基于Oncomine和GEO数据库分析SIRPα基因在乳腺癌中的表达意义以及丹参酚酸B的干预作用研究

目的通过挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中的相关数据,分析信号调节蛋白α(SIRPα)基因在乳腺癌中的表达及其临床意义,并探讨丹参酚酸B对乳腺癌细胞中SIRPα基因的干预作用。方法检索Oncomine和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酚酸B干预乳腺癌的数据集,对所获取的数据资料进行数据挖掘,并结合文献资料综合分析。考察丹参酚酸B作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达谱。结果对Oncomine数据库中共收集的9项关于乳腺癌和乳腺正常组织SIRPα基因有差异表达的研究数据进行分析,发现乳腺癌组织中SIRPα基因的表达明显低于乳腺正常组织,差异具有统计学意义(P0.05)。通过生存分析发现低表达SIRPα基因乳腺癌患者无病生存期明显差于高表达者,高表达患者的预后更好(P0.05)。通过挖掘GEO数据库中的数据集GSE85871发现丹参酚酸B能够上调乳腺癌细胞SIRPα基因的表达(P0.01)。结论SIRPα基因在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌患者的预后相关,该基因可能是丹参酚酸B干预乳腺癌细胞的一个新靶点。     

PAICS基因促进乳腺癌细胞生长及其可能分子机制

目的:揭示PAICS基因对乳腺癌细胞生长的促进作用及其可能分子机制.方法:利用癌症多组学和临床数据库LinkedOmics平台访问TCGA数据库,分析PAICS基因表达水平与乳腺癌临床特征之间的关联性,利用癌症细胞生长依赖基因数据库DepMap分析PAICS基因敲除对乳腺癌细胞系生长的影响.通过信号通路KEGG和基因本体GO分析PAICS基因促癌功能的可能分子机制.结果:PAICS基因表达与乳腺癌患者的肿瘤纯度、分子亚型、组织学类型和总生存率等临床指标相关联,敲除PAICS基因可显著抑制乳腺癌细胞MCF7、CLA-51、MDA-MB-415的增殖.GO分析表明PAICS共表达基因参细胞分裂,DNA复制启动,ATP结合等多种生物过程,KEGG富集结果显示PAICS可能通过调节细胞周期、P53信号通路、RNA聚合酶、同源重组等生物学过程促进乳腺癌细胞增殖.结论:PAICS基因可促进乳腺癌细胞MCF7、CLA-51、MDA-MB-415的增殖,可能成为乳腺癌新的潜在治疗靶点.     

基于多数据平台探讨桂枝茯苓丸对乳腺癌的干预机制

目的 利用多数据平台与生物信息分析技术探讨桂枝茯苓丸对乳腺癌的干预机制,并通过细胞试验对分析结果进行验证。方法 从GEO数据库下载乳腺癌相关数据集,分析乳腺癌差异基因;从TCMSP数据库中筛选出桂枝茯苓丸的主要有效成分及作用靶基因;2组靶基因映射出桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的关键靶基因。通过TCGA数据平台分析关键靶基因在乳腺癌中的表达,并通过TIMER、CPTAC Data Portal、Kaplan-Meier plotter、TISIDB、SangerBox等数据平台分析该表达与乳腺癌免疫微环境、免疫浸润水平、基因组异质性、免疫亚型和分子亚型以及不良预后的关系。通过Metascape分析平台对关键靶基因进行KEGG通路富集,寻找可能信号通路。最后采用血清药理学方法通过CCK-8试验、细胞划痕试验、Transwell小室试验及Westernblotting技术在体外对分析结果进行验证。结果 桂枝茯苓丸中有效成分42个,对应靶点185个,与GEO数据库映射得到与乳腺癌治疗相关的关键靶点14个,经与TCGA中乳腺癌差异基因比对,得到桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的6个关键靶基因。这6个靶基因表达与乳腺...     

