河南省Ⅱ型汉坦病毒基因亚型及其分布的研究

目的查明河南省Ⅱ型汉坦病毒基因亚型的分布情况。方法在河南省汉坦病毒流行严重的地区，捕捉啮齿类动物，以免疫荧光法检测阳性标本，应用汉坦病毒型特异性引物以逆转录，聚合酶链反应方法对抗原检测阳性的鼠肺标本扩增M和S基因片段上的特异核苷酸序列并测序，将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒序列进行比较，以明确基因亚型及其地理分布情况。结果褐家鼠、黄胸鼠以及小家鼠携带的病毒均为Ⅱ型汉坦病毒。序列分析发现河南省主要疫区宿主动物问流行的Ⅱ型汉坦病毒至少存在S1、S2和S3三个亚型，其中S1和S3为河南省汉坦病毒的优势流行基因亚型。结论河南省汉坦病毒的亚型较为复杂，地理分布较广。     

呼和浩特市鼠类携带汉坦病毒的基因分型

目的对呼和浩特市流行的汉坦病毒进行基因分型,为制定肾综合征出血热防制对策提供科学依据。方法对经间接免疫荧光试验初筛为阳性的鼠肺标本用汉坦病毒型特异性引物,以巢式逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增部分M和S基因片段上的目的核苷酸序列,纯化回收测序后,将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒的核苷酸序列进行比较,以明确汉坦病毒的基因型及基因亚型。结果呼和浩特市33份阳性鼠肺中,其中32份为褐家鼠肺,1份为小家鼠肺,经巢式RT-PCR扩增,用汉城病毒型特异性引物共扩增出部分S、M片段(G1、G2区)69个,经同源性和系统发生分析,褐家鼠和小家鼠所携带汉坦病毒均为汉城型S1亚型。结论呼和浩特市家鼠中流行的汉坦病毒为汉城型,与流行病学分型一致。     

辽宁省汉城型汉坦病毒基因亚型分析

目的 分析辽宁省汉城型汉坦病毒(HV)的基因亚型及其分布情况.方法 收集辽宁省内主要肾综合征出血热(HFRS)流行地区的鼠肺和病人血清标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原,应用HV特异性引物以RT-PCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,测序后与已知病毒序列进行比较分析,构建系统发生树,以明确其型别和亚型及其地理分布情况.结果 辽宁省HFRS疫区褐家鼠携带的病毒均为汉城型病毒(SEOV);对鼠肺及病人携带HV的部分M片段及部分S片段进行核苷酸序列分析表明,发现SEOV的同源性较高,变异较小,稳定性较高,而且地理位置相近地区基因组核苷酸序列的同源性很高(＞98.8％),具有小范围的地理聚集现象.结论 辽宁省流行的SEOV均为S3亚型,基因亚型分布比较单一.     

湖南省啮齿动物携带汉坦病毒的分子流行病学研究

目的研究湖南省啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别。方法采用IFA法检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性标本中HV的部分S和M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在湖南省HV流行的地区共捕获啮齿动物344只,其中6份标本HV抗原阳性,病毒携带率为1.74%。对扩增出的部分S与M片段的核苷酸序列分析表明,5份标本中的病毒为汉城型HV(SEOV),1份为汉滩型HV(HTNV)。用S(620～990 nt)与M片段G2区(2001～2301 nt)核苷酸序列所构建的系统进化树显示,湘乡褐家鼠、黄胸鼠及黄毛鼠携带的病毒均为SEOV的S4亚型;宁远褐家鼠携带的病毒为SEOV的一个新亚型;石门小家鼠携带的病毒为HTNV的H4亚型。结论湖南省为混合型HV疫区,以汉城病毒为主,并具有宿主多样性。     

云南省褐家鼠与黄胸鼠中汉坦病毒的流行病学研究

目的 研究云南省褐家鼠、黄胸鼠中汉坦病毒的感染情况及其型别，以明确基因亚型及其地理分布，为该地区肾综合征出血热（HFRS）的预防控制提供科学依据。方法 捕捉鼠类取鼠肺，冷冻切片后以间接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原，从阳性鼠肺标本中提取病毒RNA，利用RT—PCR扩增汉坦病毒S和M基因部分片段并测序分型，构建系统发生树进行系统发生分析。结果 共捕获褐家鼠和黄胸鼠307只，检测到阳性样品14份，阳性检出率为4．56％。分析部分S片段（600～999nt）与M片段G1区（140～640nt）、G2区（2003～2302nt）的核苷酸序列，及用部分S及G2核苷酸序列构建的系统发生树，将来自云南省8个地区的汉城病毒分为2个亚型：S1和S3亚型。结论 云南省主要为家鼠型HFRS疫区，汉城病毒有2个亚型，地理分布较广。     

