GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋.为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要,各种数据库应用而生,其中,NCBI (national center for biotechnology information)的基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库,用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用.迄今为止,GEO已收录了300000个样本的数据,涉及16亿个基因表达丰度数据,涵盖500多种生物体,广泛覆盖各种生物学内容.GEO数据库操作简单,数据全面,免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台.文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景.登陆GEO数据库的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo.     

DNMT3a基因突变与成人原发急性髓系白血病患者初诊时外周血象水平关系的Meta分析

目的系统评价DNMT3a基因突变与成人原发急性髓系白血病(AML)患者初诊时外周血象水平的关系。方法计算机检索PubMed、ScienceDirect、EBSCO、Web of Science、CNKI、VIP和WanFang Data数据库,纳入国内外公开发表的研究DNMT3a与成人原发AML患者初诊时外周血象水平相关性的病例-对照研究,检索年限均为从建库至2012年12月30日。由2位研究者根据纳入与排除标准独立筛选文献、提取资料并评价质量后,采用RevMan 5.2软件进行Meta分析。结果共纳入10个研究,合计2704例患者。Meta分析结果显示:成人原发AML患者DNMT3a突变组初诊时的外周血WBC、HGB、PLT数值均较DNMT3a未突变组高,差异均有统计学意义(P均<0.05)。结论成人原发AML患者中DNMT3a突变组初诊时的外周血象水平较DNMT3a未突变组高,这有助于我们更好地理解DNMT3a基因在AML发生发展中的作用。     

结肠腺瘤和结肠癌基因表达谱分析

目的 研究结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱,筛查结肠癌相关基因.方法 用BRB-Array Tools对公共基因芯片数据库GEO中的结肠腺瘤、结肠癌基因芯片表达数据进行统计学分析,找出在结肠腺瘤和结肠癌发生发展中均发生变化的基因及二者的特异性基因,进一步分析其功能.结果 样本聚类表明各类组织分类正确,比较后得到在腺瘤和腺癌中共同表达的104条基因,其中48条共同上调,56条共同下调;差异基因的功能涉及物质代谢、内环境稳态、细胞间通讯、细胞黏附、细胞增殖等多种肿瘤发生发展的重要生物学过程.结论 生物信息学方法发现的结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱可为结肠癌的发病机制及治疗靶位的研究开辟新思路.     

伊马替尼治疗慢性期慢性粒细胞白血病的随访观察

目的:通过对117例慢性期慢性粒细胞白血病(CML)患者应用伊马替尼治疗的随访观察,总结其疗效。方法:117例慢性期CML患者,慢性早期95例,慢性晚期22例,伊马替尼中位治疗剂量为400(200～800)mg/d。初次服用患者分别于第3、6、12个月定期复查。以服药6个月时治疗反应分为完全细胞遗传学缓解(CCyR)组、部分细胞遗传学缓解(PCyR)组和无细胞遗传学缓解(NCyR)组,Kaplan-Meier法分析比较无进展生存(PFS)。结果:117例CML患者CCyR率为82.1%,75.0%在6个月内获得CCyR,原发耐药率为10.3%,死亡率为4.3%。慢性早期患者比慢性晚期患者获得CCyR率高,但无统计学差异,P=0.208;而慢性晚期患者的原发耐药率显著增高,P=0.013。慢性早期和慢性晚期的总生存率分别为93.2%和94.7%,P=0.939。以服药6个月时治疗反应分组,CCyR组、PCyR组及NCyR组5年PFS率分别为90.0%、41.9%和0,P=0.000。结论:伊马替尼治疗慢性期CML患者6个月内获得CCyR者PFS率明显高于未获得CCyR者,慢性早期患者疗效优于慢性晚期患者。     

FSHR部分基因的真核表达质粒构建和生物信息学分析

目的克隆FSHR基因部分片段(145～330bp)(FSHRn),构建真核表达重组质粒,预测其编码蛋白作为候选避孕疫苗的可行性。方法提取小鼠睾丸组织的总RNA,利用RT-PCR技术反转录成cDNA,按照GenBank中小鼠FSHRN-端序列设计引物,扩增基因片段并插入pcDNA3.1/myc-His(-)B载体,重组质粒经PCR、双酶切和测序鉴定后用VectorNTI9.0软件作生物信息学分析。结果扩增片段长度为186bp,测序结果与已知序列吻合,重组真核表达质粒经PCR和双酶切鉴定获得正确重组子,生物信息学分析其编码蛋白抗原性肽段主要集中在15～20aa、22～27aa、32～36aa、42～48aa、58～67aa,与人的基因同源性为90%。结论成功克隆了FSHRn基因片段并构建了pcDNA3.1/FHSRn真核表达重组质粒;FSHRn具有良好的抗原性,FSHRn蛋白可作为良好的动物候选疫苗,为此段蛋白的深入研究和人类男性避孕疫苗的研制打下基础。     

+8伴JAK2突变的骨髓增生异常/骨髓增殖性疾病不能分类1例

本研究探讨1例骨髓增生异常/骨髓增殖性疾病不能分类(MDS/MPD-U)患者的临床特征、染色体核型与JAK2基因突变发生的关系。利用骨髓组织学活检、染色体核型分析技术、ARMS-PCR等方法,观察该MDS/MPD-U患者的临床特征、染色体核型、JAK2基因突变情况。结果表明,患者骨髓有典型的小巨核细胞、血小板增多、8号染色体三体异常、JAK2 V617F基因突变。结论:该患者符合MDS/MPD-U的诊断,伴有+8,JAK2 V617F基因突变,为进一步研究染色体核型异常与JAK2 V617F基因突变两种分子事件之间的相关性及对MDS/MPD-U预后的影响提供依据。     

