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目的:分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA处理前后,食管癌细胞株EC109中差异表达的非编码RNA(ncRNA)和mRNA表达谱,初步预测与TSA作用相关的ncRNA和mRNA。方法:采用MTT、细胞周期等方法检测TSA的效应;运用应用芯片技术分别检测TSA处理前后EC109细胞中ncRNA和mRNA表达谱变化,并对差异ncRNA和mRNA表达谱进行整合分析。结果:TSA以剂量时间依赖方式抑制细胞增殖,细胞周期阻滞和凋亡的发生。芯片检测共发现461个ncRNA和758个mRNA显著性差异表达,生物信息学分析显示差异涉及红比霉素、阿霉素代谢过程、氧化还原、核小体的装配、染色质结构组织和端粒的结构组织等。通过数据库分析预测及整合分析,得到了361个ncRNA-mRNA靶基因对。结论:差异表达的ncRNA和mRNA对TSA的生物学效应密切关联,为进一步研究基因功能及其在肿瘤中的生物学意义奠定基础。  相似文献   
6.
目的 探讨利福平耐药实时荧光定量核酸扩增技术 ( rifampicin resistant real-time fluorescent quantitative nucleic acid amplification, GeneXpert MTB/ RIF) 联合基因芯片技术在涂阴结核分支杆菌 (Mycobacterium tuberculosis, MTB) 诊断中的价值及血清可溶性髓系细胞触发受体-1 ( serum soluble triggering receptor-1, sTREM-1)、 降钙素原 (procalcitonin, PCT) 水平的意义。 方法 选取 2019 年 1 月至 2021 年 1 月在聊城市 人民医院就诊的疑似涂阴肺结核患者130 例, 采集肺泡灌洗液, 给予 GeneXpert MTB/ RIF、 基因芯片及药敏 试验检查, 同时检查肺结核患者血清 sTREM-1、 PCT 水平。 以肺泡灌洗液结核菌培养及药敏试验为金标准 评价 GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片检测对涂阴肺结核的诊断价值。 采用 ROC 评价血清 sTREM-1、 PCT 对涂阴肺结核的诊断价值。 结果 以肺泡灌洗液结核菌培养诊断出非涂阴肺结核患者 58 例, 涂阴肺结核患 者 72 例。 GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片诊断肺结核的灵敏性为 68. 06 % , 高于基因芯片单独诊断 (P< 0. 05), GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片诊断肺结核的特异性、 准确性、 阳性预测值和阴性预测值分别为 91. 38 % 、 78. 46 % 、 90. 74 % 和 69. 74 % , 与 GeneXpert MTB/ RIF 诊断、 基因芯片单独诊断比较差异无统 计学意义 (P> 0. 05); GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片诊断 MDR-TB 的灵敏性、 特异性、 准确性、 阳性 预测值和阴性预测值分别为 94. 12 % 、 85. 45 % 、 87. 50 % 、 66. 67 % 和 97. 92 % , 与 GeneXpert MTB/ RIF 诊断基因芯片单独诊断比较差异无统计学意义 (P> 0. 05); 重症肺结核患者血清 sTREM-1、 PCT 分别为 (18. 04 ± 2. 07) ng / ml 和 (2. 09 ± 0. 19) ng / ml, 明显高于轻症肺结核患者 ( P< 0. 05); 血清 sTREM-1、 PCT 预测重症肺结核的 ROC 曲线下面积分别为 0. 811 和 0. 844, 截断值分别为 16. 32 ng / ml 和 2. 00 ng / ml, 灵敏性分别为 89. 30 % 和 82. 00 % , 特异性分别为 61. 40 % 和 79. 60 % 。 结论 GeneXpert 联合基因芯片技 术可提高涂阴 MTB 诊断灵敏性, 且两种手段对 MDR-TB 均有较好的诊断价值。 重症肺结核患者 sTREM-1、 PCT 水平明显高于轻症肺结核, 血清 sTREM-1、 PCT 对重症肺结核诊断灵敏性、 特异性较高, 可作为早期 诊断的手段加以应用。  相似文献   
7.