2011-2012年鞍山地区出血热病毒基因亚型分析

目的对鞍山地区出血热基因亚型进行检测,为防制HFRS提供依据。方法收集鞍山肾综合征出血热(HFRS)流行地区的鼠肺和病人血清标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原,应用HV特异性引物,以RT-PCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸。结果鞍山市HFRS疫区褐家鼠携带的病毒均为汉城型病毒(SEO)S3亚型。结论鞍山地区流行的SEO均为S3亚型,基因亚型单一,应继续加强监测和防制工作。     

深圳市鼠类感染汉坦病毒的分子特征

目的 了解深圳市宿主动物携带汉坦病毒状况、病毒型别及分子特征.方法 笼日法捕鼠,计算鼠密度,确定鼠种构成.共捕获宿主动物472只,褐家鼠为优势鼠种,占87.29%.免疫荧光抗原阳性鼠肺标本中提取病毒RNA,应用汉坦病毒型特异性引物进行逆转录.套式PCR扩增M片段基因和核苷酸序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析.结果 21只来自我市不同区褐家鼠的鼠肺标本中均发现携带汉城型病毒,汉坦病毒M片段核苷酸同源性高达95.4%以上,属于同一亚型.系统进化树显示它们可以分为6个小进化分支,与SZ2083进化关系相对最近.但发现来源于地理位置较近的病毒株并没有显示出较高的基因组核苷酸序列的同源性,反而相隔较远的病毒株呈现出一致性.结论 深圳市汉坦病毒的主要宿主动物是褐家鼠,携带的汉城型汉坦病毒之间的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较高,但也存在一定的差异.这种差异形成的原因有待进一步研究.     

南昌市鼠类汉坦病毒检测及基因分型

摘要:目的 了解从江西省南昌市捕捉的鼠类汉坦病毒感染情况,分析汉坦病毒基因型别和基因特征。方法 捕鼠取鼠肺,冷冻切片后运用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取抗原阳性鼠肺标本RNA,采用特异性引物对部分M基因片段进行基因扩增,对扩增产物进行序列测定和基因分析。结果 共捕获鼠类130只,褐家鼠（99,76.15%）、小家鼠(13,10.00%）、黄胸鼠（18,13.85%）,其中18份汉坦病毒免疫荧光阳性,鼠类汉坦病毒携带率为13.85%,不同地区间汉坦病毒携带率差异有统计学意义（χ2=17.89,P=0.00129＜0.05）,青山湖区最高（26.67%）;对所有的免疫荧光抗原阳性鼠肺标本进行核酸检测、序列测定和分析,结果发现所有标本汉坦病毒均属汉城型S4亚型,毒株之间核苷酸同源性986%～100.0%。结论 南昌市鼠间流行的汉坦病毒为汉城型,S4亚型。     

应用逆转录聚合酶链反应和序列分析对褐家鼠肺汉坦…

目的：对来自北京西客站附近一集装箱仓库的２份汉坦病毒免疫荧光抗原阳性褐家鼠肺组织进行分型研究。方法：采用逆转录聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）和序列分析。结果：这两份褐家鼠肺标本均携带汉城型（ＳＥＯ）汉坦病毒（ＨＶ）。ＲＴ－ＰＣＲ扩增其中１份标本所携带病毒的Ｍ基因３３０ｂｐ片段，通过ｐＧＥＭ－Ｔ载体克隆进入大肠杆菌ＪＭ１０９，并进行核苷酸序列测定，经与其它ＨＶ核苷酸序列的同源性比较，其与ＳＥＯ型毒株相     

广西汉坦病毒全S基因核苷酸序列测定

目的查明广西汉坦病毒的基因型及其基因亚型。方法用夹夜法捕获宿主动物,用免疫吸附试验（ELISA）检测鼠肺标本,对汉坦病毒抗原阳性标本用RT-PCR法扩增,产物直接测序,拼接后获得全S基因序列,用生物软件进行核苷酸及氨基酸系列分析和病毒的系统进化分析。结果应用ELISA法检测鼠肺抗原792份,阳性6份,RT-PCR测定其中5毒株,基因型为汉城病毒,进一步的核苷酸序列分析均为S2亚型。结论广西汉坦病毒基因型为汉城型汉坦病毒,亚型为S2。     

浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒的分子流行病学研究

目的 研究浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别,为该地区肾综合征出血热(HFRS)的预防控制提供科学依据.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果在温州市HFRS疫区共捕获啮齿动物96只,在6份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只褐家鼠,1只黄胸鼠与1只黄毛鼠,病毒携带率为6.3%.用汉城病毒(SEOV)特异引物从其中5份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999nt)及部分M片段(2001～2301nt)并测定序列.对扩增出的部分S及M片段的核苷酸序列分析发现,5株病毒与现有的SEOV有高同源性,均为汉城型HV.但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统进化树上,5株病毒的聚集模式不同.结论温州市的褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠均携带汉城型HV,并可能发生基因片段的重排.     

广西北部地区汉坦病毒基因型研究

目的查明广西北部地区汉坦病毒的基因型及其基因亚型。方法用RT-PCR方法检测鼠肺中的汉坦病毒并对M和S片段进行扩增和测序。下载已知毒株序列并进行比较,以明确其基因型及其亚型。结果 2011年采集宿主动物肺组织标本356份,RT-PCR检测阳性12份。S片段与汉城型汉坦病毒(SEOV)的同源性较高,在86.6%~88.9%之间,与汉滩型汉坦病毒(HTNV)的同源性较低,在73.5%~74.0%之间。系统进化分析显示属于汉城型汉坦病毒的S6亚型。结论广西北部地区汉坦病毒基因型为汉城型汉坦病毒S6亚型。     

北京市褐家鼠种群遗传多态性及与汉坦病毒分布关系的研究

目的了解北京地区褐家鼠不同地理种群遗传多态性与该地区汉坦病毒（HV）基因变异及其分布可能存在的关联。方法选取北京市不同地区捕获褐家鼠，采用巢式RT—PCR法检测HVM基因片段，获得的阳性标本产物进行直接测序，构建系统发育树。另一方面对不同HV来源的宿主个体和其对应种群内随机选取的其他个体，以及其他一些地区鼠类作为参照，用随机扩增多态DNA（RAPD）技术获得褐家鼠基因组DNA多态性图谱，利用RAPDDIST和PHYLIP软件分析褐家鼠种群多态性，并与对应的北京地区的HV差异和分布进行比较。结果选用50个随机引物进行扩增，有5个引物获得清晰、多态性高的RAPD谱带。不同区域种群RAPD标记不尽相同，北京市褐家鼠地理种群之间存在一定程度的遗传分化，大部分种群遗传距离较为接近，其中采集于某农产品集散地的XFD种群遗传距离相对较大，有特异性标记条带。11个HV代表序列均为汉城型汉坦病毒，基因差异为0．1％～8．0％，可分为2个主要的支系，多数毒株变异类型在不同地域中交叉分布，但BjFT01株变异较大，成一个独立的支系。通过Bootstrap分析和系统树图比较，种群分化较大的XFD种群与该区获得1株亲缘关系相对较远的HV相对应。结论北京市不同区域HV及其褐家鼠DNA多态性均存在一定差异，不同种群尤其是输入性种群对北京HV流行影响程度不同，初步显示一些特定种群与特定的基因性别有一定的关联。XFD种群外源基因交流渗入的可能性较大，进一步证明北京市HV随着鼠类种群迁移输入的可能性极大，但仍有待于选用一些特异性标记基因多态性进行继续研究。     

云南省楚雄州汉坦病毒宿主动物及分子流行病学研究

目的 掌握汉坦病毒(HV)在云南省啮齿动物中的流行情况及其遗传特征.方法 采用笼夜法捕鼠,鼠肺标本用直接免疫荧光法检测HV抗原,用RT-PCR法检测HV核酸及分型,对产物进行序列测定,用PHYLIP软件包进行系统发生分析.结果 2005-2006年在云南省楚雄州10个县(市)居民区共捕获鼠类4属8种1421只,其中褐家鼠1056只,构成比高达74.31%,其次为黄胸鼠(19.70%).检测鼠肺组织1029份,HV抗原阳性53份,总带病毒率为5.15%,带病毒鼠种为褐家鼠(5.08%,38/748))、黄胸鼠(5.97%,12/201)、大足鼠(7.69%,2/26)和斯氏家鼠(6.25%,1/16).HV汉城型(SEO)核酸检测阳性21份(褐家鼠15份,黄胸鼠4份,大足鼠2份).获得的12个病毒S片段核苷酸序列与GenBank中国SEO型病毒R22、L99和HLD65株同源性较高,为87.1%～99.7%;与汉滩型(HTN)76-118株同源性仅为64.4%～69.1%.系统进化分析显示,楚雄州12个病毒S片段核苷酸序列与SEO型亲缘关系较近,与HTN型及其他型HV相距较远,证实这12份病毒标本均为SEO型病毒,并可分S1和S3两个亚型.结论 首次证实楚雄州10个县(市)广泛存在以褐家鼠为主要传染源的HFRS家鼠型疫源地及SEO型病毒的流行.分析发现SEO型不同亚型病毒的分布有其地域特点和独立性.     

