广西地区猪、鼠、狗戊型肝炎病毒感染血清学分析

目的了解广西地区猪、鼠和狗血清中抗．戊型肝炎病毒（HEV）IgG抗体流行情况。方法应用HEV基因1型开放读码框（ORF）2和ORF3多肽包被酶标板，辣根过氧化物酶（HRP）标记的羊抗猪、羊抗鼠和羊抗狗建立的酶联免疫吸附试验（ELISA）法检测猪、鼠和狗血清中抗．HEV IgG。结果总抗．HEV IgG阳性率为31．84％（170／534），其中猪血清抗．HEV IgG阳性率为26．40％（66／250），鼠血清抗．HEV IgG阳性率为43．02％（77／179），狗血清抗．HEV IgG阳性率为25．71％（27／105）。结论猪、鼠和狗血清中存在HEV感染，鼠抗．HEV IgG阳性率最高。     

北京市腹泻儿童人博卡病毒VP1区基因特征分析

目的了解北京市5岁以下腹泻儿童人博卡病毒(human bocavirus, HBoV)感染状况及分子流行病学特征。方法收集2015年11月—2016年12月北京市哨点医院5岁以下急性腹泻儿童粪便标本,用巢式PCR对HBoV部分VP1区序列进行扩增,并对阳性序列进行基因特征分析。结果共采集粪便标本396例,检出HBoV 30例(7.58%),包括3种基因型别,分别为HBoV1型(17例)、HBoV2型(11例)、HBoV3型(2例),未检出HBoV4型。进化分析表明,HBoV1序列在进化树上包括两簇,其中,BJ16-325变异程度较大,自成一簇;其他HBoV1序列共同形成一簇。北京地区所有HBoV2序列均位于一个新的HBoV2亚型分支上。结论 2015—2016年北京市5岁以下腹泻儿童检出的HBoV包括3种基因型(1～3型);北京市至少存在2组不同来源HBoV1的流行;本地区流行的HBoV2为一种新的亚型。     

2008—2010年北京市西城区志贺菌血清型变迁及耐药性分析

目的 2008—2010年北京市西城区志贺菌血清型变迁及耐药性分析。方法按《全国细菌性痢疾监测方案》的要求进行。结果 2008年西城区福氏志贺菌7株,占63.6%;宋内志贺菌4株,占36.4%。2009年西城区福氏志贺菌12株,占37.5%;宋内志贺菌19株,占59.4%;鲍氏志贺菌1株,占3.1%。2010年福氏志贺菌6株,占14.3%;宋内志贺菌36株,占85.7%。药敏试验结果:志贺菌对头孢吡肟、头孢西丁、头孢他啶、氧氟沙星、左氧氟沙星、诺氟沙星、氨曲南药物敏感。对氨苄西林、磺胺、奈啶酸耐药。结论 2008—2010年北京市西城区志贺菌血清型主要为福氏志贺菌和宋内志贺菌,但是福氏志贺菌已呈逐年减少趋势,而宋内志贺菌呈逐年增多趋势。志贺菌对头孢类药物和氟喹诺酮类药物敏感,临床宜选用此类药品进行治疗。     

北京市住院严重急性呼吸道感染病例监测结果分析

目的:对流感哨点北京人民医院采集住院严重急性呼吸道感染病例(Severe Acute Respiratory Infection,SARI)的咽拭子标本进行检测,以掌握流感重症病例的甲型H1N1和季节性流感病原学变化特征。方法:提取咽拭子标本中的病毒核酸,采用荧光定量PCR方法检测甲型H1N1三个主要基因infA、SWinfA、SWH1以及质控RNP基因,然后采用三对基因FluB、FluH1、Flu H3进行季节性流感分型;核酸阳性标本进行病毒分离培养。结果:采集SARI病例标本共100件,核酸检测阳性43件中,检出甲型H1N15件,出现在12、1月;季节性流感的检测中,以乙型为主,共检出36件,在12月出现,1月为高峰,逐渐减少;A(H3)和A未分型各有1件阳性。结论:监测结果表明,SARI病例流感感染主要集中在流感流行高峰2010年1和2月,以季节性流感B型为主,少量甲型H1N1,在不同时间里还有少量其他亚型出现。     

北京市西城区手足口病患儿肠道病毒71型VP1区基因进化分析

目的了解北京市西城区2015年手足口病（HFMD）患儿肠道病毒71型（EV 71）分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV 71（Genbank登录号为KU376383-KU376388）,其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00%~97.00%和93.00%~100.00%。进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型。结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异。     

广西地区5种动物戊型肝炎病毒RNA的检测

目的了解广西地区与人关系密切的猪、鼠、狗、猕猴和鱼等5种动物戊型肝炎病毒（HEV）。方法对广西地区3月龄以下狗、猪粪便标本及龙虎山自然景区猴粪便标本，鱼胆汁标本，鼠肝组织，猪、鼠、狗HEV抗体阳性血清，用巢式逆转录聚合酶链反应法（RT—nPCR）检测戊型肝炎病毒核糖核酸（HEVRNA）。结果在3月龄以下猪粪便标本检测出HEVRNA，阳性率为10．08％（13／129），其余各种动物粪便、肝组织、胆汁、HEV抗体阳性血清标本均未检测出HEVRNA。结论猪粪便标本存在HEVRNA，该地区应加强动物粪便特别是猪粪便的管理，以预防戊型肝炎病毒的感染。     

