目标外显子组捕获测序发现INPP5E突变致Joubert综合征1例

目的:鉴定一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点。方法:对该Joubert综合征家系的先证者进行目标外显子组捕获测序,通过生物信息学分析找到候选的致病基因及位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序进行验证。结果:在先证者的9号染色体INPP5E基因上存在2个杂合变异位点,分别为c.1524CG,p.Asp508Glu以及c.1688GA,p.Arg563His。这两个位点在家系中符合遗传共分离规律。结论:目标区域捕获测序结合Sanger测序发现INPP5E基因的c.1524CG以及c.1688GA位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的变异位点,这是国内首次报道的由INPP5E基因突变导致的Joubert综合征病例,且c.1524CG为首次发现的新致病位点。     

全外显子组测序发现中国Joubert综合征家系C5orf42基因的新突变

目的探究一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点。方法对该Joubert综合征家系的先证者进行全外显子组测序,按照ACMG解读规则筛选致病性变异位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序进行验证,并在其他家庭成员及192例健康对照者中进行测序验证。结果在先证者的5号染色体的C5orf42基因上存在2个杂合突变位点,分别为c.3676CT,p.R1226X以及c.8310_8311insT,p.L2770fsX5,这两个位点在家系中符合遗传共分离规律。结论全外显子组测序结合Sanger测序发现C5orf42基因的c.3676CT,p.R1226X以及c.8310_8311insT,p.L2770fsX5位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的突变位点。     

一例NPHP1纯合缺失所致的Joubert综合征

患儿,男,因"6月龄竖头欠稳"于浙江大学医学院附属儿童医院康复科就诊。查体发现双眼追视欠灵活,竖头欠稳,不会翻身,双手握拳,双下肢负重差,四肢肌张力低。磁共振结果显示小脑蚓部小,中脑呈"磨牙状"改变,诊断为Joubert综合征。全外显子组测序及Sanger测序发现患儿存在AHI1基因的杂合移码突变(c.533_534delAA),该突变位点遗传自母亲;而针对已知致病基因的拷贝数变异分析提示NPHP1基因可能存在纯合型缺失。经多重连接探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)方法进行验证,结果表明患儿的NPHP1基因确实存在纯合型缺失,且父母均为NPHP1杂合缺失的携带者。这是国内首次报道的由NPHP1纯合缺失所导致的Joubert综合征病例。由于NPHP1基因突变与肾脏损害相关性较高,应注意对此类突变患儿的密切随访。     

甘肃地区四氢生物蝶呤缺乏症18例患者的遗传学分析

目的探讨甘肃地区18例四氢生物蝶呤缺乏症(BH4D)患者的遗传学特征。方法选择2018年1月至2021年12月由甘肃省妇幼保健院医学遗传中心确诊的18例甘肃籍BH4D患者作为研究对象, 对其进行全外显子组测序分析, 并对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果 18例BH4D患者的36个等位基因均被成功检出, 检出率为100.0%。其中16例是由PTS基因变异所致, 2例是由QDPR基因变异所致。PTS基因共检测出10种不同的变异, 其中热点变异为c.259C>T(34.38%)及c.286G>A(15.63%)。c.259C>T为已报道致病性变异, c.286G>A、c.166G>A、c.200C>T、c.272A>G、c.402A>C、c.421G>T、c.84-291A>G、c.317C>T为已报道的可能致病性变异。c.289₂90insCTT既往未见报道, 根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南评级为可能致病性变异(PM1+PM2_Supporting+PM3+P...     

基于公共数据库和PubMed快速获取Joubert综合征相关的基因

目的基于公共数据库和PubMed文献知识库快速获取Joubert综合征相关的致病基因。方法使用R VarfromPDB软件包,分别从HPO、Orphanet、ClinVar、UniProt等公共数据库提取Joubert综合征相关的基因和变异信息;从PubMed文献库中,检索Joubert综合征相关的文献,基于文本挖掘的方法提取基因和变异信息,建立不同信息之间的关联;并对不同来源的基因信息进行标准化和整合。最后对该方法获得的Joubert相关基因与DisGeNET数据库中的基因进行比较评价。结果利用本研究建立的方法,从各个数据库和PubMed中共抽取了35个Joubert综合征相关的基因。与DisGeNET数据库的比较后,获得33个与Joubert综合征相关的基因。该列表包含的基因比从DisGeNET数据库中获取的Joubert综合征相关基因更加完整。整个过程可在内存4G以上电脑单个CPU下10min左右自动化完成。结论本研究提供了一种全自动化的方法,基于公共数据库和PubMed文献知识库来获取Joubert综合征相关的基因。该方法对精准医学时代下Joubert综合征相关的研究和遗传检测产品的开发应用具有较大的参考价值。同时,该方法可以为获取其它单基因病相关的致病基因提供借鉴。     

