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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 171 毫秒
1.
目的探讨应用TCGA数据库筛选胰腺癌患者差异表达的miRNAs,运用生物信息学预测其相关靶基因。方法应用R语言筛选与正常胰腺组织相比差异表达的miRNAs,TCGA数据库下载胰腺癌miRNA_HiSeq_gene资料包,运用Microsoft Office Excel软件对数据包分析处理,应用GraphPad Prism 6绘制胰腺癌患者miRNAs差异表达、临床分期,Kaplan-Meier生存曲线,使用生物信息学网站预测其相关靶基因。结果筛选出hsa-miR-192-5p、hsa-miR-203a-3p和hsa-miR-451a在胰腺癌患者有明显差异表达(P0.05),MCM4、REV3L、ZBTB4为hsa-miR-192-5p的靶基因,ZNF148、TMEM69为hsa-miR-203a-3p的靶基因,EREG为hsa-miR-451a靶基因。结论差异表达的miRNAs和靶基因对胰腺癌的诊断和预后有重要影响,可以作为肿瘤生物标志物对其进行进一步研究,对癌症前期预防及诊疗提供了有力的依据。  相似文献   

2.
目的 应用生物信息学技术分析缺血性脑卒中患者外周血中微小RNA(miRNA)的靶基因及其功能、在疾病中的作用.方法 在GEO数据库中检索缺血性脑卒中基因芯片数据,并利用生物信息学工具筛选差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA进行靶基因预测分析,对miRNA靶基因进行生物学功能分析及信号通路分析,最后构建miRNA调控网络和miRNA靶基因调控网络.结果 检索到芯片数据GSE55937,筛选得到50个差异表达的miRNA.筛选出的miRNA的靶基因的合集共7 557个.这些靶基因的功能主要为DNA依赖转录、DNA依赖转录调节等,主要分布在丝裂原活化蛋白激酶信号通路、肿瘤信号通路等信号通路miRNA功能的调控分析及miRNA靶基因调控网络图提示,人类miRNA(hsa-miR)-15a-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7 i-5p、hsa-let-7 g-5p中心度最高.结论 缺血性脑卒中患者外周血中存在差异性表达的miRNA,hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-let-7g-5p与缺血性脑卒中的发病密切相关.  相似文献   

3.
 目的  筛选具有腹膜后高淋巴结转移能力的浆液性卵巢癌细胞株,并分析其导致淋巴高转移的相关小RNA (microRNA,miRNAs)。方法   接种人卵巢癌细胞株SKOV-3于BALB/c裸鼠腹腔,从腹膜后淋巴结中筛选出卵巢癌细胞,再次接种于裸鼠腹腔,重复分选4次后获得了稳定的高腹膜后淋巴结转移细胞株SKOV-3/LN403。对比SKOV-3和SKOV-3/LN403细胞的形态、增殖和侵袭能力,应用miRCURYTM LNA Array技术对两者的miRNA进行差异分析,通过real-time PCR验证差异表达的miRNAs。结果  稳定筛选的腹膜后高淋巴结转移卵巢癌细胞株SKOV 3/LN403,淋巴转移率高达90% (n=10),并能成功模拟卵巢癌淋巴转移患者的临床表现。SKOV-3/LN403具有比SKOV-3更强的增殖(P<0.05)和侵袭能力(P<0.01)。miRNA的表达谱提示14种miRNA表达差异明显,包括3种miRNA上调(hsa-miR-886 5p,hsa-miR-640,hsa-miR-801),11种miRNA下调(hsa-let-7a,hsa-miR-30a,hsa-miR-491-3p,hsa-let-7i,hsa-miR-125b-1,hsa-miR-27a,hsa-miR-24,hsa-let 7b,hsa-miR-16,hsa-miR-20a,hsa-miR-26b)。Real time PCR结果和芯片结果一致。结论  SKOV-3/LN403可用于构建卵巢癌腹膜后淋巴结转移模型,其高腹膜后淋巴结转移力与miRNA分子的调控相关,为卵巢癌腹膜后淋巴结转移机制提供潜在研究靶点。  相似文献   

