2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的 研究2018-2020年上海市本地感染及输入性来源登革1型病毒(Dengue Serotype 1 virus, DENV-1)分离株全基因组序列特征。方法 收集登革热疑似病例血清样本,对DENV-1阳性样本进行病毒分离、全基因组扩增与测序,进一步通过构建进化树对全基因组序列进行同源性分析、核苷酸序列及氨基酸序列相似性分析、编码蛋白氨基酸位点差异分析。结果 从88份DENV-1阳性样本中获得31株分离株的全基因组核苷酸序列,其中3株为本地感染病例来源,28株为输入病例来源。进化分析显示,28株分离株的基因型为G-I型,与G-I型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.47%~97.37%(98.78%~99.16%);3株分离株的基因型为G-IV型,与G-IV型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.66%~96.86%(99.01%~99.26%);3株本地感染病例来源分离株均为G-I型,根据同源性分析,存在输入性病例引起本地感染可能。分离株与对照株比较各结构蛋白与非结构蛋白氨基酸位点均存在差异,其中E蛋白的495个氨基酸位点中,有31个位点存在差异。结论 2018-2020年上海市DENV-1包含G-I与G-IV两种基因型,以G-I型为主;首次分离得到3株上海市本地感染病例来源DENV-1,为G-I型,存在输入性病例引起本地感染可能。     

中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析

目的 分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法 利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果 纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%~84.1%和92.5%~98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%~100.0%和91.5%~100.0%。结论 针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。     

江西地区啮齿动物中温州病毒的检及病毒基因特征分析

目的 了解温州病毒在江西地区啮齿动物中感染的情况及病毒基因特征。方法 收集2021年江西省高安市、安义县两地啮齿动物鼠肺组织样本,提取样本核酸,采用温州病毒特异性引物进行巢式PCR扩增,PCR产物进行序列测定。采用Ion GeneStudio S5 二代测序平台(NGS)对1株核酸阳性样本进行病毒基因组测序,采用CLC软件对基因序列进行分析。结果 共收集高安市、安义县啮齿动物肺组织标本164份,通过巢式PCR检出温州病毒3份,均来自高安地区的黄毛鼠。3株病毒部分L基因序列同源性93.66%~98.50%,氨基酸序列同源性95.21%~100%。选取1株病毒(JXGAW45/2021)进行二代测序,获得全基因组序列,其中S、L基因分别含3 429、7 145个核苷酸。基因组比对分析发现JXGAW45/2021与其他温州病毒核苷酸序列同源性为82.58%~85.75%,氨基酸同源性为88.76%~96.83%,在S、L基因系统进化树中均独立分支,为温州病毒新的变异株。结论 首次在江西地区啮齿动物中发现温州病毒。     

云南省大理市啮齿动物携带冠状病毒和戊型肝炎病毒的调查

目的 调查云南省大理市啮齿动物冠状病毒(Coronavirus,CoV)和戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus,HEV)感染率。方法 2020年8月~2021年8月在大理市4个乡镇采集啮齿动物样本,采用巢式PCR扩增CoV和HEV的保守序列基因,用生物信息学软件进行同源性与遗传进化分析。结果 共捕获76只啮齿动物属于5属6种,CoV感染动物为褐家鼠(Rattus norvegicus)和黄胸鼠(Rattus tanezumi),感染率分别为40.74%(11/27)、2.38%(1/42);HEV感染动物为褐家鼠和黄胸鼠,感染率分别为14.81%(4/27)、2.38%(1/42)。在银桥镇捕获的2只褐家鼠中同时检测到CoV和HEV,感染率为7.41%(2/27)。基于CoV的部分RNA依赖的RNA酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的434 bp核苷酸片段分析,11株CoV阳性样本均来自褐家鼠,为α-CoV,与来自中国福建黄毛鼠(Rattus losea)RtRl/FJ2015同源性最高,为99.73%~99.74%;1株CoV阳性样本来自黄胸鼠,为β-CoV,与来自中国云南板齿鼠(Bandicota indica)Ruili66同源性最高,为98.21%。基于HEV的部分RdRp 的340 bp核苷酸片段分析,5株HEV阳性样本均来自褐家鼠,均为HEV-C,与来自中国香港免疫移植病人pt 5株同源性最高,为95.87%~96.21%。结论 云南省大理市啮齿动物中存在CoV和HEV感染,2种病毒的宿主动物与人关系密切,应加强相关病毒的监测与研究。     

