(HR:1.316,95%CI:1.109~1.561,P=0.001 6)?结论:本研究通过对TCGA数据库的挖掘,初步发现KRI1基因的甲基化位点的甲基化水平对肺腺癌的预后有影响,可以作为为肺癌预后的生物标志物进一步研究?     

前列腺癌易感位点rs2252004的eQTL和meQTL研究

目的：全基因组关联性研究（GWAS）发现rs2252004与前列腺癌的易感性相关,本研究拟进一步探讨rs2252004参与前列腺癌发生的可能分子生物学机制。方法：运用TCGA公共数据库中的基因型、甲基化、基因表达数据,采用线性回归分析rs2252004基因型与其上下游1 Mb区域CpG位点的甲基化水平及相关基因表达的关联性。结果：rs2252004与FGFR2基因上的3个CpG位点的甲基化水平显著相关（cg25294906,P=0.031;cg03552039,P=0.042;cg16499947,P=0.049）。而FGFR2在50例配对的前列腺癌组织和癌旁组织中表达差异有统计学意义（P=9.3×10-11）。与GG基因型相比,rs2252004 GT基因型的前列腺癌患者的FGFR2基因表达量显著降低（P=0.007）。此外,GT/TT基因型与GG基因型患者的FGFR2表达量差异有统计学意义（P=0.006）。结论：rs2252004可能通过影响FGFR2甲基化水平,进而调控FGFR2基因的表达,从而参与前列腺癌的发生。     

基于TCGA数据库分析、筛选并验证前列腺癌诊断或预后标志物

目的:综合分析表达谱数据与DNA甲基化数据，探索新的前列腺癌诊断或预后的标志物。方法:在TCGA公共数据库下载前列腺癌的甲基化水平数据以及mRNA表达数据；利用R软件中的DESeq2包对表达谱数据进行差异表达分析，利用R软件中的limma包对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析；采用美国国立卫生研究院的DAVID v6.7在线软件平台进行功能和通路的富集分析；对筛选出的基因进行Kaplan-Meier生存分析以及分子生物学实验验证。结果:差异表达分析得到1 130个差异表达基因，其中759个表达下调，371个表达上调；差异甲基化位点分析获得375个差异甲基化位点，其中8个低甲基化位点，367个高甲基化位点；综合分析发现CBX5、NBPF13P、RARB、RCN1、SRSF5基因的异常甲基化与肿瘤复发风险密切相关；定量PCR显示前列腺癌患者SRSF5 mRNA水平升高（P<0.05），甲基化特异性PCR显示前列腺癌患者SRSF5甲基化水平降低（均P<0.05）。结论:SRSF5在前列腺癌患者中甲基化水平降低且mRNA表达水平升高，且其低甲基化水平与复发风险密切相关。     

基于TCGA数据库分析GTSE1基因在肺腺癌中的表达及意义

目的:探究G2/S期表达蛋白1（G2 and S phase-expressed protein1,GTSE1）在肺腺癌中的表达情况以及对预后的影响。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载肺腺癌患者表达谱数据以及临床信息资料,分析GTSE1表达水平与临床指标信息之间的相关性及对预后的影响,并用Cox比例风险回归模型分析影响患者预后的因素。采用免疫组化检测14例肺腺癌肿瘤组织和13例癌旁组织中GTSE1表达水平。采用基因集富集分析方法（GSEA）预测GTSE1在肺腺癌中可能参与并调控的相关通路。结果:在TCGA数据中,在肿瘤组织样本中GTSE1基因表达情况明显高于正常组织（t=18.165,P<0.05）,且表达水平与肿瘤分级（?字2=17.543,P=0.001）、T（?字2=8.825,P=0.032）和N分期（?字2=12.138,P=0.001）之间有显著相关,GTSE1高表达患者的总生存期显著低于GTSE1低表达的患者（?字2=22.663,P<0.05）,单因素Cox分析提示肿瘤分级（HR=1.56,95%CI:1.33～1.83）、TNM分期（T:HR=1.60,95%CI:1.31～1.95;N:HR=1.70,95%CI:1.40～2.06;M:HR=1.83,95%CI:1.03～3.25）和GTSE1表达水平（HR=2.32,95%CI:1.62～3.30）可影响患者的总生存期（均P<0.05）。多因素Cox分析提示T分期（HR=1.646,95%CI:1.038～2.610,P=0.034）和GTSE1的表达水平（HR=1.830,95%CI:1.269～2.637,P<0.05）是影响肺腺癌患者总生存期的独立危险因素。GTSE1基因高表达的样本在细胞周期以及p53信号通路等9个通路基因集中富集（P<0.05,FDR<0.01）。结论:GTSE1在肺腺癌患者肿瘤组织中显著高表达,是肺腺癌患者的独立预后因素。     

