深圳市新分离两株基孔肯雅热病毒的分子遗传学分析

目的 对2010～2012年深圳市报告的两起输入性基孔肯雅热病原体进行分子遗传学分析.方法 利用C6/36细胞从病人血清中分离基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV),对分离得到的CHIKV进行全基因组测序和构建系统发生树,结合流行病学资料对其分子遗传特征进行分析.结果 成功分离得到两株CHIKV,分别命名为SZ_20101028和SZ 20120702,SZ_20101028全基因组长为12377bp,SZ_20120823全基因组长为11893bp;构建系统发生树分析,结果表明,SZ_20101028是印度洋亚型,ECSA型的后裔.SZ_20120702为Asian亚型.结论 SZ_20101028与最近10年来在印度洋岛屿爆发流行新亚型且与2010年由输入性引发起东莞疫情爆发的毒株亲源性最高,为99％;而SZ_20120702为Asian亚型,不是近年来爆发流行株.     

登革疫苗的研究进展

近几十年来,伴随着登革病毒在热带和亚热带地区的广泛传播,登革热发病率猛速增长,威胁着世界40％人口的生命健康,成为了各国政府,社会各组织关注的全球性健康问题.当今迫切需要一种安全、有效的登革疫苗.目前已研发了一系列登革疫苗候选株,其中主要包括减毒活疫苗、重组嵌合疫苗和DNA疫苗,并正处于临床试验阶段.尽管登革疫苗的研究已取得了很大的进展,但迄今为止,还没有得到一种许可疫苗应用于临床.本文就登革疫苗的研究进展作一综述.     

深圳市龙华区疱疹性咽峡炎病原学特点

目的 分析深圳市龙华区疱疹性咽峡炎病原学特点,为辖区疱疹性咽峡炎预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法 采用荧光定量RT-PCR方法对手足口病哨点医院送检的疱疹性咽峡炎临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒（enteroviurs,EVs）、肠道病毒71型（enteroviurs -A71,EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16, CV-A16）核酸检测,并对非EV-A71非CV-A16的其他肠道病毒的VP1区序列进行测定,亚型鉴定和系统进化分析。结果 临床诊断病例肛拭子样本38份中实验室确诊病例29例,确诊率为76.32%（29/38）,病原谱监测共发现有9种人肠道病毒（EV-A71、CV-A16、CV-A6、CV-A10、CV-A2、CV-A4、CV-A5、Echo9和CV-B4）,其中构成比占前3位的病原体分别CV-A2（24.14%,7/29）、CV-A10（20.69%,6/29）和CV-A6（17.24%,5/29）。实验室确诊病例中,男性有19例(65.52%,19/29）,女性有10例(34.48%,10/29）;3岁以下儿童25例（86.21%,25/29）。病例发病时间主要集中在4—6月份,有23例（占79.31%,23/29）。系统进化树分析结果显示,CV-A6属于D3进化分支,CV-A10（66.67%）属于C进化分支,CV-A2属于D进化分支。结论 深圳市龙华区应开展疱疹性咽峡炎常规监测,重点关注3岁以下儿童,并关注病原谱构成及重要病原体进化情况。     

2013-2018年深圳市龙华区流行性感冒流行病学及病原学监测结果分析

目的分析2013-2018年深圳市龙华区流行性感冒(流感)病例的流行病学和病原学特征,为制定预防控制策略提供科学依据。方法将"国家疾病监测信息报告管理系统"中深圳市龙华区2013-2018年流行性感冒报告病例的监测结果进行流行病学描述性分析,采用荧光定量RT-PCR方法对聚集性疫情和哨点医院送检的流感样病例咽拭子样本进行病原学检测,并对流感样病例监测结果与流行性感冒报告病例进行相关性分析。结果2013-2018年深圳市龙华区累计报告流感5973例,死亡5例。发病呈单高峰。5岁以下儿童年均发病率最高,为431.9/10万。大龙华片区发病率显著高于大观澜片区,差异有统计学意义(χ^2=14.259,P<0.001)。辖区流感病例数与流感样病例哨点监测数有相关性(r=0.479,P<0.001)。919份流感样病例临床诊断病例样本中,病原检测阳性率为19.2%(176/919),主要病原为H3、新型H1N1、By和Bv。流感样病例暴发疫情共发病464例,检测鼻咽拭子368份,检出流感病毒核酸195份,病毒核酸检出率为53.0%。结论深圳市龙华区流感发病率呈逐年升高趋势,学校及托幼机构是防控聚集性疫情的重点场所,从2016年开始该区流感样病例监测结果具有一定的代表性。     

深圳市龙华区2016年手足口病流行病学和病原学特征

目的 本研究对深圳市龙华区2016年手足口病(Hand-foot-and-mouth disease,HFMD)的流行病学和病原学特征进行分析,为辖区内HFMD预防和控制策略的制订提供重要科学依据.方法 从中国疾病预防控制信息系统获取深圳市龙华区2016年HFMD的流行病学数据;采用荧光定量RT-PCR方法对辖区278例HFMD病例样本进行肠道病毒(Enteroviurs,EV)、肠道病毒71型(Enteroviurs 71,EV-A71)和柯萨奇病毒A16(Coxsackievirus A16,CV-A16)核酸检测,并对非EV-A71非CV-A16的其他肠道病毒进行VP1区序列测定进行亚型鉴定和进化分析.结果 2016年深圳市龙华区HFMD发病率较高的两个街道分别是龙华街道和观澜街道;发病曲线呈双峰分布,分别为5-7月份和9-11月份;5岁以下儿童占全部发病数的96.06％;2016年深圳市龙华区HFMD的优势病原为柯萨奇病毒A16 (CoxsackievirusA16,CV-A16),构成比为41.53％.结论 深圳市龙华区应进一步加强HFMD的流行病学和病原学监测,为进一步完善HFMD防控策略提供科学数据支持.     

