中国地鼠线粒体基因组的序列分析与分子进化

目的获得中国地鼠线粒体基因组序列,为线粒体疾病模型提供分子数据。 方法参照近缘物种的线粒体基因组序列,设计27对特异引物,采用TD-PCR及测序技术获得了中国地鼠的线粒体全基因组序列,分析了其基因组特点和各基因的定位。还结合GenBank中已发表的其他5种啮齿类动物的线粒体基因组序列,探讨啮齿类动物不同科间的系统进化关系。 结果中国地鼠线粒体基因组全长为16 283 bp,碱基组成为33.53 % A、30.50% T、12.98 %G、22.80% C,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区。中国地鼠和金黄地鼠亲缘关系最近。结论中国地鼠线粒体基因组各基因长度、位置与典型的啮齿类动物相似,其编码蛋白质区域和rRNA基因与其他啮齿类动物具有很高的同源性,显示线粒体基因组在进化上十分保守。5种动物的分子系统进化树与传统分类地位一致。     

入侵我国的褐云玛瑙螺线粒体全基因系统发育分析

目的拟基于线粒体全基因组序列对我国多个地点采集的褐云玛瑙螺样本进行系统进化分析寻找该入侵物种的群体遗传结构特征。方法对采集自广西壮族自治区、广东省、贵州省、云南省、海南省与福建省共18个采样点的99份褐云玛瑙螺样本,通过二代测序获得线粒体全基因组的组装序列,并基于该序列信息利用最大似然法构建系统发育分析。结果经测序组装获得的线粒体基因组序列总长度为:15 382～17 125 bp,经注释包括13个蛋白编码基因序列、21个tRNA序列以及2个核糖体序列(12 S与16 S)。80份样本的线粒体全基因组与参考基因组比对呈现高度的序列相似性(100%),其余19份样本序列相似性仅有少量的差异。差异样本系统进化分析结果显示出一定的地域聚集性,但自展值较低。结论线粒体全基因组数据并不适用于入侵我国的褐云玛瑙螺群体遗传结构分析。     

东方田鼠指名亚种的线粒体基因组序列分析及系统进化研究

目的 获得东方田鼠指名亚种的线粒体基因组序列,为东方田鼠的遗传结构和系统进化研究提供分子数据.方法 照近缘的台湾田鼠的线粒体基因组序列(Microtus kikuchii,NC_003041.1)设计9对引物,利用传统和长距离PCR结合引物步移的策略,首次完成了东方田鼠指名亚种的线粒体基因组测序(Genbank:JF261174),并对该物种的线粒体基因组序列进行了分析,并利用线粒体基因组上的细胞色素b(Cytb)基因序列构建系统进化树,探讨中国东方田鼠的系统进化关系.结果 东方田鼠指名亚种的线粒体基因组全长16 312 bp,含有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和一个非编码控制区.同时,在其控制区,分别发现了终止序列区(EATS1、EATS2)、中央保守区1(CSB1)的相关保守序列和一个保守的Poly(C)10区段.在比较了东方田鼠指名亚种和长江亚种以及近缘物种的线粒体轻链复制起点(OL)序列的二级结果,发现茎环结构在茎和邻近序列处表现出高度保守性,而在环上的序列却存在着一定差异.通过Cyt b基因构建的系统进化树表明中国的东方田鼠与分布于俄罗斯的Microtus middendoffi田鼠,表现出最亲缘的系统进化关系.结论 中国东方田鼠指名亚种线粒体基因组各编码基因的长度、位置符合典型的脊椎动物特征,本研究的结果将为中国东方田鼠的系统进化、亚种分类研究提供重要的数据参考.     

两个线粒体12S rRNA C1494T突变及药物性耳聋家系的分子遗传学研究

目的:探讨2个氨基糖甙类药物性耳聋及非综合征型耳聋家系的分子遗传学特征?方法:收集家系成员外周血样,常规方法提取基因组DNA?首先,利用基因芯片对中国人4个常见耳聋基因的9个突变热点进行分子筛查,9个位点分别为:GJB2基因的35 delG?176 del16?235 delC和299 delAT;GJB3基因的538 C>T;PDS基因的IVS7-2 A>G和2168 A>G以及mtDNA 12S rRNA基因的1494 C>T和1555 A>G?然后,对两家系的先证者分别进行线粒体DNA全序列及核基因TRMU和MTO1编码区的PCR扩增和测序分析?结果:芯片检测发现两家系的7名母系成员均存在同质性mtDNA 12S rRNA C1494T突变?与修正的剑桥参考序列相比,2名先证者的mtDNA全序列分析共检测到53个碱基变异,但除已知的12S rRNA C1494T突变外,其余52个碱基变异均为已报道的多态性位点;两家系先证者线粒体单体型分别是D4和D5a;TRMU和MTO1基因序列分析无异常发现?结论:线粒体DNA 12S rRNA C1494T突变是两个家系耳聋发生的主要分子基础,而氨基糖甙类抗生素的应用增强了该突变的表型表达;未能证实线粒体单体型以及核基因TRMU和MTO1对家系成员C1494T突变的表型具有修饰作用?     

