一氧化氮与细胞凋亡相关疾病的关系及其调控

 目的 综述一氧化氮(NO)在细胞凋亡相关疾病中的作用，以及以NO作为治疗靶点的药物研究进展情况。方法 以近几年国外该领域有代表性的文献为依据，根据NO对细胞凋亡的调控作用，对细胞凋亡相关疾病的发生和防治进行综述。结果与结论 细胞凋亡异常与其胞内的NO水平异常有关。细胞凋亡相关疾病的发生与NO介导的相应器官或组织细胞凋亡的程度有密切关系。因此，药物通过调控NO水平，抑制或促进细胞凋亡，可以达到治疗这些疾病的目的。     

PPARs激动剂体外筛选模型的建立及其在泽泻活性成分筛选中的应用

利用酵母GAL4 BD-UAS反式激活分析(transactivation assay)系统在哺乳动物细胞中建立以过氧化物酶体增殖物受体的配体结合结构域(PPARs-LBD,包括PPARα,PPARβ和PPARγ)为靶点的体外筛选模型,并应用该模型对泽泻化学成分进行筛选,研究泽泻14种化学成分对PPARs的激活作用。首先构建GAL4 BD-PPARs LBD融合表达质粒p Bind-PPARs-LBD,采用Lipofectamine将表达质粒p Bind-PPARs-LBD与含有UAS:luciferase报告质粒p GL4.35共转染293T细胞。以PPARs的激动剂(PPARα:非诺贝特;PPARβ:L165041;PPARγ:罗格列酮)为阳性对照,通过测定萤火虫荧光素酶活性来验证系统是否构建成功,并用该系统来考察泽泻中14种化学成分对PPARs靶点激活的影响。PPARs的阳性激动剂结果显示系统构建成功,用该系统分析泽泻化学成分结果显示泽泻单体化合物5,6,7,8,13,14对PPARα有激活作用,化合物5,7对PPARβ有激活作用,而化合物6,7,8,12对PPARγ有激活作用,其中化合物12对PPARγ有显著激活能力。该研究在哺乳动物293T细胞中成功构建以PPARα/β/γ配体结合结构域为靶点的体外筛选细胞模型,并成功应用于泽泻PPARα/β/γ的天然激动剂的筛选。     

基于人PPARα为靶标的药物筛选细胞模型的建立与应用评价

 目的 构建一种新的、具有生物活性检测能力的人过氧化物酶体增殖物激活受体α（hPPARα）配体药物筛选细胞模型。方法 采用Lipofectamine 2000将含人PPARα基因质粒phPPARα-IRES2-EGFP、含人PPRE报告质粒ptk-PPRE×3-luc及内部对照质粒pRL-CMV共转染293T细胞,并对phPPARα-IRES2-EGFP转染效率进行流式细胞仪（FCM）分析;通过双荧光素酶报告基因法（DLR）检测不同浓度、不同时间阳性药物WY14643干预共转染细胞体系的荧光素酶表达活性;实验还换用RXRα激动剂全反式维甲酸（ATRA）干预,以评价该细胞模型反应的特异性;并用贝特类降脂药苯扎贝特、环丙贝特、氯贝丁酯对建立的药物筛选细胞模型进行应用能力评价。结果 FCM检测共转染293T细胞phPPARα-IRES2-EGFP质粒转染效率为68%;DLR检测WY14643干预该hPPARα药物筛选模型获得了理想的量-效、时-效关系结果,且该模型不能通过RXRα配体激动剂ATRA激活。苯扎贝特、环丙贝特、氯贝丁酯干预模型均呈现良好的量-效反应性,且反应强度存在差异（P<0.05）。结论 成功构建了基于hPPARα为靶标的药物筛选细胞模型,为筛选具有生物活性的hPPARα配体激动剂新药提供了一种可靠的新平台。     

