乙醇肝损伤小鼠肝脏的基因表达谱研究

 目的研究乙醇肝损伤小鼠肝组织的基因表达谱,筛选乙醇肝损伤相关基因,并探讨其肝损伤机制。方法①将实验小鼠分为正常对照组与乙醇肝损伤组,分别提取2组小鼠肝脏mRNA,经反转录后分别用Cy3,Cy5荧光标记,获得2组动物来源的cDNA探针;②cDNA探针与联合基因公司BiostarM-141S小鼠基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用统计软件进行分析。结果与正常对照组相比,乙醇肝损伤组有117条基因发生差异性表达(0.83%),其中46条基因表达上调,另外71条基因表达下调。结论利用表达谱芯片结合实验动物模型能大规模、高通量地研究乙醇肝损伤相关基因,对进一步阐明乙醇对肝脏的损伤机制具有重要的意义。     

利血平脾虚证模型海马基因表达谱变化的研究

目的　应用基因芯片技术研究利血平脾虚证大鼠模型海马基因表达谱的变化。方法　雌性Wistar大鼠 3 0只 ,按体质量均衡随机分为实验组和对照组 ,实验组用利血平注射液背部皮下注射 ,造模第 1～ 9天 0 .15mg/ (kg·d) ,第 10～ 12天 0 .2 5mg/ (kg·d) ,第 13天 0 .5mg/(kg·d)。对照组同法注射同量注射用水。两组均第 14天处死 ,取海马 ,提取总RNA ,逆转录为cDNA ,用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记两组大鼠海马组织的cDNA ,制成探针以备检测。选用 2张BioDoorChip 40 96基因表达谱芯片 ,将探针与芯片杂交 ,计算机扫描后 ,用GenePixPro3 .0软件进行分析。结果　筛选出 2张芯片上 40 96条靶基因中 ,与脾虚证模型基因差异表达一致的基因 51条 ,占检测基因的 1.2 5% ,其中表达下调的基因 3 7条 ,已知基因 8条 ;表达上调的基因 14条 ,已知基因6条。模型大鼠海马的基因表达改变涉及免疫、炎症反应、蛋白聚糖、细胞骨架、离子通道、信号传导等多方面。结论脾虚证实质涉及海马的基因表达谱改变 ,但与大脑皮质比较基因表达改变少     

基因表达谱芯片与中医寒证的7类相关基因

目的：用基因芯片的前沿方法筛选寒证服用热药有疗效者的基因表达谱，探索寒证所涉及的相关基因类别。方法：精选典型寒证病例，对其治疗有明显疗效者，在治疗前后分别采外周血，提取血液中的mRNA，再逆转录为cDNA以备检测。采用2035条人的靶基因cDNA制备成基因表达谱芯片。用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记治疗前与治疗后cDNA，用其制备成探针与表达谱芯片进行杂交，通过计算机扫描后获得分子生物学信息，并进行数据分析。结果：初步筛选出了差异表达基因59条，涉及到与能量代谢、糖代谢、脂类代谢、蛋白质代谢、核酸代谢、免疫和内分泌等7类基因，并举例说明。结论：以疗效为科研起点，可将基因芯片切人寒证的整体辨证研究。     

用基因芯片筛选针刺衰老大鼠涌泉穴的318个差异基因初报

目的：应用基因芯片研究针刺涌泉穴对D－半乳糖所致衰老大鼠基因表达的影响。方法：将成年健康大鼠机分为模型组与针刺组，两组每日皮下注射10％D－半乳糖0.5ml造模，造模的同时针刺组予以针刺涌泉穴，7周后处死，并摘取肝脏提取mRNA，作逆转录为cDNA以备检测，随机选用2305条大鼠cDNA制备成表达谱芯片，用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记两组大鼠肝组织的cDNA，制备成探针与表达谱芯片进行杂交，通过计算机扫描后进行数据分析，初步筛选出了差异表达基因318条，其中表达上调的有137条，表达下调的有181条，并对其中差异最为显著的55条作了初步分析。结果：针刺涌泉穴对衰老大的基因表达的影响涉及免疫、生长发育，基础代谢和细胞骨架运动等多个方面，这从基因水平明显了针刺治疗是一整体调节作用。结论：应用基因芯片技术能够同时半定量的研究数千条基因的表达状态，可以从微观基因水平研究针刺的整体机理，并判定其分子疗效，进而提高中医的科研水平。     

