驻南方部队结核菌株基因分型的流行病学价值研究

目的分析南方部队结核分支杆菌分离株IS 6 110 -RFLPDNA指纹图谱 ,研究菌株指纹分型的流行病学意义。方法首先提取结核分支杆菌基因组DNA ,然后用限制性内切酶PvuⅡ切割 ,琼脂糖凝胶电泳 ,Southern转印后 ,用〔α32 P〕 -dCTP标记的IS 6 110DNA序列中的 2 4 5bp探针杂交 ,放射自显影 ,比较各菌株的IS 6 110拷贝数和带型 ,结合患者一般流行病学资料 ,分析菌株的流行特征。结果共检测分析了 14 3株部队结核分支杆菌DNA的指纹多态性。根据这些菌株的IS6 110DNA指纹多态性特征的同源性共分为 11个类型 ,以Ⅰ型 (34.3% )、Ⅱ型 (2 9.4 % )、和Ⅲ型 (14 .7% )三个型别为主 (78.3% ) ,其余各型均少于 4 %。以 2 0～ 2 9岁和 30～ 39岁组在这三型中所占比例最大 ,分别为 2 7.9%和 2 5 .2 %。初治与复治患者分离菌株的IS 6 110DNA指纹类型的分布有显著性差异 (P <0 .0 1)。所检测菌株是否具有耐药性 ,也有显著性差异 (P <0 .0 5 )。菌株耐药主要为单耐异烟肼或利福平 ,耐药菌株在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中所占比例分别是 9.8%、2 .1%和 2 .1%。结论结核分支杆菌IS 6 110 -RFLPDNA指纹分型技术是一种可靠的分型方法 ,可用于结核流行菌株的分子流行病学研究。南方部队结核分支杆菌的传播以Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型为主 ,应加强对此三型菌     

用IS6110限制性片段长度多态性方法分析中国南方部队结核分支杆菌DNA指纹特征

目的：分析南方部队结核病患者和当地患者中结核分支杆菌分离株DNA指纹特征，探讨南方部队结核病的分子流行病学特征。方法：用限制性内切酶PvuⅡ消化结核分支杆菌DNA，后用琼脂糖凝胶电泳，再用Southern免疫转印，用[α^32P]-dCTP标记的DNA IS6110序列中的245bp片段作探针，进行杂交后得到限制性片段长度多态性图谱，结合一般流行病学资料加以分析比较。结果：共检测185株结核分支杆菌分离株。检测菌株的IS6110拷贝数范围为1～22。部队患者和当地患者的IS6110拷贝数分布差异无显著姓。部队患者结核菌分离株的IS6110拷贝数主要集中在6～20个，当地分离株主要集中在7～20个；全部菌株指纹特征分成8个组，部队分离株和当地分离株均主要集中在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 3个组里。耐药菌株指纹特征在各组中的分布与敏感菌株差异有显著性；患者是否接种卡介苗在各组中的分布差异无显著性。结论：南方部队患者与当地患者结核菌分离株在遗传关系上较接近，在基因水平上相关程度较强。提示部队结核病的发生与当地结核分支杆菌菌株的传播密切相关。     

13个VNTR位点用于113株结核分支杆菌的基因分型研究

目的 应用数目可变串联重复序列（VNTR）分子分型技术，对北京地区113株肺结核临床分离菌株进行分型研究，探讨北京地区菌株DNA多态性和基因型特征。方法 采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分支杆菌13个VNTR位点进行检测，并应用Gel-Pro analyzer 3．1软件和BioNumerics3．0软件进行结果分析。结果 113株结核分支杆菌可分为4个基因型（分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ型），其中Ⅰ型占92．0％（104/113），其他3型所占比例很小，分别为Ⅱ型占4．4％（5／113），Ⅳ和Ⅴ型均为1．8％（2／113），而标准菌株H37Rv在分型中为独立的一个基因型，即Ⅲ型。结论 北京地区的结核分支杆菌存在基因多态性，其主要流行型为Ⅰ型。     

