中国南方四省区流行的HIV-1 CRFO 1 AE病毒株基因特征研究

目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征。方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-I感染者的血浆样本中提取病毒RNA, 用反转录/巢式PCR方法 扩增gag和erw基因片段, 对获得的CRFOI AE病毒株核酸序列进行系统进化分析, 并通过计算基闪距离和Entropy核苷酸多态性差异方法 分析毒株的遗传特征。结果 从210例CRF01 AE病毒株感染者中, 发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇。流行簇I 共有123例样本, 未发现与之直接相关的凶际参考毒株。流行簇Ⅱ共有57例样本, 与越南CRF01fiE病毒株关系密切, 且存在不同时间样本的混杂。gag和elgv基闪遗传距离分析结果 表明, 流行簇I内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果 显示, 在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异, erw基渊片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇I相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个, 多态性增加的位点有21个。结论 在中国南方四省区流行的CRF01—AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇。流行簇I病毒株为该地区最主要的CRF01 AE病毒株, 其流行时间相对较短, 在人群中所占比例较多, 可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株。流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性, 且存在与越南病毒株间的多次传播。     

北京地区流行的HIV-1 CRF01_AE株基因特征研究

目的 分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法 采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析,并通过计算组间距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析病毒株的遗传特征.结果 在CRF01 AE株序列系统进化树中存在4个主要的亚簇,Homo-Max亚簇包含67例样本,同参考株CM240组间基因 离散率为5.4%,组内离散率为2.8%;Hetero亚簇包含6例样本,组间基因离散率为4.8%,组内离散率为4.2%.Mix亚簇包含8例样本,组间基因离散率为4.2%,组内离散率为5.2%.Homo-Min亚簇包含18例样本,组间基因离散率为4.4%,组内离散率为2.8%.Homo-Max、Hetero和Homo-Min亚簇无其他国家的序列,Mix亚簇与越南和泰国CRF01 AE株关系密切;核苷酸多态性分析结果显示,以Mix亚簇为参照,Homo-Max、Homo-Min和Hetero亚簇分别有37、29和11个位点的核苷酸组成,差异有统计学意义.结论 北京地区流行的CRF01_AE病毒株中首次观察到4个独立的亚簇;Homo-Max亚簇株为最主要的CRF01_AE株;Mix亚簇株与来自于泰国和越南的CRF01 AE株有较高同源性.     

浙江省HIV-1 CRF01_AE流行株的分子特征分析

目的 分析艾滋病病毒1型(HIV-1)CRF01_AE重组毒株在浙江省的分子流行特征.方法 提取234例HIV-1感染者基因组DNA用巢式聚合酶链反应(nPCR)方法扩增gag部分基因片段,测定序列以后分析核苷酸和氨基酸序列.结果 在扩增阳性并成功测序的192个序列中HIV-1CRF01 AE有81个,占42%,是浙江省HIV主要的流行毒株之一.系统进化树中存在3个bootstrap值＞60的分支簇,其中MIX组包括47个序列,内部基因离散率为2.4%±0.7%,与参考株CM240的基因离散率为3.4%±0.5%;SEX组包括7个样本,组内基因离散率为3.0%±1.2%,与参考株的基因离散率为3.9%±1.0%;MSM组包括12个样本,组内基因离散率为2.8%±1.1%,与参考株的基因离散率为4.9%±0.6%,三者差别有统计学意义.特征性氨基酸分析表明MIX组、SEX组、MSN组共享序列与国际参考株共享序列之间分别存在2个、4个和8个位点的差异.结论 浙江省内HIV-1 CRF01 AE流行株中主要存在三个进化簇,其中两个簇与广西来源株密切相关.CRF01_AE毒株在浙江省内主要以异性性途径和注射吸毒形式传播.     