4.
目的 筛选与乳腺癌相关的miRNA生物标志物,为乳腺癌的早期诊断、预后评估以及药物靶点的研究提供参考.方法 从TCGA数据库中收集乳腺癌相关基因芯片数据,将肿瘤组织与正常组织样本数据进行对比分析,筛选差异miRNA与mRNA;预测差异miRNA的潜在靶基因并与差异mRNA取交集,进一步对miRNA进行筛选;采用ROC曲线分析对筛选得到的miRNA进行评价.结果 筛选得到9个差异miRNA,对肿瘤样本和正常样本分类良好.分别为6个上调miRNA:hsa-miR-141、hsa-miR-182、hsa-miR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-21;3个下调miRNA:hsa-let-7c、hsa-miR-125b-1、hsa-miR-145.结论 筛选得到的差异miRNA可作为乳腺癌的生物标志物,可对乳腺癌的发生进行预测.  相似文献   

5.
目的筛选并验证适用于膀胱癌患者血清microRNA(miRNA)定量检测的内参基因。方法选取100例肌层浸润性膀胱癌患者、105例非肌层浸润性膀胱癌患者及139例健康对照者血清,通过Miseq测序筛选出表达较为稳定的miRNA,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测上述筛选出的miRNA及U6表达水平,利用geNorm及NormFinder软件对其稳定性进行分析,并在新的实验组中对软件所推荐内参基因及组合进行验证,选取miR-148b-3p作为靶分子,以进一步分析所选择内参基因的可靠性。结果采用qRT-PCR法对M iseq测序结果进行验证,筛选出hsa-miR-193a-5p、hsa-miR-16-5p、U6、hsa-miR-191-5p和hsa-let-7d-3p作为候选内参基因,经分析和验证后证实,hsa-miR-193a-5p作为内参基因最稳定,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p的组合为最佳内参组合。同时,miR-148b-3p在膀胱癌患者血清中明显上调并具有一定的诊断价值。结论在对膀胱癌血清miRNA检测时,hsa-miR-193a-5p为最稳定内参基因,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p为最佳组合,联合应用可使结果更为准确可靠。  相似文献   

6.
肾透明细胞癌相关特异性miRNAs差异表达谱   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的研究证实肿瘤组织miRNAs表达水平较正常组织可特异性下调或上调,这一现象揭示miRNA在肿瘤发生、发展等过程中扮演重要角色。文中就肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)肿瘤相关特异性微小RNA(mi-croRNAs,miRNAs)表达谱及意义进行探讨。方法取手术切除新鲜肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,提取总RNA,进行RNA质量检测后采用微阵列基因芯片对其相关特异性miRNAs进行分析,应用荧光定量RT-PCR方法验证。结果Ⅰ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有24个差异表达miRNAs,其中12个上调,12个下调;Ⅱ级共有35个差异表达miRNAs,其中18个上调,17个下调;Ⅲ级共有34个差异表达miRNAs,其中18个上调,16个下调;Ⅰ级+Ⅱ级+Ⅲ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有81个差异表达miRNAs,其中33个上调,48个下调;以表达差异在2倍及以上为标准进行比较,ccRCC与癌旁正常肾组织共有11个差异表达的miRNAs,其中,hsa-miR-487a、hsa-miR-491-3p、hsa-miR-452表达上调,hsa-miR-142-3p、hsa-miR-22、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-29a、hsa-miR-429、hsa-miR-532-5p、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-125b表达下调。结论与癌旁正常肾组织中存在肿瘤相关特异性miRNAs表达谱,这种miRNAs差异可能导致ccRCC的发生及发展。  相似文献   

