Evolution, antimicrobial susceptibility and assignment to international clones of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated over a 9-year period in two Spanish hospitals

Antimicrobial resistance profiles, restriction fragment length polymorphism of the coagulase gene and repetitive element sequence-based PCR were used to classify 210 methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates recovered between 1997 and 2005 in two hospitals in Vigo, north-west Spain. Representative isolates belonging to the epidemic clones were analysed by spa typing and multilocus sequence typing, and the staphylococcal chromosomal cassette (SCC)mec type was determined for all isolates. The New York/Japan clone (t002-ST5-II) was detected in Spain for the first time. However, the New York/Japan and the Brazilian (t037-ST239-IIIA) clones were replaced by EMRSA-16 (t018-ST36-II), which at present is the predominant clone.     

2015—2020年四川省手足口病流行病学特征分析

目的 分析2015—2020年四川省手足口病流行病学及病原学特征,为手足口病的防控提供科学依据。 方法 利用描述流行病学方法对2015—2020年四川省手足口病监测资料进行统计分析。 结果 2015—2020年四川省累计报告手足口病520 147例,重症1 759例,死亡38例,2015—2020年四川省手足口病发病率呈波动状,年均发病率为104.82/10万,2015—2017和2019年呈现明显的双峰(4—7月和10—12月),2018、2020年呈单峰,发病高峰分别在7—11月和10—12月;年龄以 5 岁及以下儿童为主,男女性别比为1.38∶1;发病率居前五位的地区是成都市(221.25/10万)、眉山市(145.51/10万)、德阳市(115.52/10万)、雅安市(108.02/10万)和遂宁市(100.56/10);共报告实验室确诊病例44 410例,其中其他肠道病毒、CoxA16、EV71分别占65.53%、22.35%、12.12% 。 结论 2015—2020年四川省手足口病发病水平呈上升趋势,防控压力逐渐加大。四川省手足口病发病以5岁以下儿童为主,成都及周边,川东北发病率较高,优势病原分型构成发生变化,其他肠道病毒比重逐渐提高,病原学监测工作需要调整。     

贵州与中国大陆其它地区空肠弯曲菌MLST特征的比较分析

目的 了解贵州省鸡源空肠弯曲菌的分子流行特征,阐明各地菌株间的亲缘关系和进化特征。方法 在贵州省随机抽取7个大型养鸡场,共采集210份鸡的新鲜粪便样本,分离培养出38株空肠弯曲菌,采用多位点序列分型对分离株的序列型及克隆复合体进行构成和聚类分析,与PubMLST数据库中来自国内的分离株分子特征进行比较。结果 贵州省38株鸡源空肠弯曲菌分为23种ST型和8个克隆复合体,其中9种是目前中国大陆地区已有的ST型,2个等位基因和8种序列型为新发现的。ST型构成比前四位分别是ST - 45、ST - 161、ST - 354、ST - 4 324,与数据库中已有的6株贵州来源菌株相比,不存在共同的ST型。优势克隆复合体（CC - 45、CC - 354、CC - 52）与数据库中鸡源分离株的前三位克隆复合体没有重叠。菌株遗传进化树显示,本研究中属于优势克隆复合体的18株菌与国内部分人源、猪源、野生鸟源、鹅源分离株有较近的遗传距离。结论 贵州省鸡源空肠弯曲菌具有高度遗传多样性,在一定程度上表现出地域流行特征。序列型与国内华东地区的分离株有较高的交叉性,部分分离株与国内人、野生鸟、鹅等来源分离株遗传距离近,应加强对不同地区、不同宿主来源空肠弯曲菌的动态监测。     