山东省HIV-1流行株多基因区亚型分析

目的 了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型，尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况，分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白（env）、核心蛋白（gag）、tat区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B，、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRF01-AE4种重组毒株，其中B’亚型数量最大71株（占77．2％），CRF01-AE9株（占9．8％），CRF07-BC、CRFOB-BC各3株（均占3．3oA），B、C和CRF02-AG各2株（占2．2％）。3个基因区env区变异最大，gag和tat相对保守。3种优势亚型中，A／E变异最大，B’次之，B’／C最保守。结论山东省HIV-1流行毒株亚型众多。各优势毒株发生了不同程度的变异，在山东省有流行加快的趋势，应加强防控。     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

西安市男男性行为人群感染HIV-1的分子流行病学研究

目的 了解西安市MSM感染HIV-1毒株亚型分布。方法 采集2010--2012年西安市确证的经男男同性传播的HIV感染者外周静脉血5ml,抗凝后分离血浆,提取总RNA,利用巢式反转录PCR扩增HIulgag和env基因,利用Mega5.2软件与国际参考序列进行拼接、比对、计算基因离散率和构建系统进化树;同时进行流行病学问卷调查,行为学调查重点包括性行为特征、吸毒史、献血史等。结果 168份样本中,165例gag与env序列分型结果 一致,分别为79例(47.0%)CRF01AE、74例(44.o%)CRF07BC、12例(7.1%)B亚型。3例gag与env序列分型结果不一致,分别为2例(1.2%)CRF01AE/A1、1例(0.6%)CRF07BC/CRF01AE。结论 西安市MSM感染HIV-1毒株亚型主要为CRF01AE、CRF07BC。     

深圳市男男性行为人群人类免疫缺陷病毒1型流行株的聚集性分析

目的研究深圳市男男性行为(MSM)人群人类免疫缺陷病毒1(HIV-1)亚型的聚集性,为艾滋病的预防治疗提供科学依据。方法 RT-PCR巢式扩增深圳市MSM人群HIV-1病毒的gag基因和env基因,结合HIV数据库和MEGA4.02软件分析测序结果,确定亚型;建立进化树,比较各亚型的组内基因离散率。结果深圳市MSM人群中HIV-1流行株以CRF01-AE为主,占53.0%,与CRF07-BC、CRF08-BC、B、C共同存在,各个亚型均形成了簇集(cluster);B亚型cluster的基因离散率最大(gag区:9.5%,env区:16.1%),CRF01-AE形成了3个独立的cluster。结论深圳市MSM人群中流行的HIV-1毒株是复杂的,并且不同亚型的毒株也有各自的变异,以CRF01-AE和B亚型最为典型,病毒基因的变异对病毒的表型,疾病的进程及耐药性的影响尚待进一步研究。     

郑州市男男性行为人群HIV-1毒株变异特征及其与既往有偿供血感染者的关系

目的 分析郑州市男男性行为者(MSM)中HIV感染者的毒株变异特点及其与当地有偿供血者中流行毒株的关系.方法 以郑州市2010年确证的31例MSM的HIV感染者和41例既往有偿供血HIV感染者为研究对象,采集血标本并收集流行病学信息.RT-PCR法扩增全部研究对象的HIV-1 gag、pol全长基因(分别为1584 bp和3147 bp)及env基因的C2V3片段(558 bp)并测序,使用LosAlamosHIV Database在线工具确定病毒基因亚型、绘制系统进化树并分析可能的传播关系.结果 在72例研究对象中,获得全长gag序列53条、pol序列38条、env(C2V3)序列48条;31例MSM的HIV感染者中,CRF01 AE亚型14例、CRF07_BC亚型5例、B亚型12例(B'亚型11例、B亚型1例),41例既往有偿供血的HIV感染者均为B'亚型.MSM人群的CRF01 AE亚型毒株与河北、辽宁省的毒株关系密切、CRF07 BC毒株与河北省石家庄和北京市的毒株关系密切.在MSM人群中的12条HIV-1 B亚型中,有8条聚集成簇并与1例有偿供血感染者的序列距离最近、2条形成可靠的进化簇且与02HNseq4的序列距离最近,提示MSM人群中的B'毒株可能来自有偿供血员,且在MSM人群中存在传播关系.结论 郑州市MSM人群中流行的HIV-1毒株遗传背景复杂、有多个来源.首次发现目前MSM人群中流行的HIV-1 B亚型毒株主要是B'亚型,可能来自当地的有偿供血人群.     