2009-2017年江苏省手足口病病原谱及柯萨奇A16型的分子流行病学研究

目的 描述2009-2017年江苏省手足口病(HFMD)病原谱及柯萨奇A16型(CVA16)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法 对2009-2017年江苏省手足口病发病资料和病原学检测情况进行统计分析,选取120株CVA16病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果 2009-2017年江苏省共报告手足口病1 013 771例。其中, 手足口病肠道病毒阳性病例37 389例,主要病原构成为EV71(39.85%)和CVA16(30.13%);重症病例中,以EV71为主要病原,CVA16及其他肠道病毒引起的重症病例较少。CVA16在每年的3~7月和9~11月出现流行高峰,主要感染1~4岁年龄段儿童,男性比例高于女性。江苏省地区流行的CVA16毒株属于B1a亚型和B1b亚型,其中B1b亚型为优势流行基因亚型。120株CVA16病毒分离株VP1区核苷酸及编码氨基酸序列同源性分别为87.5%~100%、97%~100%。结论 2009-2017年,江苏省地区流行的CVA16具有明显的时间、人群分布特征;120株CVA16分离株属于B1a亚型和B1b亚型。CVA16分离株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变。     

云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

目的 对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征。方法 采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建。结果 病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11 586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征。系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East, Central and South African Lineage, ECSA)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系。YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24%~99.96%,氨基酸同源性为95.34%~99.97%,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点。结论 云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究。     

重庆市库蚊标本中宜昌病毒的分离鉴定

目的 对2017年采集自重庆地区蚊虫标本携带的病毒进行分离鉴定。方法 采用组织细胞培养法进行病毒分离,应用高通量测序技术获得病毒分离物的全基因组序列,采用系统发育法进行种类及分子特征分析。结果 库蚊标本来源的病毒阳性分离物 CQFD2017能引起白纹伊蚊细胞C6/36病变,但不能引起金黄地鼠肾细胞BHK-21、非洲绿猴肾细胞Vero病变。 CQFD2017全基因组序列长度为20 893 bp, 包含6个开放阅读框。系统进化分析发现,该毒株位于Nidovirales病毒目Mesoniviridae病毒科的Yichang病毒所在的进化分支,与Yichang病毒(NC_040534)的核苷酸一致性为98.6%,ORF1a和ORF1b区氨基酸一致性分别为99.06%和99.15%,因此将该毒株命名为Yichang病毒CQFD2017株。结论 2017年重庆市库蚊标本分离的CQFD2017株为Yichang病毒。     

饶河地区野生动物携带病毒的基因分型及序列特征分析

目的 确定当前饶河地区宿主动物所携带病原体的基因型别,分析其变异情况,对该地区自然宿主动物的感染情况进行监测。方法 使用TRIZOL法提取待测样本RNA,经RT-PCR扩增后对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用DNAStar软件包对核苷酸序列进行同源性比较,构建系统进化树和氨基酸序列的比对。结果 在饶河地区,除褐家鼠(Rattus norvegicus)以外,松鼠(Sciurus vulgaris)也携带SEOV。本次从3只褐家鼠和1只松鼠体内分离出汉城型汉坦病毒(Seoul virus, SEOV),4株SEOV的遗传距离范围为0.00~0.01,与黑龙江地区常见SEOV病毒株亲缘关系较近。结论 黑龙江地区的气候和自然地理条件非常适合携带汉坦病毒(HV)宿主动物的生存和繁殖,但是随着人们生活条件的改善,禁止伐木狩猎,家鼠和野鼠与人类交集的逐渐减小,肾综合征出血热(HFRS)在黑龙江省暴发的概率也越来越小。     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

内蒙古自治区2015-2018年B Yamagata系流感病毒全基因组序列分析

目的 了解2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒的全基因组序列特征。方法 采集流感样病例呼吸道标本进行流感病毒分离,提取病毒RNA,采用一步法RT-PCR扩增病毒全基因组序列并测序,通过生物信息学软件分析病毒基因特征。结果 本次研究的B Yamagata系流感病毒全基因与B/Phuket/3073/2013疫苗株的核苷酸同源性在97.7%~99.9%之间;B/Inner Mongolia/1200/2015和B/Inner Mongolia/1178/2015毒株发生抗原漂移,并出现HA-BY/NA-BV系间重配现象;所有毒株对神经氨酸酶抑制剂敏感。结论 2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒抗原性和基因特征在逐渐发生变异,出现系间重配株,部分流感流行株与疫苗匹配性不佳。     