基于文献计量学和系统药理学方法探究半夏泻心汤对慢性胃炎的作用＊

目的 利用文献计量学方法筛选出治疗慢性胃炎的主要方药，并通过系统药理学方法分析其作用机理。方法 从中国知网、万方数据库查找自建库以来所有与慢性胃炎相关的文献，筛选出中医药治疗慢性胃炎的主要药物或复方。利用TCMSP搜索复方或药物的有效药物组成及作用靶点，从TTD、CTD、OMIM等数据库查找与慢性胃炎发病机制相关的靶点，取复方的作用靶点和慢性胃炎发病机制相关靶点的重叠靶点，利用生物信息学方法分析重叠靶点并利用分子对接技术验证化合物与靶点的结合性。结果 经过文献计量学分析，得到治疗慢性胃炎的主要方药是半夏泻心汤，其有效化合物有125个，这些化合物共有81个作用靶点，其中与性胃炎发病机制相关靶点重叠的有29个靶点，这些靶点参与50种生物学过程并富集50条信号通路，分子对接结果表示药物对特定靶标的亲和力及结合特性良好。结论 本研究通过系统药理学方法初步探究了半夏泻心汤对慢性胃炎的作用机制，为下一步的基础研究提供参考。     

基于网络药理学探讨补阳还五汤治疗高脂血症的作用机制＊

目的 本研究探讨补阳还五汤治疗高脂血症的物质基础与作用机制。方法 运用TCMSP数据库和STICH数据库收集补阳还五汤化学成分和靶点信息，通过HPO数据库筛选疾病的靶点，然后利用Cytoscape 3.6.1软件对成分靶点和疾病靶点进行网络拓扑学分析，获取补阳还五汤治疗高脂血症的作用靶点，再运用DAVID在线分析工具对作用靶点进行KEGG通路富集及分析，最后构建“补阳还五汤-化学成分-核心靶点-关键通路”的多层次网络关联图。结果 共得到补阳还五汤潜在活性成分107个，药物靶点487个，疾病靶点95个，拓扑分析共得核心靶点113个，主要KEGG通路20条。本研究结果表明，补阳还五汤治疗高脂血症的作用机制可能与CREBBP、TP53和PPARA等靶点及脂肪细胞因子、FoxO、TNF、HIF-1和PI3K-Akt信号通路有关。结论 本研究筛选了补阳还五汤治疗高脂血症的关键靶点和通路，为补阳还五汤用于临床治疗提供了科学依据。     

益肾养髓方治疗脊髓损伤作用机制的网络药理学研究＊

目的 本研究主要通过网络药理学的技术和方法，探讨益肾养髓方治疗脊髓损伤的关键靶点及其作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、中药综合数据库搜集益肾养髓方中所有药物的化学成分，筛选其有效活性成分并预测其作用靶点。通过GeneCards、OMIM等数据库提取脊髓损伤疾病相关基因。随后获取药物与疾病的共同作用靶点，并将其上传至在线STRING11.0数据库构建蛋白质相互作用网络图，并对关键蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共获得益肾养髓方化学成分1071个，有效活性成分139个，药物靶点217个，脊髓损伤疾病相关靶点1524个，药物与疾病共同靶点118个。根据PPI蛋白互作网络的结果得出，益肾养髓方治疗SCI疾病的关键靶点为STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL6、RELA等。GO功能富集分析主要提示与细胞因子受体结合、细胞因子活性、转录因子活性等相关。KEGG通路富集分析主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等。结论 本研究从整体层面初步预测了益肾养髓方治疗脊髓损伤相关疾病的作用靶点与信号通路，为更深层次的研究提供了思路和方向。     

基于网络药理学的五子衍宗丸药效机制研究＊

目的 借助中药网络药理学方法，探究五子衍宗丸在治疗不育、早泄、阳痿这3种疾病过程中的共性作用机制。方法 五子衍宗丸相关活性成分的化学结构和药物靶点是利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）得到的；上述3种疾病的相关靶点是利用人类孟德尔遗传数据库（OMIM），人类基因数据库（GeneCards）筛选得到的；利用Cytoscape 3.7.1构建“化合物-靶点-疾病”网络；再利用蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出核心靶点，而基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析是借助生物学信息注释数据库（DAVID）进行。结果 分析所构建的“疾病-基因-药物”网络，发现甾体类化合物是五子衍宗丸治疗不育、早泄、阳痿三种疾病的主要化学成分，再分析蛋白相互作用网络，得出五子衍宗丸治疗上述三种疾病的10个高频共性靶点，30个GO高频共性基因，6条KEGG高频共性通路。结论 利用网络药理学方法探究五子衍宗丸在不育、早泄、阳痿这3种疾病治疗过程中的共性作用机制以及高频共性靶点、GO、KEGG通路等，为其活性成分研究和临床应用提供理论依据。     