cg20657709位点甲基化对肺腺癌早期诊断的初步探讨

目的 探讨cg20657709位点甲基化在肺腺癌早期诊断中的临床价值。方法 通过对30例肺腺癌患者(肺腺癌组)和45例健康对照者(健康对照组)进行Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip检测,获得基于外周血单个核细胞(PBMCs)的肺腺癌全基因组甲基化图谱以及候选差异甲基化位点(DMP)。进一步采用焦磷酸测序,在35例肺腺癌患者和30例健康对照者中,对该DMP对肺腺癌的诊断价值进行验证。最后,基于多重目的区域甲基化富集测序,在50例肺原位腺癌和50例健康对照者中,评估该DMP对肺原位腺癌的诊断价值。结果 Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip检测结果显示,肺腺癌组具有基于PBMCs的特异性甲基化图谱,肺腺癌组和健康对照组甲基化水平差异显著。以∣Δβ∣≥0.06且校正P<0.05为标准,初步筛选出1 345个DMPs。经过多步骤筛选,确定cg20657709为候选位点。cg20657709位点甲基化水平在肺腺癌患者中高表达(Δβ=0.097,校正P=0.004)。焦磷酸测序显示,cg20657...     

cg08721802位点异常甲基化对良恶性肺结节鉴别诊断的价值探讨

目的 探讨基于外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cells,PBMCs）的DNA差异甲基化修饰位点在肺良恶性结节临床鉴别诊断中的价值。方法 采用850k甲基化芯片检测20例良性肺结节和34例恶性肺结节患者PBMCs的全基因组甲基化状态,初步构建PBMCs来源的良恶性肺结节特异性甲基化图谱并获得差异甲基化位点（differentially methylated positions,DMPs）,对DMPs所在的基因进行基因本体（gene ontology,GO）分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析。利用LASSO回归分析方法对DMPs进行统计筛选。将36例良性肺结节患者和84例恶性肺结节患者随机分成2组队列（测试队列和验证队列）,通过焦磷酸测序方法对所选的位点进行分析验证,并采用受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线进行分析,计算ROC曲线下面积（area under the curve,AUC）,评估其对肺良恶性结节的预测效能。结果 发现队列的良恶性肺结节患者PBMCs差异甲基化图谱具有明显差异。以Δβ>0.06,adjust P<0.01作为预筛选条件共得到421个DPMs。使用LASSO回归分析进一步筛选得到6个CpG位点。根据Pearson 相关分析,以及进一步去除具有引物错配风险及引物合成困难的位点,得到cg05460181（AUC=0.793,P<0.0001）和cg08721802（AUC= 0.893,P<0.0001）2个位点。测试阶段,通过焦磷酸测序测试2个位点在16例良性肺结节患者及34例恶性肺结节患者中的甲基化水平,发现cg08721802位点对肺良恶性结节具有较高的诊断价值（AUC=0.778,敏感度=85.29%,特异度=56.25%,P<0.01）。验证阶段,在另一个包含20例良性肺结节患者及50例恶性肺结节患者的独立样本集中对cg08721802的甲基化水平进行检测,发现其对区分良恶性肺结节仍具有临床价值（AUC=0.768,敏感度=84%,特异度=50%,P<0.01）,cg08721802位点诊断效能明显高于传统肿瘤标志物,cg08721802位点与CEA结合明显提高了对大小为6~20 mm的结节诊断价值。结论 cg08721802甲基化水平在良恶性结节患者中具有明显差异,可以作为良恶性肺结节鉴别诊断的新型分子标志物。     

