2014-2015年江苏省肠道病毒71型基因特征分析

目的：探讨2014-2015年江苏省肠道病毒71型(EV71)分离株的病毒基因特征。 方法：用RD细胞对EV71核酸检测阳性的标本进行病毒分离。选取35株具有代表性的EV71分离株进行VP1区的序列测定和分析。序列结果用DNA Star和MEGA 6.0软件进行分析,并与各型参考株进行比较。 结果：35株EV71分离株VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.3% ～100%和96.6% ～100%,与 EV71的C4a亚型代表株安徽阜阳株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.6%～97.9%和在97.9%～100%;在系统进化树上与C4a亚型代表株相聚在一起,并且存在2个进化分支。 结论：2014-2015年江苏省分离的35株EV71毒株均属于C4a亚型;江苏省EV71流行株可能与国内其他省市流行的病毒有着共同的祖先,再各自进化。     

肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的 分析肠道病毒71型2011年本地流行株VP1基因特征学特征.方法 收集2011年本地手足口病患者临床标本332份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定,采用RT-PCR对15株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析.根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71 VP1序列进行同源性和亲缘进化分析.结果 165份标本鉴定为EV71,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.5%～99.9%和99.4%～100%.与C4a亚型的核苷酸和氨基酸最高.亲缘进化树显示,本地株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支.结论 本地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链.     

宁夏2011年肠道病毒71型VP1区域序列分析

目的 分析2011年宁夏肠道病毒71型分离株VP1的遗传特征.方法 对宁夏40株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析.结果 2011年宁夏40株分离株与A、B、C型基因型代表株的核苷酸同源性分别为80.9%～82.7%、81.4%～84.8%、87.2%～93.7%,氨基酸同源性分别为94%～95%、96.6%～98%、97.7%～99.7%,与C4a亚型同源性最高;VP1区遗传进化分析表明,这40株同属于C4a亚型.结论 2011年宁夏流行的肠道病毒71型均为C4a亚型,病毒未产生明显的变异,其流行存在多条传播链.     

宁夏2010年肠道病毒71型进化分析

目的分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD)患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征。方法收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析。结果共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析。宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%～81.5%、82.4%～84.7%和87.2%～99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%～94.3%、96.3%～97.6%和97.6%～100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%～99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链。结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链。     

肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型分离株的VP1基因特征分析

目的:探讨苏皖地区手足口病(HFMD)患者肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因特征。方法:采集南京市、马鞍山市2009至2010年HFMD患者临床标本进行病毒分离和RT-PCR鉴定;扩增并测定VP1基因序列;从GenBank中选取EV71和CA16不同基因型参考毒株,利用生物信息学软件进行同源性比对和系统进化树分析。结果:共分离到9株EV71和4株CA16,EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.5%～99.8%和99%～100%;CA16分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性为96.2%～98.5%和99.3%～100%;系统进化树分析显示,9株EV71全部属于C4a基因亚型,而4株CA16则全部属于B1b基因亚型。结论:2009至2010年苏皖地区分离到的EV71和CA16毒株分别属于C4a和B1b基因亚型,与国内其他地区HFMD病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究。     

手足口病重症患者的临床表现

目的 探索重症手足口病患者中肠道病毒EV71基因特征.方法 对采集的重症手足口患者标本进行实时荧光定量PCR检测后,阳性标本进行病毒分离培养,选取分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定并构建系统发生树,且进行核苷酸和氨基酸的同源性比较.结果 106例手足口重症患者,实时荧光定量检测结果47例阳性,47例核酸检测阳性标本病毒分离到19株毒株,对15株毒株VP1进行测序后,确定均为C4a亚型,核苷酸和氨基酸同源性比较分别为98.3%~99.7%,99.3%~100%.结论 2010-2011年银川市手足口重症病例EV71株均为C4a亚型,与2008年宁夏报道的流行亚型相一致,提示C4a亚型是近年来宁夏手足口病流行的主要亚型.     

Genetic evolution of entervirus 71 isolated in Ningxia in 2010

目的 分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD) 患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征.方法 收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析.结果 共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析.宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%~81.5%、82.4%~84.7%和87.2%~99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%~94.3%、96.3%~97.6%和97.6%~100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%~99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链.结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链.     

漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征分析

目的了解漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征。方法对2010年漳州市的5株肠道病毒71型分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4．0软件构建系统发生树。结果5株肠道病毒71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,且与2008年安徽阜阳流行株Fuyang．Anhui．P．R．C-17．08-2的VP1区核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高,分别为98．2％-98．8％和99．7％-100．0％。5株肠道病毒71型分离株间的核苷酸序列同源性为97．2％-99．8％．氨基酸序列同源性为99．3％～100．0％。氨基酸在98位和218位这两个位点发生了特异性变异。VP1区基因遗传进化分析表明,漳州市所有分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论5株肠道病毒71型分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支．与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全-致。     

肠道病毒71型河南分离株2株全基因组序列分析

目的:了解2011年河南洛阳和南阳地区流行的肠道病毒71型(EV71)基因特征。方法:分离洛阳和南阳地区EV71病毒各一株,分别进行全基因测序和基因进化分析。结果:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011的VP1区序列在进化树上均属于C4亚型,与国内流行株都具有较高同源性,与2008年广东流行株亲缘关系最近。这2株全基因核苷酸序列同源性为99.3%,氨基酸序列同源性为97.6%,并且氨基酸均没有发生明显改变。结论:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011属于C4亚型,与我省及我国既往流行株相比,未发生大的变异。     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征,为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病(HFMD)患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega5.0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果 154份,阳性率为51.33%;CoxA16阳性结果 38份,阳性率为12.67%。测序结果表明,8株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为96.9%~99.2%,氨基酸同源性为99.3%~100%。VP1区基因遗传进化分析表明,8株EV71分离株与C4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。