7.
microRNA在食管癌放射抵抗细胞表达谱研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
Zheng ZF  Su HF  Zou Y  Peng Z  Wu SX 《中华医学杂志》2011,91(9):639-642
目的 比较食管癌放射抵抗细胞株与其亲本细胞microRNA表达谱的差异.方法 应用Agilent human miRNA芯片检测人食管癌耐放射细胞株KYSE-150R与其亲本细胞KYSE-150的表达谱.GeneSpring GX 10.0.2数据分析挑选差异表达基因.应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的潜在靶基因进行预测并验证.结果 与亲本细胞相比,KYSE-150R中上调超过2倍的miRNA有l0个,为hsa-miR-1539、hsa-miR-1237、hsa-miR-92b等;表达下调超过2倍的有miRNA有25个,为hsa-miR-185、hsa-miR-18b、hsa-miR-17等.软件预测发现其中18个miRNA有潜在的靶基因,10个miRNAs的靶基因多达200个.显著差异表达的miRNA(如hsa-let-7a、hsa-miR-185、hsa-miR-141、hsa-miR-92b、hsa-miR-22和hsa-miR-301a)与放射抵抗密切相关.结论 筛选出的miRNAs可能通过调控其靶基因而参与食管癌放射抵抗,为临床上放射抵抗的逆转提供全新的靶标和策略.
Abstract:
Objective To identify the differential microRNA expression profiles of acquired radioresistant esophageal cell line established by fractionated ionizing radiation (FIR) versus parental cell line. Methods MicroRNA microarray was employed for detection. Bioinformatic software tools were used to predict the target genes of identified microRNAs. For an understanding of miRNA functions, the GO analysis of abundantly differentially expressed targets of miRNAs was performed by GeneOntology Browser. Results Compared with parental cell line, 10 microRNAs (hsa-miR-1539, bsa-miR-1237, hsa-miR-92b, etc. ) were up-regulated over 2-fold and 25 microRNAs (hsa-miR-185, hsa-miR-18b, hsa-miR-17, etc. ) downregulated in KYSE-150R. Eighteen miRNAs had their target genes, 10 of them had the potential to individually target up to 200 mRNAs. Hsa-let-7a, bsa-miR-185, hsa-miR-141, hsa-miR-92b, hsa-miR-22 and hsa-miR-301a were known as important genes associated with radioresistance. Conclusion These results confirm the involvement of miRNA in radiation resistance. It may potentially help to explain the mechanisms of gene regulation in cellular response to radioresistance.  相似文献   

8.
目的 应用生物信息学方法筛选肝细胞癌中差异表达的环状RNA (circRNA),构建肝癌预后相关circRNA-微RNA (miRNA)-mRNA调控网络。方法 从基因表达综合(GEO)数据库中下载肝癌相关circRNA数据集,应用GEO2R工具筛选差异表达circRNA,在Circular RNA Interactome及circBank数据库中预测与circRNA相结合的miRNA,在miRDB、RNAInter及TargetScan数据中预测miRNA的靶基因,构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。应用DAVID软件、STRING数据库、Cytoscape软件及GEPIA数据库对靶基因进行功能注释、通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)构建及预后分析,最后确定肝癌预后相关circRNA-miRNA-核心靶基因调控网络。结果 筛选出1个circRNA,为hsa_circRNA_0000301,与之结合的miRNA有4个,分别为hsamiR-377-3p、hsa-miR-767-3p、hsa-miR-1178-3p及hsa-miR-1228-3p。功能注释和通路富...  相似文献   

9.
目的:探索口腔扁平苔藓(Oral Lichen Panus,OLP)的中医证候研究方法,探寻阴虚火旺型OLP的miRNAs表达特征,分析实验获得的阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs的靶基因信号通路。方法:选取3例阴虚火旺型口腔扁平苔藓患者及3例正常人血液,分离提取miRNA,荧光标记后与miRNA基因芯片杂交,SAM软件筛选阴虚火旺型OLP患者和正常人有表达差异的miRNA,运用Targetscan软件及Kegg和Biocarta数据库分析阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路。结果:获得5个口腔扁平苔藓特异表达miRNA,3个下调,2个上调,其中hsa-miR-18a miRNA相关的有统计学意义的信号通路共12条(P<0.01);hsa-miR-99bmiRNA基因相关的有统计学意义的信号通路有2条(P<0.05)。结论:基因芯片技术可用于口腔扁平苔藓中医证候研究,hsa-miR-18a上调和hsa-miR-99b下调可能是阴虚火旺型口腔扁平苔藓的标志性mi RNA,并且hsa-miR-18a可能通过12条信号通路调控OLP的发生发展,以及hsa-miR-99b可能通过2条信号通路调控OLP...  相似文献   

