岗梅全长转录组测序及其三萜皂苷生物合成相关基因的挖掘

目的:获得岗梅全长转录组数据库,为深入挖掘岗梅功能基因奠定基础。方法:采用基于PacBio Sequel平台的单分子实时测序技术获取岗梅的根、茎、叶样品的转录组数据,并利用非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、SwissProt蛋白序列数据库、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、基因本体(GO)进行注释,分析并鉴定编码三萜皂苷生物合成的关键酶的转录本。结果:全长转录组共获得89629个转录本,其中81313个在公共数据库进行了注释。KEEG代谢通路富集分析表明,623个转录本参与岗梅中三萜皂苷合成相关的3条代谢通路,其中263个转录本编码了三萜皂苷生物合成途径的21个关键酶。此外,还预测了2471个转录因子、40421个简单重复序列位点、22119个长链非编码RNA(lncRNA)和29131个mRNA。结论:丰富了岗梅的转录组数据,并为鉴定参与三萜皂苷和其他次生代谢物生物合成的候选基因提供参考,促进其分子生物学和基因组学的研究。     

非靶向代谢组学揭示天葵不同部位差异代谢物及其主要代谢途径

目的:利用非靶向代谢组学挖掘天葵非药用部位潜在的药用价值。方法:以天葵茎、叶、花为材料,利用超高效液相色谱-质谱法对其进行非靶向代谢组学分析。结果:天葵茎、叶、花中共鉴定出16大类101个差异代谢物(DAMs),其中包含羧酸及其衍生物、有机含氧化合物、脂质、苯及其取代衍生物、生物碱、黄酮类、萜类、苯丙素类、酚酸类、核苷酸、有机盐、内酯、有机酸、内源性植物激素、氨基酸和13个其他物质。通过聚类和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现,天葵不同部位的DAMs代谢模式存在一定的差异;其主要代谢途径为苯丙氨酸代谢途径、ABC转运途径、氨酰-tRNA合成途径及苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成途径。结论:通过天葵不同部位间DAMs的鉴定及其生物合成途径的分析,确定天葵茎、叶、花富含多种具有药用功效的代谢活性物质,可为天葵茎、叶、花的资源开发利用提供参考。     

天仙藤全长转录组测序及分析

目的:获得天仙藤全长转录组数据库,挖掘天仙藤功能基因。方法:采用PacBio SequeⅠ高通量测序系统,对天仙藤的茎、叶、果3个部位的混合样品进行全长转录组测序及分析。结果:共获得176354条环形一致性序列(CCS),获得184439个高质量isoforms,并注释了139826个isoforms,检测出3058个转录因子和135527个简单序列重复(SSR)位点,还预测到76862个长链非编码RNA(lncRNA)和36204个mRNAs。结论:获得了较可靠的天仙藤全长转录组数据,可为深入研究天仙藤基因组、生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。     

仙鹤草茎与叶的代谢组学比较分析

目的 通过代谢组学分析仙鹤草茎与叶中代谢物及其代谢通路差异,进一步阐明仙鹤草药效物质基础,促进仙鹤草合理开发利用。方法 取仙鹤草茎、叶新鲜样本,经液氮冷冻后提取代谢物,采用液相色谱-质谱法检测,所得数据运用统计学方法分析并与数据库比对鉴定。结果 筛选并鉴定出105个具有明显差异的代谢物,其中茎与叶相比有34个代谢物上调、71个代谢物下调。差异代谢物共注释到62条代谢通路中。茎中叶黄素、天冬酰胺、胍丁胺及多种氨基酸等物质含量更高,氨基酸代谢更强;叶中酚酸类、黄酮类物质积累更为丰富,次生代谢更强。结论 仙鹤草茎与叶均含有丰富的药效活性成分,但叶的次生代谢更强,次生代谢物积累更为丰富,此差异或可为仙鹤草针对性开发利用提供参考。     

基于代谢组学技术的黄芩-白芍对2型糖尿病模型小鼠的作用机制

目的：在肾脏代谢组学技术基础上,探讨黄芩-白芍药对对2型糖尿病（T2DM）的防治机制,并通过寻找内源性潜在生物标志物,寻找其相关代谢通路。方法：非糖尿病健康同窝出生仔畜(db/m小鼠）为空白组,同时选择血糖值高于11.1 mol/L的糖尿病瘦素受体基因缺陷（db/db）小鼠进行分组,分为模型组、黄芩-白芍组（5.625 g/kg）、阳性药组（二甲双胍250 mg/kg）,给药体积为7.5 mL/kg,1次/d,连续8周,并采用超高效液相色谱与串联四级杆飞行时间质谱仪联用技术(UPLC-Q-TOF-MS/MS)法进行小鼠肾脏代谢组学分析,探寻潜在的生物标志物,联合人类代谢组学数据库（HMDB）和京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）找出相关代谢通路。结果：黄芩-白芍组可改善T2DM模型小鼠代谢轨迹的偏离,同时,寻找出与DN模型及给予黄芩汤干预后具有共同差异的生物标志物14个,涉及8条相关代谢通路,应用相关代谢通路分析方法发现,影响最为广泛的代谢通路可能是甘油磷脂代谢、嘌呤代谢和嘧啶代谢。结论：黄芩-白芍药对治疗T2DM的作用机制可能与其通过调节脂质代谢、能量代谢等多条代谢通路,改善内源性代谢物的水平,恢复机体正常代谢活动有关。     

