基因组时代的肿瘤遗传易感性研究现状与挑战

2003年4月1413,国际人类基因组测序组织（the International Human Genome Sequencing Consortium,IHGSC）正式对外宣布：人类基因组测序工作完成,人类基因组计划的所有目标均已实现。随着这一计划的完成以及成千上万的人类遗传变异的最终阐明,科学家们看到了从遗传的角度破译肿瘤致病密码的希望。     

微卫星锚定PCR研究日本血吸虫的遗传变异

目的　对中国不同自然隔离群的日本血吸虫进行遗传变异研究 ,并为中国日本血吸虫地域品系的划分提供依据。方法　采用微卫星锚定PCR(SSR -PCR)技术对中国 7省 10地日本血吸虫标本基因组DNA进行PCR扩增 ,根据扩增产物 ,计算遗传距离 ,并构建系统进化树。结果　各地域标本PCR扩增产物均呈多态性 ,其中中国大陆与中国台湾日本血吸虫之间的遗传距离为 0 316± 0 0 6 7(0 176～ 0 378) ;中国大陆日本血吸虫山区型之间的遗传距离为 0 0 6 7;湖区型之间的遗传距离为 0 0 6 3～ 0 176 ;山区型与湖区型之间的遗传距离为 0 0 6 7～ 0 2 5 0 ;湖北省境内 4个地域的日本血吸虫 ,其遗传距离为0 0 6 3～ 0 111。结论　根据我们所采集的日本血吸虫标本和SSR -PCR的实验结果 ,认为中国大陆日本血吸虫在基因分类水平上至少可分为不同层次的 5类 :①云南洱源、四川天全为一类 ;②安徽贵池、湖南岳阳为一类 ;③湖北武汉、湖北钟祥为一类 ;④江西新建、湖北阳新为一类 ;⑤湖北松滋单独为一类。其中①与②③④⑤在总体上可分为两大类 ,②③④⑤又可再分为②③与④⑤两类 ,②③与④⑤还可再各分为两类 ,此外 ,中国台湾日本血吸虫单独列为一类。     

RAPD技术研究6种拟钉螺的遗传变异

目的对来自中国3省5地的6种拟钉螺进行遗传变异研究,明确它们的亲缘关系,为拟钉螺的DNA分类提供依据。方法采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对6种拟钉螺进行PCR扩增,根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳的带型,计算各地拟钉螺的遗传距离,并绘制系统进化树;观察比较6种拟钉螺的外部形态和生态环境,并结合RAPD实验分类结果进行综合分析讨论。结果RAPD技术可将6种拟钉螺分为4类:①秉氏拟钉螺和向氏拟钉螺;②洪山拟钉螺和新店拟钉螺;③十堰拟钉螺;④武鸣拟钉螺。外部形态和生态环境方面,秉氏拟钉螺与向氏拟钉螺、洪山拟钉螺与新店拟钉螺的外部形态及生态环境较为相似,其它螺种间则差异较大。结论6种拟钉螺在基因水平上存在差异,此差异与拟钉螺外部形态、生态因素等传统分类因素相关联。     

应用RAPD技术对我国11个地域株并殖吸虫遗传变异的初步探讨

目的对来自中国3省9地11个地域株并殖吸虫进行遗传变异研究,明确它们的亲缘关系,为并殖吸虫的分类提供依据,尤其为湖北省并殖吸虫流行区划分提供分子生物学依据;探讨采用不同虫期标本及其不同保存方法对该研究的影响。方法采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对11个地域株并殖吸虫进行PCR扩增,根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳的带型,计算各株并殖吸虫的遗传距离,并绘制系统进化树。结果RAPD技术将11个地域株并殖吸虫分为3类:①江西武宁、浙江兰亭、湖北温泉和湖北赤壁;②湖北走马(a)、湖北走马(b)、湖北五峰(a)、湖北五峰(b)、湖北十堰和湖北五里;③湖北神农架。结论11个地域株并殖吸虫在基因水平上存在差异,其中有种间和种内差异。我国湖北、江西和浙江3省存在3种并殖吸虫:卫氏并殖吸虫、斯氏并殖吸虫和一种尚未定种的神农架并殖吸虫;湖北存在除卫氏、斯氏并殖吸虫外不明种的神农架并殖吸虫。采用不同虫期(成虫和囊蚴)标本及其不同保存方法不影响遗传变异研究的结果。     

口蹄疫病毒WFL株全基因组结构及遗传变异分析

目的对FMDV WFL株全基因组进行克隆及测序,并对其基因组进行了比较分析,结果表明WFL株全长为8155nt,该毒株5’UTR长1 059nt(untranslatable region,UTR),编码区核苷酸长度为6969nt,3’UTR包括93nt非编码碱基和34nt poly(A);WFL株与HKN/2002的核苷酸及氨基酸同源性最高;WFL株的polyC长17nt,其中C碱基占94.12%,仅有一个U碱基;3A基因有10个氨基酸的缺失。     