基于生物信息学方法探究白癜风铁死亡相关发病机制和潜在治疗药物筛选

目的 通过生物信息学方法 分析白癜风疾病中铁死亡基因及相关发病机制,并筛选通过铁死亡相关途径治疗白癜风的潜在药物。方法 从FerrDB数据库获取铁死亡基因,通过R分析数据集GSE53146中差异表达基因,随后二者取交集。通过SVM-REF算法和LASSO回归构建机器学习模型预测白癜风铁死亡关键基因并通过数据集GSE75819进行基因表达验证。GSE203262单细胞数据进行细胞聚类分析,发现与关键基因高度相关且参与白癜风发病的关键细胞群,随后通过HPA数据库对基因表达细胞进行验证。利用cAMP数据库筛选关键基因相关小分子药物,利用分子对接技术验证小分子化合物与基因结合的能力。最后进行单基因免疫细胞相关性分析及GSEA-KEGG分析探讨小分子药物治疗白癜风的相关免疫机制。结果 获得458个铁死亡基因和706个差异表达基因,二者交集基因23个。机器学习预测模型筛选出RRM2、LCN2、OTUB1、SNCA、CTSB、WWTR1作为关键基因。外部数据集验证、单细胞聚类和HPA数据均提示关键基因中OTUB1、CTSB和LCN2主要在角质形成细胞、黑素细胞和朗格汉斯细胞等重要皮肤细胞中表达。通过...     

STAT4基因在乳腺癌中的表达意义及丹参酮ⅡA的干预

目的:整理挖掘TCGA(the Cancer Genome Atlas)和GEO(gene expression omnibus)数据库中乳腺癌基因表达数据集的相关数据,分析STAT4基因在乳腺癌中的表达及临床意义,探讨丹参酮ⅡA对乳腺癌细胞中STAT4基因的干预效果。方法:下载TCGA数据库中的乳腺癌数据集(TCGA Breast Cancer(BRCA))和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酮ⅡA干预乳腺癌的数据集(GSE42586、GSE85871),对所获取的数据资料进行整理并作统计分析,通过免疫印迹实验和分子对接对数据分析结果进行验证。结果:对TCGA和GEO数据库中所有关于乳腺癌和正常组织乳腺的STAT4基因表达数据进行统计分析,结果发现乳腺癌组织中STAT4基因的表达明显低于正常乳腺组织,差异有统计学意义(P<0.05)。通过生存分析发现高表达STAT4基因的乳腺癌患者无病生存期明显好于低表达者,高表达患者的预后更好(P<0.05)。GSE85871数据集中有关丹参酮ⅡA作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达数据表明丹参酮ⅡA可以上调MCF7细胞STAT4基因的表达水平(P<0.05),免疫印迹实验也证实经丹参酮ⅡA干预后MCF7细胞中STAT4蛋白含量增加,分子对接结果表明丹参酮ⅡA和STAT4蛋白能够形成稳定的结合构象。结论:STAT4基因在乳腺癌中表达较正常乳腺组织中偏低,且与乳腺癌患者的预后密切相关。丹参酮ⅡA能够上调MCF7细胞STAT4的基因和蛋白表达水平,该基因可能是丹参酮ⅡA干预乳腺癌的靶点之一。     

c-kit在尼古丁依赖肾嫌色细胞癌患者中的作用机制研究

目的 通过分析尼古丁依赖患者肾嫌色细胞癌组织中c-kit的表达情况，并对差异表达的c-kit进行相关生物信息学分析，进一步探讨其在尼古丁依赖肾嫌色细胞癌患者中的潜在作用机制。方法 利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库，分析肿瘤组织与癌旁组织中c-kit表达差异，meta分析验证上述结果。基于UALCAN数据库，分析影响基因表达的临床病理特征。通过Linkedomics进行c-kit共表达基因的基因富集通路及PPI网络图的获取。Timer分析c-kit表达与肿瘤免疫浸润的关系。免疫组化分析尼古丁依赖肾嫌色细胞癌患者肾组织中c-kit蛋白的表达情况。结果 c-kit在肾嫌色细胞癌组织中异常高表达，且表达与患者肿瘤分期相关。KIT在肾嫌色细胞癌的免疫浸润中发挥着重要的作用。吸烟能诱导肾嫌色细胞癌患者肿瘤组织中c-kit蛋白表达。结论 尼古丁作为肾癌的重要诱发因素，可能通过激活肿瘤组织中c-kit活性在肾嫌色细胞癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

