惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征,为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病(HFMD)患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega5.0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果 154份,阳性率为51.33%;CoxA16阳性结果 38份,阳性率为12.67%。测序结果表明,8株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为96.9%~99.2%,氨基酸同源性为99.3%~100%。VP1区基因遗传进化分析表明,8株EV71分离株与C4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

东莞市2015—2016年柯萨奇病毒A6型流行情况及特征分析

目的 研究东莞市2015—2016年手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CVA6)的流行情况及基因特征。方法 采用RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,CVA6阳性标本上送广东省疾病预防控制中心,进行病毒分离及鉴定,扩增并测定VP1基因序列。从GenBank中选取其他CVA6代表株进行参考比对,利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4.0.2软件构建亲缘性进化树。结果 在1 145份标本中检出CVA6阳性标本580份,阳性率为50.66%(580/1 145)。序列比对显示,20株CVA6分离株VP1基因之间核苷酸同源性为93.6%~100.0%,氨基酸同源性为97.7%~100.0%。东莞市CVA6分离株VP1与近年来全球各地流行株核苷酸和氨基酸的同源性分别为93.4%~98.5%和97.0%~99.7%,与CVA6原型株Gdula以及我国山东省1996年分离株核苷酸和氨基酸相似性仅为82.5%~85.8%和94.1%~96.4%。系统进化树分析显示,2015—2016年东莞地区CVA6与近年来流行于世界各地的CVA6分离株同源性较高,而与原型株进化距离较远。结论 2015—2016年东莞市HFMD病原以CVA6为主,流行株为近年来流行于全国各地的CVA6新变种。     

河南省2010年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的了解河南省2010年柯萨奇病毒A组16型(CA16)流行株VP1区基因特征。方法对河南省2010年手足口病(HFMD)粪便和咽拭子样品中分离到的10株CA16病毒,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列分析,与已报道的CA16标准株序列构建基因亲缘关系树。结果 10株CA16毒株,其VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.9%~100.0%,99.3%~100.0%,与国际CA16标准株G10在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为67.0%~69.0%,72.0%~74.0%。亲缘进化树显示全部CA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型。河南省分离的CA16毒株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支在河南省共同流行。结论河南省手足口病感染CA16病毒的流行株属B1基因亚型,有B1a和B1b两个进化分支共同进化和循环。     

一起柯萨奇病毒A6型引起的手足口病聚集性疫情分子流行病学分析

目的 对2019年9月辽宁省阜新市某中学一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,分析其种系发生情况。方法 使用实时荧光PCR对标本进行初步病原学鉴定,使用巢式PCR对未分型肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增和测序,BLAST比对确定肠道病毒型别,利用生物信息学软件将VP1区全长序列与柯萨奇病毒A6型（CV-A6）各亚型参考序列进行同源性和系统进化分析。结果 5份标本经实时荧光PCR检测,结果显示肠道病毒通用型核酸阳性,CV-A16型和EV71型核酸均为阴性,判断为非CV-A16非EV71型肠道病毒感染。对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行在线BLAST比对,结果显示5例患者标本均为CV-A6型肠道病毒阳性,其VP1区核苷酸序列同源性为100%。系统进化分析显示,5例标本属于我国广泛流行的CV-A6 D3亚型,且与辽宁省近几年的优势流行株在同一个进化树分支上。结论 引起此次聚集性手足口病疫情的病原体为CV-A6型肠道病毒,与近年来辽宁省流行的CV-A6毒株亲缘关系密切,未发生明显变异。     

江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的:了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型(CA16)分离株VP1区基因特征?方法:选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树?结果:14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100.0%和98.7%~100.0%,与CA16国际标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%?江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a 和B1b 两条进化分支?结论:江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环,且呈现以B1b基因亚型为优势型别?B1a基因亚型为辅助型别的传播模式;无论是优势型别还是辅助型别,均各自呈现密切的亲缘关系?     