血红蛋白电泳在地中海贫血筛查中的运用研究

目的探讨血红蛋白电泳在地中海贫血筛查中的运用与结果。方法选择我院2019年1—12月收治的200例接受地中海贫血筛查的患者,所有患者进行血红蛋白A(hemoglobin A,HbA)、血红蛋白A2(hemoglobin A2,HbA2)、血红蛋白F(hemoglobin F,HbF)的含量,分析检测结果。结果200例筛查患者中共检测出56例患者为地中海贫血患者,其中α地中海贫血20例(10.00%),β地中海贫血26例(13.00%),混合地中海贫血3例(1.50%),其他血红蛋白病7例(3.50%)。α地中海贫血患者HbA高于混合地中海贫血和其他血红蛋白病(P<0.05);β地中海贫血患者HbA2高于α地中海贫血、混合地中海贫血和其他血红蛋白病(P<0.05);混合地中海贫血患者HbF高于α地中海贫血、β地中海贫血和其他血红蛋白病(P<0.05)。结论血红蛋白电泳在地中海贫血筛查中的应用价值显著,可以根据Hb的含量对地中海贫血的疾病进行分类,并对重型地中海贫血患者的预防具有重要的意义。     

耐碳青霉烯革兰阴性杆菌耐药性及耐药基因blaKPC的分子特征

目的 探讨耐碳青霉烯类革兰阴性杆菌的临床耐药性及耐药基因blaKPC的分子特征。方法 分析2017年1月-2018年12月某院临床检出的耐碳青霉烯类革兰阴性杆菌。通过WHONET 5.6软件对药物敏感试验数据进行统计分析,采用PCR检测碳青霉烯耐药基因blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaVIM、blaOXA-48,对PCR阳性产物进行DNA测序,分析耐药基因的分子结构特点。结果 共收集510株耐碳青霉烯类革兰阴性杆菌,其中耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌（CRE）420株,耐碳青霉烯非肠杆菌科细菌90株。菌株主要来自重症监护病房（ICU）、神经外科和呼吸科,分别占60.8%、11.8%、5.3%;标本来自痰、脓性分泌物、静脉血、无菌中段尿,分别占66.9%、8.8%、8.2%、6.5%。耐碳青霉烯类革兰阴性杆菌对常用抗菌药物具有较高的耐药性。PCR结果显示,420株CRE中blaKPC、blaNDM、blaIMP的阳性率分别为54.3%（228/420）、1.2%（5/420）、1.4%（6/420）,未检测出blaVIM和blaOXA-48基因,其中肺炎克雷伯菌、产气肠杆菌、大肠埃希菌分别占携带blaKPC CRE的83.8%、11.8%、2.6%;其他少见菌种中也检出blaKPC基因。非肠杆菌科细菌中仅有2株鲍曼不动杆菌检测出blaKPC。DNA测序结果显示,174株携带blaKPC的菌株中173株检测为blaKPC-2、1株检测为blaKPC-1。结论 该地区耐碳青霉烯类革兰阴性菌以CRE为主,其中以携带blaKPC-2的肺炎克雷伯菌占绝对优势,其他菌株中也均有发现。提示临床需重点加强耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的监测及预防,防控blaKPC的传播流行。     

阴沟肠杆菌对碳青霉烯类药物的耐药机制

 目的 研究耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌分子流行病学特征和碳青霉烯耐药机制,为临床经验性用药及医院感染防控提供依据。方法 对某院2019年4—9月分离的耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌进行菌种鉴定及药敏分析,mCIM联合eCIM试验筛选碳青霉烯酶,聚合酶链反应（PCR）方法检测碳青霉烯酶耐药基因,多位点序列分型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子流行病学特征分析。结果 8株耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌中5株来自于重症监护病房（ICU）,对临床常用头孢类及加酶抑制剂药物均表现出高水平耐药的特性。所有菌株均携带金属β-内酰胺酶,7株为bla_NDM-1,1株为bla_IPM-4。MLST分子分型及PFGE同源性分析有6个ST序列类型,6个克隆群。ST596（3株）均为A群、ST121（1株）为C群、ST993（1株）为F群、ST91（1株）为E群、ST794（1株）为B群、ST88（1株）为D群。结论 该院耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌主要来源于ICU,产金属酶bla_NDM-1β-内酰胺酶是其主要耐药机制。ST596 A群阴沟肠杆菌短时间内在ICU存在局部流行,应加强医院感染防控措施,遏制暴发流行。     