基于肿瘤突变负荷构建肝细胞癌风险评分预后模型

目的:通过分析癌症基因组图谱数据库（TCGA）中肿瘤突变负荷（TMB）数据,构建并验证肝细胞癌（HCC）风险评分预后模型。方法:从TCGA数据库下载HCC患者体细胞突变数据、基因表达数据和临床信息。绘制HCC患者基因突变图谱,分析TMB水平与HCC患者预后的关系。利用生物信息学分析筛选预后基因并构建HCC风险评分预后模型,单因素及多因素分析评估模型预测能力。结果:基因突变图谱揭示了HCC患者基因突变特征。Kaplan-Meier分析显示低TMB组HCC患者总体生存率较高（χ2=6.632,P=0.01）,且较高的TMB水平与高龄（χ2=10.328,P=0.001 7）、男性（χ2=9.384,P=0.002 9）和N0分期（χ2=4.723,P=0.03）有关。将所有HCC样本随机分为训练集（n=177）和验证集（n=178）,在训练集中,生物信息学方法确定了FABP6、PFKP和PROK1 3个预后基因并构建HCC风险评分预后模型:风险评分=（0.132 08 × FABP6表达量）+（0.153 83×PFKP表达量）+（-0.180 47×PROK1表达量）。将训练集及验证集中样本按风险评分分为高风险组和低分险组,训练集中低风险组HCC患者总体生存率较高（χ2=66.725,P<0.000 1）,验证集中结果相同（χ2=38.364,P<0.000 1）。单因素及多因素分析显示,风险评分（HR＝2.016,95%CI:1.356～2.997,P<0.001）、病理分期（HR＝1.591,95%CI:1.274～1.987,P<0.001）是HCC独立的预后因素。结论:TMB水平与HCC预后相关,风险评分预后模型具有良好的预后预测能力,是HCC患者的独立预后因素。     

脑胶质瘤组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化与预后的关系

目的探讨脑胶质瘤组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化与预后的关系。方法采用甲基化特异性PCR检测102例脑胶质瘤组织及其癌旁正常组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化状态,并分析脑胶质瘤组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化状态与患者临床特征、5年总生存期的关系。结果脑胶质瘤组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化频率明显高于癌旁正常组织（P＜0.05）。WHO分级Ⅲ~Ⅳ级脑胶质瘤组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化频率明显高于Ⅰ~Ⅱ级脑胶质瘤组织（P＜0.05）。肿瘤全切除与否（HR=0.585,95%CI：0.353~0.969,P＜0.05）、肿瘤直径（HR=1.970,95%CI：1.196~3.243,P＜0.05）、WHO分级（HR=1.786,95%CI：1.110~2.874,P＜0.05）、脑胶质瘤组织NPAS2时钟基因启动子区甲基化状态（HR=2.115,95%CI：1.223~3.656,P＜0.05）是影响患者5年总生存期的独立危险因素。结论NPAS2时钟基因启动子区甲基化与脑胶质瘤恶性程度有关,其甲基化修饰是脑胶质瘤患者长期预后不良的独立危险因素。     

