CD40LG是与浸润性乳腺癌肿瘤微环境中免疫和基质相关的预后标志物

目的 旨在寻找与浸润性乳腺癌（BRCA）发生相关的肿瘤微环境（TME）相关基因,以预测其预后并为临床提供治疗靶点。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中检索到RNA转录组数据和临床相关数据。利用ESTIMATE 算法计算基质评分和免疫评分。然后通过取交集筛选出差异表达基因（DEGs）。利用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和单变量COX回归分析来确定DEGs中的核心基因。选取一个核心基因进行GSEA集富集分析和CIBERSORT分析,以分别区分核心基因表达的功能和肿瘤浸润免疫细胞（TICs）的比例。最终用Western blot和qRT-PCR对CD40LG的表达水平进行临床验证。结果 从TCGA中提取了1222个样本（124个正常样本和1098个肿瘤样本）进行分析,共获得了487个DEG。这些基因主要富集在与免疫相关的途径中。进一步的交叉分析揭示了11个关键基因,包括 CD40LG、ITK、CD5、CD3E、SPN、IL7R、CD48、CCL19、CD2、CD52和CD2711,这些基因被证明与乳腺癌TME状态相关。挑选了CD40LG进行进一步研究,结果表明,CD40LG高表达BRCA患者的总生存期（OS）比低表达BRCA患者更长（P=0.002）,并且CD40LG表达在TNM 分期、肿瘤大小方面的差异也具有统计学意义（P<0.05）。GSEA 和 CIBERSORT 分析表明CD40LG的表达与TME中的免疫活性有关。Western blot和qRT-PCR结果显示CD40LG在乳腺癌细胞及癌组织中的蛋白及mRNA表达量均低于乳腺正常细胞及癌旁组织（P<0.05）。结论 CD40LG在TME中高表达与BRCA患者的生存呈正相关,所以CD40LG可能是一种新的用于预后预测的生物标志物。其生物学行为可能促进我们对肿瘤进展的分子机制和靶向治疗的理解。     

细胞凋亡相关基因CD44在甲状腺癌组织中的表达及其与肿瘤侵袭和免疫细胞浸润关系的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因（ARGs）透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌（THCA）组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因（DEGs）表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征（ROC）曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因集富集分析（GSEA）对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果：TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 ...     

基于生物信息学筛选小细胞肺癌相关关键基因

目的 筛选与小细胞肺癌(SCLC)相关的关键基因,为后续生物学功能研究提供分子靶标.方法 首先从基因表达综合数据库(GEO)提取含有SCLC癌组织和癌旁组织基因表达数据的数据集GSE43346和GSE40275,用GEO2R在线程序分析SCLC癌组织和癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs).使用DAVID数据库对SCL...     

基于生物信息学NOP2在肝癌中的预后价值研究

目的基于生物信息学探究NOP2核仁蛋白（NOP2 nucleolar protein,NOP2）在肝癌预后中的价值。方法采用CIBERSORT和ESTIMATE计算方法,计算497例（其中54例有癌旁组织）肝癌病人的肿瘤浸润免疫细胞（TICs）的两个主要评分。通过Cox回归分析寻找出差异表达基因（DEGs）。同时进一步收集蚌埠医学院第一附属医院行肝切除术的原发性肝癌病人10对癌组织及相邻癌旁组织进行qRT-PCR分析。结果NOP2的表达水平与肝癌的病理特征（较晚的M分期）呈正相关,与病人的生存时间呈负相关。通过基因集富集分析（GSEA）发现NOP2高表达的基因主要富集于与免疫相关通路。进一步研究证实6种免疫细胞与NOP2表达呈正相关,包括M0巨噬细胞、静止期自然杀伤细胞、激活期CD4+记忆T细胞、CD8+T细胞、滤泡辅助性T细胞、调节性T细胞。5种免疫细胞与NOP2的表达水平呈负相关,包括记忆B细胞、嗜酸性粒细胞、M2巨噬细胞、单核细胞、休止期CD4+记忆T细胞。且qRT-PCR显示NOP2在肝癌中呈高表达,在癌旁呈低表达。结论NOP2在肝癌中呈高表达,且与生存时间成负相关,其表达水平可有助于预测肝癌病人的预后,尤其是对于肿瘤微环境中免疫相关细胞的影响。     