贵州省HIV-1毒株基因亚型变异特征分析

目的 分析贵州省人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型的变异特征,为获得性免疫缺陷综合征(艾滋病,AIDS)防治提供科学依据.方法 收集贵州省1998、2002、2007年HIV-1感染者190例,采集血液样品,采用巢式聚合酶链反应(nested PCR)扩增env基因并进行测序分析,与国际标准亚型毒株和其他地区阳性株进行对比,根据[同源性、离散率等]分析HIV-1毒株亚型的变异特征.结果 贵州省HIV-Ⅰ毒株经变异产生3种新亚型毒株,B、B′、C亚型通过基因重组变异为CRF 07-BC、CRF08 -BC流行性重组亚型毒株;E亚型毒株变异成了CRF01-AE重组亚型毒株;3种亚型毒株分别占当年核酸检测阳性数的63.41％、36.59％、52.10％;CRF07-BC、CRF08-BC与来源于印度的C.IN.92.同源,CRF01-AE与从欧美传入泰国的01 AE.TH90.同源;变异后的BC亚型组内基因离散率为(0.049±0.007)％,AE亚型的组内基因离散率为(0.064±0.008)％.结论 贵州省的HIV-1毒株具有高度变异特性;HIV-Ⅰ变异毒株在传播和流行中较易形成当地流行的优势毒株.     

2011-2013年柳州市部分HIV-1毒株gag基因测定及亚型分析

目的 了解2011-2013年柳州市人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus 1, HIV-1）亚型分布、流行毒株情况。方法 从2011-2013年柳州市HIV-1毒株样本中采用单纯随机抽样方法抽取120株作为研究对象,将120份样本从血浆中抽提核酸RNA,扩增HIV-1 gag基因片段,送至北京六合华大基因科技股份有限公司测序。合格序列利用数据库分析亚型以及利用MEGA5构建系统进化树。结果 得到合格的gag基因片段98条序列。来自gag基因片段的序列分析重组流行毒株（circulate recombinant forms, CRFs）的重组亚型CRF01_AE占95.9%（94/98）,异性传播比例为79.8%（75/94）;重组亚型CRF07_BC占4.1%（4/98）。样本1LZ022和1LZ032,1LZ025和3LZ029的bootstrap值分别为99.0%,100.0%,两两之间传播途径不同。结论 2011-2013年,柳州市HIV-1以重组亚型CRF01_AE为主。柳州市重组亚型CRF01_AE从吸毒人群向异性接触感染人群蔓延。利用系统进化关系结合传播途径,便于分析传染源,为艾滋病干预措施提供有力佐证。     

中国CRF01_AE亚型人类免疫缺陷病毒毒株的分子流行病学研究

目的　通过对两次全国范围人类免疫缺陷病毒 (HIV)毒株分子流行病学研究 (NationalMolecularEpidemicStudy ,NMES)中发现的CRF0 1_AE重组HIV 1毒株的分析 ,研究该重组型毒株在我国的流行特点和基因变异特征。方法　从HIV感染者血液中提取前病毒DNA ,使用套式聚合酶链反应 (nested PCR)扩增HIV 1的env基因C2～V4区 ,PCR产物直接测序并使用GCG软件包进行序列分析。结果　到 2 0 0 2年底 ,从全国 31个省市自治区采集的标本中发现CRF0 1_AE重组型样本 16 9份 ,分布在 17个省。虽然CRF0 1_AE重组型仍然以性传播人群为主 [NMES1为 6 2 2 % (2 3/ 37) ,NMES2为5 5 3% (73/ 132 ) ],但吸毒人群中感染该重组型的比例明显增加 ,由NMES1的 2 7% (10 / 37)增加到NMES2的 4 1 6 % (5 7/ 137)。系统树分析可明显看到NMES2吸毒人群流行毒株远离NMES2中性传播人群和NMES1吸毒人群流行毒株。NMES2吸毒人群流行毒株的V3区氨基酸较保守 ,但C3区第 6、8、9、10、12、15、16位氨基酸呈现出规律性变化。结论　CRF0 1_AE亚型已从东南沿海和西南边境扩散至内陆 ,吸毒人群中该亚型比例不断上升。NMES2吸毒人群和NMES1吸毒人群中流行的CRF0 1_AE重组毒株序列明显不同 ,显示其可能有新的来源 ,并呈现扩大流行的态势。     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

