2011年天津市手足口病病原检测与基因特征分析

目的对天津市2011年手足口病(HFMD)进行病原学检测,并对引起HFMD的肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)进行基因特征分析,为天津市HFMD的防控提供基础资料。方法采用Real time RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,用人横纹肌瘤(RD)细胞对部分阳性标本进行病毒分离;随机挑取16株EV71病毒分离株和9株CVA16病毒分离株,进行VP1区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果共检测HFMD疑似病例1 853例,总阳性率为70.91%(1314/1853),其中EV71占49.10%,CVA16占21.61%,EV71和CVA16双阳性占0.91%,其他肠道病毒(EV)占28.46%。16株EV71分离株与C4a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(97.3%～99.1%),属于C4a基因亚型;9株CVA16分离株与B1b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(94.9%～95.4%),属于B1b基因亚型。结论 2011年引起天津市HFMD的EV71型病毒流行株为C4a基因亚型,CVA16型病毒流行株为B1b亚型,并兼有一定比例的其他肠道病毒。     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

2011年龙岩市流行株柯萨奇病毒A组16型VPl基因特征分析

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VPl基因核苷酸序列与国内外其他CVA16毒株序列构建进化树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果 4株龙岩分离株CVA16核苷酸同源性为99%~100%。比较推导的氨基酸序列,VP1不存在位点差异,氨基酸序列完全相同。对分离株病毒进行VP1核苷酸序列两两差异分析,与国内其他分离株VP1基因序列的一致性为87%~100%。确定4株CVA16病毒均属于B1b基因型。结论引起2011年龙岩市HFMD流行的CVA16病毒均为B1b基因型,与目前国内其他地区流行毒株高度同源。     

2012年天津市手足口病病原与分子流行病学分析

目的对天津市2012年的手足口病病例进行病原学检测,并对引起HFMD流行的肠道EV71型（EV71）和柯萨奇A组16型（CVA16）病毒进行分子生物学特征分析。方法利用Real—time PCR检测HFMD疑似病例标本,用人横纹肌肉瘤（RD）细胞对Real—time PCR检测阳性的部分病例标本进行病毒分离。随机挑取9株EV71病毒分离株和8株CVA16病毒分离株,采用PCR扩增VPl全基因,并进行核苷酸序列和遗传进化分析。结果共检测HFMD疑似病例1829例,肠道病毒总阳性率为81．30％（1487／1829）,其中EV71占39．88％,CVA16占38．33％,其他EV占21．79％。9株EV71分离株与C4亚型的C4a分支代表株的核苷酸序列同源性为97．3％～98．5％,均归属于C4a分支;8株CVA16分离株与B1亚型代表株的核苷酸序列同源性为92．9％～97．1％,其中7株属于B1b分支,1株属于B1a分支。结论导致天津市2012年HFMD流行的EV71为C4亚型中的C4a病毒株,CVA16为B1亚型的B1b病毒株。     

湖北2013年部分柯萨奇A16型肠道病毒VP1基因分子特征分析

目的 全面研究和了解2013年湖北省柯萨奇A16型的VP1基因特征,分析CVA16型病毒在我省的基因型别及分子进化分析。方法 对2013年湖北省21株CVA16病毒流行株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果 2013年湖北省21株CVA16型病毒流行株的VP1区核苷酸序列全长均为891 bp,VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为90.0% ~ 100.0 % 和96.3% ~100.0%。VP1区基因系统进化分析表明,湖北CVA16流行株主要位于ligeage1和3分支上,分属于B1a和B1b基因亚型。结论 2013年湖北省21株CVA16型流行株主要为B1b基因亚型,其次为B1a基因亚型,在同一地区有两种基因亚型的 CVA 16 病毒同时存在, 在不同的地区存在同一种亚型的CVA16病毒。     

