桥接整合因子1 去甲基化诱导细胞周期阻滞抑制食管鳞状细胞癌EC109细胞增殖

目的：分析桥接整合因子1（bridging integrator-1, Bin1）去甲基化对Bin1 基因表达和食管鳞状细胞癌EC109 细胞增殖能力的影响,并初步探讨其可能的作用机制。方法：甲基化特异性PCR（methylation specific polymerase chain reaction, MSP）法检测去甲基化药物5-氮杂-2''脱氧胞苷（5-Aza-2''-deoxycytidine, 5-Aza-dc）处理后EC109 细胞Bin1 启动子区域的甲基化状态,用qPCR、Western blotting 和MTT法分别检测单独5-Aza-dc 和5-Aza-dc 加转染Bin1 基因干扰片段（Bin1 siRNA）处理对EC109 细胞Bin1 mRNA及其蛋白表达和细胞增殖能力的影响,流式细胞术和Western blotting 检测5-Aza-dc 处理后EC109 细胞周期和细胞周期相关蛋白（Cyclin D1 与CDK4）表达的变化。结果：去甲基化药物5-Aza-dc 处理后,EC109 细胞Bin1 基因启动子区域发生去甲基化。5-Aza-dc 处理的Bin1 去甲基化EC109 细胞Bin1 mRNA和蛋白表达明显上调（均P<0.05）,细胞增殖能力明显下降（P<0.05）,细胞阻滞在G0/G1 期,表现为S 期细胞比例显著减少,细胞周期相关蛋白Cyclin D、CDK4 表达均明显下调（均P<0.05）。Bin1 去甲基化EC109 细胞转染Bin1 siRNA后,Bin1 mRNA和蛋白表达明显下调,细胞增殖能力增强（均P<0.05）。结论：Bin1 基因启动子区域在EC109 细胞中呈完全甲基化状态,5-Aza-dc 去甲基化可使食管鳞癌细胞EC109 细胞Bin1 表达升高,通过降低细胞周期相关蛋白表达诱导细胞周期阻滞抑制EC109 细胞增殖。证实表观遗传学变化可能与食管癌细胞恶性增殖有关,可为食管癌治疗提供新的思路。     

鼻咽癌患者外周血全基因组表达谱芯片结果初步分析

目的:从外周血水平比较健康对照者及鼻咽癌患者的外周血基因表达谱差异,寻找新的mRNA分子标志。方法:选取20例鼻咽癌患者和20名健康对照者进入本研究,两组性别、年龄基本匹配。采用QIAGENRNeasy○RMini Kit分离纯化外周血mRNA,行Agilent人类全基因寡核苷酸芯片检测。利用Gene Spring 10.0软件采用t-test une-qual unpaired算法,计算P<0.05时的差异基因并按差异倍数排序。利用Gene spring软件及DAVID Bioinformatics Resources 6.7对前期筛选的差异基因进行聚类分析,GO分析、Pathway分析,分析差异基因功能分类及相关通路。结果:差异倍数≥1.5倍且P<0.05的包含1 257个探针(上调687个,下调570个);差异倍数≥2.0倍的包含171个探针(上调132个,下调39个)。差异基因主要与细胞周期、免疫反应及对病毒的反应等生物学过程有关;主要参与肿瘤信号通路、细胞周期通路和p53信号通路等。结论:用全基因组表达谱芯片可以筛选出鼻咽癌患者与健康对照者外周血中的差异表达基因,进一步筛选这些基因可能寻找到鼻咽癌诊断相关的mRNA分子标志。     

