基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的"化合物—靶点—通路"网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。     

六味调更汤治疗更年期Ⅱ型糖尿病的网络药理学机制研究

目的采用网络药理学的方法对六味调更汤治疗更年期Ⅱ型糖尿病的分子作用机制进行研究。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),收集六味调更汤的活性成分,搜寻潜在靶点,借助STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),使用Cytoscape 3.6.0软件筛选出关键靶点。用DAVID平台对关键靶基因进行GO生物过程富集,分析靶点的KEGG信号通路及相关的疾病富集。利用NCBI平台查找疾病靶标,最后使用Cytoscape 3.6.0软件对成分靶标和疾病靶标进行网络拓扑学分析。结果研究得到齐敦果酸、beta-谷甾醇、檞皮素等206个主要活性成分,其中活性成分度值较高的为β-谷甾醇、山奈酚及槲皮素等39个关键靶标,其与733个更年期Ⅱ型糖尿病靶标交集后得23个交集靶标。通过基因功能富集平台DAVID分析信号通路,得到雌激素信号转导通路(Estrogen signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等关键通路。结论六味调更汤中的活性成分主要通过CASP8、ESR1、Akt1等靶标作用于PI3K-Akt信号通路和雌激素信号转导通路达到对更年期Ⅱ型糖尿病的治疗作用。     

基于网络药理学探讨补阳还五汤抗动脉粥样硬化的作用机制

目的:利用网络药理学探讨补阳还五汤抗动脉粥样硬化的作用机制.方法:通过TCMSP数据库检索中药成分、靶点,利用SwissTargetPrediction、PubChem 2个在线网站预测中药成分靶点;通过OMIM、DisGeNE、TTD、DrugBank 4个数据库检索动脉粥样硬化靶点;以VENN图展现补阳还五汤靶点与动脉粥样硬化靶点的交集;利用STRING网站构建PPI网络,筛选出关键靶点;通过Cytoscape3.6.0软件筛选出补阳还五汤主要成分;利用DAVID6.8网站对交集靶点精细GO功能分析和KEGG通路富集分析.结果:补阳还五汤靶点与动脉粥样硬化靶点的交集靶点有94个,补阳还五汤活性成分62个,补阳还五汤关键成分3个.GO分析结果显示,补阳还五汤治疗动脉粥样硬化潜在生物学过程有炎症反应、药物反应等43个.KEGG通路富集分析结果显示,补阳还五汤抗动脉粥样硬化通路主要涉及到Toll样受体信号通路、T细胞受体信号传导途径、核转录因子-kappaB (NF-KB)信号通路等.结论:补阳还五汤主要通过红花、黄芪所含有的3个关键成分槲皮素、木犀草素和山奈酚,以及Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、T细胞受体信号通路发挥抗炎症反应机制,达到抗动脉粥样硬化的作用.     

基于网络药理学和动物实验探讨葛根芩连汤治疗2型糖尿病的作用

目的 基于网络药理学和动物实验探讨葛根芩连汤治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法 利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)对葛根芩连汤有效成分进行筛选及靶点预测，GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库获得T2DM相关疾病靶标基因，Cytoscape技术整合药物与疾病的交集靶点基因，建立蛋白质相互作用(PPI)网络，R语言进行GO功能、KEGG通路富集分析。通过动物实验验证葛根芩连汤治疗T2DM的作用机制。结果 获得活性化合物140个，有效靶点212个。葛根芩连汤治疗T2DM涉及靶点204个，涉及炎症TNF信号通路等119条信号通路。与模型组比较，葛根芩连汤可降低T2DM小鼠体质量、空腹血糖、空腹胰岛素、HOMA-IR、TNF-α及IL-17水平(P<0.05),改善肝细胞形态，减少脂质空泡数目，减轻淋巴细胞浸润及脂质沉积，降低肝组织TNF-α、NF-κB蛋白表达(P<0.05)。结论 葛根芩连汤治疗T2DM具有多成分、多靶点特性，可能通过TNF-α信号通路抑制炎症反应来发挥降糖疗效。     