1988年北京急性出血性结膜炎大流行的病原学研究(简报)

急性出血性结膜炎(AHC)可由肠道病毒70型(E70),柯萨奇A24型变异株(CA24)和腺病毒引起。临床上不同病毒引起的AHC不易鉴别,发生AHC流行时,尽快查清病原对防治有重要意义。 AHC在我国曾多次发生过流行。1984年北京AHC流行,病原学研究证明该次流行由E70型病毒     

深圳市一起急性出血性结膜炎爆发的分子特征分析

目的快速检测深圳市2007年一起急性出血性结膜炎爆发流行的病原并分析其基因进化。方法采集8例疑似急性出血性结膜炎患者的眼拭子标本,提取病毒核酸。用三套可能引起急性出血性结膜炎的病原体的特异性引物进行PCR反应,根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳所产生的目的条带快速判定病原体类型。将扩增产物测序后,与不同地区、不同时期相应病原体的毒株进行同源性比较和进化树分析。结果在8例疑似急性出血性结膜炎患者中检测出5例柯萨奇病毒A24型变异株阳性,阳性率为62.5%。基因进化分析显示这5株柯萨奇病毒A24型变异株的VP4序列的组内核苷酸同源性为100%,与同时期广东省流行的CA24v毒株的VP4序列亲缘关系最近,核苷酸同源性为100%;与柯萨奇病毒A24型变异株原型株EH24/70的核苷酸同源性为84.5%;与柯萨奇病毒A24原型株Jospeh的核苷酸同源性为76.3%。结论本次急性出血性结膜炎爆发流行的病原体是柯萨奇病毒A24型变异株,毒株可能来源于同时期广东省流行的株型。     

2011年广州市手足口病病原谱分析

目的了解引起2011年广州市手足口病流行的病原体,确定其型别分布特征。方法收集手足口病疑似病例标本,用Real-time RT-PCR、巢式RT-PCR方法对其部分VP1基因进行扩增并测序,确定其病原谱构成,构建系统发育树。结果共收集2 067例疑似手足口病病例标本,其中实验室确诊肠道病毒阳性1 113份,包括EV71、CoxA16、CoxA6、CoxA10、CoxA9、HEV96、埃可病毒和柯萨奇B组等15种肠道病毒,其中EV71、CoxA16和CoxA6是主要病原体,分别占32.6%、39.2%和18.5%;死亡病例3例,全部由EV71引起;重症病例9例,6例由EV71引起,3例由CoxA6引起。VP1基因构建进化树分型发现,广州市2011年手足口病病原体属于HEV-A(97.2%)、HEV-B(2.5%)、HEV-C(0.3%)3个型别,未发现HEV-D型毒株。结论广州市2011年手足口病的流行主要由HEV-A型的EV71、CoxA16和CoxA6病毒引起,同时还存在HEV-B型和HEV-C型的CoxA9、EC、CoxB、CoxA24多种病毒。     

深圳市龙华区2018年手足口病病原学特征

目的 分析2018年深圳市龙华区手足口病病原学特点,为辖区手足口病预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法 采用荧光定量RT-PCR方法对哨点医院送检的223份手足口病临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒（Enteroviurs, EV）、肠道病毒A组71型（Enteroviurs A71, EV-A71）、柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16, CV-A16）、柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6, CV-A6）、柯萨奇病毒A组10型（Coxsackievirus A10, CV-A10）核酸检测,并对EV核酸阳性样本进行VP1区序列测定、同源性分析、亚型鉴定和系统进化分析。结果 实验室确诊病例有166例,阳性率为74.44%,构成比前3位的病毒亚型依次为CV-A6（43.37%）,CV-A16（31.33%）,CV-A10（13.86%）;2018年深圳市龙华区流行的主要肠道病毒中,EV-A71属于C4a进化分支;CV-A16（n=18）核苷酸同源性为89.0%~99.9%,氨基酸同源性为98.3%~99.7%,属于B1a（38.89%,7/18）和B1b（61.11%,11/18）进化分支;CV-A6（n=45）核苷酸同源性为95.1%~99.9%,氨基酸同源性为98.1%~99.0%,均属于D3进化分支;CV-A10（n=12）核苷酸同源性为93.5%~99.8%,氨基酸同源性为97.6%~99.7%,均属于C进化分支。结论 深圳市龙华区应进一步加强辖区手足口病监测,持续关注病原谱构成和重要病原体进化情况。     