曲古霉素A对人膀胱癌细胞EJ增殖的影响及其作用机制

目的 探讨曲古霉素A(TSA)对人膀胱癌细胞EJ增殖及WNT抑制因子-1(WIF-1)mRNA表达的影响,并分析其可能的作用机制.方法 采用四甲基偶氮唑蓝(MTT)比色法检测不同浓度的TSA对人膀胱癌细胞EJ增殖的影响;采用流式细胞术检测经TSA处理后人膀胱癌细胞EJ的细胞周期分布情况;采用实时逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测用药前后人膀胱癌细胞EJ中WIF-1 mRNA的表达情况;采用染色质免疫沉淀技术分析用药前后WIF-1基因启动子区组蛋白H3第9位赖氨酸(H3-K9)的乙酰化状态.结果 MTT比色法检测结果显示,处理72 h后,0.1、0.2、0.4、0.8和1.6μmol/L人膀胱癌细胞EJ的增殖抑制率均高于空白对照组(P﹤0.05).流式细胞仪检测结果显示,人膀胱癌细胞EJ经0.2、0.4和0.8μmol/L浓度的TSA处理72 h后,G0/G1期、G2/M期细胞的数量随着TSA浓度的升高而逐渐增加,S期细胞的数量随着TSA浓度的升高而逐渐减少.RT-PCR检测结果显示,与空白对照组相比,不同浓度(0.2、0.4和0.8μmol/L)的TSA处理24、48、72 h后,人膀胱癌细胞EJ中WIF-1 mRNA的相对表达量均升高(P﹤0.05).琼脂糖凝胶电泳结果显示,电泳条带符合预期的片段长度,经TSA处理后,人膀胱癌细胞EJ中扩增出目的片段,且随着TSA浓度的增加,目的片段的产物增多.结论 TSA对人膀胱癌细胞EJ的增殖具有抑制作用,其作用机制可能涉及细胞周期阻滞、WIF-1基因启动子区组蛋白H3-K9乙酰化水平升高及该基因的表达水平升高.     

抑制酰基-辅酶A去饱和酶1表达对食管鳞癌细胞增殖和凋亡的影响及其分子机制探讨

目的:检测酰基-辅酶A去饱和酶1(stearoyl-CoA desaturase-1,SCD-1)在食管鳞癌组织和细胞中的表达,分析其表达下调对食管鳞癌EC1细胞增殖和凋亡的影响,并探讨其相关的分子机制.方法:采用免疫组织化学和原位杂交法检测60例食管鳞癌组织及其相应癌旁正常食管黏膜组织中SCD-1 mRNA和蛋白的表达,实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法检测正常食管组织(作为阴性对照)和食管鳞癌细胞株中SCD-1 mRNA和蛋白的表达.不同浓度SCD-1小干扰RNA (small interfering RNA,siRNA)转染食管鳞癌EC1细胞后,采用实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法检测SCD-1 mRNA和蛋白的表达,应用CCK-8法检测转染前后EC1细胞增殖的变化,FCM检测转染前后EC1细胞凋亡的改变,蛋白质印迹法检测总Akt、p-Akt、bcl-2和bax蛋白的表达.结果:食管鳞癌组织中SCD-1 mRNA和蛋白表达的阳性率显著高于正常食管黏膜组织(P＜0.05),其表达上调与肿瘤组织分级、TNM分期和淋巴结转移密切相关(P＜0.05).此外,与正常食管组织相比,食管鳞癌EC9706、Eca109和EC1细胞中SCD-1 mRNA和蛋白表达均显著上调(P＜0.05),其中EC1细胞中SCD-1的表达水平最高.50 nmol/L SCD-1 siRNA能显著下调EC1细胞中SCD-1 mRNA和蛋白的表达.SCD-1表达下调可显著抑制EC1细胞的增殖,诱导细胞凋亡;同时,显著上调bax蛋白的表达,并下调p-Akt和bcl-2蛋白的表达,但不改变总Akt的表达水平.结论:SCD-1可能在食管鳞癌的发生和发展中具有重要作用,抑制SCD-1的表达有望成为食管鳞癌重要的分子治疗策略之一.     

基因表达谱芯片胃癌差异表达基因的筛选

目的:利用基因表达谱芯片研究胃癌组织中差异表达的基因,从多基因角度研究胃癌发生的分子机制.方法:抽提6例胃癌组织和相应的癌旁组织的总RNA,反转录成cDNA同时进行标记.将标记的cDNA与基因表达谱芯片杂交,经过芯片的扫描和数据处理,分析出胃癌组织和癌旁组织之间差异表达的基因.结果:通过对胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱的比较分析,发现在胃癌组织中表达差异＞2倍的基因共有696个,其中表达上调的基因318个,表达下调的基因378个.差异表达的基因主要参与信号转导、免疫反应和细胞运动等生物学过程.结论:胃癌组织与癌旁组织的表达谱存在较大差异,利用基因表达谱芯片可筛选出胃癌差异表达的基因,从而有利于在临床上对肿瘤的诊断和治疗.     