OSTC对头颈部鳞状细胞癌预后及免疫治疗的影响

目的基于数据挖掘分析寡糖转移酶复合物非催化亚基（OSTC）的表达对头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后及免疫治疗效果的影响。方法利用TIMER2.0数据库分析OSTC在不同肿瘤中的整体表达情况;并进一步分析TCGA-HNSC队列中HNSCC及正常组织的OSTC基因表达差异,通过Kaplan-Meier生存分析比较OSTC高表达组、低表达组患者总生存时间和无进展生存时间的差异,分析其表达量与临床特征的关系,并构建预后预测列线图;使用GSEA算法分析OSTC高表达组、低表达组的生物学功能及信号通路富集差异;通过CIBERSORT算法对肿瘤免疫细胞浸润情况进行量化比较,并分析OSTC基因与免疫检查点基因表达量的相关性;通过分析TCIA数据库中的数据评估不同组间的免疫药物的疗效差异,并使用pRRo-phetic包评估其对化疗药物的药物敏感性。结果TIMER2.0数据库分析提示OSTC基因在绝大多数肿瘤组织中呈高表达趋势,且HNSCC组织OSTC表达高于癌旁正常组织。Kaplan-Meier分析显示,OSTC高表达组患者远期生存率下降,低表达组较高表达组预后更好,且HNSCC中OSTC的表达水平与患者的肿瘤分级、临床分期、T分期、N分期明显相关;GSEA分析提示OSTC低表达组患者免疫相关生物学功能及信号通路更活跃;免疫相关分析提示OSTC低表达组对免疫治疗反应更好,而高表达组对化疗更敏感。结论OSTC与HNSCC患者预后密切相关,可作为一个新的生物学标志物来预测HNSCC患者的生存率,对HNSCC患者制定个性化治疗方案有潜在指导意义。     

MYBL2在前列腺癌患者组织中高表达并与不良预后相关

目的 探索骨髓母细胞增生症病毒癌基因同源物样2（MYBL2）基因对前列腺癌（PCa）患者临床预后和生物学行为的影响。方法 采用qRT-PCR检测MYBL2在45例PCa与癌旁前列腺组织的表达水平,根据MYBL2表达中位数,分为高（23例）低（22例）表达,采用非参数检验、Kaplan-Meier、单因素和多因素Cox法,并分析MYBL2高低表达与PCa的临床病理特征及预后相关性,利用癌症基因组图谱（TCGA）基因芯片数据库PCa数据集进行验证。基因集富集分析（GSEA）MYBL2高低表达可能参与调控的分子通路,CIBERSORT算法研究MYBL2与肿瘤免疫微环境的相关性。最后,体内实验中,通过建立阴性对照组（shCtrl）、敲减MYBL2组（sh-MYBL2）用细胞增殖毒性检测试剂盒（CCK8）和Transwell法检测各组细胞增殖和侵袭能力。qRT-PCR和Western blotting检测肿瘤细胞中MYBL2基因和蛋白的表达。在体内实验中,检测2组荷瘤小鼠瘤重和免疫组织化学方法观察荷瘤组织Ki-67的表达水平。结果 两组数据均显示：MYBL2在PCa组织中高表达,与Gleason评分、临床和病理分期正相关（P<0.01）,与年龄无相关性;Kaplan-Meier分析MYBL2高表达与无生化复发生存期显著负相关（P<0.05）,与总生存期无关。Cox回归分析：TCGA数据集中临床和病理分期,我们的数据中临床分期和Gleason评分是PCa无复发生存期的独立预后因素（P<0.05）。GSEA结果显示高表达MYBL2与免疫、细胞粘附、细胞因子等通路有关。CIBERSORT分析：MYBL2表达与B cells memory和Mast cells resting有关（P<0.05）。体外研究显示,与shCtrl组相比,shMYBL2组能显著抑制LNCaP、PC-3细胞增殖和侵袭（P<0.01）。体内研究显示,shMYBL2组PC-3荷瘤小鼠体内肿瘤的平均重和Ki67阳性表达率显著低于shCtrl组（P<0.01）。结论 MYBL2是一种致癌基因,与PCa多个病理指标相关,可以作为潜在的诊疗PCa患者预后的标志物和治疗肿瘤的靶标。     