陈蕾 《临床肺科杂志》2022,27(2):242-246
目的分析基因芯片法(芯片法)检测结核分枝杆菌(Mtb)katG、inhA和rpoB基因突变位点耐药水平、突变频率特征,为临床治疗提供参考依据。方法选取成都市公共卫生临床医疗中心2020年1月—2021年1月收治的四川地区结核病患者118例Mtb分离株,芯片法通过katG、inhA和rpoB基因突变位点检测异烟肼(H)和利福平(R)耐药基因,微孔板比例法(比例法)通过培养+药物敏感性试验检测表型耐药水平,分析基因突变位点与耐药水平关系及突变频率分布特点。结果 H、R耐药株的耐药水平高,耐药相关基因的高耐药率为83.53%(71/85)、77.78%(77/99),基因突变位点与耐药水平关系密切,katG、inhA单基因突变位点的H高耐药率为92.96%(66/71)、30.77%(4/13),两者有统计学差异(χ2=26.28 P<0.05)。rpoB单基因突变位点中rpoB531、rpoB526、rpoB533/516/513/511位点的R高耐药率为93.88%(49/49)、81.82%(18/22)、37.50%(9/24),三者有统计学差异(χ2=29.17 P<0.05)。H耐药相关基因以katG315单基因突变为主,突变形式为(AGC→ACC) Ser→Thr(S315T),突变频率84.43%(71/85);R耐药相关基因以rpoB531单基因突变为主,突变形式为RRDR-531(TCG→TTG) Ser→Leu,突变频率49.50%(49/99)。结论四川地区H、R耐药株的耐药水平高。katG、rpoB531/526与H、R高耐药水平有关,inhA、rpoB511/513/516/533与H、R低耐药水平有关。katG315、rpoB531是H、R耐药相关基因突变的主要形式,临床使用抗结核药物须密切结合药敏检测制定方案。  相似文献   
8.
目的:分析利什曼原虫感染树突状细胞(DCs)早期的基因表达与信号通路变化,探究DCs感染后应答,寻找利什曼原虫感染后基于DCs的免疫治疗方法。方法:GEO数据库下载利什曼原虫感染前后DCs基因芯片数据,RStudio软件筛选差异表达基因(DEGs),STRING构建DEGs蛋白质相互作用网络(PPI),Cytoscape筛选差异表达蛋白质的核心模块,RStudio软件对DEGs进行GO和KEGG富集分析。结果:共筛选出DEGs 129个,其中IL12B与CXCL10差异最为显著,GO分析共富集23个过程,主要涉及病毒感染过程相关细胞反应及Ⅰ-IFN相关免疫反应;KEGG分析共富集3条信号通路,分别为甲型流感、麻疹及DNA复制信号通路。结论:利什曼原虫感染DCs前后Ⅰ-IFN信号通路和TLR4/NF-κB信号通路激活,影响IL12表达,提示Ⅰ-IFN/IL12信号通路与TLR4/NF-κB/IL12信号通路可作为利什曼原虫感染治疗的靶点,CXCL10也有望成为潜在的治疗靶点;利什曼原虫感染后,出现类似病毒感染现象,推测抗病毒免疫疗法可能在对抗利什曼原虫感染中具有一定疗效。  相似文献   
9.
目的: 检测甲基丙烯酸环氧丙酯(GMA)诱导16HBE细胞恶性转化相关mRNA的m6A甲基化修饰水平,筛选出m6A修饰的mRNA并进行功能注释。方法: GMA(8 μg/mL)重复染毒16HBE细胞后,收集GMA染毒组和DMSO对照组的第30代细胞,采用高通量人类表观转录组芯片检测16HBE细胞恶性转化相关mRNA的m6A修饰水平,应用Visual Studio Code软件进行m6A修饰mRNA的筛选,并利用Omicshare工具对这些mRNA进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果: 与对照组细胞比较,GMA诱导的恶性转化16HBE细胞中m6A修饰水平异常的mRNA共有454个,其中高甲基化水平mRNA 334个,低甲基化水平mRNA 120个;表达水平异常的mRNA共有434个,其中高表达mRNA 236个,低表达mRNA 198个。m6A修饰的mRNA有45个,GO富集分析结果显示上述mRNA主要富集于SNAP受体活性、SNARE结合、SNARE复合体等生物学过程,KEGG通路分析主要富集于囊泡运输中的SNARE相互作用、非同源末端连接、苯丙氨酸代谢等通路。结论: m6A修饰mRNA可能在GMA诱导16HBE恶性转化过程发挥重要作用。  相似文献   
10.
目的 研究百草枯(PQ)致小鼠肺泡上皮细胞损伤过程中microRNA(miRNA)表达谱的变化,并预测差异表达的miRNA靶基因和相关的生物学功能.方法 体外培养小鼠肺泡上皮细胞系MLE12细胞,加入不同浓度的PQ,通过CCK-8方法检测细胞活力以及流式细胞术检测细胞凋亡率,最终选择100μ MPQ作为合适的实验浓度.进一步设立对照组和实验组,对照组加入等量PBS的培养液,实验组加入100μ MPQ的培养液,24h后用基因芯片检测两组microRNA表达谱的改变,分析差异表达的miRNA并用生物信息学方法预测靶基因及相关信号调节通路.结果 100μmol/LPQ处理MLE-12细胞24h后,细胞活性下降约50%,细胞凋亡率约15%.基因芯片共筛选出11个差异表达的miRNA,其中1个被上调,10个被下调.预测这些上下调的miRNA靶基因与细胞的线粒体凋亡途径以及DNA的甲基化相关,参与PI3K-Akt、mTOR、RAS、TNF和MAPK等与氧化应激以及凋亡相关的信号通路的调节.结论 PQ对小鼠肺泡上皮细胞的损伤进程中microRNA表达谱发生了改变,这些差异表达的miRNA可能是细胞氧化应激及凋亡的重要调节因素.  相似文献   
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