曲古菌素A通过抑制MAPK/ERK通路上调食管癌EC1细胞CAR的表达

摘 要　目的：观察曲古菌素A（trichostatin A,TSA）对人食管癌细胞EC1膜表面柯萨奇病毒-腺病毒受体(Coxsachievirus and adenovirus receptor, CAR)表达水平的影响,探讨MAPK/ERK信号通路在TSA上调CAR表达中的作用。方法：0.3、0.5、1.0 μmol/L的TSA处理EC1细胞48 h,采用免疫荧光、RT-PCR、Western blotting检测CAR的表达。以1.0 μmol/L TSA作用EC1细胞1、6、12、24、48 h,Western blotting检测p-ERK、CAR表达水平的变化,分析CAR表达和p-ERK水平变化的相关性。结果：0.3、0.5、1.0 μmol/L TSA处理EC1细胞后,CAR蛋白和mRNA水平均明显增加（P<0.05),并呈剂量依赖关系。1.0 μmol/L TSA作用EC1细胞6、12、24、48 h后,CAR蛋白表达较对照组均明显增加（P<0.05);p-ERK表达水平均明显下降（P<0.05),两者变化呈显著负相关（r=-0.886,P<0.01)。结论：TSA能够上调人食管癌EC1细胞膜表面CAR的表达水平,其机制可能与其抑制MAPK/ERK通路有关。     

曲古抑菌素A对人肝癌细胞增殖凋亡影响及其机制的探讨

目的:观察曲古抑菌素A(TSA)对人肝癌SMMC-7721细胞的增殖凋亡及细胞周期的影响,探讨其作用机制。方法:设TSA处理组和对照组。光镜观察细胞形态;噻唑蓝(MTT)比色法检测增殖抑制;流式细胞术(FCM)检测细胞凋亡及细胞周期变化;RT-PCR法检测HDAC1mRNA的表达。结果:TSA处理组细胞增殖减慢,形态改变,增殖抑制作用呈明显剂量和时间依赖关系,同一浓度下,24h的抑制效果最佳;FCM检测结果显示,不同浓度TSA作用24h后,细胞凋亡率明显升高,早期凋亡率由8.72%升至18.22%(P=0.026),TSA处理后,G0/G1期细胞明显增加,由28.97%升至52.31%(P=0.043),S期细胞由26.01%升至34.28%(P=0.051),G2/M期细胞由45.02%降至13.41%(P=0.036),细胞被阻滞于G0/G1期;RT-PCR法检测结果显示,HDAC1mRNA的表达明显减少,由0.34±0.02降至(0.11±0.01),P=0.020。结论:TSA对SMMC-7721有显著的抑制增殖和诱导凋亡作用,其机制可能与抑制HDAC1的活性,下调HDAC1mRNA表达及阻滞细胞周期有关。     

组蛋白去乙酰化酶抑制剂提高腺病毒对K562细胞转染及杀伤效率的研究

 目的　研究通过观察组蛋白去乙酰化酶（histone deacetylase,HDAC）抑制剂曲古抑菌素A（trichostatin A,TSA）对人类白血病细胞系K562 CAR表达水平的影响,并探讨HDAC抑制剂在以腺病毒为载体的基因治疗中的应用价值。方法　在mRNA和蛋白水平检测TSA处理K562细胞前后CAR的表达情况,采用流式细胞术测定病毒的转染效率,四甲基偶氮唑蓝（MTT）法检测腺病毒及其携带的基因的体外抗瘤效应。结果　TSA处理后,K562细胞CAR 的mRNA 和蛋白表达明显增高;流式细胞仪分析ADV-GFP转染K562 后GFP的表达发现：未处理组的转染率为（8.74±0.34）％,1、10 和100 nmol／L TSA处理细胞48 h后的转染率分别为（12.26±0.55）％、（20.83±1.22）％和（28.66±0.43）％。未处理组与处理组间及各处理组间转染效率的差异有统计学意义（P＜0.05）。MTT结果表明腺病毒M1介导的体外杀伤效应TSA处理组比未处理组增强（P＜0.05）,TSA各处理组间的体外杀伤效应随TSA浓度的提高而增强（P＜0.05）。结论　低浓度的TSA可以增强腺病毒对K562细胞的感染及杀伤效率,可以提高以腺病毒为载体的血液肿瘤基因治疗的疗效。     