2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型和基因亚型分析

目的 了解2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型别和基因亚型。方法 选取江西省肾综合征出血热疫情发生地区捕鼠,收集鼠肺标本,采用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取阳性鼠肺标本核酸,设计并采用特异性引物分别对病毒的S、M、L 3个基因进行RT - PCR扩增,对扩增产物测序和分析。结果 共捕鼠2 235只,其中汉坦病毒阳性的86只,阳性率3.85%,流行的HV基因型为汉滩型(Hantaan orthohantavirus,HTNV)和汉城型（Seoul orthohantavirus,SEOV）。江西省HTNV之间S、M、L 3个基因核苷酸的同源性为93.4%～100%,与国内外HTNV参考株3个基因核苷酸的同源性为77.3%～88.0%,在3个基因系统进化树上均呈独立分支;M基因系统进化分析发现江西省SEOV分布在S3、S4亚型分支以及1个独立的进化分支,该独立分支的9株SEOV与国内外SEOV M基因核苷酸同源性仅为84.3%～88.7%。结论 江西省啮齿动物流行的HV为HTNV和SEOV 2种基因型别,其中HTNV为新的基因亚型,SEOV存在3个基因亚型:S3、S4和1个新的基因亚型。     

浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究

目的 研究浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增阳性样品中HV的部分S片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果 在慈溪市肾综合征出血热(HFRS)疫点共捕获啮齿动物243只,在7份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只为褐家鼠,3只为黄胸鼠,病毒携带率为2.88%.用汉城型病毒(SEOV)特异性引物从6份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999 nt)并测定了序列.对扩增出的部分S片段核苷酸序列分析表明,6株病毒与现有的SEOV有最高的同源性,均为SEOV.用部分S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,6株病毒构成两个单元支,其中由褐家鼠携带的3株病毒与BjHD01株病毒的亲缘关系最近,分在同一分支,由黄胸鼠携带的3株病毒构成另一分支,与L99、R22及Hb8610株的亲缘关系较近.结论 慈溪市的褐家鼠与黄胸鼠分别携带一种不同亚型的SEOV,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性,并支持宿主与汉坦病毒共进化的理论.     

中国大林姬鼠携带Amur类汉坦病毒及其分子生物学特征分析

目的 确定中国大林姬鼠是否存在Amur类汉坦病毒及其分子生物学特征。方法 应用RT-PCR法扩增大林姬鼠肺组织中汉坦病毒M基因片段和S基因全长,目的片段经测定其核苷酸序列后,用DNASTAR软件进行同源性比对和系统发育分析。结果 从东北大林姬鼠肺标本JilinAP06中分别扩增出长度383 bp（M基因）和1696 bp（S基因）大小的目的eDNA片段,其S基因全长由1696个核苷酸组成,完整的开放阅读框从37位核苷酸至1323位核苷酸,共1287个核苷酸,编码429个氨基酸的蛋白。JilinAP06 S基因与1378、Liu株同源性最高,与H5株同源性次之,与AP63、AP61和AP1371同源性为91．0%～91．7%,与76．118同源性为81．0%。S全序列基因推导的氨基酸序列与其他汉坦病毒已知序列比较显示：JilinAP06与AP1371同源性最高（98．4%）,与AP61同源性为98．1%,与AP63和Liu、B78和H5株同源性为97．2%～97．9%,与76-118同源性为95．1%。系统发育分析结果显示：JilinAP06与Amur类汉坦病毒构成一个相对独立的分支。M基因片段同源性比较和系统发育分分析结果与基于S基因全长得到的结果一致.结论 中国大林姬鼠存在Amur类病毒，大林姬鼠很可能为Amur类病毒的自然宿主和人群Amur类病毒感染的重要来源。