基于网络药理学和分子对接探讨升陷汤治疗重症肌无力的作用机制

目的 通过计算机网络药理学及分子对接技术，预测升陷汤治疗重症肌无力的药效基础和核心靶点并通过动物实验进一步验证已明确其作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选升陷汤的活性成分和潜在靶点，利用GeneCards等数据库筛选疾病相关的靶点；将药物与疾病靶点互相映射取交集；结合STRING数据库和Cytoscape 3.8.2对交集靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；运用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图；运用AutoDock和PyMOL软件对中药的关键活性成分与Hub gene进行分子对接验证，最后采用Rα97-116肽段主动免疫造模法，成功构建实验性自身免疫性重症肌无力（EAMG）大鼠模型后将分子对接验证得到的核心靶点进行动物实验验证。结果 共获得655个疾病靶点，118个药物活性成分，21个药物与疾病交集靶点，3个Hub gene；GO富集发现主要涉及活性氧代谢过程的调节、蛋白质转运的正调控、建立蛋白定位的正调控等生物功能；经过KEGG通路富集分析，其主要涉及Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、T细胞受体等信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与Akt1结合能最低且稳定，并通过氨基酸残基LYS-30发生相互作用。蛋白免疫印迹法（Western blot）分析结果显示，升陷汤能显著抑制EAMG大鼠脾脏内磷酸化（p）-Akt蛋白的表达。结论 该研究初步揭示了升陷汤治疗MG的药理机制可能是主要化学成分通过调节关键核心蛋白Akt的表达，进而可能参与并影响PI3K/Akt等信号通路来实现的，为进一步深入研究奠定了理论基础及实验依据。     

黄连-葛根药对治疗2型糖尿病的网络药理学研究

目的:运用网络药理学研究方法对黄连-葛根药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制进行分析。方法:采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)筛选出黄连-葛根(Coptis Chinensis-Pueraria Lobata, C-P)药对的有效活性成分及作用靶点蛋白,再使用Unipro数据库将筛选出的靶点蛋白转换为基因名,通过GeneCards数据库收集T2DM疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩(Venn)分析,寻找交集靶点,用交集靶点与对应活性成分构建活性成分-靶点相互作用网络,并对交集基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:研究得到13个作用于T2DM疾病靶点的活性成分和146个作用靶点,GO功能富集分析确定了284个条目,KEGG通路分析共发现77条作用通路。结论:本研究结果初步探讨了C-P药对治疗T2MD的基本药理作用及其机制,并为进一步的试验研究奠定了良好的基础。     

基于多种网络药理平台探讨小陷胸汤治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨小陷胸汤治疗高血压的作用机制。方法：通过SymMap、TCMSP、DrugBank 3个数据库获得小陷胸汤的有效成分及其靶点；并与TCMSP、TCMIP、DrugBank 3个数据库收集的高血压的靶点进行比对，获得小陷胸汤作用于高血压的靶点。运用David数据库对小陷胸汤和高血压共同作用靶点蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析；运用STRING数据库得到小陷胸汤作用于高血压的PPI网络；运用Cytoscape对PPI网络进行拓扑分析得到关键靶点。结果：小陷胸汤作用于高血压的有效成分有33个，相关靶点48个，关键靶点基因14个。GO富集分析显示，小陷胸汤治疗高血压的生物过程显著富集在对非生物刺激的反应、毒蕈碱型乙酰胆碱受体信号通路、系统过程的调节、第二信使介导的信号、细胞增殖等；细胞组分主要富集在轴突、质膜部分、不对称突触、神经末梢、神经元投射、突触后膜、细胞外基质等；分子功能主要富集在胺受体活性、肾上腺素受体活性、毒蕈碱乙酰胆碱受体活性、G蛋白偶联的乙酰胆碱受体活性、α-肾上腺素受体活性等；KEGG通路富集显示小陷胸汤治疗高血压影响的通路主要有神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、血管平滑肌收缩、肌动蛋白细胞骨架的调节、色氨酸代谢等。结论：小陷胸汤治疗高血压的机制可能是通过小陷胸汤黄连的成分槲皮素、小檗碱、R-氢化小檗碱，半夏的成分卡文定碱、豆甾醇、松柏苷和瓜蒌的成分菠菜甾醇等达到抗炎抗氧化应激，改善内皮功能等作用，通过调节相关靶蛋白的基因表达，调控血管组织重构与细胞外基质代谢，减轻炎性反应，参与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、血管平滑肌收缩等通路来降低血压。     