慢性镉暴露下食管鳞状细胞癌细胞的lncRNA-mRNA共表达网络分析

目的：构建食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞在慢性低浓度镉暴露诱导下的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA的共表达网络，探讨关键lncRNA和mRNA在镉促ESCC演进及放化疗抵抗中的潜在功能及分子机制。方法：EC109细胞持续暴露于5μmol/L氯化镉培养12周，构建慢性镉暴露ESCC细胞模型CCT-EC109。采用Illumina NovaSeq 6000系统对暴露株CCT-EC109和亲本株EC109细胞进行全转录组测序，运用生物信息学方法分析差异lncRNA和mRNA表达谱，利用基因本体(GO)和京都基因与基因组大百科全书(KEGG)对差异lncRNA的靶基因进行功能分析，根据Pearson相关系数利用Cytoscape软件构建lncRNA-mRNA共表达网络，并对筛选的lncRNA和mRNA进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证。结果：EC109细胞与CCT-EC109细胞存在差异表达lncRNA(DE-lncRNA) 2 794个，差异mRNA(DE-mRNA) 4 267个；DE-lncRNA的靶基因与DE-mRNA取交集，获得1 546个DE-lncRNA调控的镉暴露...     

miRNA-4686通过靶向PDIA4影响食管癌细胞增殖和迁移

目的探讨miRNA-4686(miR-4686)和蛋白质二硫键异构酶A4(PDIA4)在食管癌组织和细胞中的表达, 以及miR-4686体外对食管癌细胞增殖和迁移能力的影响及可能机制。方法采用miRWalk version 3在线网站预测到miR-4686与PDIA4 mRNA互补结合。利用从加州大学圣克鲁兹分校基因组(UCSC)数据库获得的miR-4686和PDIA4 mRNA的表达谱, 分析食管癌组织和癌旁组织中miR-4686和PDIA4 mRNA相对表达量。从UCSC数据库获得miR-4686在人体细胞中的定位。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测食管癌细胞Eca109、TE-13、EC9706、KYSE-510与正常食管上皮细胞HET-1A中miR-4686和PDIA4 mRNA的相对表达量。选择miR-4686相对表达量最低的Eca109细胞进行后续研究。将Eca109细胞分为miR-4686组(转染miR-4686模拟物)和miR-NC组(转染miR-4686阴性对照序列模拟物)。通过克隆形成实验检测两组Eca109细胞增殖能力, 划痕愈合实验检测Eca10...     

耐阿霉素食管癌细胞株EC9706/ADM的EMT-MET现象及机制

目的:建立耐阿霉素食管癌细胞株EC9706/ADM，探讨耐药细胞的EMT-MET现象及机制。方法:采用中等浓度间歇法建立耐阿霉素食管癌细胞株EC9706/ADM，用MTT法测定细胞的耐药指数及多药耐药性，Transwell小室实验检测耐药细胞的体外侵袭能力，实时荧光定量PCR和Western blot 检测细胞在不同黏附时间EMT相关分子标志物E-cadherin、N-cadherin、Vimentin、Fibronectin和基质金属蛋白酶MMP2、MMP7、MMP9等的表达。结果:成功建立耐阿霉素食管癌细胞株EC9706/ADM，细胞的耐药指数为32.2，对顺铂、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺产生交叉耐药性。与EC9706亲本细胞相比，EC9706/ADM细胞体外侵袭能力明显增强。黏附实验中，在黏附早期，耐药细胞 E-cadherin表达降低而N-cadherin表达显著增高，黏附后期，E-cadherin表达升高而N-cadherin表达显著降低，基质金属酶在细胞黏附过程中表达均升高。结论:食管癌耐阿霉素细胞EC9706/ADM侵袭能力增强，可能与基质金属酶表达量增高和细胞发生EMT-MET转换相关。     