High Prevalence of Genogroup I and Genogroup II Picobirnaviruses in Dromedary Camels

Picobirnaviruses (PBVs) are small non-enveloped bisegmented double-stranded RNA viruses found in humans, mammals, and birds. Increasing molecular epidemiology studies suggest a high sequence diversity of PBVs in numerous hosts and the environment. In this study, using 229 fecal samples from dromedary camels in Dubai, 52.8% were positive for PBVs, of which 77.7% and 41.3% were positive for genogroup I and II, respectively, and 19.0% were positive for both genotypes. Phylogenetic analysis showed high diversity among the sequences of genogroup I and II dromedary PBVs. Marked nucleotide polymorphisms were observed in 75.5% and 46.0% of genogroup I and II RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) sequences, respectively, suggesting the co-existence of multiple strains in the same specimen. Both high genetic diversity and prevalence of genogroup I and II PBV in dromedaries were observed. In fact, the prevalence of genogroup II PBV in dromedaries is the highest among all animals to date. The complete/near-complete core genomes of five genogroup I and one genogroup II dromedary PBVs and partial segment 1 and 2 of both genotypes were also sequenced. The dromedary PBV genome organizations were similar to those of other animals. Genetic reassortment and mutation are both important in the ecology and evolution of PBVs.     

山东省肠道病毒71型分离株SDLY11全基因组序列分析

目的了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)分离株SDLY11的基因组序列特征,探讨病毒的神经毒力候选位点。[HTH]方法自手足口病患者的粪便标本中分离EV71,采用一步法RT PCR对病毒株基因组进行全序列扩增,运用DNAstar 和MEGA 4软件进行序列分析。[HTH]结果SDLY 11基因组全长为7 405 nt,其中5′非编码区（UTR） 742 nt,3′UTR 84nt,中间为6 579 nt的开放阅读框架（ORF）,编码2 193个氨基酸的多聚蛋白。VP1区及全基因组序列系统进化分析表明SDLY 11位于EV71病毒C4亚型的分支,同源性分析显示SDLY 11与安徽阜阳株同源性最高。序列比对结果发现,CNS累及HFMD患者病毒株在5[WTBX]′[WTBZ]UTR区出现了两处核苷酸位点的突变（T40C、C575T）,在VP2区第144位出现了氨基酸的突变（T144S）。[HTH]结论SDLY 11分离株属EV71病毒C4亚型。5′UTR区的两处突变（T40C、C575T）及VP2区的一处突变（T144S）可能与病毒的致神经毒力作用有关。     

Molecular Epidemiology and Characterization of Picobirnavirus in Wild Deer and Cattle from Australia: Evidence of Genogroup I and II in the Upper Respiratory Tract

Picobirnaviruses (PBVs) have been detected in several species of animals worldwide; however, data pertaining to their presence in Australian wild and domestic animals are limited. Although PBVs are mostly found in faecal samples, their detection in blood and respiratory tract samples raises questions concerning their tropism and pathogenicity. We report here PBV detection in wild deer and cattle from southeastern Australia. Through metagenomics, the presence of PBV genogroups I (GI) and II (GII) were detected in deer serum and plasma. Molecular epidemiology studies targeting the partial RNA-dependent RNA polymerase gene were performed in a wide range of specimens (serum, faeces, spleen, lung, nasal swabs, and trachea) collected from wild deer and cattle, with PCR amplification obtained in all specimen types except lung and spleen. Our results reveal the predominance of GI and concomitant detection of both genogroups in wild deer and cattle. In concordance with other studies, the detected GI sequences displayed high genetic diversity, however in contrast, GII sequences clustered into three distinct clades. Detection of both genogroups in the upper respiratory tract (trachea and nasal swab) of deer in the present study gives more evidence about the respiratory tract tropism of PBV. Although much remains unknown about the epidemiology and tropism of PBVs, our study suggests a wide distribution of these viruses in southeastern Australia.     