基于PPARs为靶点的抗糖尿病药物研究进展

过氧化物酶体增殖因子活化受体(peroxisome proliferator activatived receptors,PPARs)是由配体激活的转录因子,属于核激素受体超家族。PPAR的激活对调节体内的多种代谢过程有重要的作用,被认为是开发治疗人类代谢综合症药物的分子靶标,也是目前药学界研究的热点。近年来尝试突破传统治疗药物的基本结构,研制开发以PPARs为靶点的新型抗糖尿病药物已成为药物研究的一大热点,就PPARs多重激动剂用于治疗糖尿病的概况作一综述。     

基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

基于网络药理学和分子对接的乾坤丹Ⅵ号治疗糖尿病肾脏疾病的机制研究

[目的] 运用网络药理学研究方法探讨乾坤丹Ⅵ号防治糖尿病肾脏疾病（DKD）的作用机制。[方法] 基于TCMSP数据库获取乾坤丹Ⅵ号的化学成分及对应靶点,GeneCards、OMIM数据库检索DKD的疾病靶点;对药物与疾病靶点相映射得到乾坤丹Ⅵ号防治DKD的关键作用靶点,利用String数据库构建关键靶点的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,运用Cytoscape软件筛选乾坤丹Ⅵ号防治DKD的核心靶点和功能模块,利用autodock软件对乾坤丹Ⅵ号的化学成分和核心蛋白进行分子对接。对关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析,分析乾坤丹Ⅵ号对DKD的潜在作用机制。[结果] 得到乾坤丹Ⅵ号有效成分103种,靶点137个,预测靶点较多的成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等,共得到关键靶点128个,分子功能模块6个。分子对接结果显示,乾坤丹Ⅵ号化学成分和靶点蛋白对接的平均结合能为-6.43 kcal/mol,其中槲皮素和PSGT2的结合能最高。GO和KEGG通路富集分析结果显示,乾坤丹Ⅵ号防治DKD与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、Th17细胞分化、IL-17信号通路、钙信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等信号通路有关。[结论] 乾坤丹Ⅵ号通过多成分、多靶点、多信号通路的协同作用实现对DKD的防治作用,为乾坤丹Ⅵ号的进一步临床和实验研究提供了重要的科学依据。     

Rho激酶的生理及病理生理研究进展

 目的 分析并归纳Rho激酶的生理及病理生理作用研究进展。方法 查阅近年有关Rho激酶的国内外文献,基于目前和Rho激酶相关的一些分子、细胞、动物的实验研究及临床试验,对Rho激酶的生理及病理生理作用进行分析、归纳和综合。结果与结论 Rho激酶已经成为很有价值的药物作用靶点,Rho激酶抑制剂的不断研发为许多心脑血管及肿瘤等疾病的治疗提供了新的希望。     

六味地黄丸治疗小儿脑瘫的疗效及其基于网络药理学的机制研究＊

目的 研究六味地黄丸治疗小儿脑瘫的疗效并使用网络药理学探讨作用机制。方法 选取2021年6月至2021年10月临沂市中医院收治的46例肝肾亏损型PCP患儿作为研究对象，按随机数字表法分成对照组与药物组各23例，对照组给予常规儿童康复治疗，药物组在常规康复治疗基础上给予六味地黄丸治疗，连续治疗4周后观察患儿粗大运动功能测试量表（GMFM）评分的改善情况。使用网络药理学方法获取六味地黄丸的活性成分、靶点与PCP疾病靶点，得到交集靶点后构建交集靶点蛋白质相互作用网络并进行富集分析。结果 药物组疗效评分显著高于对照组（P=0.033），筛选得到6味中药47个主要成分与99个疾病治疗靶点，发现10个关键靶点为：TP53、AKT1、JUN、TNF、MAPK1、IL6、HSP90AA1、RELA、MAPK8、VEGFA，通过靶点富集获取GO条目558个，KEGG条目99个，主要富集到PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路等发挥治疗作用。结论 六味地黄丸可通过多成分、多靶点、多通路发挥显著疗效，临床治疗PCP优于常规康复治疗。本文以临床为基础，借助网络药理学探讨六味地黄丸治疗PCP疗效显著的作用机制，分析研究流程符合《网络药理学评价方法指南》要求，具有可靠性、规范性与合理性，为临床应用中药防治PCP提供了案例与理论依据。     