基于网络药理学的黄精-党参联合治疗2型糖尿病作用机制研究

目的探讨黄精-党参联合治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄精-党参的化学成分和作用靶点,通过GenCards数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的黄精-党参的化学成分作用靶点基因名,R软件提取药物靶点和疾病靶点交集,Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点网络、STRING在线软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,最后通过R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含23个化合物和相应靶点76个,PPI网络包含76个蛋白,关键蛋白涉及AKT1、MAPK1、JUN、IL6、MAPK14等,GO功能富集分析得到GO条目95个(P0.05),KEGG通路富集筛选得到144条信号通路(P0.05),涉及PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。结论黄精-党参中的活性成分主要通过协调炎症信号通路、胰岛素相关通路、抗氧化相关信号通路等协同治疗T2DM。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于网络药理学探讨消痛汤治疗痛风的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨消痛汤治疗痛风的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)、SwissTarget Prediction数据库和Uniprot数据库获取并筛选消痛汤活性成分及靶点。通过Genecard数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、DrugBank数据库收集痛风的相关基因。将所得到的消痛汤的药物靶点与痛风相关靶点进行映射,得到交集基因后,通过Cytoscape 3.8.0软件构建"成分-靶点"网络,通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R 4.0.2软件对消痛汤治疗痛风的交集靶点进行基因本体论(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:获得药物-疾病交集基因146个。通过拓扑分析和CytoNCA分析筛选出槲皮素、山柰酚、木樨草素等关键活性成分15个,IL1B、IL6、TNF等12个核心基因。通过GO分类富集分析确定了2319个条目,其中涉及生物过程的2 160条,涉及细胞组分的有44条,涉及分子功能的有114条。通过KEGG通路富集分析,找到了112条信号通路。结论:消痛汤中的关键成分可能为槲皮素、山柰酚、木樨草素等活性物质,主要作用于IL1B、IL6、TNF等靶点,并推断可能通过调控IL-17信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等发挥治疗痛风的作用。     

基于网络药理学探讨党参治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨党参治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)及OMIM、TTD、Drugbank等网络数据库分别获取药物有效成分、活性靶点、疾病靶点,并取药物成分和疾病的交集靶点,构建药物活性成分与关键靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:得到药效活性成分21种,药物靶点108个,T2DM靶点2402个,两者匹配映射得到关键靶点28个。党参治疗T2DM的主要成分为木樨草素、7-甲氧基-2-甲基-异黄酮、豆甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、过氧化物酶体增殖物激活受体r(PPARG)等,关键的生物学进程包括药物反应、葡萄糖稳态;关键通路为PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、FoxO信号通路、胰岛素抵抗。结论:党参治疗T2DM具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐的作用机制

目的:运用网络药理学探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐机制。方法:通过药物作用靶点数据库(TTD),Drugbank数据库和Dis Ge NET数据库收集化疗性恶心呕吐的靶点,经Uniprot数据库对靶点基因进行标准化;在中药系统药理学数据库与分析平台数据库(TCMSP)中按口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.14条件并结合文献研究筛选出半夏、生姜的有效成分,通过Pub Chem数据库,ALOGPS2.1数据库和Swiss Target Prediction数据库收集半夏、生姜靶点并经Uniprot数据库标准化;通过DRAR-CPI数据库对重要成分6-姜酚进行分子反向对接;通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过Cytoscape3.2.1软件绘制关系图并进行网络拓扑参数分析;通过Image GP工具绘制GO和KEGG气泡图。结果:获得化疗性恶心呕吐148个靶点,小半夏汤27个有效成分,其中22个与化疗性恶心呕吐相关,38个防治靶点,GO分析67个生物学过程,11个细胞组分,18个分子功能,21条KEGG通路,包括环腺苷酸(c AMP)信号通路、钙离子信号通路及Rap1信号通路等。结论:基于网络药理学对化疗性恶心呕吐、小半夏汤进行分析,为探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐机制提供思路。     

