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1.
人体内定植着数量庞大、结构复杂的微生物群,微生物群之间、微生物群及宿主细胞间存在着复杂的相互作用。互作转录组测序技术(dual RNA sequencing, Dual RNA-seq)可同时分析两个(或多个)互作物种间基因表达的动态变化,并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到物种间的相互作用机制。本文就近年来Dual RNA-seq技术在肠道、呼吸道、皮肤及口腔微生物研究中的应用现状及发展前景作一综述。自Dual RNA-seq的概念被引入以来,该技术已被应用于一系列感染模型。在分子水平上直接研究物种间动态相互作用,有助于更好地理解感染过程中病原体和宿主的生理变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标志物。但是,Dual RNA-seq目前仍然处于起步阶段,在实验技术方面存在一定的局限性,比如由于物种间的相互作用是动态变化的,最佳实验条件以及采样点的选择以及如何实现实时观测是亟需解决的难题;此外,由于Dual RNA-seq的生物信息学数据量大,如何快速灵活地处理互作信息仍然需要进一步的探索。  相似文献   
2.
利用生物信息学技术初步探索芫根调控肠道免疫功能的分子生物学机制。方法 选择雄性SPF级BALB/c小鼠18只,随机分为3组,每组6只。SC1组小鼠每只每次灌胃芫根提取液150 μL,SC2组小鼠每只每次灌胃绞碎芫根原浆悬液150 μL,NC组小鼠每只每次灌胃生理盐水150 μL,连续7 d每日灌胃一次。分别取每组小鼠小肠组织样品提取RNA,总RNA的质检合格后,进行转录组测序。按GO功能和KEGG信号通路对差异表达基因聚类分析揭示差异表达高度富集的免疫相关通路。从免疫角度分析芫根灌胃小鼠小肠组织的基因表达变化情况。结果 转录组测序共检测到27733条 mRNA的表达,SC1组与NC组比较,显著差异表达基因1635个,其中上调差异表达基因1236个,下调差异表达基因399个;SC2组与NC组比较,显著差异表达基因2872个,其中上调差异表达基因2233个,下调差异表达基因639个(P<0.05)。按GO功能和KEGG信号通路聚类分析显示差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路及维生素和脂肪消化吸收等途径的富集度在两个芫根组中均居于前20位(P<0.01),肠黏膜趋化因子CCL20和巨噬细胞极化标志物CD274等免疫蛋白编码基因差异表达显著且同属于上述多个免疫通路。结论 芫根灌胃小鼠小肠的差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路、营养物质消化吸收等途径高度富集,提示芫根对肠道免疫系统及肠黏膜功能的调节,其中CD274的表达上调和CCL20的表达下调提示诱导M1型巨噬细胞极化和T细胞活化可能是芫根调控免疫和维护肠道正常结构功能的重要途径。  相似文献   
3.
目的:探讨基于乳腺X线摄影的影像组学在乳腺肿块和钙化良恶性鉴别中的应用价值,并将结果与有经验的放射科医生相对比。方法:回顾性收集本院PACS系统中2014年5月1日-2020年3月1日诊断性乳腺X线图像,根据纳入和排除标准筛选出边界清晰的乳腺肿块性病变患者188例(316幅X线图像)和钙化性病变患者215例(364幅X线图像),训练集与测试集比例分别为222:94和256:108,良恶性病变比例约1:1。先采用深度学习的自动分割模型获取肿块和钙化区域ROI,再利用影像组学技术建立良恶性分类模型,计算模型预测病灶良恶性的曲线下面积(AUC),准确性(ACC),敏感度(SEN)和特异度(SPE),并且与有经验的放射科医师对比。结果:乳腺肿块影像组学良恶性分类模型的AUC、ACC、SPE、SEN分别为0.84、0.80、0.89、0.73,乳腺钙化影像组学良恶性分类模型的AUC、ACC、SPE、SEN分别为0.88、0.85、0.87、0.84,放射科医生鉴别乳腺肿块良恶性的ACC、SPE、SEN分别为0.80、0.88、0.76,放射科医生鉴别乳腺钙化良恶性ACC、SPE、SEN分别为0....  相似文献   
4.