线粒体基因组的五个新的多态性

目的：通过分析线粒体基因组序列,进一步了解中国人线粒体基因多态性特点。方法：在4个中国汉族个体的线粒体基因组全长16569bp进行分段PCR和荧光测序的基础上,针对发现的7个未报道的新单碱基变异,以识别变异的限制性内切酶和通过引物变动人工增;加识别位点的方法,对这些变异进行100个正常人对照绵PCR－限制酶切分析。结果：发现5个未经MITOMAP收录或发表的线粒体基因序列变化C298T,C638G,C3206T,A5323T,均属多态性位点,基因频率分别为：17．65％,32．04％,62．77％,33．33％和32．26％。结论：5个新发现的多态性位点,1个位于线粒体基因组调控区（C298T）,2个位于编码蛋白MTCO1区（A6323G,C6326T）,另外两个分别位于编码12S和16S的rRNA区（C638G和C3206T）,为在中国人中首先报道的多态性。     

舟山眼镜蛇线粒体基因组全序列分析

【目的】对2条舟山眼镜蛇的线粒体基因组全序列进行了测定和分析,并初步探讨其系统发育地位。【方法】结合PCR产物TA克隆和步移测序技术,基于除nad6外12个蛋白编码基因的合并序列及其翻译的氨基酸序列,以蜥蜴为外群,用Neighbor-Joining(NJ)法构建了7种蛇的系统发育树。【结果】两者在长度上仅相差2bp,基因含量和排序完全一致,共编码37个基因(2个rRNA、22个tRNA和13个蛋白),其中tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro和nad6由轻(L-)链编码,其他均由重(H-)链编码。13个蛋白编码基因的排列次序和相对位置与其他蛇类完全一致,起始密码子除cox1使用GTG外,其余均为ATG;与此同时,除nad1/4L/5、cox1和atp8外,其他均为不完全的终止密码子TA或T。NJ树分析发现,眼镜蛇科与游蛇科亲缘关系最近,随后依次与蝰科和蟒科聚在一起,各分支的支持值均高达90%以上。【结论】本研究证实了基于全线粒体基因组合并序列进行蛇类物种系统发育研究是可行的。     

动物线粒体DNA的特异结构及应用分子系统学分析的方法

动物线粒体是一种存在真核生物细胞质中的细胞器,根据已经测序的动物线粒体DNA,它可编码13种蛋白质,2种rRNA,22种tRNA,和非编码区（D-Loop）,已有报道发现了新的R-Loop结构,呈现母性遗传特点,且其平均进化速度是核基因组的10倍,尤其是D-Loop区.同时在线粒体DNA控制区中发现的重复序列在种间甚至种内存在着差异可作为动物特异的分子标记.根据线粒体的结构和遗传特点,借助生物信息学手段和丰富的数据库资源,对动物种间及种内群体进行分子系统学的研究,并确定分类地位,亲缘关系.     

线粒体基因组全序列研究与动物分子系统发生的关系

线粒体DNA(m tDNA)基因组全序列作为研究动物系统发生的模型系统,是生物学家研究系统进化最有力的工具,它是惟一可以提供基因组水平上进行系统研究的分子标记。本文就目前已知的脊椎动物种属间m tDNA的序列特征、基因组结构特点、碱基组成特征进行对比,阐述在脊椎动物种属间各种群演变的关系,以及各种群进化的相对速率,说明m tDNA序列的比较是生物进化研究中可信度很高的分子证据。1线粒体在动物进化研究中的意义线粒体是真核生物细胞中能执行呼吸机能的一个相对独立的细胞器,线粒体DNA(m tDNA)基因组从它的形成开始,就伴随核基因组…     

带绦虫虫种分子分类遗传标记的研究进展

带绦虫虫种分子分类研究中,遗传标记的选择最为重要。目前应用的遗传标记有:①线粒体基因:包括线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基基因(cox1)、细胞色素b基因(mtDNA-Cytb),线粒体-12S rRNA基因(mtDNA-12S rRNA)。②核基因组中的核糖体基因:包括ITS1、ITS2基因序列以及核基因组中的组织蛋白L型半胱氨酸酶基因序列。现对不同的遗传标记的种间、种内差异性,以及在带绦虫虫种的分子分类中的适用范围进行阐述,提出带绦虫虫种鉴定和亚洲牛带绦虫虫种定位在遗传标记的使用上应该有所区别。     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