2011年济南市某污水河中肠道病毒的分离鉴定与序列分析

目的 监测济南市区地表河水中的人类肠道病毒(HEV),分析其基因特征。方法 于2011年5、6、7月份对流经济南市中心城区的西泺河各采集1份河水标本,经过阴离子膜吸附的方法浓缩后,接种RD、HEp-2和L20b细胞进行病毒分离。测定分离株VP1编码区序列并进行序列分析。结果 共分离到HEV 9株,其中埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)4株,柯萨奇B2病毒(Coxsackievirus B2,CVB2)5株。VP1核苷酸序列分析显示,4株E6病毒与2010年山东省临沂市脑膜炎病例分离株的同源性较高(95.9%~96.7%),提示当地有发生E6引起的脑膜炎病例的可能性;与济南市2010年污水分离株的同源性为94.5%~99.7%。5株CVB2病毒之间有较高的核苷酸同源性(98.4%~100%),与往年山东省急性弛缓性麻痹病例分离株之间同源性为80.9%~95.2%。结论 生活污水的排入河可作为HEV环境监测的采样点,我国无专门HEV病例监测系统,环境监测是了解一个地区HEV流行的重要途径。     

海南省琼南地区2012—2021年手足口病病原学特征分析

目的 分析海南省琼南地区2012—2021年手足口病的病原学特征,为琼南地区手足口病防控措施的制定提供依据。方法 收集手足口病患者咽拭子或肛拭子标本共3 359份,采用荧光定量PCR进行肠道病毒核酸检测分型,使用统计软件SPSS进行统计分析。结果 3 359份标本中共检出肠道病毒（HEV）阳性标本1 588份,总阳性率为47.28％,EV71、CoxA16 和其他肠道病毒构成比分别为 15.37％、23.11％和61.52％,以其他肠道病毒感染为主;2012—2021年的HEV阳性率总体呈V型变化趋势,总阳性率最高为2021年,为66.77%,最低为2016年,为29.32%,不同年份各类病原构成比差异有统计学意义（χ²=394.705,P<0.001）;10年间,海南省琼南地区的 EV71类型手足口病感染率呈逐年下降趋势,有3个监测年度以CoxA16为优势流行毒株,有7个监测年度以其他肠道病原流行为主,为61.52%;2020—2021年期间以CoxA6型（51.55%）和CoxA16型（30.70%）为主。阳性病例数主要集中在3—12月份,7月份左右为最高峰。男女性别阳性率差异无统计学意义（χ²=0.364,P>0.05）,0~3岁年龄组阳性标本数最多,占总阳性数的84.13%。琼南地区五指山市阳性率最高,为62.61％,三亚市阳性率最低,为37.75%。肛拭子标本的阳性率高于咽拭子标本,两者差异有统计学意义（χ²=78.081,P<0.001）。结论 其他肠道病原在海南省琼南地区流行逐渐增强,提示应关注、加强对开展其他肠道病毒病原学的检测和分型,有助于本地区手足口病的预防和控制。     

戊型肝炎IgG抗体检测方法的建立

为建立一种简便、快速诊断戊型肝炎病毒血清抗体的检测方法,以基因工程HEVORF2区重组蛋白抗原和人工会成HEVORF3区合成多肽抗原混合作为包被抗原,辣根过氧化物酶标记的单克隆抗人IgG抗体为第二抗体,建立了间接酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清中HEVIgG抗体技术。检测中国药品生物制品检定所《检测抗HEV抗体国家参考品》全套血清盘：特异性参比品30份,全部为阴性;阳性参比品10份,全部为阳性;精密性参比品,CV（n＝10）＜15％。17例非甲、乙、丙肝炎患者,黄殖出现后4个月内,HEVIgG抗体检出率为100％。普通人群HEVIgG抗体检出率为1％～2％。表明该方法检测HEVIgG抗体,特异性强、敏感性高、操作简便快速,适用于临床对戊型肝炎的诊断和流行病学调查。     

