新型冠状病毒Alpha变异株实验室检测研究

目的 对一例新冠肺炎境外输入病例进行实验室检测,并对新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS - CoV - 2）变异株进行鉴定,了解不同样本类型中新冠病毒的检出情况。方法 采集咽拭子、痰液、粪便、尿液和血液多种类型样本共13份,分别提取核酸,用荧光RT - PCR法检测SARS - CoV - 2。使用纳米孔MinION Mk1C测序仪,对阳性咽拭子样本进行实时SARS - CoV - 2靶向扩增全基因组测序,运用artic - ncov2019、DNAstar和Mega等软件对测定序列进行处理和分析。结果 咽拭子、痰液、粪便、血浆和尿沉渣样本中均检出SARS - CoV - 2核酸,咽拭子和血浆样本在发病的前四天均能检出,尿沉渣样本在发病当天能检出。基于纳米孔测序技术,7 h即获得SARS - CoV - 2全基因组数据,经分析显示为新冠病毒Alpha变异株。结论 本例境外输入新冠肺炎确诊病例的病原为SARS - CoV - 2 Alpha变异株,咽拭子、血浆样本和尿沉渣样本在发病早期均能检出SARS - CoV - 2核酸。     

江西省一起腺病毒感染的出血性结膜炎疫情的分子流行病学溯源

目的 对江西省某地一起暴发出血性结膜炎人腺病毒进行Hexon基因特征分析,在基因层面对该疫情进行病原溯源,为防控策略提供技术支撑。方法 采集出血性结膜炎患者结膜拭子和咽拭子标本,采集排水口和浮板涂抹拭子标本。采用Real - time RT - PCR方法对所有标本进行人腺病毒（HAdV）和人肠道病毒（HEV）核酸检测,对核酸阳性的标本进行Hexon基因部分片段序列测定,运用Bioedit 7.0和MAGE 6.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 共采集出血性结膜炎5名患者结膜拭子标本4份,咽拭子标本1份,共检出人腺病毒核酸阳性标本4份,阳性率为80%,标本采集时间最长为发病后10 d。采集排水口和浮板涂抹拭子各1份,均为HAdV的核酸阳性。所有标本HEV核酸检测阴性。共获得4条病例标本Hexon基因部分片段序列,经Hexon基因测序鉴定均为HAdV - E4基因亚型。结论 该起出血性结膜炎疫情可能由HAdV - E4基因亚型污染游泳池水引起。     

江西省537份鼠肺标本中大别山病毒的检测及基因特征分析

目的 了解江西省大别山病毒的基因特征。方法 对2017年收集的经直接免疫荧光法检测为汉坦病毒阳性的鼠肺标本进行汉坦病毒全S和部分M基因片段RT - PCR扩增,对扩增产物进行TA克隆和测序,运用DNAstar 软件对获得的序列进行分析。结果 2017年共收集鼠肺标本537份,直接免疫荧光法检出14份汉坦病毒阳性,对其中的6份进行RT - PCR扩增。经序列分析表明,有2株（GAXW19/2017、GAXW20/2017）为大别山病毒。获得的GAXW19/2017、GAXW20/2017全S基因和部分M基因核苷酸同源性均为100%。S基因全长1 725 bp,编码429个氨基酸。全S基因与大别山病毒NC167株核苷酸同源性88.6%、氨基酸同源性为98.4%,部分M基因与NC167株核苷酸同源性86.4%, 氨基酸同源性分别为99.0%;与其他型别汉坦病毒比较,S和部分M基因核苷酸同源性均小于80%,氨基酸同源性均小于93%。在汉坦病毒S和M基因进化树上,GAXW19/2017、GAXW20/2017均分布在大别山病毒分支且独立分支。结论 GAXW19/2017、GAXW20/2017为大别山病毒,首次在江西省鼠肺样本中发现大别山病毒。     

江西省2010年-2014年呼吸道感染腺病毒基因特征分析

目的 了解2010年至2014年江西省儿科呼吸道感染患儿中腺病毒的感染状况及其基因特征.方法 2010年至2014年,共采集呼吸道感染患儿的标本2645份,分别进行了7种常见呼吸道病毒的核酸检测,核酸阳性标本进行病毒分离培养获得毒株.设计可以扩增所有腺病毒基因组Hexon基因片段、feiber基因片段的引物,毒株进行扩增,PCR的产物直接进行测序,测序结果与GenBank的已知型别的序列进行比对,确定腺病毒的型别.结果 在2645份呼吸道标本中,核酸检测腺病毒的阳性标本数为259份,阳性率9.79%,对259份核酸阳性标本进行病毒分离,得到46份毒株,病毒分离率为17.76%.46份标本进行PCR、测序、序列比对分析得知:1型ADV为7例,占15.22%,2型ADV为14例,占30.43%,3型ADV为8例,占17.39%,5型ADV为7例,占15.22%,6型ADV为1例,占2.17%,7型ADV为9例,占19.57%.结论 2010年至2014年,南昌地区的腺病毒感染以2型、3型、7型为主,1型、5型、6型比较少见,暂时未发现新的型别引起的感染.     