乙型肝炎病毒相关肝细胞癌关键基因筛选及其与预后关系的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌（HBV-HCC）的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法：从基因表达综合数据库（GEO）中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE121248,通过R软件中的“limma”数据包筛选差异表达基因（DEGs）,采用“clusterProfiler”数据包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络并筛选关键基因。采用基因表达水平值的交互式分析（GEPIA）、Kaplan Meier-Plotter和人类蛋白质图谱（HPA）数据库验证关键基因及其蛋白质表达水平,采用“CIBERSORT”数据包分析免疫细胞的浸润情况。结果：共筛选出574个DEGs,其中上调基因173个,下调基因401个。GO功能富集分析,DEGs主要富集于小分子代谢、信号转导、免疫应答和炎症反应等生物学过程;KEGG通路富集分析,DEGs主要富集于视黄醇代谢、细胞...     

PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术分析PDLIM2对前列腺癌（PCa）预后的影响，并深度挖掘其基因功能。方法利用UCSCXena数据库下载癌症基因组图谱PCa数据，分析并验证PCa组织与癌旁正常组织中PDLIM2表达差异，比较PDLIM高、低表达组患者总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。利用LinkedOmics数据库对PDLIM2共表达基因进行基因本体富集分析，利用相关数据库基因模块分析PDLIM2与肿瘤免疫细胞浸润程度、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫检查点（ICP）基因表达及肿瘤干性评分的相关性。结果与癌旁正常组织相比，PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平较低（P＜0.05），而PDLIM2启动子区域甲基化水平较高（P＜0.05）；且PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与Gleason评分、分子分型均有关（均P＜0.05）。生存分析显示，PDLIM2高表达者PFS明显短于PDLIM2低表达者（P＜0.05）；而PDLIM2高、低表达者OS比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。PDLIM2mRNA表达与TSPAN4、LGALS1、GAS6、GYPC、LYL1等12198个基因均呈正相关（均P＜0.05），与SMARCC1、HOOK1、ZNF24、DNAJC16、FOXA1等7852个基因均呈负相关（均P＜0.05）。与PDLIM2相关的基因主要富集在胶原代谢过程、整合素介导的信号通路、体液免疫反应、白细胞迁移、IFN-γ产生、急性炎症反应、血管生成等生物学过程。PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与肿瘤免疫细胞浸润程度、TMB、MSI、38个ICP基因表达及肿瘤干性评分均呈正相关（均P＜0.05）。结论PDLIM2可能成为评估PCa预后的生物学标志物和肿瘤免疫治疗的新靶点。     

SOX12与肝细胞癌患者不良预后和免疫浸润的相关性研究

目的：通过加权基因共表达网络（weighted gene co?expression network analysis,WGCNA）与最小绝对收缩和选择算法（least absolute shrinkage and selection operator,LASSO）考察转录因子SOX12在肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）发生发展中免疫浸润相关的预后价值。方法：利用基因表达（Gene Expression Omnibus,GEO）和肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库,采用Kaplan?Meier（K?M）生存曲线和单因素、多因素Cox回归分析SOX12基因表达在HCC中的临床价值。利用ESTIMATE和CIBERSORT算法研究SOX12基因表达与肿瘤免疫微环境的相关性。运用WGCNA和LASSO算法建立风险预后模型,进一步评估高低风险组中SOX12基因表达对HCC患病基因突变的影响。结果：在HCC肿瘤组织中,SOX12的表达显著升高,和年龄、性别、肿瘤等级、疾病分期有关,且与患者生存预后显著相关。在风险预后模型中,高风险组比低风险组的总生存率差。风险预后模型具有显著的预后预测效果,其1年、3年和5年的曲线下面积（area under curve,AUC）分别为0.823、0.811和0.824。高SOX12表达组中TP53基因突变比例（40％）明显高于低SOX12表达组（25%）,表明高低风险组中高低SOX12表达影响HCC患病基因突变的频率。结论：SOX12表达与HCC的免疫浸润和患病基因突变相关,提示其可能成为HCC患者预后评估的潜在靶标。     