2010年天津市流行的肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型VPl区域序列分析

【目的】研究2010年天津市手足口病患者中肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型的VPl基因特征。【方法】采集60例天津地区2010年手足口病流行期间患儿的粪便标本,分别用EV71和CoxAl6的VPl区域引物对粪样中病毒RNA进行PCR检测。同时选取11株EV71扩增阳性和4株CoxAl6扩增阳性的样本,对其扩增产物的VPl区进行核苷酸序列测定,比照EV71和CoxAl6各基因型进行同源性分析,并构建系统发生树。【结果】从60例手足口病患儿粪便标本共检测出27例EV71阳性和4例CoxAl6阳性。经VPl区测序,11例EV71阳性与EV71C4基因型同源性94．4％～94．8％;4例CoxAl6阳性与CoxAl6C基因型同源性93．4％-94．7％。在系统发生树上,这11株EV71均属于EV71C基因型,与c4亚型属于同一分支;4株CoxAl6均属于CoxAl6的C基因型。【结论】2010年天津市手足口病患者粪便样本中检测出的EV71毒株属于EV71C4亚型,CoxAl6毒株属于CoxAl6C基因型。     

江苏省某地区人源与猪源戊型肝炎病毒的检测和部分序列分析

目的:调查了解江苏省某农村地区人源与猪源戊型肝炎病毒(HEV)的相关性?方法:应用逆转录-巢式聚合酶链法(RT-PCR)对同一地区内一般人群中HEV IgM阳性者?急性戊型肝炎患者血标本和生猪胆囊标本进行HEV RNA检测,并对HEV RNA 阳性标本进行克隆测序和序列分析?结果: 一般人群中检出的HEV基因1?4型比例相近,临床散发性戊肝病例绝大部分为HEV-4型病毒感染所致(95.24%);生猪胆汁标本PCR阳性率为12.11%,猪源HEV基因分型均为HEV-4型;分离于人和生猪的HEV-4型病毒高度同源,同源性81%~97%?结论:该地区人群HEV基因分型以HEV-4型为优势毒株;猪源HEV均为基因4型;人源和猪源的HEV-4型病毒高度同源,猪是当地HEV主要宿主动物之一?     

安庆市商品猪戊型肝炎病毒的分子流行病学调查

 目的 了解安徽省安庆市商品猪戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）的流行病学特征。方法 2009年3月26日、6月20日、9月15日和12月8日分别在安庆市安庆屠宰场收集商品猪胆汁100份,共400份,并按采样时间将400份商品猪胆汁标本分为A、B、C、D4组。用巢氏RT PCR方法对HEV ORF2区域内150-nt序列进行扩增,测序后参照GenBank下载的参考序列作系统进化分析。结果 400份猪胆汁中有22份（5.5%）检测出HEV RNA,其中A~D各组的HEV携带率分别为9.00%、6.00%、3.00%、4.00%,各组间的HEV携带率差异无统计学意义（χ²=4.04,ν=3,P=0.26）。系统进化分析结果显示,检测到的猪HEV病毒株均属于基因4型,与1、2、3和4型参考病毒株的核苷酸同源性分别为80.40%~95.78%、82.10%~95.72%、77.31%~96.76%和89.51%~96.71%。基因4型样本病毒株内部又归为a或d两个亚型,且以a型为主。结论 安庆市商品猪的HEV携带率较高,基因4a型为该地区商品猪HEV的主要基因型,未煮熟的猪肉制品存在着食用安全隐患。     

深圳市社区人群EV71和CoxA16隐性感染的流行病学分析

目的为了解肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）在深圳市健康人群中的隐性感染情况,进一步探讨隐性感染在儿童手足口病（HFMD）中的传播特征及危害性。方法实验采用酶联免疫（ELISA）法检测不同年龄层（0～59岁之间）的健康人群血清中抗肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）的IgM和IgG抗体水平,并采用荧光定量PCR检测IgM阳性的样本中病毒核酸的阳性率。结果抗EV71和CoxA16 IgG抗体的阳性率都随着年龄段的增长呈下降趋势,0～5岁儿童组的IgG抗体阳性率最高,其中抗EV71的IgG抗体阳性率为79.7%,抗CoxA16的IgG抗体阳性率为91.93%。30岁以下者,两种病毒的抗体阳性率在70%以上,显著高于30岁以上人群,P〈0.01。5岁以下儿童抗EV71抗IgM抗体阳性率达15.9%。49份抗EV71 IgM阳性样本中有42份EV71的核酸阳性,阳性率为85.7%;31份抗CoxA16 IgM阳性样本中有25份CoxA16核酸阳性样本,阳性率为80.6%。结论人群对EV71和CoxA16普遍容易感染,健康人群中存在较高的隐性感染,隐性感染率与人群的年龄分布存在相关性,因此隐性感染人群也是病原体传播的传染源之一。     