北京、广东、宁夏三地结核分支杆菌DNA指纹的应用研究

目的 分析“北京家族”结核分支杆菌,从分子流行病学角度探讨北京、广东及宁夏三地结核分支杆菌的分布特征。方法 采用Gel compare4．1软件对来自三地的206株结核分支杆菌的插入序列IS6110 DNA指纹图谱进行数字化,经互联网与世界结核分支杆菌DNA指纹库进行相似性比较;同时应用该软件对上述菌株行聚类分析;构建标准的结核分支杆菌Spoligotyping(间隔区寡核苷酸分型法)DNA指纹方法;用χ^2检验比较不同组别肺结核病人临床分离菌株成簇率的差别,同时计算相对危险度(OR)。结果 206株结核分支杆菌的IS6110 DNA指纹图谱与DNA指纹图谱库相比较,未发现相同者。56．8％(117／206)的结核分支杆菌IS6110 DNA指纹相似值在1．00—0．65之间,且它们的Spo1igotyping指纹图谱均与“北京家族”结核分支杆菌相一致;分组统计显示：男性组与女性组、年龄≥42岁组与＜42岁组成簇率之间差异有显著性(P＜0．05),OR值为男性4．43,95％CI：0．94—28．76;＜42岁为5．06,95％CI：1．00—34．34。其他各组之间差异无显著统计学意义(P＞0．05)。结论 “北京家族”结核分支杆菌在三地呈较高水平的流行;结核分支杆菌在男性和＜42岁人群中的传播频率较女性和≥42岁人群为高,且男性和＜42岁可能是三地结核病近期传播的危险因素。利用结核分支杆菌的DNA指纹图谱和互联网技术,可以实现结核分支杆菌传染源全球范围的追踪。     

河南省结核分枝杆菌IS6110DNA指纹图谱特征分析

目的：从分子流行病学角度探讨河南省结核分支杆菌的分布特征。方法：样本的获得采用全省范围等比例分层整群随机抽样;构建以IS6110 RFLPDNA指纹方法和以DR为基础的Spoligotyping DNA指纹方法;采用Gel compare4．1软件对DNA指纹图谱进行聚类（cluster）分析。结果：共获得66株可进行IS6110 RFLP DNA指纹分析的结核分支杆菌;其中59．09％（39／66）用Spoligotyping DNA指纹方法鉴定为“北京基因型”菌株。结论：北京基因型结核分支杆菌在河南省呈较高水平的流行。     

71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的初步探讨浙江省结核分枝杆菌的数目可变串联重复序列（VNTR）的分型及分布特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株，常规培养，收集菌体，提取基因组DNA，采用聚合酶链反应（PCR）分别对VNTR位点进行检测分析，基因分型聚类分析采用BioNumerics软件。结果对71株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点进行检测。结果显示明显的基因多态性。经基因聚类分析，可分4个基因群（I群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群），58个基因型。分别为I群占8．5％，含5个基因型，Ⅱ群占18．3％，含13个基因型，Ⅲ群占70．4％，含38个基因型，Ⅳ群占2．8％，含2个基因型。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌VNTRs基因存在明显的多态性，至少存在4个VNTR型，主要流行型为Ⅲ型。     

福建省耐多药结核分枝杆菌MLVA分型分析

目的 了解福建省耐多药结核分枝杆菌分子流行病学特征,为控制耐多药肺结核提供参考依据.方法 采用多位点数目可变串联重复序列基因分型(MLVA)方法,对30个监测点纳入监测的所有耐多药结核分枝杆菌分离菌株DNA进行检测,使用BioNumerics(Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 76株耐多药结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三大基因群,分别包含Ⅰ群5株(6.6％)、Ⅱ群68株(89.5％)、Ⅲ群3株(3.9％);在株水平基因分型上,有19株菌成7簇,各包含2～4株菌,成簇菌株来源于同一县区或不同县区.结论 福建省耐多药结核分枝杆菌菌株主要流行株为Ⅱ群菌株;部分菌株存在县区内,甚至跨县域的近期传播流行.     