南昌市2010年初不同人群肠道病毒71型血清流行病学调查

目的了解2010年初江西省南昌市人群人肠道病毒71型(Human Enterovirus71,HEV71)抗体水平,为预防控制手足口病(Hand-foot-mouth Disease,HFMD)在人群中的流行提供依据。方法选择江西省甲型H1N1流感感染状况快速血清学调查的1144份血清标本,采用中和试验检测血清HEV71中和抗体,并对检测结果进行统计学分析。结果 HEV71中和抗体阳性率为74.74%(855/1144),2岁～组儿童抗体阳性率最低,随着年龄的增长,抗体阳性率升高,3岁以下儿童中和抗体阳性率仅为52.01%;HEV71中和抗体阳性标本的几何平均滴度为1︰22.34,以0岁～组GMT最低,3岁～组达到高峰,之后呈下降趋势;不同月龄婴儿HEV71中和抗体阳性率0～月龄最高,之后逐月下降,至4～月龄组阳性率最低,之后开始升高,EV71阳性标本中和抗体几何平均滴度0～月龄组GMT与1～月龄组基本持平,之后逐月下降,5～月龄组最低,6～月龄组急剧升高;在HEV71中和抗体阳性人群中,各年龄组中中和抗体滴度1︰8～1︰32构成比均为显著高于其他滴度组构成比(P﹤0.05),滴度≥1︰256的标本从6～月龄组开始,各年龄组均有出现。结论南昌市人群HEV71中和抗体水平较高,各年龄组人群近期均有感染,3岁以下儿童是HEV71感染引起HFMD流行的最易感人群,学龄前儿童是HFMD流行防控的重点,成人也应预防HEV71的感染;胎儿具有母传抗体,但抗体水平降低较快。     

江西省高安市两株汉城病毒分离鉴定及全基因组序列分析

目的 对2021年江西省高安市采集的鼠肺样本进行肾综合征出血热汉坦病毒分离鉴定及全基因组序列进行分析.方法 采用Vero-E6细胞分离肾综合征出血热汉坦病毒,采用实时荧光RT-PCR法和直接免疫荧光法对分离株进行鉴定,采用高通量测序技术对分离株进行全基因组测序,采用CLC、MEGA7.0等软件对基因组序列进行分析.结果...     

2013年江西省麻疹/风疹实验室网络运转分析

摘要:目的　评价2013年江西省麻疹/风疹实验室网络运转情况。方法　对2013年江西省麻疹/风疹实验室网络各项监测运转指标进行分析与评价。结果　江西省麻疹实验室网络于2013年新建立了麻疹/风疹疑似病例病原学核酸快速诊断网络,含1个省级和11个市级麻疹/风疹核酸检测实验室。2013年全省共检测2 124份血清标本,其中麻疹和风疹IgM抗体检测阳性率分别为7.53%和2.07%;对1 197份咽拭子标本进行麻疹和风疹荧光RT-PCR检测,其中麻疹核酸检测阳性55份,风疹核酸检测阳性11份,共分离到麻疹毒株16株,均为H1a基因型,风疹毒株4株,均为1E基因型。省级实验室通过WHO的血清盲样考核,血清标本再证实复核率为100%;市级实验室满分通过省级血清盲样考核,麻疹和风疹病毒IgM抗体血清标本再证实复核率分别为94.12%和60.98%。结论　江西省2013年麻疹/风疹血清学和病原学监测实验室网络运转良好,新建立麻疹/风疹病原学RT-PCR快速诊断实验室网络,在麻疹消除关键时期发挥了重要作用。     

江西省1株汉滩型汉坦病毒的分离与鉴定

目的 了解江西省啮齿动物携带的肾综合征出血热汉坦病毒的基因型别。方法 采用Vero-E6细胞对8份免疫荧光汉坦病毒抗原阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对培养物进行鉴定,对分离株部分M基因进行序列测定和分析。结果 1份标本培养后经直接免疫荧光试验检测到汉坦病毒特异性免疫荧光颗粒,培养物能在Vero-E6细胞中稳定传代,毒株命名为AYW89-15。毒株核酸经汉坦病毒M基因特异性分型引物进行RT-PCR检测,获得汉滩型汉坦病毒(Hantaan virus, HTNV)预期大小的目的片段;通过序列分析发现,分离株与HTNV参考株核苷酸同源性为83.1%～94.7%,氨基酸同源性为95.0%～99.0%,与汉城型等其他型别汉坦病毒核苷酸和氨基酸同源性均低于75%。进化树分析表明AYW89-15位于HTNV所在的枝系。 结论 新分离株AYW89-15为HTNV。     

江西省汉坦病毒分离及其S和M基因特征分析北大核心CSCD

目的对2011年江西省采集的鼠肺标本进行汉坦病毒的分离鉴定,了解分离病毒株的基因特征。方法采用Vero-E6细胞对阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对毒株进行鉴定。扩增分离株的S、M片段基因进行克隆测序。运用DNAstar软件包和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果从15份标本分离到2株来自褐家鼠的汉城型汉坦病毒。对其中1株病毒的S、M片段进行了克隆和序列测定,其中S片段含1 772个核苷酸,编码429个氨基酸;M片段含3 651个核苷酸,编码1 133个氨基酸。经核苷酸和氨基酸同源性分析,新分离株与国内外汉城型病毒核苷酸同源性94.8%~98.0%,氨基酸同源性98.2%~99.6%。与汉城型标准株80-39株相比,S片段仅1个氨基酸位点发生变异;M片段有9个氨基酸位点发生变异,糖基化位点的数目和位置没有发生变化。结论从江西省褐家鼠分离到两株汉城型病毒,病毒基因变异较小,型别相对稳定。