10.
目的:探讨卵巢子宫内膜异位症(ovarian endometriosis,OEM)外泌体微小RNA(microRNA,miRNA)的表达谱。方法:采用芯片技术对3例OEM患者及3例健康对照者的在位内膜间质细胞外泌体miRNA进行分析,筛选出组间差异miRNA。结果:获得存在差异表达miRNA共12条,其中hsa-miR-6829-5p、hsa-miR-5188、hsa-miR-4430、hsa-miR-584-5p、hsa-miR-4485-5p、hsa-miR-4257在实验组表达上调,hsa-miR-188-5p、hsa-miR-4741、hsa-miR-4516、hsa-miR-1229-5p、hsa-miR-7150、hsa-miR-5787表达下调。对表达差异较大的外泌体miRNA进行靶基因预测及其基因功能(gene ontology,GO)分析和信号通路(pathway)分析,发现靶基因聚集的生物学功能多数参与生物进展过程的调控。结论:OEM患者与健康对照者的在位内膜间质细胞外泌体miRNA存在着差异性表达。差异性表达的miRNA特异性很高,对进一步阐明该疾病的发病机制和寻找新的诊断标记物具有重要意义。  相似文献   

11.
ObjectiveMany studies have revealed the crucial roles of miRNA in multiple human cancers, including lung adenocarcinoma (LUAD). In this study, we sought to explore new miRNA-mRNA pairs that are associated with LUAD prognosis.MethodsA novel miRNA-mRNA regulatory network associated with prognosis in LUAD was identified and validated using the bioinformatic tools including OncomiR database, StarBase, miRnet, GEPIA2, UALCAN.ResultsTwenty key miRNAs were compiled after the analysis of the expression and prognostic value in OncomiR and StarBase. Targeted mRNAs of these key miRNAs were predicted in miRnet, and the resulting mRNAs were also analyzed for their prognostic values and expression patterns in GEPIA2 and UALCAN, respectively. Further expression correlation analysis was performed in StarBase. Subsequently, a new miRNA-mRNA network was built, of which each RNA pair showed negative expression correlation, opposite expression pattern, and prognostic value. Protein-protein interaction network was under construction for the mRNAs, and 19 hub genes were determined. Enrichment analysis showed that “Cell Cycle, Mitotic” was the most significantly enriched term. Then, a miRNA-hub gene sub-network was built. We selected and validated the regulatory relationship of some miRNA-hub pairs, including hsa-miR-1976/RFC2, hsa-let-7c-5p/RFC2, hsa-let-7c-5p/ESPL1, hsa-let-7c-5p/CDC25A, and hsa-miR-101-3p/KIF2C. Moreover, over-expression of hsa-miR-1976 and hsa-let-7c-5p resulted in significant cell cycle arrest.ConclusionsOur results determined new prognosis-associated miRNA-mRNA pairs and might shed further light on the mechanism via which miRNA-mRNA network influences prognosis in LUAD.  相似文献   

12.
目的 探讨miRNA(microRNA,微小RNA)在结肠癌组织中的表达特征及生物学功能.方法 选取临床特征相似的3对结肠癌组织及其配对正常黏膜组织,应用Exiqon miRNA芯片检测miRNA在结肠癌及其配对组织中差异表达情况;3个差异表达的miRNA被选取进行qPCR验证;生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在结肠癌进展中的作用机制.结果 芯片结果显示,在3对结肠癌组织中有201个miRNA出现上调表达,94个下调表达(差异倍数>2),差异有统计学意义(P<0.05).qPCR结果显示,与对照组织比较,选取的3个miRNA中hsa-miR-18b-3p、hsa-miR-31-5p在结肠癌组织中表达上调,hsa-miR-142-3p表达下调,与芯片结果一致,差异有统计学意义(P<0.05).GO及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及结肠癌细胞的分化、迁移、定位、增生及RNA、蛋白合成等功能调控,与细胞粘附、结肠癌发生发展等信号途径的激活相关.结论 结肠癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及结肠癌的发生、发展.  相似文献   