跨膜丝氨酸蛋白酶2与肺腺癌和肺鳞癌预后的关系

目的探讨跨膜丝氨酸蛋白酶2（TMPRSS2）在肺腺癌和肺鳞状细胞癌中的表达及其与预后的关系。方法使用Oncomine、GEPIA和UALCAN数据库分析TMPRSS2在肺腺癌和肺鳞状细胞癌中的表达水平和启动子的甲基化水平,并使用Kaplan-Meier plotter数据库分析TMPRSS2表达水平对该类患者预后的影响。基于TIMER数据库分析TMPRSS2表达与免疫细胞浸润的关系及免疫浸润对预后的影响。结果在肺腺癌和肺鳞状细胞癌中,相比正常肺组织TMPRSS2的表达量均显著降低（P<0.05）,其启动子甲基化水平均出现显著增高（P<0.05）。肺腺癌中TMPRSS2的高表达有较好的预后(HR=0.49,95%CI 0.39～0.63;P=3.9×10-9),而在肺鳞状细胞癌中无相关性（HR=1.15,95%CI 0.89～1.48;P=0.28）。肺腺癌和肺鳞状细胞癌中TMPRSS2表达与多种免疫细胞浸润有关（P<0.05）,B细胞和CD4+ T细胞浸润水平与肺腺癌患者的预后相关（P<0.05）。结论 TMPRSS2在肺腺癌和肺鳞状细胞癌组织中表达均显著下降,TMPRSS2的表达水平可能通过免疫细胞浸润影响肺腺癌患者的预后。     

X线修复交错互补基因3多态性与肺癌预后关联性的Meta分析

目的综合评价X线修复交错互补基因3（XRCC3）基因rs861539位点多态性与肺癌预后的关联性。方法计算机检索Pubmed、CBM、CNKI、万方数据库和VIP数据库,搜集国内外有关rs861539位点多态性与肺癌预后的研究,检索时限均为建库至2017年1月3日。由2位研究者独立进行文献筛选、数据提取及文献质量评价后,采用Stata12.0软件进行Meta分析。结果共纳入12篇文献,累计3603例非小细胞肺癌患者。Meta分析结果显示：XRCC3基因rs861539位点多态性与肺癌总生存期长短无统计学关联（TTvsCC：合并HR=1.10,95%CI：0.72~1.67;CTvsCC：合并HR=1.04,95%CI：0.81~1.34;TT+CTvsCC：合并HR=1.04,95%CI：0.90~1.20）。结论尚不能认为rs861539位点多态性与肺癌预后有关,受文献数量和质量限制,该结论需更多研究予以验证。     

拓展利用病案资源 突出病案服务功能

从病案信息利用的范围及病案信息利用的管理两大方面阐述了病案在信息时代所处的地位及其利用价值,同时就拓展病案利用价值提出了一些建议。     

病案信息管理发展趋势

目的探索病案信息管理未来发展方向。方法将病案信息管理过程中所涉及的问题进行分析。结果病案信息管理在医疗、教学、科研、医院管理、医疗保险、法律等起着举足轻重的作用。结论病案信息管理发生显著的变化,向数字化、高智能化的电子病案方向发展。     

服务创新是提升病案质量的保证

病案服务创新是病案工作持续发展的根本动力。病案服务创新要做到服务观念创新,服务内容创新,服务方式创新,服务机制创新。服务创新,由被动服务向主动服务转变,由单一服务向全面服务转变,由一般服务向深层次服务转变,从而更好地为医院各项建设服务。     

强迫症的亚型探讨与疗效比较

目的：探讨认知行为心理治疗（CBT）在强迫症（OCD）患者各亚型治疗中的有效性和规律性。方法：本研究为临床对照研究。符合入组标准的强迫症患者按患者自愿原则分为两组,治疗观察3、6个月。疗效评定分别运用Yale-Brown强迫量表,自拟的自评好转程度量表和临床疗效评定。结果：认知行为心理治疗合并药物治疗组31例,临床有效率70.9%,其中治愈率1.8%。单纯药物治疗组24例,临床有效率33.3%。Yale-Brown强迫量表在6个月两组有显著性差异（P〈0.05）。其中强迫症亚型（怕脏型、反复检查型和反复担心型）的疗效比较,怕脏型在治疗3个月末两组间自评量表评分有显著性差异（P〈0.05）;反复担心型在治疗6个月末两组间Yale-Brown强迫量表总分有显著性差异（P〈0.05）;反复检查型两组间无统计学差异。结论：认知行为心理治疗合并药物治疗强迫症的疗效明显优于单纯药物治疗。强迫症的亚型在治疗中的有效性次序为：反复担心型〉怕脏型〉反复检查型。     