广西新分离流行性乙型脑炎病毒GP0722株全基因组分子特性研究

目的 对广西新分离乙脑病毒GP0722株进行全基因序列测定和分析,了解其基因组结构及毒力特征。方法 应用乙脑病毒全基因组扩增引物进行RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,拼接后得到全基因序列。应用Clustal X(1.8)、DNASTAR、Mega 4. 1等生物软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析。结果 广西新分离乙脑病毒GP0722全基因长10 965个核苷酸,从97到10 395位编码一个开放阅读框,编码3 432个氨基酸,与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株比较,只有88.9%的核苷酸同源性,97.6%的氨基酸同源性,全基因组共存在1 222个核苷酸差异,83个氨基酸差异。与GenBank中选择的21株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸总体差异率为0.9%~18.8%,氨基酸总体差异率为0.1%~5.2%。通过PrM/C区段、E区段、3′NTR区段和全基因序列进行系统进化分析显示该毒株属于基因1型乙脑病毒。结论 新分离的乙脑病毒GP0722株属于基因1型,与JEV/sw/Mie/40/2004进化关系最近,与疫苗株SA-14-14-2相比关键位点氨基酸未见变异,现行使用的疫苗仍能保护GP0722引起的感染。     

Molecular Evolution of Infectious Pancreatic Necrosis Virus in China

Passive virus surveillance was performed in twenty-nine salmon and trout farms from seven provinces and districts in China during the period 2017–2020. A total of 25 infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) isolates were obtained, mainly from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). The molecular evolution of these Chinese IPNV isolates and the previously reported Chinese IPNV strains ChRtm213 and WZ2016 was analyzed, based on their VP2 gene coding region sequences (CDS). All 27 Chinese IPNV isolates clustered within genogroups I and V, with 24 of the IPNV isolates belonging to genogroup I (including ChRtm213 and WZ2016), and only three isolates clustering in genogroup V. The Chinese genogroup I IPNV isolates lacked diversity, composing six haplotypes with 41 polymorphic sites, and the identity of nucleotide and amino acid sequences among the entire VP2 gene CDS from these isolates was 97.44%–100% and 98.19%–100%, respectively. Divergence time analyses revealed that the Chinese genogroup I IPNV isolates likely diverged from Japanese IPNV isolates in 1985 (95% highest posterior density (HPD), 1965–1997), and diverged again in 2006 (95% HPD, 1996–2013) in China. Each of the three Chinese genogroup V IPNV isolates has a unique VP2 gene CDS, with a total of 21 polymorphic sites; the identity of nucleotide and amino acid sequences among all VP2 gene CDS from these isolates was 98.5%–99.5% and 98.6%–99.0%, respectively. The data demonstrate that genogroups I and V are more likely the currently prevalent Chinese IPNV genotypes.     

福建省狂犬病毒的N基因序列分析

目的了解福建省狂犬病毒流行毒株的基因分型和遗传进化关系,以及流行毒株与疫苗株在N基因核苷酸和氨基酸水平的差异。方法采集福建省不同时间、不同地区的犬脑组织标本共89份,通过RT-nested-PCR扩增、纯化、克隆、测序,获得19条包含N基因全长的序列,采用生物学软件进行序列整理分析。结果根据N基因核苷酸和推导的氨基酸的同源性,把福建省已知狂犬病毒分为3个群组,群组间具有显著的地域分布特征,各群组内部N基因核苷酸和氨基酸同源性分别在99.7%～100%和98.9%～100%之间,群组间N基因核苷酸和氨基酸同源性在86.4%～89.3%和95.3%～98.4%之间。福建省狂犬病毒的流行毒株与目前使用的各种疫苗株N基因序列同源性在86.5%～98.9%之间。结论福建省境内存在表观健康犬携带狂犬病毒现象,福建省已知狂犬病毒流行毒株均属于基因I型,可分为3个群组。从N基因序列的分析上看,我省目前使用疫苗能有效地保护流行毒株的感染。     

口蹄疫病毒WFL株全基因组结构及遗传变异分析

目的对FMDV WFL株全基因组进行克隆及测序,并对其基因组进行了比较分析,结果表明WFL株全长为8155nt,该毒株5’UTR长1 059nt(untranslatable region,UTR),编码区核苷酸长度为6969nt,3’UTR包括93nt非编码碱基和34nt poly(A);WFL株与HKN/2002的核苷酸及氨基酸同源性最高;WFL株的polyC长17nt,其中C碱基占94.12%,仅有一个U碱基;3A基因有10个氨基酸的缺失。