基于系统生物学的多靶点及多组分药物研究的进展

 目的 综述当前基于系统生物学的多靶点、多组分药物研究的一些方向和进展。方法 文献检索方法。结果 当前药物发现的原则主要遵循“一药，一靶,一病”的理念，即设计能与疾病相关的某一关键靶标特异结合的化学实体。尽管过去几十年中大多数选择性药物都是通过这种方法获得的，但是许多药物却很难达到预期临床效果，或产生严重的毒副作用。近年来，系统生物学的研究揭示了分子网络调控与疾病之间高度的关联性，并显示了在系统层面发现靶向疾病相关网络的多靶点、多组分药物的可能性。本文通过相关文献，分析了选择性药物设计的缺陷，并综述了基于系统生物学的多靶点、多组分药物研究的一些方向和进展。结论 将药物研究与系统生物学结合，在各种调控网络的背景中研究多个靶点之间的作用与联系，有可能系统地预测和解释药物的作用，发现影响药物有效性和安全性的因素，从而产生新的治疗复杂疾病的策略，并开发出新的多靶点及多组分药物。     

过氧化物酶体增殖物激活受体-γ相关的药物研发进展

 目的 综述近年来以过氧化物酶体增殖物激活受体-γ (peroxisome proliferators activated receptor γ, PPAR-γ)为靶点的药物研发现状与进展。方法 对近年有关以过氧化物酶体增殖物激活受体为靶点的药物研究相关文献进行查阅、收集,通过分析、归纳和综合进行评述。结果与结论 过氧化物酶体增殖物激活受体-γ激动剂罗格列酮和吡格列酮均有明显地降低血糖和增强胰岛素敏感性的作用,但罗格列酮增加心血管风险,吡格列酮可降低糖尿病患者心血管风险。更为安全有效的新型选择性过氧化物酶体增殖物激活受体-γ调节剂是过氧化物酶体增殖物激活受体-γ相关药物研发的趋势与主要方向。     

基于网络药理学方法探讨尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用计算机网络药理学方法虚拟筛选尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的可能的活性成分及作用靶点，探讨尿毒灵对治疗糖尿病肾病的潜在作用机制。方法 通过人类基因数据库（GeneCards），治疗靶点数据库（TTD），比较毒性遗传学数据库（CTD），基因疾病关联数据库（DisGeNET），DrugBank数据库等收集与疾病相关的作用靶点；并通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）获得尿毒灵中可能的活性成分及其对应的靶点。利用Bioinformatics & Evolutionary Genomics平台筛选出药物与疾病共有靶点，借助Cytoscape3.7.1软件构建“成分-作用靶点”网络。运用蛋白质相互作用网络数据库（String）构建蛋白质间相互作用网络（PPI）。最后通过功能注释生物信息学分析平台（DAVID 6.8）进行尿毒灵与糖尿病肾病相关靶基因的基因本体（gene ontology，GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，并将结果进行可视化展示。结果 通过筛选得到67个药物活性成分，共涉及152个作用靶点，与疾病靶点相关的化学成分有39个，得到尿毒灵-糖尿病肾病共同靶点46个，这些共同靶点主要富集于130个生物过程和78条信号通路上，表明尿毒灵的多个成分通过多条信号通路发挥防治糖尿病肾病的作用。结论 利用网络药理学方法分析中药复方的作用机制，可以体现中药多成分-多靶点-多途径的特点，为中药复方的作用机制和物质基础提供参考和依据。     

柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病的网络机制研究＊

目的 分析疏肝理气代表方柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库，预测和筛选柴胡疏肝散的活性成分和MAFLD的相关基因，得到柴胡疏肝散治疗MAFLD的潜在靶点，使用Cytoscape软件和STRING数据库，构建柴胡疏肝散活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络，分析网络获得重要靶点，并利用DAVID数据库对其进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时作分子对接及历史文献研究对相关靶点进行验证。结果 从中药复方柴胡舒肝散中经ADME筛选后到了槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、柚皮苷、和异鼠李素、柠檬烯等140种化学成分，能够作用于65个MAFLD的疾病靶点，其中前十位的PTGS2、ESR1、AR、GSK3B、PTGS1、ESR2、ADRB2、AKT1、TP53、PGR和EGFR为最重要的核心靶点，可以调控的信号通路主要为HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、PPAR信号通路和Jak-STAT信号通路，参与MAFLD的RNA聚合酶II启动子转录、基因表达与DNA转录的正调控等过程。分子对接结果显示药物关键成分槲皮素与山柰酚与疾病核心靶点IL-6成功建立对接，且具良好的结合活性。结论 柴胡疏肝散在干预MAFLD的过程中，主要通过调节免疫和肿瘤抑制作用治疗脂肪性肝病，整个过程通过多靶点和多途径对机体起到积极治疗作用。     

基于网络药理学探究补肾活血汤治疗肾虚血瘀型膝骨性关节炎的作用机制

[目的] 探究补肾活血汤（BHD）治疗肾虚血瘀型膝骨性关节炎（KOA）的关键靶点以及作用。[方法] 通过Swiss Target Prediction检索BHD中主要活性化合物的相关靶点;GeneCards数据库搜集KOA的疾病靶点,相交得出药物与疾病的共有靶点;将BHD中的主要靶点与活性化合物,使用STRING数据库绘制蛋白互作（ PPI）网络图,对关键靶点进行GO及KEGG通路富集分析。[结果] BHD主要有效活性成分82个,潜在靶点615个;KOA疾病靶点482个,药物基因靶点533个。GO富集分析得到细胞生物学条目119个,续用KEGG通路富集分析方法得到信号通路总数共95个。[结论] 阐述了BHD多成分、多途径、多靶点治疗KOA的分子作用机制,为后续研究及临床提供依据。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制＊

目的 运用网络药理学方法分析预测血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制。方法 借助TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选血府逐瘀汤的有效活性成分及作用靶点；Genecards、OMIM获得失眠的疾病靶点，Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络并分析；STRING及Cytoscape构建PPI网络；利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，预测其作用机制。结果 血府逐瘀汤包含227个中药活性成分和303个靶点，作用于失眠的有110个活性成分和52个靶点。其中关键成分有槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、豆甾醇、山奈酚、β-谷甾醇，核心靶点为ALB、APP、IL-6、FOS。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示血府逐瘀汤主要涉及神经递质水平的调节、细胞因子受体结合等生物过程，通过作用于糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、神经活性配体-受体相互作用等多条通路发挥治疗失眠的作用。结论 本研究初步揭示了血府逐瘀汤治疗失眠的活性成分、作用靶点及通路，提示血府逐瘀汤具有多成分、多靶点、多途径的协同作用特点，为进一步深入研究其作用机制提供了重要依据。     

基于专利网的中药防治糖尿病核心药组挖掘及其分子作用机制研究

[目的] 分析中药复方治疗糖尿病的用药规律,阐明核心中药防治糖尿病的作用机制。[方法] 采用数据挖掘方法对专利网治疗糖尿病中药处方的使用频次、性味归经、功效分类作统计分析及关联规则分析,利用网络药理学方法筛选核心中药的成分靶点,构建PPI网络、药物-成分-靶点-疾病网络,进行GO功能注释和KEGG功能分析,通过分子对接对药物-靶点作虚拟验证。[结果] 数据挖掘结果显示黄芪、地黄、山药、葛根、麦冬等使用频率较高,平性、寒性药物占比为46.52%,甘味、苦味占比为64.09%,关联规则显示黄芪-地黄,黄芪-山药,黄芪-葛根等置信度较高。新的高频药组为黄芪-葛根-丹参,药物与糖尿病共同靶点为57个,GO功能及KEGG富集通路显示,炎症反应可能发挥重要作用,TNF信号通路等可能为重要通路,分子对接结果显示,AKT1、IL-6、TNF可能为该药组防治糖尿病的关键靶点。[结论] 治疗糖尿病以清热生津,益气养阴功效药物为主,新的药组黄芪-葛根-丹参可能通过AKT1、IL-6、TNF等关键靶点参与TNF信号通路发挥防治糖尿病的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。