4a亚型猪戊型肝炎病毒对猕猴致病性

目的 研究4a亚型猪戊型肝炎病毒(HEV)对猕猴的致病性.方法 用1株从广西壮族自治区农村地区幼猪粪便中分离并已经基因测序确定为4a亚型的猪HEV静脉注射感染猕猴,通过检测粪便HEV RNA、血中HEVRNA、血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平、HEV抗体及肝组织分别进行病理学和电镜检查确定HEV致病性.结果 猪HEV株实验感染猕猴后,出现粪便排毒、病毒血症、ALT升高及HEV抗体阳转,活检肝组织切片呈现典型的急性病毒性肝炎的病理变化,电镜下观察到肝细胞中散在有大量病毒样颗粒.结论 广西4a亚型猪HEV能够跨物种感染猕猴并引起戊型肝炎.     

猪戊型肝炎病毒株swGX32全基因组序列分析

目的 分析从广西地区分离的1株猪戊型肝炎病毒swGX32全基因组序列并比较其与其他分离株的差异.方法 设计PCR引物,用巢式反转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增戊型肝炎病毒(HEV)株swGX32全基因序列,用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列,对扩增产物进行克隆和测序,并对拼接后的基因组进行序列和进化分析.结果 除3′polyA尾巴外,swGX32全长7240 nt, ORF1与ORF2重叠4 nt, ORF3包含在ORF2序列中.swGX32全基因序列与HEV1～4型核苷酸序列的同源性分别为:73%～74%、73%、74%～75%,83%～94%,其中与中国人源HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,达94%.全基因序列进化分析显示,swGX32位于HEV基因4型分枝上,ORF2部分核苷酸序列进化分析显示,swGX32与JKO-ChiSai98C同在HEV 4a亚型分枝上.结论 猪HEV swGX32在全基因组结构及分子进化上均与人HEV JKO-ChiSai98C有密切关系,为揭示戊型肝炎是一种人兽共患病提供了分子生物学依据.     

广西地区动物HEV基因型及亚型分布

目的 了解广西地区猪、鼠、狗、猕猴和鱼5种动物戌型肝炎病毒(HEV)基因型和亚型分布.方法 对广西地区猪、鼠、狗HEV抗体阳性血清170份,鼠肝组织150份,3月龄以下狗粪便标本80份,鱼胆汁标本120份,3月龄以下猪粪便标本129份,龙虎山自然景区猴粪便标本130份,用巢式逆转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)检测戊型肝炎病毒核糖核酸(HEV RNA),对RT-nPCR阳性扩增产物进行克隆测序,用Vector NTI Suite 9.0和Treeview软件与目前新分型方法所选参考序列进行核苷酸序列相似性比较和生物进化树分析.结果 广西地区170份猪、鼠和狗血清HEV RNA检测均为阴性.在150份鼠肝组织,120份鱼胆汁标本,80份狗和130份猕猴粪便标本中均未检出HEV RNA;3月龄以下猪粪便标本HEV RNA阳性率10.08(13/129).对13株猪HEV开放读码框架(ORF)1区部分核酸序列进行分析,其与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型HEV的相似性分别为73%～77%,76%～79%,76%～81%,82%～97%;与6个亚型的相似分别为4a:82%～94%;4b:82%～98%;4c:82%～87%;4d:81%～87%;4f:84%～86%;4g:81%～84%,其中2株与N a亚型相似性是高为82%～94%,11株与Ⅳ b亚型相似性最高为82%～98%.结论 广西地区猪HEV均为基因型4,2株属于基因型Ⅳ a,Ⅱ株为Ⅳb.HEV在猪、鼠、狗血清、鼠肝组织、鱼胆汁、狗和猕猴粪便标本中均未检出.     

2018－2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究

  目的  分析2018—2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。   方法   收集2018—2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。 采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应（real-time RT-PCR）对提取的GⅠ和GⅡ诺如病毒核酸进行检测。 采用RT-PCR进行GⅠ诺如病毒聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分片段的扩增和测序。 用诺如病毒在线分型工具对测序成功的毒株进行初步鉴定和基因分型,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06 软件构建进化树。  结果   6所学校（18,S1～S4和19,S5～S6）发生的诺如病毒急性胃肠炎疫情均为聚集性疫情,GⅠ诺如病毒核酸阳性率为83.78%（31/37）,GⅡ诺如病毒未检出;聚合酶区和衣壳蛋白VP1区进化分析分别显示,1起疫情的4株诺如病毒毒株分别与GⅠ.Pd参考株和GⅠ.3b参考株在同一分支,5起疫情的19株诺如病毒毒株与GⅠ.Pb参考株和GⅠ.6a参考株在同一分支;每所学校毒株相似性为100.0%。双区分型合并结果,1起疫情由GⅠ.Pd-GⅠ.3b引起,该重组株与GⅠ.3[P13]/Hu/MT008455/2018/Shanghai/CHI相似性高达99.6%;5起疫情由GⅠ.Pb-GⅠ.6a引起, 这重组株与GⅠ.6[P11]/Hu/MZ227264/2016/US相似性高达98.1%。  结论   2018—2019年北京市西城区6所学校诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情分别由GⅠ.Pd-GⅠ.3b和GⅠ.Pb-GⅠ.6a重组株引起。 应加强对诺如病毒重组株分子流行病学监测,为诺如病毒疫情提供预警预测的依据。