针刺治疗视网膜色素变性的组穴规律分析

目的:基于数据挖掘技术分析文献中针刺治疗视网膜色素变性穴位的组方规律。方法:检索国家知识基础设施数据库（CNKI）、中国学术期刊数据库（CSPD）、中文科技期刊数据库（CCD）文献中治疗视网膜色素变性所使用的穴位处方,使用中医传承计算平台（V3.1）进行数据挖掘,分析针刺治疗视网膜色素变性的取经、选穴和配伍规律。结果:共纳入文献47篇,应用频次前5位的腧穴为球后、睛明、太阳、足三里、合谷;奇穴选用频次最高,经脉选用频次前3位依次为足太阳膀胱经、足少阳胆经、足阳明胃经;取穴部位以头颈部选取最多;其次为下肢部和上肢部。结论:针刺治疗视网膜色素变性的核心经脉为足太阳膀胱经、足少阳胆经及足阳明胃经,核心组穴为球后、睛明及太阳,配以足三里、合谷、光明、三阴交等穴,其取穴规律以局部取穴以及邻近取穴直达病所为主,远端取穴以足三里、合谷等辅以调理脏腑经络。     

马鞭草全长转录组测序分析

目的:利用高通量测序技术获得马鞭草Verbena officinalis L.的全长转录组基因信息。方法:通过PacBio Sequel高通量测序平台,对马鞭草根、茎、叶3个部位的混合样品进行全长转录组测序,并基于序列同源性对转录本进行功能注释,得到马鞭草全长转录组的遗传信息。结果:测序数据经过质控后获得197542个高质量的转录本及169063条环形一致性序列(CCS),检测出4955个转录因子。其中161062个(81.53%)转录本在非冗余蛋白(NR)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)数据库、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)数据库、蛋白家族(Pfam)数据库和SwissProt蛋白序列数据库中均得到注释。MISA分析发现54063个简单重复序列(SSR)位点,还预测到70050个长链非编码RNAs(lncRNAs)和45499个信使核糖核酸(mRNAs),并在马鞭草全长转录组中共鉴定到了60个转录本可能参与单萜类化合物的生物合成。结论:利用高通量测序技术和生物信息学分析获得了马鞭草的全长转录组信息特征,可为后期开展马鞭草功能基因鉴定、解析萜类化合物次生代谢途径及其调控机制提供参考。     

醋制商陆正丁醇部位降低肝肾毒性作用机制研究

目的 采用代谢组学的方法探究商陆Phytolacca acinosa醋制前后正丁醇部位肝肾毒性的差异及减毒作用机制。方法 采用UPLC-Q-TOF/MS的方法对商陆醋制前后正丁醇部位的成分变化进行研究。小鼠ig商陆生醋品正丁醇部位低、高剂量（27、54 mg/kg）28 d后,通过血清生化指标和病理切片评价商陆醋制前后的肝肾毒性差异;采用UPLC-Q-TOF/MS对血清进行数据采集;通过QI、HMDB及MetaboAnalyst 5.0寻找与商陆炮制减毒相关的差异代谢物及代谢通路。结果 商陆醋制后部分皂苷类成分含量下降显著,并能够明显降低生品导致的肝肾功能指标的异常升高。病理切片结果显示,与对照组比较,生品组的肝、肾组织病变明显;醋制后病变程度显著减轻。通路富集分析发现胆汁酸代谢可能与商陆醋制减毒密切相关;进一步对胆汁酸进行半定量分析发现,商陆醋制后能够改善生品导致的结合型胆汁酸含量的下降及次级胆汁酸含量的升高,从而改善胆汁酸代谢紊乱。结论 商陆生品具有肝肾毒性,醋制后皂苷类成分含量下降,毒性显著降低,其作用机制可能与改善胆汁酸代谢紊乱密切相关。     

基于肠道菌群和代谢组学研究化滞柔肝颗粒治疗非酒精性脂肪肝的作用机制

目的 探讨化滞柔肝颗粒治疗非酒精性脂肪肝（nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD）的作用机制。方法 高脂饮食饲养8周构建大鼠NAFLD模型,化滞柔肝颗粒ig给药4周。半自动生化分析仪测定大鼠血脂相关指标;油红O染色观察肝脏组织病理变化;Illumina Miseq测序平台对V3～V4可变区进行扩增和测序,超高效液相色谱串联质谱（UPLCMS/MS）开展血浆代谢组学研究,并结合Spearman进行肠道菌群与代谢组学之间的关联分析。结果 与模型组相比,化滞柔肝颗粒中、高剂量组可显著降低大鼠体质量（P<0.05、0.01）和血清总胆固醇（totalcholesterol,TC）、三酰甘油（triacylglycerol,TG）水平（P<0.01）,升高高密度脂蛋白（high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C）水平（P<0.05、0.01）。此外,化滞柔肝颗粒高剂量组还可显著降低大鼠低密度脂蛋白（low-density lipoprotein cholesterol,LDL-C）水平（P<0...     

黄芪和蜜炙黄芪中糖类组分和非糖类组分的差异性研究

目的 比较研究黄芪蜜炙后多糖、单糖、寡糖及非糖类小分子成分的整体变化。方法 结合糖组学和代谢组学,运用超高效液相-二极管阵列检测器(ultra high performance liquid-photodiode array detector,UPLC-PDA)、高效液相-蒸发光散射检测器(ultra high performance liquid-evaporative light scattering detector,HPLC-ELSD)、高效凝胶渗透色谱-蒸发光散射检测器(high performance gel permeation chromatography-evaporative light scattering detector,HPGPC-ELSD)和超高效液相色谱-四极杆/静电场轨道阱高分辨质谱(ultra high performance liquid chromatography-quadrupole/electrostatic field orbit-trap high resolution mass spectrometr,UHPLC-Q-Orbitrap...