手足口病柯萨奇病毒A10和A6型的分子鉴定及其VP1区3′端序列分析

目的鉴定手足口病患儿咽拭子病原体柯萨奇病毒A10(CVA10)和A6(CVA6),并对其VP1编码区3′端序列进行分析。方法合成对肠道病毒VP1区3′端序列具有较高特异性的兼并引物040-011,RT-PCR方法测定其VP1区3′端基因序列,通过BLAST程序比对,鉴定病毒的基因型;与GenBank中其他已知病毒基因型序列进行同源性分析,构建遗传进化树。结果 38例非EV71非CVA16引起的手足口病患儿咽拭子,5例检测到CVA10,1例检测到CVA6。在进化关系上CVA10与D基因型最为密切,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.7%~94.2%、91.7%~100%;CVA6与2003~2009年报告的部分毒株核苷酸同源性为86.8%~90.2%,其中与2008年台湾EU908148的毒株同源性最高;氨基酸同源性为85.2%~89.0%。结论兼并引物040-011对CVA10和CVA6有良好的基因扩增特异性;引起手足口病的肠道病毒除EV71和CVA16外,CVA10和CVA6也是重要的病原;鉴于2008年芬兰和2009年山东省文登市CVA10引起的手足口病暴发,应加强对手足口病病原的检测和分型,以了解柯萨奇病毒...     

2010年福建省肠道病毒71型分离株的基因型特征研究

摘 要:目的 全面研究和了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,分析和探讨肠道病毒71型在我省的基因型地理分布特征及传播特征。方法 对2010年福建省9个设区市的 50株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010年福建省50株EV71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891个bp,核苷酸及氨基酸序列同源性比较,50株EV71型分离株之间的VP1区核苷酸序列同源性为95.4%-100%,编码蛋白氨基酸序列同源性为97.3%-100%,与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,核苷酸序列同源性为97.1%-99.3%,氨基酸序列同源性为98.7%-100%;VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省50株EV71型分离株均属于C4a基因亚型,未产生明显的抗原漂移及变异;福建省及各个地市均分布亲缘关系较近的C4a基因亚型的EV71多传播链病毒,应加强长期动态地监测和分析。关键词:肠道病毒71型;VP1区;基因型特征;     

新疆生产建设兵团手足口病柯萨奇病毒A6型的流行及其基因特征分析

目的了解新疆生产建设兵团地区柯萨奇病毒A6(CVA6)的流行特点并对其基因特征进行分析。方法对2014-2016年新疆生产建设兵团地区收集的手足口病非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CVA16)阳性标本进行CVA6荧光定量PCR检测,采用RT-PCR扩增CVA6阳性标本中VP1编码区基因,并进行核苷酸序列测定与分析;利用MEGA6.06与GenBank代表株进行核苷酸同源性分析并构建系统进化树。结果2014-2016年采集的CVA6阳性标占在非EV71非CVA16阳性标本的82.39%,68株CVA6流行株之间VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%~100.0%和98.9%~100.0%,系统发育树显示97条CVA6序列共形成A-D 4个分支,其中D分支进一步分为D1-D3 3个亚分支。CVA6流行株中的5株处于D2亚分支,63株处于D3亚分支。结论新疆生产建设兵团地区2014-2016年手足口病非EV71非CVA16肠道病毒以CVA6为主,基于VP1系统发育分析分为A-D 4个分支,D分支中的D2和D3亚分支并存,其中D3亚分支是优势流行株。     

