靶向测序诊断黑棘皮病1家系

【摘要】 报道临床症状不典型的家族性黑棘皮病1家系。先证者女，4岁，自1周岁时，颈部、腹部出现黑色斑片，近年来逐渐扩大至唇周、躯干前部。腹部皮肤全反式共聚焦显微镜检查可见乳头环下延扭曲及沟壑结构，乳头环内可见中高折光颗粒结构。先证者父亲及祖母既往有类似病史，但随着年龄增长色素沉着自发性消退，仅有局部皮纹增粗。采集先证者及父母、祖母外周血，对先证者外周血DNA行Panel靶向测序，结果显示，先证者存在FGFR3基因14号外显子c.1949A>C（p.Lys650Thr）错义突变，Sanger测序验证证实先证者及其父亲和祖母均存在此突变。诊断：家族性黑棘皮病。     

凉血通瘀方干预高血压大鼠急性脑出血模型对脑组织中差异miRNA表达的影响＊

目的 研究凉血通瘀方对高血压大鼠急性脑出血模型脑组织miRNA表达的影响，对差异表达的miRNA靶基因进行分析，探索凉血通瘀方可能的药效机制。方法 将自发性高血压大鼠随机分成对照组（B）和实验组（C）。适应性饲养一周后，C组灌胃凉血通瘀方，B组灌胃等体积生理盐水，连续5天，每天1次。构建脑出血模型后收集脑组织，借助全转录组测序技术获得miRNA表达量，与miRBase数据库比对获取已知miRNA，使用miRDeep2预测新miRNA。差异分析软件为DESeq2，筛选阈值为|log₂FC| ≥1 并且P <0.05。对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测，对靶基因进行GO功能、KEGG通路富集和PPI网络分析。结果 实验组和对照组对比，共发现21个显著差异表达的miRNA，上调有9个，下调有12个，共预测得到1243个有统计学意义的靶基因。GO富集分析发现，生物过程中突触囊泡分泌的调节、神经递质分泌的调节和神经递质运输的调节占前三位，神经元投射终点、全膜、质膜区域和细胞投射则是主要的细胞成分。分子功能分别为小GTPase绑定、底物特异性跨膜转运蛋白活性和离子跨膜转运体活性。通路分析结果显示，靶基因在癌证通路、pI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染、神经活性配体-受体相互作用和MAPK通路等分布广泛。采用STRING网站和Cytoscape软件，根据MCC算法筛选出ADRA2C、CASR、CCL28、CCR1、DRD2、GNAT3、GRM2、DYNC1LI1、GABBR1、GNAI1等核心靶基因。结论 凉血通瘀方对脑出血急性期鼠脑组织内miRNA的表达有重要影响；显著差异表达miRNAs可能通过靶向核心基因调控凉血通瘀方干预急性脑出血的病理过程及预后。     

粪菌移植替代多巴胺能药物治疗帕金森病案例分析

目的观察粪菌移植替代多巴胺能药物治疗帕金森病(PD)的疗效,探讨潜在的机制。方法为1例因服用多巴胺能药物出现幻觉而拒绝服药的PD患者行粪菌移植治疗,应用汉密尔顿抑郁量表(HAMD)、汉密尔顿焦虑量表(HAMA)、PD问卷(PDQ39)、匹兹堡睡眠质量指数(PSQI)、Bristol便秘评分、统一PD评定量表Ⅲ(UPDRSⅢ量表)对患者移植治疗前及移植治疗后4周、8周、12周的相关症状进行评分,同时对患者移植治疗前和移植治疗后4周、12周的粪菌进行16 s rRNA高通量基因测序分析菌群。结果与移植治疗前相比,移植治疗后HAMD、HAMA、PDQ39、PSQI、Bristol便秘评分、UPDRSⅢ量表评分均明显降低,粪菌16 s rRNA高通量测序显示粪菌移植治疗后拟杆菌属丰度下降,而瘤胃、布劳特、普雷沃等菌属丰度增高。结论粪菌移植对PD患者的非运动症状和运动症状均显示出明显效果,其机理可能与重建正常功能的肠道菌群密切相关。     