绝经前后血尿酸水平变化的队列研究

目的 探讨绝经前后血尿酸(serum uric acid, SUA)水平变化。方法 基于开滦体检队列,用线性和分段线性混合效应模型分析绝经前后SUA变化,并分析基线年龄和基线BMI分别与绝经前后时间分段的相乘交互作用。结果 2006―2020年的7次体检共3 747例女性,共21 223人次体检记录被纳入分析。首次体检平均年龄为(46.19±4.11)岁,中位绝经年龄为51.00(50.00, 53.00)岁。与绝经前相比,绝经后SUA水平升高10.15μmol/L。SUA从绝经前11年开始缓慢增加,平均年增长量为1.99μmol/L;绝经前5～前2年每年平均增加3.30μmol/L;SUA在绝经前后2年的平均年增长量为4.60μmol/L;随后平均年增长量下降,在绝经5年后,平均年增长量降至1.77μmol/L。基线年龄<40岁与绝经后2～<5年(P_interaction=0.009)和绝经≥5年(P_interaction<0.001)的时间分段存在交互作用,基线年龄40～<45岁与绝经前后2年时间有交互作用(P     

一家系Joubert 综合征17 型2 例基因- 表型分析

目的探讨Joubert综合征的临床表现、基因-表型关系。方法分析一家系Joubert综合征2例患儿的临床和影像资料,以及患儿及父母的靶向基因组测序结果;复习Joubert综合征相关文献。结果姐姐18岁,弟弟13岁,均有肌张力低下、发育迟缓,无眼、肾、肝脏受累,韦氏智商分别为64、71。头颅磁共振(MRI)提示"臼齿征"。基因检测显示CPLANE1基因存在复合杂合变异c.-47-3CA、c.8263dupA,分别来自父母,明确诊断为Joubert综合征17型,单纯型Joubert综合征。结论发现国内未见报道的Joubers综合征患者CPLANE1基因突变位点。     

孕妇血浆中胎儿游离DNA片段浓度和长度均值的计算方法研究

目的:建立计算孕妇外周血中胎儿游离DNA片段(cffDNA)浓度和长度均值的新的数学模型。方法:根据孕妇外周血中母亲和胎儿的DNA片段的长度分布不同的现象,利用K-means算法和EM算法开发新的算法。用提出的新方法分析孕妇外周血样本的DNA片段长度分布,cffDNA浓度和片段长度均值。结果:(1)三份样本中来源于母亲的DNA片段长度均值,分别为167bp,166bp和165bp;cffDNA的长度均值为160bp,163bp和158bp;(2)孕妇血浆中cffDNA的浓度分别为10.4%,5.5%,17.4%。此结果与基于Y染色体的百分含量的方法计算所得的结果相近。结论:用本课题组提出的新方法分析孕妇外周血的cffDNA的浓度和长度均值是有效的、准确的。     

中国人群先天性白内障突变谱的建立

目的:基于PubMed和CNKI文献知识库建立中国人群先天性白内障突变谱。方法:从PubMed和CNKI文献库中检索先天性白内障基因突变相关文献,基于中英文文本挖掘的方法提取基因、变异、人群信息,并根据句级共现性建立不同信息间关联,分别在基因、外显子和突变进行频率分布分析,观察中国人群和世界其他人群突变谱的差异。结果:建立中国人群先天性白内障的突变谱,先天性白内障相关的169个变异分布在32个基因的60个外显子或内含子可变剪切区域上面。结论:基于PubMed和CNKI,通过计算机文本挖掘和人工检查相结合的方法,建立中国人群先天性白内障基因变异数据库并获得突变谱可行。该方法可为中国人群其它单基因病突变谱的获得提供借鉴。     

KMT2A基因新发无义变异导致Wiedemann-Steiner综合征一例

目的对1例原因不明发育迟缓伴面部畸形患儿进行分子遗传学分析,明确其致病原因。方法二代全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)筛选符合表型并可能致病的基因变异,应用Sanger测序在患者及其父母中进行变异验证。结果WES结果显示患儿KMT2A基因(NM_001197104)存在第15外显子c.4906C>T(p.Arg1636Ter)杂合变异,患儿父母均未检测到该变异,经检索相关数据库及文献均未见报道,为未报道过的新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,KMT2A基因c.4906C>T变异判定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2+PP3)。结论KMT2A基因第15外显子c.4906C>T(p.Arg1636Ter)变异可能是这例Wiedemann-steiner综合征患儿的致病原因。新变异的检出扩展了KMT2A基因变异谱。