miRNA-1靶向DDX5抑制食管癌细胞增殖、迁移及侵袭

目的:探讨微小RNA(miR)-1对食管癌细胞株EC-109生长、侵袭及迁移的影响和其相关作用调控机制。方法:采用脂质体瞬时转染技术，对体外培养的EC-109细胞转染miR-1 mimics，分别采用CCK-8法和Transwell实验检测miRNA-1对食管癌细胞增殖、侵袭及迁移能力的影响；生物信息学预测miR-1可能的靶基因，并用双荧光素酶报告基因和Western blot法验证其靶基因。结果:过表达miRNA-1后，CCK-8和Transwell实验结果显示食管癌细胞的增殖、侵袭及迁移能力显著降低(P<0.05)；生物信息学分析显示DDX5可能是miR-1的靶基因；双荧光素酶报告基因结果显示miR-1与DDX5 mRNA 3' UTR相结合；Western blot结果显示高表达miR-1后，DDX5表达下降。结论:miRNA-1可能通过靶向负调控DDX5的表达抑制食管癌细胞增殖、迁移及侵袭。     

牙龈卟啉单胞菌脂多糖促进食管鳞癌细胞的增殖和迁移

目的:评估牙龈卟啉单胞菌脂多糖（Pg-LPS）对食管鳞癌细胞增殖、迁移能力的影响，探索其可能的机制。方法:培养Het-1A和EC109细胞，实验组加入不同浓度Pg-LPS，对照组加入等量培养基。分别采用CCK-8、Transwell迁移实验或细胞划痕实验检测两组细胞增殖、迁移能力的变化；qRT-PCR、Western blot技术检测增殖、迁移相关基因表达量的改变。结果:Het-1A细胞经Pg-LPS作用24 h、48 h后，其光密度值较对照组显著上升。EC109细胞在5 μg/mL及10 μg/mL的Pg-LPS作用后24 h、48 h与对照组相比光密度值上升；1 μg/mL的Pg-LPS作用24 h后光密度值较对照组上升，差异有统计学意义（P<0.05），而作用48 h后，无明显统计学差异（P>0.05）。Pg-LPS作用后，Het-1A细胞穿膜数量多于对照组，EC109细胞相对覆盖面积高于对照组。Pg-LPS作用后Het-1A和EC109细胞增殖、迁移相关基因mRNA及ARTN蛋白表达量较对照组明显升高。结论:Pg-LPS可以促进Het-1A和EC109细胞的增殖、迁移；Pg-LPS作用于细胞后ARTN的表达量增加，进一步促进AKT1、CCND1、MTA1、CXCR4表达，可能是Pg-LPS影响食管鳞癌细胞增殖和迁移的机制之一。     

乳腺癌竞争内源性RNA网络构建与分析

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库中的乳腺癌数据进行综合分析，寻找在乳腺癌中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA）、微小RNA（microRNA，miRNA）和信使RNA（messenger RNA，mRNA），构建乳腺癌竞争内源性RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）网络，识别和预测ceRNA网络在乳腺癌中的作用。方法:下载TCGA数据库中乳腺癌组织样本基因表达谱数据，寻找差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA，通过miRcode、miRTarBase、TargetScan和miRDB四个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析，构建以上调和下调的miRNA为中心的ceRNA网络。采用Kaplan-Meier法分析乳腺癌ceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系，采用基因富集分析法对乳腺癌ceRNA网络中mRNA基因功能和调控通路进行分析。结果:在乳腺癌中异常表达的350个lncRNA、185个miRNA和2 928个mRNA中，分别有23个lncRNA、27个miRNA、70个mRNA参与构建乳腺癌的ceRNA网络。Kaplan-Meier生存分析显示，lncRNA MAGI2-AS3（P=0.01）、GRIK1-AS1（P=0.03）以及miRNA hsa-miR-301b（P=0.01）、hsa-miR-503（P=0.04）和mRNA CCNE1（P=0.01）、KPNA2（P=0.02）、FLI1（P=0.02）、TGFBR2（P=0.02）这8个基因与乳腺癌患者的生存预后显著相关。70个mRNA主要被富集到20条通路上，其中有15条通路与肿瘤有关，最显著的通路为“Pathways in cancer”。结论:ceRNA网络在乳腺癌中发挥着重要的作用，多种差异表达基因与乳腺癌预后相关，可能成为潜在的肿瘤诊断标志物和治疗靶点。     