银盏心脉滴丸对缺氧/复氧损伤大鼠心肌细胞线粒体功能的影响

[目的]探讨银盏心脉滴丸(YZXM)含药血清对缺氧/复氧损伤大鼠心肌细胞线粒体功能的影响。[方法]以大鼠心室肌细胞(H9C2)为研究对象,制备银盏心脉滴丸含药血清,分对照组、模型组(缺氧/复氧损伤)、YZXM组(30 min、12 h和24 h),采用流式细胞术检测细胞凋亡率,采用海马能量测定仪测量细胞基础呼吸、最大呼吸率、储备能力、ATP生成量。[结果]与对照组相比,模型组细胞凋亡指数高于对照组(P0.01)。与模型组相比,YZXM组细胞凋亡指数降低(P0.01)。YZXM增加缺氧/复氧损伤的H9c2细胞线粒体基础耗氧率、ATP生成量、最大呼吸以及储备能力(n=4,P0.05)。[结论]银盏心脉滴丸通过改善线粒体功能及能量代谢减轻细胞凋亡保护缺氧/复氧心肌细胞。     

基于网络药理学的葱白提取物治疗非酒精性脂肪性肝病的机制研究和验证

[目的] 应用网络药理学的研究方法分析葱白提取物治疗非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的潜在作用靶点，并通过小分子RNA干扰（RNAi）技术在NAFLD大鼠进行验证。[方法] 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索葱白的有效成分及作用靶点，再利用GeneCards网络数据库搜索NAFLD关键靶点，运用Perl语言软件对数据进行预处理，再通过R语言软件、Cytoscape软件以及String网络数据平台进行数据分析及作图。最后以RNAi技术抑制过氧化物酶体增殖物受体γ（PPARG）辅助活化因子A（PPARGC1A）PPARGC1A的表达，在NAFLD模型大鼠中验证葱白提取物的疗效。[结果] 通过网络药理学的方法得到两个化合物，即山奈酚（kaempferol）与儿茶素（catechin），具有潜在疗效，并得到关键作用靶点PPARGC1A和PPARG。动物实验结果证实，与模型组相比葱白提取物可以改善脂肪肝病变，同时上调PPARGC1A及PPARG的表达（P<0.01）。[结论] 运用网络药理学的方法预测了葱白治疗NAFLD的关键靶分子，并进行动物实验验证了葱白提取物通过诱导PPARGC1A治疗NAFLD的可行性。     

基于中医传承辅助平台的朱良春教授治疗痹证用药经验研究

[目的]基于中医传承辅助平台软件（V2.5）,挖掘分析朱良春教授治疗痹证的用药经验。[方法]收集朱良春教授医案57则,共计115首处方,将所得资料导入中医传承辅助平台,分析方药的药物频次、四气、五味、归经、组方规律、新方分析等,对其处方用药经验进行总结。[结果]通过对115首处方进行分析,确定处方中各种药物的使用及药物之间的关联规则,演化得到核心组合2个、新处方2个。[结论]应用中医传承辅助平台深入挖掘朱良春教授治疗胸痹的用药经验,以期用于指导临床。     

基于复杂网络分析《中华医典》医案部分治疗湿证用药规律

[目的] 采用复杂网络分析方法，分析中医治疗湿证配伍规律。[方法] 以湿为关键词检索《中华医典》医案部分收录的医案，提取医案中用药信息，采用The R Programming Language软件Apriori算法进行关联分析，并基于Gephi 0.9.2软件实现复杂网络分析。[结果] 纳入医案453个，包括中药257味，总用药频次为3 321次。按功效、性味对药物进行分析，发现利水渗湿药物共使用16味，其用药频次达619次，占总用药频次的18.6%；温性药物75味，使用频次达1 062次，占总用药频次的32%；苦味药物120味，使用频次为1 701次，占总用药频次的31.3%。关联分析得到陈皮-茯苓、泽泻-茯苓、白术-茯苓、厚朴-茯苓等可能为治疗湿证的核心药对。基于关联分析结果通过Gephi0.9.2软件运算，以K核心算法并参考节点介数中心性得到核心药物37味。通过社区探测算法进行模块化处理结合专业知识，分析核心药物网络，总结得出以五苓散、二陈汤、平胃散、黄连解毒汤、三仁汤为代表的湿证治疗代表方药和以利水渗湿法、健脾祛湿法、燥湿运脾法、苦寒燥湿法、宣气化湿法为代表的常用治法。[结论] 运用复杂网络分析方法，总结古代医案治疗湿证的处方规律及常用治法，可供现代临床参考并为今后进一步挖掘中医临证经验提供思路。     