基于网络药理学的人参、黄连“药对”治疗2型糖尿病作用机制研究

目的筛选人参、黄连药对主要活性成分,预测其活性成分的作用靶点,建立药物—活性成分—作用靶点网络,探讨人参、黄连药对治疗2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)的作用机制。方法使用TCMID、TCMSP平台筛选人参、黄连药对化学成分,并应用STITCH及DrugBank数据库检索活性成分靶点。应用TTD、DrugBank、GAD和DisGeNET数据库,筛选T2DM相关靶点。采用Cytoscape软件构建药对活性成分—作用靶点网络,通过David数据库对靶点进行生物学功能及通路富集分析。结果筛选得到人参、黄连药对潜在活性成分46个,人参相关靶点144个,黄连相关靶点246个,收集到350个T2DM相关靶点。相匹配后,得到42个人参、黄连药对治疗T2DM潜在靶点,其中,槲皮素(quercetin)、黄连素(berberine)、山奈酚(kaempferol)、花生四烯酸(arachidonate acid)、阿魏酸(ferulic acid)、豆甾醇(Stigmasterol)等6个成分能与3个及以上的关键靶点基因相连,可能是人参、黄连中治疗2型糖尿病的重要成分。结论人参、黄连药对靶点和药物代谢、胰岛素抵抗、炎症反应相关,并且参与了AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路以及胰高血糖素信号通路,这些生物过程和信号通路可能是人参、黄连药对治疗T2DM的潜在机制。     

基于网络药理学和分子对接的当归六黄汤治疗围绝经期综合征作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗围绝经期综合征（PMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索当归六黄汤的活性成分和相应的靶点。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与PMS相关的靶点,并得到当归六黄汤与PMS的交集靶点。构建当归六黄汤活性成分-交集靶点相互作用网络。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,筛选核心靶点。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定关键活性成分与核心靶点相互作用的分子基础。结果 共获取当归六黄汤112个活性成分,经筛选得到5个关键活性成分,分别为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇,主要发挥抗炎和雌激素样作用。获取当归六黄汤与PMS的交集靶点52个,经筛选得到5个核心靶点,分别是白细胞介素-6（IL-6）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、IL-1B和糖皮质激素受体基因亚科3 C组成员1（NR3C1）,主要参与炎症反应和激素调节。KEGG富集分析显示,当归六黄汤治疗PMS主要通过化学致癌-受体激活、脂质和动脉粥样硬化、癌症、神经活性配体-受体相互作用、流体剪切应力和动脉粥样硬化、5-羟色胺能突触、雌激素信号通路、突触小泡循环、腺苷酸依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路等发挥作用。分子对接结果验证了当归六黄汤的关键活性成分可以与核心靶点蛋白形成稳定的对接模型。结论 基于网络药理学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗PMS的关键活性成分、核心靶点和主要信号通路,为当归六黄汤治疗PMS提供了参考。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS及网络药理学探讨麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制

目的 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探讨麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制。方法 通过UPLC-Q-TOF-MS/MS技术及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选麻杏止哮颗粒的活性成分和相关靶点;利用Disgenet、Genecards数据库检索哮喘疾病靶点,利用韦恩图绘制平台获取共有靶点,并将信息导入Cytoscope3.9.1软件和STRING在线分析平台,进行网络拓扑学分析,构建药物关键活性成分-关键靶点网络和药物-有效成分-核心靶点网络;基于核心靶点通过DAVID数据库进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。结果 结合质谱分析与数据库筛选得到药物活性成分24个,药物靶点147个,疾病靶点1483个,共同靶点106个,关键活性成分23个;经蛋白质相互作用分析及网络拓扑分析后,获取核心靶点10个,分别是肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、细胞肿瘤抗原p53、白细胞介素-1β、血管内皮生长因子A、表皮生长因子受体、分裂原活化蛋白激酶3、半胱氨酸蛋白酶3、基质金属蛋白酶9、纤连蛋白1,药物有效成分5个,包括槲皮素、异鼠李素、汉黄芩素、柚皮素、儿茶素;GO富集到基因功能69个,KEGG富集到基因通路70条,分析结果表明,麻杏止哮颗粒治疗哮喘的作用机制是通过调节晚期糖基化终末化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路在糖尿病并发症中的作用、分裂原活化蛋白激酶信号通路、白细胞介素-17信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、人类巨细胞病毒感染通路等来发挥治疗哮喘的作用。结论 初步揭示了麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制,为麻杏止哮颗粒药效物质基础研究奠定基础,为质量控制提供参考依据。     