海口市儿童肺炎患者呼吸道标本流感嗜血杆菌的耐药性与分子流行病学特征

 目的 调查海口市肺炎患儿分离的流感嗜血杆菌临床分布、耐药状况及克隆传播情况,为预防和治疗儿童流感嗜血杆菌性肺炎提供理论依据。方法 收集2021年海口市妇幼保健院5 342例住院肺炎患儿临床资料,分析患儿呼吸道标本流感嗜血杆菌阳性情况,检测菌株耐药性,并采用多位点序列分型（MLST）分析其同源性。结果 5 342例肺炎患儿共分离352株流感嗜血杆菌,检出率为6.59%;男患儿检出率为7.10%,女患儿检出率为5.82%;年龄<30 d检出率为0.30%,30 d~为8.45%,2岁~为11.62%,4岁~为12.88%,≥ 6岁为2.56%,各年龄段检出率比较差异有统计学意义（P<0.05）;春季检出率为14.04%,夏季为4.48%,秋季为4.62%,冬季为4.40%,各季节检出率比较差异有统计学意义（P<0.001）。流感嗜血杆菌β-内酰胺酶阳性率为42.60%（141/331）,对复方磺胺甲口恶唑、氨苄西林、头孢呋辛的耐药率分别为76.43%、69.19%、51.36%,对阿奇霉素、阿莫西林/克拉维酸、头孢他啶和头孢曲松的耐药率<30%,对美罗培南和左氧氟沙星的耐药率<1%。51株流感嗜血杆菌经MLST测序分成15个ST型;其中ST107包含11株（21.57%）,主要分布在4个月~1岁患儿（9株）和3岁患儿（2株）。结论 海口市肺炎患儿分离的流感嗜血杆菌具有遗传多样性,且发生社区克隆传播,以2~3岁幼儿感染多见。春季是感染高发季节,ST107是春季流行优势克隆型。经验治疗时须谨慎使用复方磺胺甲口恶唑、氨苄西林和头孢呋辛,阿莫西林/克拉维酸耐药率和β-内酰胺酶阴性菌株对氨苄西林耐药率升高,临床应引起重视。     

纹带棒状杆菌多位点序列分型及应用

目的 建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法 筛选出7个管家基因（gyrA、gyrB、hsp65、sodA、secA1、rpoB、16S rRNA）,设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。结果 所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论 我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。     

宁河区手足口病肠道病毒检测及流行特征分析

目的了解手足口病(HFMD)病原学特点及主要流行特征,为HFMD疫情的控制和常规监测提供可靠的数据。方法选取2017年1月-2019年12月天津市宁河区医院肠道门诊及儿科住院部HFMD病例的粪便样本382份进行检测。采用实时荧光定量PCR法,对手足口病毒进行分型检测。结果 2017年1月-2019年12月宁河区HFMD年均发病率为31.83/10万;2019年发病率最高为34.00/10万;2017年发病率最低为29.25/10万。在382份粪便标本中,肠道病毒分型EV、EV71、CV-A6、CV-A10、CV-A16阳性检出率分别为15.71%、5.24%、56.81%、1.83%、20.41%,其中CV-A6型阳性率高于其他分型。男孩病毒核酸阳性检出率高于女孩,25岁的年龄段检测阳性率最高,发病高峰集中在78月和10月。结论近三年宁河区HFMD发病分型以CV-A6感染为主,多无典型临床症状,无重症病例。因HFMD主要通过呼吸道的飞沫及粪便传播,传播速度相对较快,需进一步加强辖区内HFMD检测和宣传力度,培养孩子良好的卫生习惯,减少发病患儿与他人的玩具和日常用品之间的直接接触,做到早发现、早医治、早隔离,从而减少辖区内HFMD的发病率。