宫颈癌中免疫相关基因功能鉴定及ceRNA网络的构建

目的：利用生物信息分析技术,寻找宫颈癌中参与调节免疫反应的竞争性内源RNA(ceRNA)调节通路,及鉴定宫颈癌免疫相关基因和信号通路。方法：从GEO数据库和ImmPort数据库分别获取宫颈癌基因表达芯片数据、宫颈癌miRNA表达芯片数据和免疫相关基因群,通过软件预测相关的miRNAs和lncRNAs,并构建ceRNAs网络。将筛选所得的免疫相关基因和miRNA,进行宫颈癌临床样本中的表达分析,同时进行不同病理分期各候选基因表达分析、总体生存期和无病生存期分析。结果：鉴定2个参与宫颈癌组织中的免疫调控作用ceRNA调控通路：CCDC18-AS1—miR-106b-3p—CXCR4和HCG18—miR-193b-3p—TLR2。在宫颈癌组织中,lncRNA CCDC18-AS1对应的CCDC18的表达显著高于对照组织,而lncRNA HCG18的表达显著低于对照组织（P<0.05）;CXCL8和IL18基因的表达显著高于对照组织;而癌组织中TLR2/4的表达显著低于对照组织（P<0.05）。对宫颈癌不同病理分期组织分析发现,早期癌组织中CXCR4的表达高于进展期（P<0....     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

黏附性G蛋白偶联受体F1在胰腺导管腺癌中的表达及其促进癌症进展的机制研究

目的·分析黏附性G蛋白偶联受体F1 (adhesion G protein-coupled receptor F1, ADGRF1)在胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC）发生及发展过程中的表达变化,探究ADGRF1对PDAC细胞增殖的影响以及促进PDAC进展的潜在分子机制。方法·基于癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库和基因表达综合（Gene Expression Omnibus,GEO）数据库分析ADGRF1在正常胰腺组织及PDAC组织中的mRNA水平表达。利用实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR,qPCR)和蛋白质印迹法（Western blotting）检测ADGRF1在正常胰腺导管上皮细胞hTERT-HPNE及多种PDAC细胞中的表达情况。利用免疫组织化学染色（immunohistochemistry staining,IHC）检测PDAC患者的癌组织及癌旁组织中ADGRF1的表达差异。转染小干扰RNA (small interfering R...     

HNF4A在胃癌中的表达及多数据库分析和实验研究

目的 探讨肝细胞核因子4A(HNF4A)在胃癌中的表达、预后及生物学作用，并研究其对胃癌细胞增殖的影响。方法 肿瘤免疫分析2.0(TIMER2.0)和基因表达谱交互式分析(GEPIA2)数据库分析HNF4A在胃癌和正常组织中的表达差异，KM plotter分析HNF4A表达水平与胃癌患者生存率的相关性，TISIDB数据库和R语言4.1.2分析HNF4A是否参与胃癌免疫调节的过程，cBioPortal数据库分析HNF4A在胃癌中的突变情况，GSEA 4.2对HNF4A进行功能富集分析，LinkedOmics数据库预测HNF4A可能调控的基因。实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)、蛋白质印迹法(Western blot)和免疫组织化学(IHC)染色检测HNF4A在胃癌和癌旁组织中的相对表达量，细胞计数试剂盒-8(CCK-8)、5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(EdU)、平板克隆和流式细胞周期检测胃癌细胞的增殖和细胞周期。结果 HNF4A在胃癌组织中表达升高(P<0.05),HNF4A高表达胃癌患者总生存率更差(P<0.001)。HNF4A在胃癌中主要以错义突变为主。免疫细胞浸润发现...     