芪莲茅根汤含药血清对大鼠肾小球系膜细胞凋亡相关基因表达谱的影响

目的利用cDNA基因表达谱芯片观察芪茅莲根汤含药血清干预后的大鼠肾小球系膜细胞基因表达水平的变化,通过诱导肾小球系膜细胞凋亡相关基因的表达谱变化,探讨其在凋亡信号转导途径中的机制。方法建立大鼠肾小球系膜细胞培养体系,用Trizol一步法、抽提法分别从正常对照组、含药血清组的大鼠肾小球系膜细胞中抽提mRNA,经逆转录后合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与含有11260个cDNA基因的大鼠12K基因表达谱芯片杂交,将图像导入分析软件Imagene进行图像分析,数据导入分析软件Genespring进行标准化处理,计算ratio值(两种荧光Cy3、Cy5的比值)。分析正常对照组、含药血清组之间差异表达的基因,对所获得的基因进行生物信息学分析。结果含药血清组与正常对照组中差异表达上调的基因147条、下调的168条;涉及参与细胞凋亡发生以及能量代谢、蛋白合成、信号转导和激活因子。与细胞凋亡相关的差异表达基因37条,占芯片基因总数的0.3286%,其中表达上调的21条(平均Ratio值为3.975),下调的16条(平均Ratio值为0.402);生物信息学分析表明,Bcl-2、Bak1、Caspase9、Timp1、Cdk5、Pdgfra、Igfbp5、Irf1等在芪莲茅根汤含药血清诱导大鼠肾脏系膜细胞凋亡的调控中发挥了重要作用。结论芪茅莲根汤含药血清诱导肾小球系膜细胞调亡涉及多个基因,通过细胞内、外信号传导途径共同调节完成,从而调控肾小球系膜细胞的增殖。     

黄芩苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响

目的 :研究黄芩苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响 ,探索黄芩苷治疗脑缺血的药理作用机制。方法 :分别从假手术组、局灶性脑缺血组、黄芩苷治疗组SD大鼠的脑组织中抽提总RNA ,Cy3 ,Cy5荧光标记 ,反转录分别合成cDNA探针后 ,与含有 4096条大鼠基因的BioStar基因表达谱芯片杂交 ,AxonGenepix 40 0 0B扫描仪扫描 ,GenePixPro 3 .0软件分析表达信号。结果 :大鼠局灶性脑缺血组差异表达的基因有 211条 ,其中 12条基因上调 ,199条基因下调。黄芩苷治疗后差异表达的基因有 177条 ,其中有 89条基因上调 ,而 88条基因下调。进一步分析发现 ,1个在模型组下调的基因经黄芩苷治疗后上调 ,3个在模型组上调的基因经黄芩苷治疗后下调 ,3个在模型组上调的基因经黄芩苷治疗后表达进一步增强。结论 :在基因组水平上黄芩苷可能通过多基因 ,多途径调节大鼠脑缺血基因表达谱而发挥药理作用。     

人参多糖对K562细胞基因表达谱的影响

目的利用基因表达谱芯片研究人参多糖对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响。方法人参多糖处理K562细胞48 h后,分别提取给药组和对照组K562细胞总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用2种不同的荧光染料Cy3和Cy5进行线性扩增标记,与Illumina全基因组表达谱基因芯片杂交,采用生物信息学方法分析人参多糖处理后K562细胞基因表达谱的改变。结果共发现差异基因306个,其中上调基因220个,下调基因86个,并对其进行生物学功能分类。结论诱导肿瘤细胞分化是多基因作用的综合结果,筛选的基因对研究肿瘤发生、发展与逆转分化,以及寻找潜在的抗肿瘤药物作用靶点可能有意义。     

栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响

目的 研究栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响,探索栀子苷治疗脑缺血的药理作用机制．方法 分别从局灶性脑缺血组、栀子苷治疗组SD大鼠的脑组织中抽提总RNA,Cy3、Cy5荧光标记,反转录分别合成cDNA探针后,与含有4096条大鼠基因的BioStar基因表达谱芯片杂交,Axon Genepix 4000B扫描仪扫描,GenePixPro 3．0软件分析表达信号。结果 栀子苷治疗后差异表达的基因有70条,其中有68条基因上调,2条基因下调．结论 栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达具有调控作用,从分子水平阐释了中药清开灵注射液成分栀子苷的药理作用机制。     

甘肃黄芪对多柔比星心肌病大鼠心肌组织部分基因表达的影响

 目的比较正常大鼠和多柔比星心肌病大鼠心肌组织部分基因表达谱的差异,探讨甘肃黄芪对上述基因表达谱的影响。方法30只Wistar大鼠随机分3组:对照组即生理盐水组(n=10),多柔比星组(n=10)和黄芪+多柔比星组(n=10)。分别从3组心肌组织中抽提总RNA,用Cy3,Cy5荧光标记,经逆转录合成动物来源的cDNA探针;cDNA探针与4000点基因表达谱芯片杂交,结果由软件分析表达信号。结果共有923条基因出现差异表达,其中586条基因表达下调,337条基因表达上调。凋亡相关基因表达在多柔比星心肌病时上调;氧化和能量代谢相关基因的表达在多柔比星心肌病时下调。6个在多柔比星组上调的基因在黄芪+多柔比星组下调,8个在多柔比星组下调的基因在黄芪+多柔比星组上调,3个在多柔比星组上调的基因在黄芪+多柔比星组表达进一步增强。结论凋亡和能量代谢障碍及免疫因素在多柔比星心肌病的发病机制中参与作用,甘肃黄芪对多柔比星诱导的心肌病大鼠的心脏保护作用是通过多基因多途径调节相关基因表达而实现的。     

金龙蛇颗粒对原位移植人MKN-45胃癌组织基因表达谱的影响

目的:利用基因表达谱芯片研究金龙蛇颗粒对MKN-45胃癌的分子机制。方法:抽提经金龙蛇颗粒治疗的裸鼠原位移植人MKN-45胃癌组织和生理盐水阴性对照的瘤组织总RNA并纯化mRNA,分别逆转录并进行荧光标记,制作成cDNA探针,与包含4096个人类基因的cDNA表达谱芯片进行杂交,筛选出两组间差异表达基因。结果:在mRNA水平上,筛选出包括与DNA结合、转录和转录因子、蛋白翻译、细胞周期等相关表达差异的基因共341条,其中44条(比值>2)表达上调(占12.9%),297条(比值<0.5)表达下调(占87.1%)。结论:金龙蛇颗粒可引起MKN-45胃癌组织一系列基因表达的改变,金龙蛇颗粒抗胃癌的基因途径可能是多环节、多层次的结果。     

丹参功能基因组学研究Ⅱ——丹参毛状根不同时期基因表达谱分析

目的：研究丹参毛状根不同时期的基因表达谱,发掘丹参功能基因。方法：通过比较不同时期丹参毛状根的生长量和次生代谢产物含量确定用于cDNA芯片杂交的材料。采用间接标记法进行探针标记后进行杂交反应,GenePix Pro 4.0软件对芯片图像进行分析,数据用Lowess方法进行归一化处理。采用两倍差异标准结合T检验来确定差异表达基因。Northern点杂交检验4个基因与芯片杂交结果的一致性。差异基因单向测序后经过gap4软件拼接聚类,然后利用BLASTX,BLASTN进行比对分析,利用Gene Ontology和KEGG进一步预测基因的功能。结果：30~45 d为丹参毛状根的快速增殖期,45~60 d为丹参次生代谢产物的快速积累期。将45,60 d丹参毛状根分别与30 d材料进行杂交,得到203个差异基因。4个基因Northern点杂交的结果与芯片杂交结果一致。测序后得到172条EST,拼接聚类后形成114个Unigene,其中功能已知基因62个,功能未定的假想蛋白34个,相似性较低的未鉴定基因9个,无显著相似性的基因9个。 “GO”分类中67个基因得到注释,KEGG分析中74个基因得到注释,26个有详细的代谢途径分析。结论：得到一系列次生代谢相关基因如细胞色素P450、二萜合酶等基因片段,为深入开展丹参功能基因组学研究提供了基础。     

