基因组时代产前诊断面临的机遇和挑战

        自20世纪70年代开始，染色体核型分析技术作为诊断胎儿染色体异常的金标准已使用多年，但该技术存在分辨率较低（5~10Mb）、培养周期长、检测通量低及有培养失败风险等局限性。随后，靶向诊断技术（FISH、QF-PCR、MLPA）的出现，大大缩短了检测时间，与染色体核型技术联合应用，可早期诊断常见的胎儿染色体异常。此外，Sanger测序作为基因变异检测的金标准，可用于明确致病的单基因疾病的产前诊断。然而，以上技术均无法实现在全基因组范围内进行快速、高分辨率地诊断胎儿致病性变异。 浏览更多请关注微信公众号及当期杂志。     

全外显子测序产前诊断Walker-Warburg综合征

目的利用全外显子测序技术对患有脑积水和先天性心脏病的胎儿进行产前诊断,并指导再次妊娠。方法提取胎儿羊水细胞DNA以及父母外周血DNA,采用外显子测序技术进行检测,经过建库、杂交捕获、测序等过程,将得到的数据经过比对、软件分析、查找数据库及文献等,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG,2015)原则寻找胎儿的致病基因,并利用Sanger测序对致病位点进行验证。结果全外显子测序技术检测结果发现患儿POMT1基因发生复合杂合突变,分别遗传自母亲的经典剪切位点突变c.605+1GA(IVS7)和遗传自父亲的移码突变c.1367_c.1368(exon 15)ins GA,p.L456Lfs*80;Sanger测序验证结果与外显子捕获测序结果一致。胎儿为Walker-Warburg综合征患者。胎儿父母最终决定终止妊娠。结论利用全外显子测序技术可快速可靠地诊断Walker-Warburg综合征患者,在临床决策及产前咨询中发挥重要作用。     

用 Ion Torrent 半导体测序技术对血友病 B 家系 F9 基因行突变分析及产前诊断

目的用Ion Torrent半导体测序技术对11个血友病B(HB)家系的F9基因进行序列分析,寻找致病突变,并为遗传咨询和产前诊断提供依据。方法采集11个HB家系先证者及女性成员的外周血样本,抽提基因组DNA,利用Ion Torrent半导体测序技术检测F9基因致病突变,对发现的致病突变进行Sanger测序验证。进一步对7例高危家系孕妇进行羊膜腔穿刺,采集胎儿羊水样本,并进行产前诊断。结果 13例HB患者均存在F9基因致病性突变,共发现10种突变,其中1种为新的突变类型。对8例胎儿进行产前诊断,其中1例为半合子突变,2例为杂合突变,5例不携带母源致病突变。结论用Ion Torrent半导体测序技术检测F9基因的突变谱,对于HB家系携带者的产前诊断具有一定的临床意义。     

22q11.2微缺失综合征快速分子诊断方法的建立

目的:探索一种快速、经济和准确地检测22q11.2微缺失综合征的分子诊断方法.方法:随机采集2004年1月至2005年1月在我科住院的无血缘关系的江苏地区汉人群室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)患儿50例外周血标本及其双亲100例口腔拭子,选取3个高信息量的短串联重复序列多态(short tandem repeat polymorphic,STRP)位点(D22S944和本研究选取的22D_4_2,22D_4_3)进行STRP分析和荧光原位杂交(fluorescentin situ hybridization,FISH)检测.结果:22D_4_2,22D_4_3位点基因的电泳条带清晰,检测简便迅速;3个STRP位点均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律,在江苏地区汉人群中具有较高的多态性;50例VSD患儿中5例由STRP分析检出有微缺失,均经FISH检测证实. 结论:选取3个高信息量的位点(D22S944、22D_4_2、 22D_4_3)进行STRP初筛分析,必要时结合FISH检测是一种有效可行、值得推广的检测22q11.2微缺失的诊断方法.     

硫酸基转移酶1A1 His等位基因与复发性早期自然流产相关性

目的:探讨硫酸基转移酶1A1(SULT1A1)His等位基因与南京地区女性复发性自然流产(RESA)相关性及RESA相关危险因素。方法:选取101例RESA患者和106例正常对照,应用DNA测序技术检测SULT1A1基因Arg213 His多态性分布,并应用Logistic多因素回归方法分析基因型对RESA的危险度。结果:SULT1A1的Arg/Arg、Arg/His、His/His三种基因型在病例组与对照组之间的分布频率差异无统计学意义(P>0.05);His等位基因可增加RESA的危险性(OR=1.43)。在有装修异味房子中居住大于3个月的环境因素在病例组与对照组有统计学意义(P=0.02)。结论:SULT1A1基因Arg213His等位基因是RESA的易感基因。     

丙酮酸脱氢酶E1-α缺乏症产前诊断1例

本文报道了1例由产前超声提示胎儿脑部发育异常、引产后全外显子组测序及Sanger验证确诊的丙酮酸脱氢酶E1-α缺乏症病例。孕25周+1时超声提示胎儿双侧侧脑室轻度增宽, 颅内出血可能, 复查MRI提示胎儿胼胝体缺如、双侧侧脑室增宽、室旁囊肿。经遗传咨询及慎重考虑后, 胎儿父母选择终止妊娠。为明确病因, 取引产胎儿皮肤组织进行全外显子组测序, 发现胎儿PDHA1基因的10号外显子发生移码变异c.924₉30dup(p.R311Gfs*5), Sanger测序验证该位点结果与全外显子组测序结果一致, 且为新发的致病性变异, 确诊为丙酮酸脱氢酶E1-α缺乏症。     

全基因组测序用于肾脏异常胎儿的产前诊断CSCD

目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测,以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取,行全基因组测序检测,根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)原则对数据进行判定,拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对,致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病,分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb;2例胎儿为基因变异致病,分别为PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12:c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南,PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)变异均为致病性变异(PVS1+PM2+PM3+PP4),BBS12:c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)变异判定为可能致病性变异(PVS1+PM2)。结论全基因组测序技术可以高效快速的为产前肾脏异常胎儿提供遗传学诊断,并为遗传咨询提供依据。     

宫颈癌（活检组织）细胞遗传学研究

本文对３０例宫颈癌活检组织标本用直接法制备了染色体并进行了Ｇ显带，结果２２例成功进行了核型分析。研究发现，２１例鳞癌均无明显染色体众数，对Ⅱ期及Ⅲ期病例比较提示，非近二倍体细胞的增加与病期进展相关；各条正常染色体计数分析发现，２０号，１９号，８号及５号染色体明显表达，而１４号，２２号，１３号及１５号染色体明显低表达；Ⅱ期与Ⅲ期病例比较提示，２０号，８号染色体高表达及１４号，２２号染色体的低表达可能