组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对食管癌细胞ncRNA/mRNA表达谱的影响

目的:分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA处理前后,食管癌细胞株EC109中差异表达的非编码RNA(ncRNA)和mRNA表达谱,初步预测与TSA作用相关的ncRNA和mRNA。方法:采用MTT、细胞周期等方法检测TSA的效应;运用应用芯片技术分别检测TSA处理前后EC109细胞中ncRNA和mRNA表达谱变化,并对差异ncRNA和mRNA表达谱进行整合分析。结果:TSA以剂量时间依赖方式抑制细胞增殖,细胞周期阻滞和凋亡的发生。芯片检测共发现461个ncRNA和758个mRNA显著性差异表达,生物信息学分析显示差异涉及红比霉素、阿霉素代谢过程、氧化还原、核小体的装配、染色质结构组织和端粒的结构组织等。通过数据库分析预测及整合分析,得到了361个ncRNA-mRNA靶基因对。结论:差异表达的ncRNA和mRNA对TSA的生物学效应密切关联,为进一步研究基因功能及其在肿瘤中的生物学意义奠定基础。     

百草枯致小鼠肺泡上皮细胞损伤过程中microRNA表达谱分析

目的 研究百草枯(PQ)致小鼠肺泡上皮细胞损伤过程中microRNA(miRNA)表达谱的变化,并预测差异表达的miRNA靶基因和相关的生物学功能.方法 体外培养小鼠肺泡上皮细胞系MLE12细胞,加入不同浓度的PQ,通过CCK-8方法检测细胞活力以及流式细胞术检测细胞凋亡率,最终选择100μ MPQ作为合适的实验浓度.进一步设立对照组和实验组,对照组加入等量PBS的培养液,实验组加入100μ MPQ的培养液,24h后用基因芯片检测两组microRNA表达谱的改变,分析差异表达的miRNA并用生物信息学方法预测靶基因及相关信号调节通路.结果 100μmol/LPQ处理MLE-12细胞24h后,细胞活性下降约50％,细胞凋亡率约15％.基因芯片共筛选出11个差异表达的miRNA,其中1个被上调,10个被下调.预测这些上下调的miRNA靶基因与细胞的线粒体凋亡途径以及DNA的甲基化相关,参与PI3K-Akt、mTOR、RAS、TNF和MAPK等与氧化应激以及凋亡相关的信号通路的调节.结论 PQ对小鼠肺泡上皮细胞的损伤进程中microRNA表达谱发生了改变,这些差异表达的miRNA可能是细胞氧化应激及凋亡的重要调节因素.     

基因芯片在宫颈癌中的研究进展

基因芯片是分子生物学领域的技术之一,是20世纪90年代以来发展的一种基因筛选技术,具有高通量、快速等优点。近年来,随着相关技术和设备的进步,基因芯片的应用更为广泛,尤其在医学领域有较快发展。应用基因芯片技术,可对肿瘤的发生、发展进行研究,并从基因水平上探究相关机制,给临床治疗等提供帮助。宫颈癌是女性常见的生殖系统肿瘤之一,宫颈癌的发生与人乳头瘤病毒(HPV)的感染密切相关。应用基因芯片技术不仅可以绘制宫颈癌的表达谱,进行HPV感染情况的分析,还可以对宫颈癌的病理分型、浸润及治疗机制进行基因水平的分析,以指导临床决策。     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对靶基因进行预测,利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析,明确lnc RNA的功能。结果:癌组织和癌旁组织之间差异表达的lnc RNA共318个,与癌旁组织比较,癌组织中193个lnc RNA表达上调,125个lnc RNA表达下调(P<0.01)。富集分析表明共有5个GO类别,其中细胞成分有3个,生物过程有1个,分子功能有1个,均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论:新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lnc RNA的表达水平与癌旁组织有明显差异,差异表达的lnc RNA可能参与食管癌的复杂调控网络,并与肿瘤发生和发展有一定的关系。