基于盆腔器官脱垂相关衰老基因的GEO数据库和LASSO回归算法的生物信息学分析

目的：通过生物信息学技术筛选与盆腔器官脱垂（POP）密切相关的衰老基因,并阐明关键基因潜在的临床意义和价值。方法：利用基因表达汇编（GEO）数据库以“pelvicorgan prolapse”为关键词检索下载数据集GSE53868和GSE151188获取POP相关基因。从Aging Atlas数据库、CellAge数据库和人类衰老基因组资源（HAGR）数据库获取衰老相关基因,2组基因取交集得到POP相关衰老的差异表达基因（DEGs）。采用R 4.2. 1软件进行基因富集分析（GSEA）。采用注释可视化和集成发现（DAVID）数据库对DEGs进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用Cytoscape 3.9. 1软件构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络,用cytoHubba插件筛选排名前10位的核心基因（Hub基因）。采用R软件CIBERSORT反卷积法分析22种免疫细胞在POP组和对照组患者中的浸润情况。采用LASSO回归算法进一步筛选关键基因,分析关键基因与免疫细胞浸润的相关性和诊断效能。结果：通过Aging Atlas、CellAg...     

TRIM21与胰腺癌临床病理特征及免疫浸润的相关性分析

目的：探讨三结构域蛋白家族成员21(tripartite motif 21,TRIM21)在胰腺癌中的表达及其与临床病理特征、预后及免疫浸润的关系。方法：应用Oncomine与GEPIA数据库分析TRIM21在胰腺癌中的mRNA表达水平;利用基因富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）预测TRIM21可能参与的信号通路;TIMER数据库分析TRIM21在胰腺癌中的表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性,并通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行验证;免疫组织化学染色（immunohistochemistry,IHC）检测TRIM21在87例胰腺癌组织及36例癌旁组织中的蛋白水平,并分析其与临床病理特征、预后的关系。结果：TRIM21在胰腺癌组织中明显高表达,且与患者无复发生存时间负相关（P=0.041）;GSEA分析证实TRIM21参与胰腺癌患者免疫相关信号通路;TIMER数据库分析显示胰腺癌中TRIM21表达水平与B细胞（P=7.87e-06）、CD8+T细胞（P=1.18e-04）、巨噬细胞（P=1.43e-02）、中性粒细胞（P=2...     

乳腺癌组织中Dab1 蛋白表达 及其临床相关性研究

目的 探讨Disabled-1（Dab1）在乳腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法 采用免疫组织 化学检测50 例乳腺癌组织和相应癌旁正常组织中Dab1 表达水平,并分析其表达与患者临床病理特征的关系; 通过Oncomine 数据库分析Dab1 mRNA 在乳腺癌中的表达情况;下载GEO 数据库中乳腺癌基因表达数据, 采用Kaplan-Meier 法分析Dab1 的表达水平与乳腺癌患者预后的关系。结果 乳腺癌组织中Dab1 阳性表达率 48.00%（24/50）,癌旁组织中Dab1 的阳性表达率为82.00%（42/50）,两者阳性率的差异有统计学意义（χ2=100.00, P =0.000）;Dab1 蛋白表达与乳腺癌患者的年龄、月经状态、肿瘤大小、病理类型无关（P >0.05）,但与患者的 肿瘤分化程度、TNM 分期、淋巴结转移有关（P <0.05）。结论 Dab1 蛋白在乳腺癌组织中表达降低,且与患者 的肿瘤分化程度、TNM 分期、淋巴结转移有关。     