江苏省结核分枝杆菌14个VNTRs位点的基因分型研究

目的了解江苏省结核分枝杆菌的VNTRs基因分型,发现江苏省流行的结核分枝杆菌的优势菌株,及不同地区流行菌株的基因型别差异。方法选择结核分枝杆菌基因组中14个具有明显多态性特征的VNTRs位点,对江苏省13个市的235株结核分枝杆菌进行VNTR-PCR扩增,通过聚类分析对菌株进行VNTRs基因分型。结果235株结核分枝杆菌菌株共分为8个基因型(Ⅰ～Ⅷ),其中以Ⅱ型为主要的基因型,占49.4%,其次是Ⅰ和Ⅴ型,分别占总数的22.6%和18.7%。不同地区结核分支杆菌VNTRs基因型别分布有统计学意义(P<0.001),其中V型主要分布在苏北(占90.9%),而Ⅰ型在苏南的分布明显高于苏北。结论江苏省的结核分枝杆菌具有明显的VNTRs多态性,Ⅱ型为江苏全省流行的优势菌株,约占全部菌株的1/2,但不同地区流行菌株的基因型别存在明显差异。     

多重聚合酶链反应方法在结核杆菌检测中的应用

[目的]建立结核病诊断及快速检测方法。[方法]将结核杆菌标准菌株、临床病例标本、对照标本采用多重PCR体系进行检测，以研究多重PCR方法对上述菌株检测的敏感性和特异性。[结果]多重PCR体系检测结核杆菌DNA的灵敏性最低为30～210个结核杆菌，对结核病病例和对照标本检测的灵敏度为94．6％，特异度为100％。[结论]多重PCR技术用于结核分支杆菌的鉴定简便、快速、特异，适于在卫生检疫系统和临床实验室应用。     

应用MLVA技术对吉林省294株结核分枝杆菌分型分析

目的初步探讨利用VNTR（variable number of tandem repeat）技术对吉林省294株结核分枝杆菌分型的分布特征。方法采用多位点串联重复序列（MLVA）分型方法初步选取13个分型效果较好的VNTR基因位点,采用聚合酶链反应（PCR）和琼脂糖凝胶电泳,通过BioNumerics（Versiort3．0）软件进行处理,分析吉林省耐药结核分枝杆菌的DNA多态性。结果共对294株结核分枝杆菌的13个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,主要分成13个型,其中占据主要的前三型分别为I型,占81．6％（240／294）,二型占2．1％（6／294）,三型占1．7％（5／294）,由此可以看出本次实验菌株除I型以外,其他菌株基本呈散在分布。结论分析表明吉林省结核分枝杆菌以I型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控及研究。     

Incidence and nature of human tuberculosis due to Mycobacterium africanum in South-East England: 1977-87

A total of 210 new cases of tuberculosis due to Mycobacterium africanum were registered at the South-East Regional Centre for Tuberculosis Bacteriology, Dulwich, between 1977 and 1987 inclusive. This represented 1.25% of bacteriologically-confirmed cases of tuberculosis in South-East England, an incidence slightly higher than that of disease due to M. bovis. Two variants were identified: 150 strains were typed as African I (a type associated with East Africa) and 60 as African II (a type more prevalent in West Africa). Over half the patients infected with African I strains were of Indian subcontinent ethnic origin; patients of African ethnic origin predominated in the African II group while about a fifth o patients infected with either type were of European origin. The European patients with tuberculosis due to M. africanum were notably younger than those in the same region with disease due to other tubercle bacilli. The distribution of lesions due to M. africanum was similar to that due to other tubercle bacilli in the various ethnic groups, except that genito-urinary tuberculosis was uncommon. The importance of a clinical awareness that M. africanum is a highly pathogenic and transmissible tubercle bacillus rather than an opportunist or 'atypical' mycobacterium is stressed.     