谈文学审美过程对医务人员自身素质的影响

文学是为满足人的审美需求而产生、存在和发展的。文学以其对美的寻求、揭示、建构和表现,丰富着人们的精神世界,彰显着自身存在的价值。正如席勒所说：＂审美是人性的完成＂。文学和医学是两种互补的认识方式,文学可以说是医学的原动力。文学审美过程是促使医务人员自我完善的过程,可以提高医务人员的综合素质;促进医务人员的医患伦理建构。     

罗格列酮在多囊卵巢综合征促排卵周期中的疗效探讨

目的:探讨罗格列酮(Rosiglitazone)对有胰岛素抵抗的多囊卵巢患者促排卵治疗的影响.方法:133例临床上有PCOS(多囊卵巢综合征)表现的不孕患者通过OGTT(口服葡萄糖耐量实验)、胰岛素及C肽释放实验,检出胰岛素抵抗(IR)患者81例.将81例病人随机分为A、B、C三组,分别给予促排卵药、罗格列酮、罗格列酮与促排卵药合用,共治疗2个月经周期,比较三组用药前后及用药后三组间的Homa IR(胰岛素抵抗指数)、FFA(游离脂肪酸)、TNFα(肿瘤坏死因子)和排卵率的变化.结果:用罗格列酮治疗前后患者的Homa IR指数、血清FFA和TNFα明显下降(P＜0.05).罗格列酮与促排卵药合用排卵率明显优于单用促排卵药(P＜0.05)和单用罗格列酮(P＜0.005).结论:罗格列酮能有效地改善胰岛素抵抗,提高促排卵成功率.     

探索病案质检工作的新模式

目的通过探讨病案质检工作的新思路、新方法,以达到提高病案质量,从而提高医疗质量的目的。方法运用现代医院管理的理论知识,结合病案质检的实际将理论知识融于实践之中。结果改进了病案质检的工作模式,由单一质检转变为多元化工作模式。结论环节病历质量、终末病历质量都得到了很大提高,同时强化了临床的质量意识和自我保护意识。     

常见脉象寸口部光电血管容积图的参数分析

为了研究不同脉象与血管容积图的关系,应用“BC－4型”定量式光电血管容积仪对432例受检者（包括正常脉象和10种常见病脉）进行寸口脉光电血管容积图检测,同步进行血流动力学参数分析。结果表明,与正常脉象比较,种种病脉在寸口脉血管容积图上均显示出各种脉象的参数特征,而血流动力学指标的变化反映了不同脉象形成的心血管病理生理特点。提示寸口部光电血管容积图参数为各类病理脉象的临床诊断提供了客观化依据。     

参加死亡病例讨论对死亡病案质控的意义

目的提高死亡病案质量、医疗质量和医护人员的法律意识。方法质量控制等有关人员参加死亡病例讨论,找出问题缺陷、总结经验、吸取教训。结果发现病案首页项目填写错误或漏填较普遍,病历不能及时完成,讨论流于形式,医师自我保护意识差。结论质控人员参加死亡讨论,有利于医护合作、医药配合、科室协作、提高病历质量及医疗质量。     

对七情病因概念的形成分析

七情作为病因概念,首见南宋·陈无择<三因方>.一般对这一概念来源的讨论,多仅追溯到<黄帝内经>中有关情志致病的论述,而对于七情病因概念中可能存在的"非<内经>"内容,讨论甚少.通过分析<三因方>中与 "七情"有关的论述,笔者认为,陈无择的七情病因概念,由<素问·举痛论>"九气"、<诸病源候论>"七气"、<礼记>"七情"以及宋明理学心性论等多种元素构成.探讨这一问题,对于认识中医学概念的建构规律,正确理解和改造现代中医学七情概念有重大意义.