【摘要】目的:探讨基于磁共振小肠造影对比增强序列的影像组学分析对小肠克罗恩病活动性炎症的诊断效能。方法:回顾性分析了82例末端回肠受累克罗恩病患者的磁共振小肠造影及临床资料,患者以磁共振活动指数(MaRIA)为参照标准分为无-轻度活动组和中-重度活动组,使用ITK-SNAP对磁共振小肠造影延迟增强图像上的感兴趣区进行勾画,运用PyRadiomics软件对感兴趣区进行特征提取,之后使用FeAture Explorer Pro将提取的特征按7:3比例随机分为训练集和测试集(训练集58例,31/27=阳性/阴性;测试集24例,13/11=阳性/阴性),并进行特征降维及建模。将建立的影像组学模型应用到测试集中进行验证。最后采用受试者操作特征曲线评估影像组学模型对克罗恩病活动性炎症的诊断效能。结果:从磁共振小肠造影延迟增强图像中共提取出374个特征,经过特征降维、筛选后,最终3个特征被纳入到影像组学模型中,克罗恩病活动性炎症影像组学模型为:1.248×wavelet -HLL _firstorder _Kurtosis + 0.717×wavelet-LLL_ first order_90Percentile + 1.116×wavelet-LLL_ glcm_JointAverage。训练集结果显示影像组学模型区分无-轻度活动性及中-重度活动性的曲线下面积(AUC)为0.953(95%CI:0.8949~0.9938),敏感度90.3%,特异度88.9%,测试集的影像组学模型的AUC为0.881(95%CI:0.7109~0.9926),敏感度84.6%,特异度81.2%。结论:基于磁共振小肠造影对比增强图像的影像组学模型对克罗恩病小肠活动性炎症具有较高的诊断效能。  相似文献   
5.
新生儿坏死性小肠结肠炎(necrotizing enterocolitis,NEC)是新生儿期常见且危害严重的胃肠道疾病,发病率及病死率均较高,部分NEC存活患儿生活质量受到严重影响,目前尚未发现NEC早期诊断的特异性生物标志物。近年来,代谢组学技术快速发展,其对生物体内参与生化反应的中间产物及终产物进行动态的定性定量分析,从系统的角度解释疾病发生和发展,在NEC早期诊断研究中有广阔的应用前景。该文综述了近年来代谢组学在NEC早期诊断方面的研究进展,旨在为代谢组学技术应用于NEC早期诊断提供参考依据。  相似文献   
6.
目的 分析手术室医护人员血源性职业暴露特征,为预防医护人员血源性职业暴露提供科学依据。方法 分析来源于医院院感中心质管部的2015—2019年手术室医护人员血源性职业暴露资料,采用回顾性分析方法对发生血源性暴露的手术室医护人员特征进行分析。结果 2015—2019年北京市某医院共报告手术室血源性职业暴露的医护人员126例,各年依次为32、28、29、23、14例,发生血源性职业暴露的手术室医护人员例数逐年减少。发生血源性职业暴露的手术室医护人员以女性为主,占66.67%。年龄20~53岁,以20~39岁为主,占57.94%。以医师为主,占70.63%。大专学历的医护人员所占比例最大,为43.65%,只有32.54%的医护人员有参加过血源性传播疾病职业暴露培训,病原体以乙肝病毒为主,占53.97%,其次为丙肝病毒,占31.75%,苍白密螺旋体占5.56%。暴露发生环节以术中缝合、传递手术器械以及协助操作为主,共占总暴露病例的71.43%。结论 北京市某医院手术室血源性职业暴露发生情况逐年减少,但仍有发生,院感防控任务仍较重,标准预防需要加强,需健全手术室安全教育培训,增强预防职业暴露能力,以降低手术室医护人员职业暴露风险。  相似文献   
7.
【摘要】目的:探讨基于增强MRI影像组学方法对肝细胞肝癌微血管侵犯(MVI)的术前预测价值。方法:回顾性分析108例经手术病理证实为肝细胞肝癌病例的临床及增强MRI图像资料,其中MVI阳性45例,MVI阴性63例。对增强MRI动脉期(AP)、门静脉期(PVP)及延迟期(DP)图像进行影像组学特征提取,筛选最有价值的组学特征,采用五折交叉验证将样本量训练组和测试组,对训练组构建基于AP、PVP、DP及基于3期特征融合的影像组学联合逻辑回归模型,并对MVI的独立预测因子构建逻辑回归模型。选择最优影像组学模型并结合临床影像特征模型构建临床影像组学模型。所有模型结果均用五折交叉均值表示。模型采用受试者工作特征曲线(ROC)分析模型的有效性,并用测试组进一步验证。结果:MVI临床影像特征的独立预测因素包括甲胎蛋白、肿瘤最大径、瘤内动脉及包膜情况。临床影像特征模型在训练组的诊断效能ROC曲线下面积(AUC)值0.864,测试组AUC值0.843。AP、PVP、DP及3期联合模型在训练组的诊断效能AUC值分别为0.898、0.874、0.894及0.898,测试组AUC值分别为0.861、0.864、0.86及0.881。Delong检验分析发现测试组中增强MRI影像组学模型中3期联合模型的诊断效能较高,其与临床影像特征结合建立的临床影像组学模型诊断性能达到最优,训练组与测试组AUC值为0.934及0.911。结论:基于增强MRI建立的临床影像组学模型能够在术前无创地评估和预测MVI。  相似文献   
8.