PCR-SSCP研究中国日本血吸虫线粒体DNA的遗传变异

目的 研究中国日本血吸虫线粒体DNA的遗传变异。方法 试剂盒抽提我国11个地域株日本血吸虫基因组总DNA,以特异性引物对其线粒体NADH(还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸)脱氢酶1(ND1)和细胞色素C氧化酶1(CO1)片段进行PCR扩增,PCR产物纯化后作SSCP分析。结果 SSCP结果共出现15种条带类型,其中NDl片段中出现7种条带类型,分别是湖北省5地2种;中国台湾、湖南、安徽与江西各为1种;四川、云南同为1种。CO1片段中出现8种条带类型,其中湖北境内5个地域株中有2种;中国台湾株、湖南、安徽与江西各为1种,四川、云南株各为1种。结论 我国各地域株日本血吸虫存在不同程度的遗传变异。     

随机引物扩增多态性DNA技术及其在寄生虫学中的应用

虽然早期分子生物学技术（如RFI－P）的运用极大地推动了寄生虫遗传变异及分子分类学研究的深入,但在流行病学研究中并未被广泛接受,也未被作为研究寄生虫遗传变异的标准,其原因可能在于这些方法的实验操作相对复杂,如需要制备高质量的DNA、限制性内切酶的消化、凝胶电泳、DNA印迹以及与探针杂交等。PCR技术的运用虽然为寄生虫的鉴别提供了一个便捷的替代途径,但用PCR检测DNA多态性,首先需要确定多态性位点,然后确定保守的侧翼区序列,由此设计合适的扩增引物等,也限制了其广泛地应用。近年来发展起来的随机引物扩增多态性…     

CLMP基因新变异致同胞姐弟先天性短肠综合征合并肠旋转不良

本文报道一对先天性短肠综合征(congenital short-bowel syndrome, CSBS)合并肠旋转不良的姐弟。病例1出生体重2 550 g, 身长48 cm, 2017年9月10日生后23 d因肠梗阻于厦门大学附属妇女儿童医院急诊行"Ladd’’s术及阑尾切除术", 小肠全长65 cm, 术后予肠内、外联合营养支持6个月。全外显子组测序提示CLMP基因(chr11:122953792-122955421)纯合变异(NM 024769;核酸缺失外显子3～5), 父母均无相关表型且均为杂合携带。病例2为病例1之弟, 2020年3月20日在本院出生, 出生体重2 932 g, 身长49 cm;产前羊水单基因测序检出与姐姐一致的基因变异。生后第2天行"Ladd’’s术及阑尾切除术", 小肠51 cm。术后6个月实现肠内营养。分别随访至12个月, 病例1体重和身高均相似文献   

基于孟德尔随机化分析胃食管反流病与慢性阻塞性肺疾病的因果关系研究

目的 基于双向两样本孟德尔随机化(MR)方法分析胃食管反流病(GERD)与慢性阻塞性肺疾病(COPD)的因果关系。方法 从全基因组关联研究(GWAS)中获取GERD与COPD的遗传变异信息,并以此作为工具变量。采用逆方差加权法(IVW)、加权中位数法和MR-Egger回归分析法进行MR分析,并通过敏感性分析验证结果的稳健性。结果 遗传预测的GERD与COPD发生风险具有显著正相关性,而COPD与GERD发生风险无统计学关联。正向IVW结果显示比值比(OR)=1.305 7, 95%置信区间(95%CI)为1.114 4～1.529 8,P=0.000 9;逆向IVW结果显示OR=0.982 3, 95%CI为0.917 4～1.051 9,P=0.610 4。敏感性分析未发现任何潜在偏倚。结论 MR分析显示GERD是COPD的一个风险因子,治疗GERD可能有助于预防或延缓COPD的进展。     

甘肃省酒泉市狐狸源和犬源狮弓蛔虫线粒体pnad1和pnad5基因序列遗传变异研究

目的　探究甘肃省酒泉市不同宿主源狮弓蛔虫基因遗传变异。方法　应用PCR技术对甘肃省酒泉地区采集的11株分离自家犬、狐狸和宠物犬的狮弓蛔虫分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第1亚基部分序列基因（partial nicotinamide adenine dinucleotide dehydrogenase subunit 1, pnad1）和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第5亚基部分序列基因（partial nicotinamide adenine dinucleotide dehydrogenase subunit 5, pnad5）进行基因扩增，并对PCR扩增产物进行测序，分析其遗传变异。结果　获得的犬源和狐狸源狮弓蛔虫分离株pnad1和pnad5基因序列大小分别为530 bp和550 bp，不同分离株间核苷酸序列同源性分别为99.4% ~ 100.0%和99.5% ~ 99.8%，与已知狮弓蛔虫分离株对应序列同源性分别为99.2% ~ 99.9%和99.1% ~ 99.9%；分别检测到19个和24个遗传变异位点，单倍型分别为10和9个，单倍型多样性分别为0.982和0.964，核苷酸多样性分别为0.039 4和0.034 2。基于两种基因序列构建的遗传进化树结果基本一致：11株不同宿主分离株与已知狮弓蛔虫分离株位于同一分支，且为随机分布；与犬弓首蛔虫所属分支相隔较近，与其他蛔虫所属分支相距较远。结论　甘肃省酒泉市不同宿主来源狮弓蛔虫分离株pnad1和pnad5基因遗传变异较小，pnad1基因较pnad5基因更适合作为分子标记用于分析狮弓蛔虫遗传变异。