2011年上海地区轻、重症手足口病患者肠道病毒71型分离株VP1、VP4区的基因特征分析

目的 了解2011年上海地区手足口病重症和轻症患儿中肠道病毒71型(EV71)分离株VP1、VP4区的基因特征.方法 对来自2011年重症与轻症手足口病患儿的各5株EV71分离株进行VP1、VP4全序列的RT-PCR扩增测序,并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C基因型代表株进行核苷酸、氨基酸比对分析和系统进化分析.结果 轻、重症患儿的EV71分离株之间VP1基因的核苷酸同源性为96.0％～98.1％;VP4基因的核苷酸同源性为93.7％～99.5％.轻、重症患儿的EV71分离株与C基因型代表株比较接近,VP1区核苷酸同源性分别为86.9％～98.2％、87.4％o～98.5％,VP4区核苷酸同源性分别为85.5％～100.0％、84.5％～99.5％,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株(C4亚型)VP1区核苷酸同源性分别可达97.0％～98.2％、97.9％～98.5％,VP4区核苷酸同源性分别可达96.1％～100.0％、97.1％～99.5％.3例重症患儿分离株在VP1和VP4的天冬酰胺(N)282丝氨酸(S)、苏氨酸(T)7丙氨酸(A)同时发生变异.结论 2011年上海地区10例轻、重症手足口病患儿中分离的EV71流行株均属C基因型的C4亚型;3例重症患儿分离株在VP1和VP4的N282S、T7A同时发生变异.     

2009～2010年泰安市手足口病病原体基因型特征分析

目的检测泰安市手足口病的主要病原体EV71和CoxA16,并进行分子生物学分析,了解泰安市手足口病致病病毒的基因型特征。方法采用Real-time PCR法检测肠道病毒EV71和CoxA16;采用Nested PCR和RT-PCR扩增VP1区片段并测序。用DNASTAR、Bioedit、MEGA4等软件进行序列分析。结果与各基因亚型参考株的VP1序列进行对比,泰安市分离株EV71的基因亚型为C4a型,CoxA16可分为B1a、B1b两个基因亚型。结论泰安市分离株EV71属于我国的优势基因型C4a型。CoxA16可分为B1a、B1b两亚型,表明泰安市存在不同的传播链,对公众健康构成威胁,提示应加强对泰安市手足口病的监测及其流行规律的研究。     

2011-2014年福建省手足口病相关病原柯萨奇病毒A组4型的分子流行病学分析

目的 分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征.方法 应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗传进化分析.结果 2011-2014年,从福建省手足口病其它肠道病毒病例标本中分子分型33例CVA4病例,在407例的其它肠道病毒病例中的构成比为8.1％,其中2012年31例,2014年2例.CVA4病例在性别、年龄组分布特征,与一般手足口病流行特征相比,没有特异性.VP1区序列差异比较表明,2011-2014年福建省CVA4分离株之间VP1核苷酸及氨基酸序列相似性分别在92.6％～100％、95.7％～100％;与原型株及国外地方株的核苷酸序列相似性较低,分别为83.7％～85.4％、82.1％～89.1％,氨基酸序列相似性分别为96.1％～99.0％、90.4％～99.6％;与国内地方株核苷酸及氨基酸序列相似性较高,分别为87.9％～99.2％、96.1％～100％.进化树结果表明福建CVA4分离株与原型株及国外代表株的遗传距离远,与国内代表株的遗传距离近.福建CVA4分离株在进化树的分布呈多个分支.结论 CVA4已成为近年来福建省除EV71、CVA16、CVA6、CVA10外导致手足口病的又一重要病原体.福建CVA4分离株与国内地方株同进化共循环,在福建省各个地区同时流行多条亲缘关系接近的传播链.     

Efficacy of a Trivalent Hand,Foot, and Mouth Disease Vaccine against Enterovirus 71 and Coxsackieviruses A16 and A6 in Mice