PARP1对黑素瘤细胞克隆形成的影响及其作用机制

目的:探究聚二磷酸腺苷核糖多聚酶1［poly (ADP-ribose) polymerase 1,PARP1］对黑素瘤细胞克隆形成的影响及可能的作用机制。方法:在黑素瘤A2058细胞系中利用小干扰RNA干涉PARP1表达水平,利用平板克隆形成实验观察干涉PARP1对黑素瘤细胞克隆形成的影响。提取PARP1干涉片段及对照片段转染细胞的总RNA进行全基因组表达谱芯片检测。Realtime RT-PCR对部分差异性基因进行验证。应用DAVID数据库对差异性基因进行GO及KEGG通路富集分析。Realtime RT-PCR对富集分析结果中可疑靶基因进行验证。结果:干涉PARP1表达可显著抑制黑素瘤细胞克隆形成。全基因组芯片结果显示干涉PARP1表达可引起128个基因表达上调,77个基因表达下调。通过Realtime RT-PCR对部分差异表达基因进行验证,结果表明与芯片筛选结果一致。GO和KEGG富集分析结果显示PARP1调控的差异性表达基因在生物学功能及参与的信号通路中存在部分交集,即MAPK信号通路及其正向调控机制。双特异性磷酸酶5（DUSP5）作为MAPK通路中的抑制分子,Realtime RT-PCR证实干涉PARP1可促进其表达水平升高。结论:干涉PARP1可能通过促进DUSP5表达从而抑制MAPK信号通路活性,进而发挥抑制黑素瘤细胞克隆形成的作用。     

LNC01852通过调控Bcl-2对食管癌EC9706细胞增殖和凋亡的影响及作用机制

目的:探究长链非编码RNA LNC01852对食管癌EC9706细胞增殖和凋亡的影响及其作用机制。方法:选取人食管癌细胞系EC9706、KYSE30、TE-13和人食管黏膜上皮细胞系HET-1A为研究对象,分别采用siRNA基因敲减技术、实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）、蛋白质免疫印迹（Western blot）、MTS细胞增殖实验、克隆形成实验和流式细胞术细胞凋亡实验观察LNC01852对食管癌EC9706细胞增殖和凋亡能力以及对p53-Bcl-2/Bax凋亡信号通路标志分子mRNA和蛋白表达的影响。结果:qRT-PCR结果表明,人食管癌细胞系中LNC01852的表达较食管黏膜上皮细胞系HET-1A明显升高,差异有统计学意义（P＜0.05）;MTS细胞增殖实验、克隆形成实验和流式细胞术细胞凋亡实验结果表明,转染siLNC01852能够明显抑制人食管癌EC9706细胞中LNC01852的表达,同时抑制细胞的增殖能力和菌落形成能力,并促进细胞发生凋亡;此外,qRT-PCR和Western blot结果进一步证实,敲减LNC01852能够明显上调人食管癌EC9706细胞中促凋亡分子p53和Bax的mRNA和蛋白表达,同时明显抑制抗凋亡分子Bcl-2的mRNA和蛋白表达,差异有统计学意义（P＜0.05）。结论:LNC01852通过介导p53-Bcl-2/Bax凋亡信号影响人食管癌细胞增殖和凋亡,提示靶向LNC01852及其下游p53-Bcl-2/Bax凋亡信号,有望为临床食管癌治疗提供新的靶点和理论依据。     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的：对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA（lncRNA）表达谱进行分析，并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法：采用基因芯片技术，对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lncRNA进行筛选，通过lncRNA-mRNA共表达网络对靶基因进行预测，利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析，明确lncRNA的功能。结果：癌组织和癌旁组织之间差异表达的lncRNA共318个，与癌旁组织比较，癌组织中193个lncRNA表达上调，125个lncRNA表达下调（P < 0.01）。富集分析表明共有5个GO类别，其中细胞成分有3个，生物过程有1个，分子功能有1个，均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论：新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lncRNA的表达水平与癌旁组织有明显差异，差异表达的lncRNA可能参与食管癌的复杂调控网络，并与肿瘤发生和发展有一定的关系。     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对靶基因进行预测,利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析,明确lnc RNA的功能。结果:癌组织和癌旁组织之间差异表达的lnc RNA共318个,与癌旁组织比较,癌组织中193个lnc RNA表达上调,125个lnc RNA表达下调(P<0.01)。富集分析表明共有5个GO类别,其中细胞成分有3个,生物过程有1个,分子功能有1个,均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论:新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lnc RNA的表达水平与癌旁组织有明显差异,差异表达的lnc RNA可能参与食管癌的复杂调控网络,并与肿瘤发生和发展有一定的关系。     