深圳市龙华区2018年手足口病病原学特征

目的 分析2018年深圳市龙华区手足口病病原学特点,为辖区手足口病预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法 采用荧光定量RT-PCR方法对哨点医院送检的223份手足口病临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒（Enteroviurs, EV）、肠道病毒A组71型（Enteroviurs A71, EV-A71）、柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16, CV-A16）、柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6, CV-A6）、柯萨奇病毒A组10型（Coxsackievirus A10, CV-A10）核酸检测,并对EV核酸阳性样本进行VP1区序列测定、同源性分析、亚型鉴定和系统进化分析。结果 实验室确诊病例有166例,阳性率为74.44%,构成比前3位的病毒亚型依次为CV-A6（43.37%）,CV-A16（31.33%）,CV-A10（13.86%）;2018年深圳市龙华区流行的主要肠道病毒中,EV-A71属于C4a进化分支;CV-A16（n=18）核苷酸同源性为89.0%~99.9%,氨基酸同源性为98.3%~99.7%,属于B1a（38.89%,7/18）和B1b（61.11%,11/18）进化分支;CV-A6（n=45）核苷酸同源性为95.1%~99.9%,氨基酸同源性为98.1%~99.0%,均属于D3进化分支;CV-A10（n=12）核苷酸同源性为93.5%~99.8%,氨基酸同源性为97.6%~99.7%,均属于C进化分支。结论 深圳市龙华区应进一步加强辖区手足口病监测,持续关注病原谱构成和重要病原体进化情况。     

龙华新区H7N9禽流感病毒强化监测分析

目的对龙华新区H7N9强化监测的流感病例、外环境监测标本进行H5、H7和H9亚型禽流感病毒检测,了解禽流感病毒的暴露情况。方法利用实时荧光定量PCR对样本进行流感病毒的AB分型和禽流感病毒H5、H7、H9亚型核酸分型检测。结果在1 570份H7N9禽流感病毒强化监测样本中,检测出A型流感病毒阳性136份,阳性率为8.66%;B型流感病毒阳性86份,阳性率为5.48%;H5、H7、H9亚型核酸检测均为阴性。在278份外环境的检测样本中,禽流感病毒H7亚型阳性17份,H5和H9均为阴性。结论在龙华新区农贸市场的外环境中存在禽流感病毒H7亚型,人们存在感染的风险。目前在流感样病例和不明原因肺炎中尚未检出禽流感病毒H7亚型。     

深圳市龙华区2019年札如病毒基因分型以及进化分析

目的 分析2019年深圳市龙华区札如病毒的基因型别,掌握辖区内札如病毒的流行情况。方法 采用实时荧光定量PCR对283份龙华区感染性腹泻疫情样本进行轮状病毒、诺如病毒和札如病毒核酸检测,对札如病毒阳性样本核酸采用RT-PCR（反转录-聚合酶链式反应）扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传进化分析。结果 2019年龙华区共发生感染性腹泻聚集性疫情24起,共采集283份样本。其中由诺如病毒引起15起（占62.5%）,札如病毒引起4起（占16.6%）,札如和诺如病毒共同引起1起（占4.1%）,未检测出病原体4起（占16.6%）。283份感染性腹泻疫情样本中,诺如病毒检测阳性率为17.7%（50/283）;札如病毒阳性率为8.1%（23/283）,轮状病毒未检出,所有病例无混合感染情况。23例札如阳性样本有5例VP1条带扩增成功,扩增效率为21.7%,基因亚型鉴定分析结果表明2株为GII.3型,3株为GII.4型。结论 在2019年龙华区腹泻疫情方面,GⅡ.3和GⅡ.4型是札如病毒的主要型别。诺如依然是龙华区感染性腹泻中引起散发和暴发的首要病原体,星状,轮状,腺状仅在散发病例中发现,而札如已成为引起急性腹泻病的重要病原体,应尽快开展龙华区对札如病毒的常规检测和进一步的分子分型工作。     

深圳市首例基孔肯雅病毒的形态学及分子遗传特征分析

目的 对深圳市首发基孔肯雅病毒(CHIKV)进行分离、增殖培养、浓缩、形态学观察及构建系统发生树分析,为后续基因组信息解析、蛋白组分析、单克隆抗体制备及疫苗研发等应用性研究提供实验基础.方法 利用C6/36细胞从病人血清中分离CHIKV,采用BHK-21细胞对CHIKV进行大量的增殖培养,经7％PEG8000浓缩,超薄切片和负染观察CHIKV显微结构;对分离得到的CHIKV株进行全基因组测序和构建系统发生树,结合流行病学资料对其分子遗传特征进行分析.结果 CHIKV被成功分离并浓缩;在透射电镜下观察CHIKV的直径约为70 nm,圆形有包膜,表面有纤突;CHIKV(SZ-20101028)基因组长为12 377bp,属于E1-A226突变株;该病毒是最近10年来在印度洋岛屿爆发流行的新亚型,与流行病学调查资料相吻合.结论 以现有的条件建立了一种稳定、快速培养浓缩CHIKV的方法,并初步对CHIKV进行了形态观察和溯源性分析.