Hand, foot, and mouth disease (HFMD) has recently emerged as a major public health concern across the Asian-Pacific region. Enterovirus 71 (EV71) and Coxsackievirus A16 (CVA16) are the primary causative agents of HFMD, but other members of the Enterovirus A species, including Coxsackievirus A6 (CVA6), can cause disease. The lack of small animal models for these viruses have hampered the development of a licensed HFMD vaccine or antivirals. We have previously reported on the development of a mouse model for EV71 and demonstrated the protective efficacy of an inactivated EV71 vaccine candidate. Here, mouse-adapted strains of CVA16 and CVA6 were produced by sequential passage of the viruses through mice deficient in interferon (IFN) α/β (A129) and α/β and γ (AG129) receptors. Adapted viruses were capable of infecting 3 week-old A129 (CVA6) and 12 week-old AG129 (CVA16) mice. Accordingly, these models were used in active and passive immunization studies to test the efficacy of a trivalent vaccine candidate containing inactivated EV71, CVA16, and CVA6. Full protection from lethal challenge against EV71 and CVA16 was observed in trivalent vaccinated groups. In contrast, monovalent vaccinated groups with non-homologous challenges failed to cross protect. Protection from CVA6 challenge was accomplished through a passive transfer study involving serum raised against the trivalent vaccine. These animal models will be useful for future studies on HFMD related pathogenesis and the efficacy of vaccine candidates.     

福州地区2012年柯萨奇A6型肠道病毒分子特征分析

目的对2012年福州地区分离的其他肠道病毒CVA6进行分子鉴定,并对其VP1部分序列进化分析。方法肛拭子标本采用RD细胞进行病毒分离,通过RT—PCR对分离株的VP1部分序列进行扩增、克隆和测序;经过Blast程序比对来确定病毒的基因型;通过Mega4．0软件对不同病毒株VP1部分序列的差异进行比较。结果从10份其他肠道病毒患者的肛拭子标本中分离到6株CVA6病毒。测序结果显示,该6株CVA6病毒核苷酸序列具有高度一致性,但与福州周边国家或地区CVA6的核苷酸一致性为91．8％～97．3％。结论2012年福州市HFMD的病源除Ev71和CVA16外,还包含CVA6病毒。序列分析表明,因此,应加强对手足口病例中其他肠道病原体的检测,并掌握其流行以及病毒遗传进化特征,为HFMD的防控提供科学依据。     

2013年贵州省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的鉴定分析

目的 研究2013年贵州省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的基因型别,并对分离的柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus,CVA4)进行基因特征分析。方法 2013年贵州省共报告15岁以下AFP病例235例,采用RD细胞和L20B细胞对235例AFP病例粪便标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定分型。通过MEGA7.0软件采用邻位相接法(neighbor joining method)构建遗传进化树进行基因特征分析,可靠性通过1 000 bootstrap值评估。结果 235例AFP病例中共检测到24株NPEV(10.2%),有2株无法定型,另外22株共包括12个血清型,其中人类肠道病毒(human enterovirus,HEV)A组包括4个血清型6株,其中3株为CVA4,均属于C2基因亚型;HEV-B组包括7个血清型15株,1株为HEV-C组,未分离到HEV-D组病毒。结论 2013年贵州省AFP病例病原谱包括多种型别的NPEV,其中CVA4基因特征分析表明2013年贵州地区流行的CVA4毒株为C2基因亚型。     

手足口病病例及其密切接触者病原检测与基因特征分析

目的了解广东省手足口病病例及其密切接触者病原体基因型,为科学防控手足口病提供依据。方法采集手足口病病例及其密切接触者的粪便标本,采用荧光定量PCR检测病原体基因,采用RDa细胞进行病毒分离,对毒株进行VP1区全序列分析。结果EVT1或CA16感染病例密切接触者均分别检出EVT1或CA16,阳性率分别为25．64％和38．03％;EV71毒株与C4亚型的C4a群同源性最高（98．50～98．7％）;5株CA16毒株与B1亚型的B1b群同源性最高（94．9％～97．1％）;16株CA16毒株与B1亚型的B1a群同源性最高（97．4％～98．1％）;病例与其密切接触者的EV71或CA16毒株核苷酸同源性分别为99．9％～100．0％和99．8％～100．0％。结论2010年广东省手足口病病原体EV71属C4亚型C4a群;CA16属B1亚型,包括Bla和B1b两个群;病例与其密切接触者病毒分离株的VP1区核苷酸高度同源,但存在变异现象。