赤芝FPS基因酵母单杂交文库构建及其上游转录因子的筛选

目的筛选赤芝三萜合成途径中法尼基焦磷酸合酶(farnesyl diphosphate synthase,FPS)基因的上游调控转录因子。方法首先克隆了FPS基因启动子,并连接至pAbAi质粒构建诱饵载体pAbAi-FPS。将pAbAi-FPS转化Y1H酵母感受态细胞构建诱饵菌。采用SMART技术构建赤芝酵母单杂交cDNA文库,再将纯化的双链cDNA、pGADT7-Rec共转化诱饵菌株,筛选FPS上游的转录调控因子。结果构建了含pAbAi-FPS的诱饵载体并筛选出诱饵菌株,构建了cDNA文库并转化诱饵菌株,筛选出阳性克隆37个,得到作用FPS基因上游的转录调控因子18个,包括转录因子3个、核糖体蛋白5个及其他家族蛋白10个。结论筛选出转录因子GlSNF2、GlMHR和GlZn2Cys6为调控FPS表达的候选基因,为深入研究FPS基因的表达调控机制奠定了研究基础。     

基于高通量测序技术研究药食两用薏苡仁中污染真菌多样性

目的:调查药食两用薏苡仁中污染真菌多样性,为其安全使用提供参考依据。方法:收集薏苡仁样品18批,提取真菌DNA并扩增ITS2序列,基于Illumina MiSeq PE250平台进行高通量测序。结果:共检测到4门18纲44目99科149属的真菌,子囊菌门Ascomycota是最优势菌门,镰刀菌属Fusarium(3.05%~60.32%)是属水平最优势属,其次是曲霉属Aspergillus(2.20%~45.44%)、白僵菌属Beauveria(0.07%~63.21%)、链格孢属Alternaria(0.80%~11.92%)、Arachnomyces(0.03%~39.36%)和青霉属Penicillium(0.24%~8.03%)。此外,共检测到5种潜在产毒真菌,分别是烟曲霉A.fumigatus、土曲霉A.terreus、梨孢镰刀菌F.poae、囊状青霉P.capsulatum和展青霉P.paxilli。结论:高通量测序技术可以快速有效地检测薏苡仁中污染真菌种类,为薏苡仁污染真菌毒素提供风险预警。     

HapMap是什么？

单核苷酸多态性(SNPs)是引起人类不同个体间序列差异的最常见形式,且SNPs是用于关联分析的遗传标记。国际人类基因组单体型图计划(简称HapMap计划)收集了270个祖先分别来自非洲、亚洲和欧洲的四个群体的样本,测序得到了超过1百万个SNPs,平均约3000个碱基一个SNP。HapMap计划的第二阶段旨在增加已测序SNPs的密度至每1000个碱基一个SNP。de Bakker以及Zeggini所在的两个小组利用实验数据和模拟数据发现,利用目前HapMap提供的信息能够筛选出250,000-500,000个SNPs,大约占所有常见多态(次要等位基因频率大于5％)的70-80％。祖先来自非洲的群体得到SNP的比例显著低于其他人群,但这一缺陷应该在获得第二阶段的数据后得到弥补。因此,HapMap计划很成功地完成了其主要目     

ECH030肠道病毒基因测序完成

复旦大学公共卫生学院姜庆五教授领衔的课题组与国际知名传染病研究机构——美国公共卫生研究所合作，于日前在世界上首先完成了无菌性脑膜炎病原发埃可30(ECH030)肠道病毒全基因测序。有关专家认为，由于该病毒源于疾病暴发人群样本，对于阐明ECH030的致病性和基因变异特点都极为重要。     

人类基因组大规模测序进展

作为人类基因组计划的核心内容之一，基因组测序经过６年的努力，在技术、组织上都有很大的进展。本文综述了世界上１４个主要测序中心在人类基因组大规模测序中的工作、获得其序列数据的途径，为相关研究者充分利用这些重要的信息资源提供指南。