生物信息学一致性相关系数法预测非小细胞肺癌的NP化疗方案药物敏感性基因

目的用生物信息学一致性相关系数(CCC)法预测非小细胞肺癌一线化疗方案NP方案(长春瑞滨+顺铂)药物敏感性基因。方法使用5种统计学方法:Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch's t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA,从NCI 60数据库筛选药物敏感性基因,通过CCC筛选非小细胞肺癌患者化疗药物敏感性基因。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果筛选出可能应用于预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性基因:顺铂的药物敏感性基因主要富集在蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞通路中;长春瑞滨的药物敏感性基因主要与癌症信号通路、蛋白聚糖有关。结论生物信息学CCC法可应用于筛选出预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性的基因,可能为将来构建NP方案精准化疗模型提供研究基础。     

miR-1307-3p通过靶向ISM1促进乳腺癌细胞的增殖和迁移

目的 探讨miR-1307-3p通过靶向ISM1促进乳腺癌细胞增殖和迁移的分子机制。方法 （1）利用TCGA 数据库分析miR-1307-3p在乳腺癌患者中的表达水平及其与临床指标的关系。（2）利用qPCR、CCK-8实验、细胞划 痕实验和流式细胞术检测过表达或沉默miR-1307-3p后乳腺癌MCF-7细胞miR-1307-3p表达、细胞增殖、迁移和凋 亡水平变化。（3）生物信息学分析软件预测 miR-1307-3p 的靶基因,同时采用双荧光素酶实验进行验证。结果 miR-1307-3p在乳腺癌细胞及乳腺癌组织中均显著上调。miR-1307-3p过表达可促进MCF-7细胞增殖和迁移;而 miR-1307-3p inhibitor则抑制细胞迁移,并诱导凋亡。ISM1可能是miR-1307-3p的靶基因。乳腺癌组织中ISM1表 达水平明显低于正常乳腺组织,且与临床病理分期有关。 结论miR-1307-3p可促进乳腺癌细胞增殖和迁移,可能 通过调控ISM1基因而影响乳腺癌的发生发展。     

基因芯片筛查外周血中胃癌转移相关基因

目的应用基因芯片筛查外周血中胃癌转移相关基因,为探究外周血中胃癌转移分子标志物提供线索。方法采用phalanx人全基因组表达谱芯片检测胃癌发生转移患者与未发生转移患者外周血中基因表达谱差异,利用生物信息学技术分析检测结果。结果从外周血中筛选出胃癌转移相关差异表达基因157个,表达上调基因92个,表达下调基因65个,涉及细胞粘附和运动基因、蛋白水解酶基因等。结论胃癌转移过程涉及多个不同功能基因表达的改变,运用基因芯片技术可初步从外周血中筛选出胃癌转移相关基因。     

基于生物信息学及分子对接技术探究清热利湿与活血化瘀类中药配伍干预骨关节炎的分子机制

目的 应用生物信息学及分子对接技术探究清热利湿与活血化瘀类中药配伍干预骨关节炎的分子机制.方法 通过NCBI GEO数据库获取骨关节炎相关芯片,采用R语言进行差异基因表达分析.应用GeneCards数据库对骨关节炎靶基因进行检索与筛选,对骨关节炎疾病靶基因进行预测.应用TCMSP数据库对黄柏、苍术、桃仁、红花的主要有效...     

番泻叶提取物的吸湿性及辅料对其影响的研究

目的:研究番泻叶提取物的吸湿性,探讨辅料对番泻叶提取物吸湿性的影响。方法:采用粉末吸湿法,测定样品的吸湿率;以平均吸湿速度、吸湿加速度、吸湿初速度、临界相对湿度等吸湿参数为指标,考察番泻叶提取物的吸湿性及辅料对其的影响。结果:辅料均不同程度地降低了番泻叶提取物的平均吸湿速度,其中乳糖的作用最强;但乳糖对番泻叶提取物的临界相对湿度几乎没有影响。结论:辅料的合理使用可以改善番泻叶提取物的吸湿性。     