152株阴沟肠杆菌的临床分布及耐药性分析

目的分析与探讨2005~2008年阴沟肠杆菌的临床分布及耐药情况,以指导临床合理用药,防止耐药菌株的传播。方法采用VITEK-32型和VITEK-2 Compact型微生物鉴定及药敏分析系统对152株阴沟肠杆菌,进行鉴定及耐药性分析,同时对2008年由ICU（重症监护病房）及非ICU病区分离出的54株阴沟肠杆菌的耐药性进行分析。结果 152株阴沟肠杆菌主要分布在呼吸道、分泌物、脓液、血液、尿液等;阴沟肠杆菌对大部分抗菌药物的耐药率呈上升趋势,该菌对第一代头孢菌素的耐药率高达91.7%~100.0%;对青霉素类抗生素的耐药率在80.9%~100.0%,其中氨苄西林的耐药率最高为100.0%;对氨基糖苷类的耐药率在34.6%~54.2%;2008年该菌对复方新诺明及头孢唑啉的耐药率分别为100.0%和91.7%,而非ICU（46株）和ICU（8株）病区中,对复方新诺明的耐药率最高分别为93.5%,87.0%,同时产ESBLs的阴沟肠杆菌的检出率为8.0%~9.7%,而对亚胺培南100%敏感。结论阴沟肠杆菌耐药率高,呈多重耐药现象。临床应在合理应用抗生素的同时严格消毒灭菌,遏制该菌引起的医院感染。     

妥舒沙星人体血药浓度测定及药代动力学研究

目的建立反相高效液相色谱荧光检测法测定人血浆中妥舒沙星浓度的方法。方法以加替沙星为内标,血浆经酸化采用20%高氯酸提取,色谱柱为XDB C18柱(4.6 mm×150 mm,5μm);流动相为乙腈-甲醇-20 mmol.L-1磷酸二氢钾(15∶15∶70),荧光检测(λex=342 nm,λem=420 nm)。结果妥舒沙星血浆浓度在10.80~1296 ng.ml-1内具有良好线性关系,平均相对回收率大于95%,萃取回收率大于60%,日内、日间相对标准差(RSD)均小于4.3%。结论该方法灵敏、准确,可用于妥舒沙星的药动学研究。     

深圳市一起腺病毒4型感染聚集性疫情的分子流行病学调查

目的 分析2019年2月22—28日深圳市宝安区某小学一起急性呼吸道病毒感染聚集性疫情的流行病学及病原学特点。方法 采用流行病学个案调查表对疫情进行现场调查,使用荧光定量PCR方法对采集的咽拭子标本进行流感样病例病原学筛查,筛查阴性标本进行6种常见呼吸道病毒核酸检测。对腺病毒核酸阳性的标本,用腺病毒六邻体基因作为靶基因进行序列扩增及测定,测序结果在GenBank 上进行序列比较,确定其病毒亚型并进行系统进化分析。结果 疫情发生在二年级（1）班,全班共54名学生,男29名,女25名。经调查该学校其他班级其余年级未出现相同症状病例。该起疫情共发现病例13例,其中男生7例,女生6例,男女学生罹患率分别为24.1%( 7 /29) 和24.0% ( 6 /25) 。临床特征为发热13例(100.0%),咽痛8例( 61.5%),全身肌肉酸痛8例( 61.5%),咳嗽5例(38.5%),症状均较轻,无重症病例。共采集5份咽拭子标本,经荧光定量PCR检测均为腺病毒核酸阳性,5份标本用分型引物检测并分析序列确定均为腺病毒E亚属4型。结论 此次急性呼吸道感染聚集性疫情由腺病毒4型引起,毒株序列与深圳其他区、国内其他城市分离的腺病毒4型毒株序列具有高度同源性。