目的 采用定点检测和个体检测评估职业噪声暴露水平,探究两种方法评估结果的差异原因。方法 根据GBZ/T 189.8—2007《工作场所物理因素测量第8部分:噪声》,对52家机械制造企业的290名工人分别采用定点检测和个体检测计算噪声8 h等效声级,进行噪声暴露评估。用配对样本t检验和配对χ2检验探究两种检测方法计算的噪声8 h等效声级及超标率是否存在差异,用配对样本t检验分析两种检测方法所得结果在不同工种和作业方式间是否存在差异,用独立样本t检验和线性混合效应模型探究两种检测方法所得结果差异性的影响因素。结果 290名工人基于定点检测的噪声8 h等效声级均值为83.5 dB(A),超标率为36.9%;基于个体检测的噪声8 h等效声级均值为85.9 d B(A),超标率为52.1%,个体检测的均值及超标率均高于定点检测(P <0.05)。按工种和作业方式分层后发现,车床工和电焊工的基于个体检测的噪声8 h等效声级均值均高于定点检测(P <0.05),固定作业的基于个体检测的噪声8 h等效声级均值高于定点检测(P <0.05),而流动作业的基于个体检测的噪声8 h等效声级均值低于定点检测(P=0.002)。线性混合效应模型结果显示,电焊工两种检测方法所得的噪声8 h等效声级的差值的均值比车床工高1.7 dB(A)(β=1.7,95%CI:0.4~3.0,P=0.012),流动作业工人两种检测方法所得的噪声8 h等效声级的差值的均值高于固定作业工人,但差异无统计学意义(β=0.7,95%CI:-1.1~2.5,P=0.452)。结论 定点检测和个体检测两种方法评估的职业噪声暴露结果存在差异,工种和作业方式对结果的差异性有影响。针对流动作业和电焊工的职业噪声暴露评估,建议采用个体检测。  相似文献   
9.
冠心病是全球第一的死亡原因,其主要特征是冠状动脉粥样硬化使管腔狭窄或闭塞导致心肌缺血、缺氧或坏死而引发的心脏病,冠心病与脂质调节异常、慢性炎症、内皮功能障碍等密切相关。目前用于诊断冠心病的心肌酶和高、低密度脂蛋白等只能部分解释冠心病的风险。尚不能有效地检测冠心病患者早期的高危因素,迫切需要新的技术发现与冠心病密切相关的疾病标志物。脂质分子是心肌细胞结构重要组成部分,在心脏功能方面扮演重要角色。脂质组学是高通量研究脂质组成的一门新兴学科。近年脂质组学研究显示,特定种类的脂类,如神经酰胺、鞘氨醇、溶血磷脂酸、氧化脂质等,与冠心病的临床分型及特征相关。此外动物模型中心脏、脂肪、肝脏等相关组织样本脂质组学研究成果也为脂质生物标志物提供了新的信息,脂质组学技术正越来越多地被用于评估冠心病的风险等相关研究。本文对利用脂质组学技术探究冠心病脂质小分子标志物以及相关治疗靶点、药物研发策略进行综述。  相似文献   
10.
 目的 探讨分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床表现及辅助检查结果特征,以提高对该病的认识。方法 回顾性分析某医院2019年6月- 2021年8月经宏基因组二代测序(mNGS)诊断鹦鹉热衣原体肺炎的9例患者临床资料。结果 9例患者中男性7例,女性2 例,包含1例妊娠36+2周孕妇;年龄25~70岁,中位年龄63岁;临床主要表现为高热(9例)、咳嗽(9例)、咳痰(7例)。白细胞计数正常8例,淋巴细胞计数降低9例,CRP升高9例,ESR升高9例,PCT正常4例,门冬氨酸氨基转移酶和丙氨酸氨基转移酶升高6例。9例患者胸部 CT均表现为斑片或斑片实变影。经血及肺泡灌洗液mNGS确诊后使用多西环素、莫西沙星、左氧氟沙星、阿奇霉素单药治疗方案,疗程14~21 d,均好转出院。结论 鹦鹉热衣原体肺炎临床表现多样、诊断困难,mNGS检测可以快速明确病原学诊断,有助于及时启动特异性抗感染治疗,可减少抗菌药物的使用,改善预后。  相似文献   
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