温脾化湿助运方对急性腹泻小鼠模型的药效研究

目的探讨温脾化湿助运方对急性腹泻小鼠的稀便率、腹泻指数及小肠推进功能的影响。方法分别采用番泻叶、蓖麻油灌胃造成小鼠急性腹泻模型,各组灌胃相应药物及生理盐水,观察并计算小鼠的稀便率、腹泻指数,测量小鼠小肠炭墨推进距离,计算小肠炭墨推进率。结果温脾化湿助运方可以显著降低番泻叶和蓖麻油导致的急性腹泻小鼠的稀便率和腹泻指数,缩短小肠炭墨推进距离及小肠炭墨推进率。结论温脾化湿助运方可缓解番泻叶、蓖麻油诱导的急性腹泻模型小鼠的腹泻症状,抑制小肠蠕动速度。     

新通滞苏润江胶囊质量标准研究

目的:建立新通滞苏润江胶囊的质量标准。方法:采用薄层色谱(TLC)法对方中番泻叶、西红花、秋水仙进行定性鉴别;采用高效液相色谱法测定该制剂中没食子酸含量。结果:TLC中斑点清晰、分离度好。没食子酸的进样量在0.1557～1.4013μg范围内与峰面积积分值呈良好线性关系(r=0.9998);平均回收率为101%,RSD=1.64%(n=9)。结论:所建标准可用于新通滞苏润江胶囊的质量控制。     

益元健脾方对脾虚泄泻大鼠血浆中分子物质含量和肠道菌群的影响

目的观察益元健脾方对脾虚泄泻大鼠血浆中分子物质含量和肠道菌群的影响。方法用50%番泻叶水浸液复制大鼠脾虚泄泻模型,观察对大鼠血浆中分子物质含量和肠道菌群的调节作用。结果益元健脾止泻颗粒能降低实验性脾虚泄泻大鼠血浆中分子物质含量,并对其肠道菌群有一定的调节作用。结论益元健脾止泻颗粒通过降低血浆中分子物质含量和调节肠道微生态平衡而发挥治疗作用。     

通便宁片质量标准研究

目的建立通便宁片质量控制方法。方法采用薄层色谱法对制剂中番泻叶、牵牛子、砂仁、白豆蔻进行定性鉴别;用HPLC法测定番泻叶干膏粉中芦荟大黄素的含量。结果薄层色谱中斑点清晰,易于识别;HPLC法精密度、重现性良好,芦荟大黄素进样量在0.1047～0.8376μg范围内线性关系良好。加样回收率为102.45%,RSD=1.53%。结论本法可有效控制通便宁片的质量。     

乳腺癌根治术后患者的心理护理体会

目的探讨乳腺癌患者心理特点与护理措施。方法对我院2009年1月至12月确诊的乳腺癌98例患者心理进行分析,有针对性地给予个体化心理护理。结果 98例乳腺癌患者经心理护理后,无一例发生轻生,对已有抑郁、焦虑倾向患者,经过个性化一对一心理护理均明显得到改善。结论护理人员应重视乳腺癌患者心理状态,做好乳腺癌患者心理护理有重要的意义。     

β-肾上腺素能受体在乳腺癌发生发展中的作用

β-肾上腺素能受体(β-adrenergic receptors,β-ARs)广泛分布于机体各组织器官中,在调节心脏功能、血管扩张、能量代谢等方面具有重要作用。研究表明,β-ARs在乳腺癌细胞中异常高表达,可通过影响乳腺癌的生长代谢、侵袭转移、血管生成等过程促进乳腺癌的发生和发展。临床研究证实,阻断β-ARs信号传导可改善乳腺癌患者的预后,故β-ARs或可成为治疗乳腺癌的潜在靶点。本文对β-ARs在乳腺癌发生、发展过程中的作用进行综述,为临床治疗及后续研究提供一些参考。     

乳腺癌发病的社会心理因素研究

目的 探讨乳腺癌发病相关的社会心理因素。方法 77例经病理确诊、卡氏评分≥60分的乳腺癌住院患者为病例组，配对健康人作为对照组。使用“生活事件量表”、“社会支持评定量表”和“防御方式问卷”分别对两组进行问卷调查。结果 病例组的负性事件评分比对照组高（P＝0．005）。结论 负性事件为乳腺癌发病的社会心理因素。