FLT3-ITD基因突变及其碱基重排长度对急性髓系白血病的预后影响

目的:探讨FLT3-ITD基因及其碱基重排长度对急性髓系白血病(AML)患者总体生存时间(OS)及无复发生存时间(RFS)的影响。方法:回顾分析2011年6月至2016年4月收治的75例FLT3-ITD~+ AML(除外M3)及76例FLT3-ITD~-正常核型AML(除外M3,作为对照组)患者临床资料;采用DNA基因测序分析40例FLT3-ITD~+ AML患者ITD基因重排碱基长度。结果:FLT3-ITD~+ AML患者初诊时白细胞数、骨髓原始细胞比例较FLT3-ITD~- AML患者高(95.13 vs 10.85(P0.01);72%vs 59%,P=0.003),CR率较FLT3-ITD~-患者低(70.42%vs 94.7%(P0.01)。接受造血干细胞移植的FLT3-ITD~+患者OS及RFS明显长于单纯化疗FLT3-ITD~+患者(P0.01),且移植后早期接受索拉菲尼维持治疗患者OS和RFS较未接受者明显延长(P0.05和P0.05)。FLT3-ITD插入重排碱基长度60 bp组OS长于≥60 bp(P0.05),其中2组单纯化疗患者OS及RFS差异无统计学意义。而在接受异基因造血干细胞移植患者中,重排碱基长度60 bp组OS长于≥60 bp组(中位OS分别未达到、达到、15个月,P0.05),且与allo-HSCT FLT3-ITD~-患者OS相似。结论:FIT3-ITD~+ AML患者(除外M3)预后较FLT3-ITD~-患者差,其中ITD重排碱基长度≥60 bp患者预后更差,单纯化疗并不能改善FLT3-ITD~+患者的预后。造血干细胞移植能够明显延长RFS,移植后早期索拉菲尼维持治疗能显著改善这类患者的预后。     

家族性骨髓增殖性肿瘤JAK2基因突变的检测及其临床意义

目的 了解家族性骨髓增殖性肿瘤( MPN)患者及其家系成员中JAK2、c-mpl、EPOR、MPLW515 L/K、TET2基因是否存在异常,为深入探讨MPN发病机制提供依据.方法 对2例先后在我院诊治的同胞MPN患者及其家系成员(共15人)进行血常规检查,对存在异常者进行骨髓相关检查,并应用PCR、DNA测序等方法明确有关基因的表达状况.结果 2例患者中先证者为原发性血小板增多症,其胞弟为真性红细胞增多症,其余成员均无相关临床表现.根据血常规及骨髓检查确诊了第3例(胞妹)MPN患者.PCR及测序结果显示3人存在JAK2V617F突变,其中先证者为纯合型,其胞弟和父亲为杂合型.所检查的家系成员均不存在bcr-abl融合基因及c-mpl、EPOR、MPLW515L/K和TET2基因突变.对该家族JAK2基因cDNA全长测序发现:2人存在G380A杂合型突变(127位甘氨酸变为天冬氨酸),13人存在C489T突变,14人存在G2490A突变,但后两者均为同义突变.结论 JAK2V617F是诊断MPN的重要指标之一,该家族中JAK2V617F突变涉及两代人.对于初发MPN患者,建议筛查其家族成员,从而尽可能对部分家族性MPN患者做到早期诊断.JAK2基因全长测序发现存在除JAK2V617F外的基因突变.     

骨髓增殖性肿瘤JAK2基因突变分析及临床诊断意义

目的 探讨JAK2基因突变在骨髓增殖性肿瘤(myeloproliferative neoplasms,MPNs)患者中的诊断价值.方法 采用扩增受阻突变PCR(amplification refractory mutation PCR,ARMS-PCR)的方法检测原发性血小板增多症(essential thromboc...     

T315I基因突变的慢性髓性白血病临床特征及泊那替尼疗效

目的分析伴T315I突变的慢性髓系白血病（CML）的临床特征及不同治疗方法的疗效。方法回顾性分析19例行BCRABL KD突变检测T315I突变的CML患者的临床资料及不同治疗的预后，通过直接测序分析获得用于RTQ-PCR样品的BCRABL KD突变。用Sanger测序法对BCR-ABL KD突变进行测序。复发标准包括血液学复发、细胞遗传学复发和分子生物学复 发。结果19例CML-T315I患者，初诊时73.7%（14/19例）患者处于慢性期（CP），Sokal评分中高危患者占81.2%（13/16例）。19 例患者初诊后均行酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗，病程中78.9%（15/19例）患者有附加染色体畸变，52.6%（10/19例）患者存在多 重突变。68.4%（13/19 例）的患者在疾病进展后（加速期/急变期）检测出T315I 突变，从初诊到检测出T315I 突变的中位期为 40 m（5~120 m）。突变后12例行泊那替尼治疗（A组），7例选择传统化疗方案（B组）。A、B两组3年总生存率分别是83.3%和 14.2%（P=0.001）。结论小样本回顾性研究发现对TKI耐药的CML患者易检出T315I 突变，进展期检出率明显高于慢性期。 此类患者往往合并附加染色体和多重基因突变，预后较差，即行异基因造血干细胞移植，复发率仍较高。泊纳替尼长期维持治 疗，可能会改善预后，延长生存期。