加权基因共表达网络分析联合免疫浸润分析筛选肝癌关键基因

目的：通过生物信息学方法筛选肝细胞癌中免疫细胞浸润相关的关键基因,为肝癌免疫治疗提供新的思路。方法：从GEO数据库中下载GSE15765肝癌组织的基因表达数据,应用ImmuCellAI数据库对下载的肝癌表达数据进行免疫浸润分析,得到各个肝癌组织中的免疫细胞的浸润评分;在R语言中使用WGCNA包对肝癌表达数据构建加权基因共表达网络,筛选与免疫细胞浸润相关的共表达网络基因模块,挑选相关模块中的枢纽基因(hub gene)。利用Metascape数据库对枢纽基因进行功能富集分析。STRING数据库联合Cytoscape软件用于获取连结度最高的前10个基因,并通过Kaplan-Meier Plotter网站绘制关键基因在肝癌患者中的生存曲线图。结果：R中使用WGCNA分析GEO下载的70例肝细胞癌数据,共得到10个基因模块。分析ImmuCellAI得到的免疫浸润评分与各个基因模块的相关性,并绘制热图;其中,褐色模块和肝癌组织巨噬细胞浸润有着较高的相关性(P<0.001,cor=0.79),筛选模块内免疫相关的枢纽基因共得到72个。功能富集分析显示枢纽基因主要涉及白细胞激活、淋巴细胞激活、...     

DNA损伤修复基因FANCI与肝癌预后和免疫浸润相关性

【目的】探究DNA损伤修复基因FANCI在肝癌中的表达水平,及其与预后、临床分期、免疫浸润的关系。【方法】在本研究中,使用TCGA、GTEx、TIMER2.0及qRT-PCR法、蛋白质印迹法和免疫组织化学法研究FANCI在肝癌中的表达及其与不同临床分期之间的相关性;使用Kaplan-Meier Plotter数据库分析FANCI与肝癌预后的关系;使用TISIDB数据库探索FANCI与肝癌免疫细胞浸润及免疫检查点的关系;使用STRING数据库探索FANCI相结合的蛋白;使用TCGA及GTEx数据库进行GO及KEGG富集分析;通过细胞实验探索了FANCI在肝癌中的作用。【结果】与正常组织相比,肝癌组织FANCI的mRNA和蛋白表达水平上调（P<0.001）;高表达FANCI的肝癌患者预后较差（P<0.001）;肝癌组织中FANCI的表达与组织活化的CD4+T细胞数目、Th2细胞数目及免疫检查点基因的表达呈正相关,且FANCI高表达组的B细胞及巨噬细胞浸润水平明显较低（P<0.01）;GO及KEGG富集分析显示FANCI相关基因富集在氨基酸跨膜转运体活性等多种生物过程中;细...     

细胞焦亡分型和APOD预测胃癌患者预后作用的生物信息学分析

目的：寻找胃癌（GC）患者的预后标志物,实现GC的早诊早治,为提高GC患者的生存率提供依据。方法：从癌症基因图谱（TCGA）数据库和GSE84437数据集下载407和433例GC患者的临床数据和转录组数据并合并,根据细胞焦亡相关基因的表达水平和ConsensusClusterPlus数据包对GC组织样本进行聚类分型,分为A分型（342例）和B分型（465例）,将GC患者按照载脂蛋白D (APOD)水平分为低表达组和高表达组。采用survminer数据包比较不同分型患者预后的差异,采用ssGSEA算法比较不同分型患者免疫浸润的差异,采用Lasso回归和Cox回归构建GC患者预后风险模型,对模型基因进行临床性状过滤,采用公共数据库分析APOD在癌旁正常组织和GC组织中表达水平的差异,采用基因富集分析（GSEA）分析APOD的京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集情况,采用CIBERSORT算法评估免疫细胞含量并分析其与APOD表达的相关性,采用在线网站分析APOD的药物敏感性。结果：2种细胞焦亡分型患者预后比较差异有统计学意义（P=0.002）;A分型患者中22种免疫细胞含量均高...     

基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因,分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据,癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析,DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因,GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。结果：共筛选DEGs 428个。GO分析,LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。KEGG分析,...