13.
目的 探讨靶向维生素D受体(VDR)基因的miRNA及其对继发性甲状旁腺功能亢进甲状旁腺激素(PTH)分泌的影响。方法 用胶原酶消化法提取、分离和培养出继发性甲状旁腺功能亢进的甲状旁腺组织的原代细胞;运用生物信息学方法及全转录组测序的方法筛选得到靶向VDR的miRNA,双荧光素酶报告基因实验验证筛选出的miRNA与VDR的靶向关系;qRT-PCR及Western blotting检测过表达或抑制miRNA后的对VDR mRNA水平及蛋白水平和对PTH分泌的影响;qRT-PCR和免疫组织化学分别验证部分miRNA、VDR mRNA和蛋白水平的表达差异。结果 成功培养得到甲状旁腺原代细胞;筛选并验证了hsa-miR-149-5p、hsa-miR-221-5p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-29a-5p、hsa-miR-301a-5p、hsa-miR-873-5p、hsa-miR-93-3p均与VDR存在靶向关系;筛选并验证的7个miR中,过表达hsa-miR-149-5p、hsa-miR-301a-5p PTH分泌增加。hsa-miR-149-5p在继发性甲状旁腺功能亢进中高表达(P=0.046),VDR mRNA(P=0.0267)和蛋白水平表达均下降。结论 hsa-miR-149-5p、hsa-miR-301a-5p可能通过下调VDR基因的表达促进继发性甲状旁腺功能亢进患者PTH的分泌。  相似文献   

14.
目的: 采用生物信息学方法研究宫颈鳞状细胞癌(CESC)组织中差异性表达的miRNA并预测其靶基因,以期找到影响CESC发生发展及可用于肿瘤标志物的miRNA。 方法: 癌症基因组图谱 (TCGA)数据库中下载3例CESC组织及3例配对正常组织,用统计学方法对差异性表达的基因及miRNA进行筛选,通过靶基因预测网站对差异性表达的miRNA进行靶基因预测,运用KEGG数据库分析靶基因参与的肿瘤相关信号通路。 结果: 与同源正常组织比较,CESC组织有18个miRNA和1180个基因有差异性表达(P<0.05),其中有15个miRNA和411个基因上调,3个miRNA和770个基因下调,采用靶基因预测网站有7个miRNA与预测到的靶基因呈负向调控关系,6个上调miRNA的靶基因下调,1个下调miRNA的靶基因上调,靶基因集中在Wnt、MAPK、P53和cAMP等肿瘤相关信号通路。 结论: 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-27a、hsa-miR-148b、hsa-miR-185、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-221和hsa-mir-133b,差异性表达的miRNA及其靶基因在CESC的发生发展过程中起重要作用,有可能成为诊断CESC的肿瘤标志物。  相似文献   

15.
目的 分析HBV整合后引起的肝细胞microRNA表达谱的变化情况.方法 利用microRNA芯片,以稳定表达HBV的HepG2.2.15细胞为HBV感染模型,以HepG2细胞为对照,分析二者microRNA表达谱的异同,得到因HBV感染而产生变化的microRNA;并用定量PCR技术来验证结果的可靠性.结果 通过microRNA芯片分析和定量PCR验证,HBV感染后可使hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-24、hsa-let-7a、hsa-let-7c、hsa-let-7f和hsa-miR-23b 6种microRNA下调,使hsa-miR-194、hsa-miR-200a和hsa-miR-345 3种microRNA上调.结论 HBV整合后,可引起肝脏细胞microRNA表达谱变化.  相似文献   