龙眼叶治疗2型糖尿病的网络药理学研究及实验验证

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探讨龙眼叶治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制，并通过体外实验进行初步验证。方法 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）并结合化源网数据库和相关药理活性文献筛选出龙眼叶的活性成分；通过Swiss TargetPrediction网站在线分析筛选活性成分的靶点。利用OMIM、GeneCards、DrugBank三个数据库获取T2DM的相关靶点，进而利用韦恩（VENNY）2.1筛选出活性成分与T2DM的交集靶点；然后将其导入STRING数据库以进行蛋白质互作网络（PPI）网络构建；采用Cytoscape v3.8.0软件构建“中药-化学成分-关键靶基因-疾病”网络图；通过DAVID数据库对交集靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析，GraphPad Prism 8.3软件将其可视化；运用SYBYL-X 2.0和Discovery Studio 4.5 软件对龙眼叶排名靠前的活性成分和关键靶点进行分子对接，验证其生物活性。验证实验以人肝癌细胞（HepG2）作为研究对象，高糖诱导胰岛素抵抗HepG2细胞模型，CCK8法检测细胞增殖抑制率，蛋白印迹（Western blot）检测磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B（PI3K-AKT）信号通路相关蛋白的表达情况。结果 共筛选出龙眼叶有16个活性成分，活性成分和疾病的交集靶点共96个，网络拓扑分析筛选出关键靶点16个。生物学过程包括凋亡过程的负调控、细胞质膜、酶结合等。龙眼叶在改善T2DM主要作用于HIF-1信号通路、胰岛素抵抗信号通路、PI3K-AKT信号通路等。分子对接显示山柰酚和EGFR、槲皮素和PTGS2、木犀草素和PIK3R1有比较强的结合活性。细胞实验结果表明龙眼叶提取物可以上调IR模型HepG2细胞AKT-1、p-AKT-1、p-PI3Kp85蛋白表达。结论 龙眼叶抗T2DM的作用机制可能与PI3K-AKT、HIF-1、胰岛素抵抗等信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术，探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎（rheumatoid arthritis,RA）的作用机制。方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点，采用Cytoscape 3.7.1软件绘制“化学成分-靶点-RA”网络图，采用String和DAVID数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）、基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析，使用Chemdraw、PyMOL、AutoDock Tools软件以及RCSB PDB数据库对活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出11个巴戟天活性成分和37个关键靶点，GO功能和KEGG通路富集分析显示巴戟天可能通过信号转导、RNA聚合酶II启动子的转录起始、蛋白质结合、三磷酸腺苷（adenosine triphosphate,ATP）结合等生物...     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制探析

目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。     

淫羊藿治疗类风湿关节炎作用机制的网络药理学分析

目的运用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库收集淫羊藿的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库获取RA相关疾病靶点。取淫羊藿活性成分靶点与RA疾病靶点的交集基因(共同靶点),作为淫羊藿对RA作用的潜在关键靶点基因。将交集基因上传至String数据库,构建淫羊藿活性成分与RA疾病的共同靶点蛋白互作(PPI)网络,并根据其度值筛选出核心靶点。借助DAVID分析平台对共同靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得淫羊藿活性成分23个,共同靶蛋白即关键靶标72个。重要活性成分包括槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、山萘酚(Kaempferol)等;核心靶点包括白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)等;KEGG主要通路富集在肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、促乳素(Prolactin)信号通路、甲状腺激素(Thyroid hormone)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论淫羊藿可能主要通过多成分、多靶点、多通路,从调节炎症、免疫等多方面发挥对类风湿关节炎的治疗作用。     

基于网络药理学探析参桃软肝丸治疗肝细胞癌的机制＊

目的 利用网络药理学探析参桃软肝丸治疗肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的机制。方法 从中药系统药理学分析平台收集组方药物的活性成分及靶点，与Genecards网站收集的HCC靶点取交集后，筛选出参桃软肝丸治疗HCC的潜在靶点，进而绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析其关键成分，构建靶蛋白互作网络并分析其关键靶点，并进行基因本体分子功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析，最后通过分子对接探讨关键成分与关键靶点的相互作用。结果 参桃软肝丸治疗HCC的关键成分或为槲皮素、木犀草素、山奈酚，关键靶点或为蛋白激酶B、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3、血管内皮生长因子A、V-Jun肉瘤病毒癌基因同源物、V-MYC骨髓细胞瘤病毒癌基因同源物，其作用机制或与乙型肝炎、丙型肝炎、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、p53信号通路、癌症中微小RNA、细胞程序性死亡配体1表达和细胞程序性死亡蛋白1检查点途径、细胞凋亡、低氧诱导因子-1信号通路、白介素-17信号通路、叉头框转录因子O信号通路有关。分子对接表明AKT1蛋白与木犀草素结合能力最强。结论 本文表明参桃软肝丸治疗HCC多靶点、多通路的作用机制，可为今后阐明参桃软肝丸治疗HCC的具体机制提供思路。