Genetic characterization and recombinant history of a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF101_01B) identified in Yunnan,China

The high frequency of multiple HIV-1 recombinant events among the B, C and CRF01_AE were constantly occurring in Yunnan China. Here, we characterized a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF) consisting of CRF01_AE and subtype B (CRF101_01B) from three epidemiologically unlinked individuals. Phylogenetic analysis based on near full length genome (NFLG) sequences revealed that CRF101_01B formed a distinct monophyletic cluster supported by a high bootstrap value of 100%, distantly related to all known HIV-1 CRFs. CRF101_01B had a CRF01_AE backbone with two B segments inserted, respectively, in the gag and pol region. Further, subregion tree analysis showed that CRF01_AE backbone and subtype B segment inserted originated from a Thailand lineage. In addition, our study found that CRF101_01B originated around the year 1996–1998. This findings described a novel HIV-1 CRF, and highlighted the importance of continual monitoring of genetic diversity and complexity of HIV-1 strains in Yunnan, China.     

北京市2006年HIV一1流行毒株的gag和env基因序列测定及亚型分析

目的监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律。方法采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份,分离血浆,提取病毒RNA,用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因,并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析表明北京户籍HIV-1感染者样品分别属于5个亚型,分别为B亚型9份,泰国B亚型2份、C亚型2份,流行重组型CRF07 BC亚型5份,流行重组型CRF01．AE亚型4份。结论北京市居民中已存在多种HIV-1亚型和流行重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

Molecular characteristic of HIV-1 CRF01_AE in Nanjing from 2015 to 2017

ObjectiveTo investigate the evolutionary dynamics and characteristic of the molecular transmission networks of HIV-1 CRF01_AE in Nanjing.MethodsViral samples were collected from 580 newly diagnosed HIV-1-infected patients. HIV-1 pol sequences were obtained and used for for molecular evolutionary analyses. The ML trees were constructed by MEGA 6.0 using under GTR+ G + I model with 1000 bootstrap replicates. The emergence and estimation of tMRCA and the evolutionary rate of the different CRF01_AE clusters were inferred using Bayesian phylogenetic analysis approaches implemented in the BEAST package. Pairwise genetic distances were calculated under the Tamura-Nei 93 model, a genetic distance threshold of ≤1.2% was used to identify potential transmission clusters. Network diagrams were plotted using Cytoscape 3.3.0.ResultsOf these HIV-1-infected patients, 551 (91.5%) were males. The largest number of infections were attributed to homosexual (462, 79.7%). A total of 518 full-length pol genes were successfully amplified, based on the phylogenetic analysis CRF01_AE was the most predominantly circulating strain (45.0%, 233/518). As shown in the ML tree, three distinct clusters were observed. The ‘Nanjing lineage’ 1, 2, 3 has an estimated tMRCA around1996.61, 1993.61, 1984.61 respectively. Of 233 Nanjing sequences, 123 (55.2%) distributed in 30 molecular clusters, average Links/node was 7.8 with range (1−33), most of Nanjing strains shared links with local strains.ConclusionHIV-1 CRF01_AE was the most predominantly circulating strain, the epidemic of CRF01_AE in Nanjing was driven by multiple clusters of HIV-1 strains, and most CRF01_AE stains in our study were estimated to have originated in China in the 1990s.     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

云南省昆明市HIV-1流行株pol基因序列特征分析

目的 了解云南省昆明市人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的亚型分布特征及其pol结构基因的变异特征.方法 随机抽取2015-2019年昆明市抗病毒治疗半年以上的样本390例,收集其流行病学信息,血浆提纯HIV-1 RNA,采用巢式聚合酶链式反应扩增...