栗锦迁降糖方对2型糖尿病患者中医临床症状的影响

[目的] 分析栗锦迁降糖方对2型糖尿病（T2DM）气阴两虚型患者中医临床症状的改善疗效。[方法] 采用随机分组方法,将入选的159例患者分为2组,对照组使用西医基础治疗,治疗组在对照组基础上联合应用栗锦迁降糖方,分析对比2组临床疗效。[结果] 治疗组中医临床症状改善程度明显优于对照组,具有统计学意义（P<0.01）。[结论] 栗锦迁降糖方联合西药疗法对改善糖尿病患者临床症状效果显著,具有临床价值。     

补骨脂抗氧化活性指纹图谱研究

[目的]建立补骨脂抗氧化活性指纹图谱,评价不同产地补骨脂药材的抗氧化活性和明确抗氧化活性成分的贡献率。[方法]采用高效液相色谱-二极管阵列检测器-1,1-二苯基-2-苦基肼(HPLC-DAD-DPPH)方法。[结果]建立了补骨脂抗氧化活性指纹图谱,确定了补骨脂酚为最主要的抗氧化活性成分。[结论]抗氧化活性指纹图谱可用于补骨脂质量评价,为全面提高中药质量控制水平提供了新方法。     

甘草对液体发酵中槐耳菌丝体生长及多糖影响初探

[目的] 以槐耳菌丝体生物量及多糖为主要指标,探究槐耳-甘草液体共发酵中最佳甘草的添加量和发酵时长。[方法] 采用液体发酵技术,在液体发酵培养基中加入甘草提取液,共发酵获得槐耳-甘草共发酵产物,苯酚-硫酸法及DNS法结合测定多糖含量。[结果] 槐耳-甘草液体共发酵实验中,添加甘草8 g/L、发酵终点设为192 h时,槐耳生物量和胞内多糖产量达到最大值。[结论] 运用槐耳-甘草液体共发酵可以提高槐耳生物量及多糖的含量,为深入研究槐耳-甘草液体共发酵机制提供了理论依据。     

医用臭氧关节腔内注射疗法对膝骨关节炎的临床疗效观察

[目的]观察医用臭氧注射对膝关节骨性关节炎的临床疗效。[方法]将40例膝关节骨性关节炎患者随机分为治疗组与对照组,治疗组采用臭氧结合玻璃酸钠关节腔注射治疗,对照组采用单纯玻璃酸钠关节腔注射治疗,两组3周后通过VAS、Womac评分标准及平均起效时间,分析疗效。[结果]治疗后VAS、Womac评分值较治疗前均明显改善(P0.01),平均起效时间明显变短(P0.01)。[结论]两组均有效,且臭氧注射组优于对照组。     

酚-黄复方对痤疮致病菌的体外抗菌作用研究

[目的]通过体外抑菌实验,考察补骨脂酚与黄芩苷组合用药的体外抗痤疮菌活性。[方法]采用菌落计数法,以不同浓度补骨脂酚及加入黄芩苷后对表皮葡萄球菌和痤疮丙酸杆菌生长的抑菌率为指标考察其抑菌效果。[结果]当补骨脂酚浓度达到2560mg/L时对表皮葡萄球菌及痤疮丙酸杆菌的抑菌率分别为100.0%、61.1%。在补骨脂酚溶液中加入黄芩苷后两药浓度分别为2 560 mg/L和800 mg/L,对两种痤疮菌的抑菌率均为100.0%,在此浓度下两药合用对痤疮丙酸杆菌的抑制作用更为明显,抑菌率是单用补骨脂酚的1.64倍。[结论]酚-黄复方对痤疮菌的抑菌率增加显著,表明酚-黄复方共同发挥抗痤疮菌作用,揭示酚-黄合用的必要性和合理性。     

调神益肾针刺法治疗心肾不交型失眠30例疗效观察

[目的] 比较调神益肾针刺法与常规西药治疗心肾不交型失眠患者的临床疗效差异。[方法] 将60例心肾不交型失眠患者随机分为调神益肾针刺组、西药组,采用匹茨堡睡眠质量指数（PSQI）量表于治疗前后对两组患者进行评分,参照《中药新药临床研究指导原则（试行）》判断临床疗效。[结果] 两组患者治疗后PSQI评分均降低,治疗前后具有统计学差异（P<0.05）,调神益肾针刺组较西药组评分降低更加显著（P<0.05）。调神益肾组、西药组总有效率分别为96.7%、76.7%。[结论] 调神益肾针刺法治疗心肾不交型失眠安全有效,疗效明显优于口服艾司唑仑。