天津地区临床分离结核分枝杆菌分型的初步研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日11月25日就诊患者痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（spoligotyping）和多位点可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义，运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌／典型北京家族菌株和非典型北京菌株，Χ^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，spoligotyping结果91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌／典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄及耐药性之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均有流行，但以W菌／典型北京家族菌株为主。     

乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因突变检测研究

目的 建立HBV基因分型、耐药变异以及前C区/BC P区突变检测技术,为乙型病毒性肝炎诊断及监测提供依据.方法 选取某院2010年1月～2011年1月收治的54例乙型病毒性肝炎患者的血清样本,利用MassARRAY Assay 和PCR技术对样本进行耐药基因检测.结果 ① 54例患者中B基因型28例(51.85％)；C基因型22例(40.74％)；B,C混合基因型2例(3.70％)；无D基因型；B,C,D以外的其他基因型1例(1.85％).②54例患者中,37例对拉米夫定耐药,37例患者对拉米夫定耐药的患者中,突变基因型均为B和C基因型.突变基因型主要是180M型(56.76％),无207I型,而且突变基因多见于C基因型,比例为72.97％,高于B基因型(27.03％),比较差异有统计学意义(P＜0.05).结论 对拉米夫定耐药的患者中,HBV-DNA突变基因型主要是180M型,而且多见于C基因型,MassARRAYAssay技术可以准确检测HBV基因型及耐药基因突变位点,可以为临床诊断治疗提供依据.     

Genetic diversity and major spoligotype families of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from different regions of Turkey.

To highlight the transmission rate and major phylogenetic clades of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates, a total of 200 drug-resistant strains isolated in four different regions of Turkey (Marmara n=81; Mediterranean n=39; Aegean n=42; East Anatolia n=38), were typed by spoligotyping and IS6110-restriction fragment length polymorphism (RFLP). The major spoligotyping-defined shared-types (STs) and corresponding lineages were, ST 41 (22.5%, LAM7-TUR), ST53 (19.5%, ill-defined T super-family), ST 50 (6.5%, Haarlem 3), ST 1261 (4.5%, LAM7-TUR), ST 47 (3.5%, Haarlem 1), as well as two STs that belonged to undefined clades (ST 284, 3%, and ST 2067, 2.5%). The global distribution of major M. tuberculosis lineages among drug-resistant strains was as follows: T super-family (29%), Latin-American & Mediterranean (33.5%), Haarlem (14%), and the S lineage (3%). A high number of strains (n=29, 14.5%) showed patterns that did not fall within major clades described so far. A combination of spoligotyping and IS6110-RFLP fingerprinting methods resulted in a final clustering rate of 38.5% and a recent transmission rate of 25.5%. Our results underline the highly diverse nature of drug-resistant tuberculosis in our study population, as well as its ongoing transmission with lineages that are specific to these regions, the most predominant being the LAM7-TUR lineage which shows an enhanced phylogeographical specificity for Turkey.     

Clonal Expansion of Multidrug-Resistant and Extensively Drug-Resistant Tuberculosis, Japan

The emergence and spread of multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant (XDR) tuberculosis (TB) has raised public health concern about global control of TB. To estimate the transmission dynamics of MDR and XDR TB, we conducted a DNA fingerprinting analysis of 55 MDR/XDR Mycobacterium tuberculosis strains isolated from TB patients throughout Japan in 2002. Twenty-one (38%) of the strains were classified into 9 clusters with geographic links, which suggests that community transmission of MDR/XDR TB is ongoing. Furthermore, the XDR M. tuberculosis strains were more likely than the non–XDR MDR strains to be clustered (71% vs. 24%; p = 0.003), suggesting that transmission plays a critical role in the new incidence of XDR TB. These findings highlight the difficulty of preventing community transmission of XDR TB by conventional TB control programs and indicate an urgent need for a more appropriate strategy to contain highly developed drug-resistant TB.     

18株耐药结核分枝杆菌散在分布重复单位基因型分析

目的:了解宁波市江北区流动人口结核耐药菌株的基因型,为探讨流行病学传播规律,正确制定防控策略提供依据。方法:随机抽取江北区流动人口分离的耐药结核分枝杆菌22株,先用PCR检测耐药基因,再对耐药菌株进行MIRU基因分型,同时对12个MIRU位点的多态性进行比较。结果:随机抽取的22株耐药菌株中耐药基因阳性18株,MIRU分型结果有18种MIRU基因型,12个MIRU位点的h值为0.73～0.88之间,显示了较高的多态性(h>0.6)。结论:江北区流动人口肺结核耐药菌株MIRU基因型呈"唯一性",说明发病以内源性、散发为主。MIRU分型简单快速有效。