子宫内膜癌淋巴结转移相关基因的生物信息学分析

目的：基于芯片数据分析和生物信息学方法挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的潜在差异表达基因。方法：在GEO数据库中筛选子宫内膜癌淋巴结转移相关的mRNA表达谱芯片数据,分析mRNA表达谱,筛选差异表达基因;通过生物学过程注释、生物信号通路富集、文本挖掘及蛋白/基因相互作用等综合生物信息学方法再次分析,挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的信号通路和基因。结果：在GEO 数据库获得GSE2109、GSE39099 芯片数据,将共同差异表达基因及信号通路富集, 获得8 条与子宫内膜癌淋巴结转移显著相关的信号通路（type I interferon、interferon-gamma-mediated、PI3K-Akt、Rap1、TGF-beta、cGMP-PKG、Wnt、Ras）及调控这些信号通路的14 个差异表达基因,其中11 个基因与宫内膜癌淋巴结转移相关并且形成蛋白相互作用网络。PI3K-Akt 信号通路可能是子宫内膜癌淋巴结转移的重要信号通路,基因VEGFC、IRS1 可能是子宫内膜癌淋巴结转移相关的重要候选基因。结论：通过对芯片数据生物信息学分析,筛选出与子宫内膜癌淋巴结转移相关的8条信号通路及11个差异表达基因。     

食管癌细胞系KYSE150中RNA干扰MTA1的基因芯片分析

目的探讨MTA1对食管癌转移相关基因的影响。方法用RNA干扰的方法在食管癌细胞系KYSE150中沉默MTA1基因的表达,随后进行转移相关基因芯片分析。以两次芯片分析中均上调2倍以上(或下调1/2)为差异显著基因。通过DIVID生物信息学数据库进行gene ontology的通路分析。结果在两次基因芯片分析中均有意义上调的基因共有7个,分别是LAMC1、MMP14、MMP15、MDM2、API5、ODC1、PTGS2;而两次均显著下调的基因共有14个,它们是CSF1R、HGF、IGF2、ITGA6、MMP9、MMP11、MMP13、CASP8、CTSD、TMPRSS4、THBS2、TIMP1、ENPP2、SNCG。通过在DAVID生物信息学数据库中对上述表达差异显著的基因进行通路分析,结果提示差异基因主要富集在5条信号通路上,分别是肿瘤信号通路(MDM2、CASP8、CSF1R、HGF、ITGA6、LAMC1、MMP9、PTGS2)、ECM受体整合信号通路(LAMC1、THBS、ITGA6)、基质金属蛋白酶信号通路(TIMP1、MMP9)、小细胞肺癌信号通路(ITGA6、Cox2)和黏着斑信号通路(ITGA6、HGF、IGF2)。结论 MTA1参与了转移相关的一系列分子改变事件,尚需进一步的分子生物学方法验证这些基因调控的信号途径。