16.
目的 运用生物信息学方法研究复发转移乳腺癌组织中的差异表达MicroRNAs,预测其在乳腺癌预后中的分子调控网络。方法 从GEO数据库中获取乳腺癌组织MiRNA表达谱,包括131例10年内无远处转移复发者,79例10年内有复发者。GEO2R在线分析工具筛选差异表达MiRNA,靶基因预测验证数据库预测miRNA靶基因,使用DAVID工具的基因功能注释和通路富集方法对靶基因进行分析。TF-miRNA调控数据库寻找其上游转录因子,Cytoscape软件构建互作网络。结果 复发转移组乳腺癌组织共筛选到差异表达的miRNA 5个,其中表达上调3个,表达下调2个。得到4个相关上游转录因子HIF1A、EGR1、FOXM1、ESR2,与差异miRNA共调控154个的靶基因。靶基因功能集中在BMP信号通路,TGF-β信号通路,细胞骨架组装功能和Rho GTPases信号通路。结论 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-210、hsa-miR-33a、hsa-miR-32、hsa-miR-135a、hsa-miR-30a-3p,利用生物信息学方法,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的新策略研究开辟新思路。  相似文献   

17.
目的探讨微小RNA(microRNA,miRNA)异常表达对肥胖儿童代谢综合征发生发展的影响。方法应用miRNA表达谱芯片检测肥胖合并代谢综合征患儿、单纯性肥胖患儿及正常体重儿童血清中miRNA的表达谱;利用实时定量PCR技术检测其差异表达的miRNA,验证miRNA芯片结果的可靠性;应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的靶基因进行预测。结果单纯性肥胖患儿血清中,上调表达超过1.5倍的miRNA有15个,下调表达超过1.5倍的有11个。肥胖合并代谢综合征患儿血清中9个上调miRNA,7个下凋miRNA。其中肥胖合并代谢综合征患儿hsa-miR-143、hsa-miR-24、hsa-miR-34a和has-miR-29a表达高于单纯性肥胖患儿,下调表达中有hsa-miR-192和hsa-miR-23a表达低于单纯性肥胖儿童。通过生物信息学分析发现了表达显著改变miRNA的共同作用的靶基因。结论筛选出肥胖合并代谢综合征患儿的差异表达miRNA,可能参与其对应共同靶基因,具有调控肥胖儿童合并代谢综合征发生发展的作用。  相似文献   

18.
目的 研究肺腺癌相关MicroRNAs 在正常人群及肺腺癌患者血清中的表达情况,分析其在肺腺癌诊断中的临床价值。方法 收集59 例肺腺癌及40 例正常体检人群血清,通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测各组miR-498、miR-21、miR-137、miR-206、miR-138、miR-32 及miR-125b 的表达情况。统计分析两组之间miRNA 的表达差异以及单个血清miRNA 在肺腺癌诊断中的价值,进一步用统计学方法分析多个miRNAs 联合检测的诊断价值。结果 相比正常体检人群,肺腺癌患者血清中miR-498、miR-21 和miR-137 表达增加,差异有统计学意义(P <0.05);两组miR-206、miR-138、miR-32 及miR-125b 的表达量比较,差异无统计学意义。AUC 曲线分析结果显示,miR-498 的AUC 为0.73(95%CI,0.63~ 0.81),miR-21 的AUC 为0.83(95%CI,0.74 ~ 0.90),miR-137 的AUC 为0.74(95%CI,0.64 ~ 0.82)。miR-498、miR-21 联合miR-137 在肺腺癌诊断中AUC 值为0.93(95%CI,0.85 ~ 0.97),3 者联合优于单个miRNA 任一检测,差异有统计学意义(P <0.05)。结论 miR-498、miR-21 和miR-137 在肺腺癌患者血清中升高,血清中miR-498、miR-21 和miR-137 在肺腺癌的诊断中具有潜在的应用价值。  相似文献   

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