红芪多糖对S180细胞体内化疗增效作用的差异蛋白质研究

目的:研究红芪多糖对S180瘤细胞化疗协同增效作用的差异蛋白质。方法:以环磷酰胺和红芪多糖联合环磷酰胺治疗S180荷瘤小鼠14天后测定小鼠免疫器官指数及抑瘤率,利用双向电泳分离提取的瘤细胞总蛋白,考染显色后应用PDQuest8.0软件分析电泳图谱,找出差异表达的蛋白质。结果:与环磷酰胺(20 mg/kg)组相比,红芪多糖(200 mg/kg)联合环磷酰胺(20 mg/kg)可明显抑制小鼠S180瘤生长(P<0.05),显著减轻环磷酰胺所致免疫器官指数的下降(P<0.01);建立了背景清晰、重复性好、分辨率高的S180瘤细胞双向电泳图谱,环磷酰胺组与红芪多糖联合环磷酰胺组蛋白质点数分别为:776±22和721±16;平均匹配率分别为:91.13%和89.37%。比较分析环磷酰胺组与红芪多糖联合环磷酰胺组双向电泳图谱,筛选出差异明显的蛋白质点28个,其中8个表达上调,19个表达下调,1个仅在环磷酰胺组表达。结论:红芪多糖联合环磷酰胺可减轻其对S180荷瘤小鼠的免疫抑制作用,增强环磷酰胺对S180瘤细胞的化疗效果,其作用可能与筛选出的28个差异蛋白质点有关,对这些差异蛋白质点的鉴定将为揭示红芪多糖的化疗协同增效作用提供实验依据。     

中西药物对肺腺癌放射增敏基因表达谱初步研究

目的:利用基因芯片技术研究扶正增效方、甲硝唑对肺腺癌放射增敏基因表达谱,筛选出中西药物对放射增敏的差异表达基因及其共同表达基因。方法:捉取中西药物加放射组癌组织及单纯放射组癌组织RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与38500点人基因芯片杂交,筛选中西药物加放射组与单纯放射组差异表达基因。结果:中药加放射组与单纯放射组差异表达基因857条,上调349条,下调508条,其中39条GeneBank中登录,差异显著基因中15条表达上调,21条表达下调,分别为凋亡、转录调节、信号转导、细胞周期、DNA损伤与修复、免疫等相关基因;差异极显著基因1条,为THRA。西药加放射组与单纯放射组差异表达基因47条,已知显著差异基因3条,分别为DNA损伤与修复、转录调节、信号转导等相关基因。只有RARA基因在中西药放射组出现差异表达。结论:中西药物放射增敏存在不同的基因表达谱,说明中西药物放射增敏基因机制不尽相同,筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究放射增敏药物开发和建立放射增敏动物模型具有重要意义。     

红芪多糖对S_(180)瘤细胞化疗协同增效作用的蛋白质组学分析

目的:分析红芪多糖(Radix Hedysari polysaccharides,HPS)对S180瘤细胞化疗协同增效作用的差异蛋白质。方法:以环磷酰胺(Cyclophsphamide,Cy)和HPS联合Cy治疗荷瘤小鼠后提取瘤细胞总蛋白,用双向电泳对蛋白质进行分离,使用PDQuest 8.0软件对双向电泳图谱进行差异分析,通过质谱技术鉴定差异明显的蛋白点,并用蛋白免疫印迹方法对其中1个蛋白质进行验证。结果:HPS联合Cy组中有24个蛋白点发生明显改变,经质谱和Mascot软件分析,成功鉴定了5个蛋白质,分别为热休克蛋白84(HSP90β)、载脂蛋白A、白蛋白、热休克蛋白β1(HSP27)、未命名蛋白,其中1个高表达,4个低表达。蛋白印迹验证与蛋白质组结果一致。结论:通过蛋白质组学技术,发现了HPS对S180小鼠瘤细胞化疗增效作用的靶标蛋白,这些蛋白质涉及能量代谢、氧化应激反应和凋亡信号转导。