2015—2020年湖南省感染性腹泻病原学及分子流行病学特征分析

目的 了解湖南省感染性腹泻的病原谱,追踪其分子流行病学演变趋势,为感染性腹泻的综合防治提供科学依据。 方法 通过哨点监测结合暴发疫情监测的方法,收集2015—2020年湖南省感染性腹泻标本,对细菌病原采用细菌培养、生化鉴定进行检测;对病毒病原采用分子生物学方法进行分型鉴定,并对部分PCR阳性标本进行序列测定。 结果 哨点医院主动监测的总阳性率为35.61%,病毒检出率20.26%高于细菌检出率11.26%,混合病原感染检出率为4.09%。细菌病原谱以沙门菌O∶4群鼠伤寒型为主,病毒病原谱以轮状病毒A组G9P[8]型和诺如病毒GⅡ.4Sydney[P31]型感染为主。不同监测、不同年份的病原谱构成及其基因型变迁规律各不相同:哨点医院监测细菌阳性率低而病毒阳性率高时,诺如暴发疫情随之增加;暴发疫情中诺如病毒感染为86.78%,其中69.43%为GⅡ型感染,12.42%为GⅠ型感染,混合感染占3.03%。诺如病毒暴发疫情具有明显季节性,优势基因型为GⅡ.2[P16]占42.97%。 结论 2015—2020年湖南省感染性腹泻病毒类病原体高于细菌类,鼠伤寒沙门菌、A组轮状病毒G9P[8]和诺如病毒GⅡ.4 Sydney [P31]是最主要的病原体和优势血清/基因型;GⅡ.2 [P16]是诺如病毒暴发流行的优势基因型;通过连续哨点监测的数据支持,提前为暴发疫情做好了防控,促成了湖南省感染性腹泻发病率的平稳下降。     

2008-2015年河南省A组轮状病毒基因型别变迁及流行病学特征研究

目的 分析2008-2015年河南省5岁以下腹泻儿童A组轮状病毒的感染状况,分子型别变迁及流行病学特征,为A组轮状病毒感染的监测、防控及爆发病例的调查及疫苗研发提供基线数据和方法学参考。方法 采集河南省4个监测哨点医院5岁以下儿童腹泻病例粪便样本2 510份,双抗体夹心ELISA法检测A组轮状病毒,阳性样本抽提病毒RNA,两步巢式多重RT-PCR进行G-P基因分型,同时收集患者流行病学与临床信息进行分析。结果 2510份腹泻样本共检出A组轮状病毒784份,总阳性率31.2%,各年的阳性率在17.4%~46.9%间,其中2013年阳性率最高(46.9%),2008年阳性率最低(17.4%)。轮状病毒检出率的季节性特征显著,存在秋季(9-11月份)和春季(3-5月份)两个较为显著的高峰。784株A组轮状病毒G分型以G1、G2、G3、G9为主;P分型以P[4]、P[8]为主;型别组合以G9P[8]、G2P[4]、G3P[8]、G1P[8]为主,还存在G13P[8]、G234P[8]、G39P[8]等混合感染型别;G1[8]、G3P[8]逐年递减,G9P[8]逐年递增,已成为河南省A组轮状病毒优势型别。A组轮状病毒感染病例男女性别比1.3∶1(450/334);阳性病例主要为4~12个月龄的婴幼儿患者(61.4%,481/784);城市阳性病例257例,阳性率26.4%(257/974);农村阳性病例527例,阳性率34.3%(527/1536),农村显著高于城市(χ2=18.15,P<0.001)。从临床体征看,大部分感染病例无发热、呕吐、脱水症状,出现发热、腹泻、呕吐、脱水等临床症状的病例多以轻症为主。结论 河南省5岁以下腹泻患儿中存在较高的A组轮状病毒感染率,以秋季和春季为主,秋季高于春季且存在混合感染病例;病原体可分为多种基因型别,G9P[8]为主要优势型别;病毒感染病例呈现不同的流行病学及临床特点,值得深入研究。     

广州地区病毒性腹泻的病原分布和病毒基因分型调查

摘要:目的　初步了解广州地区儿童和成人病毒性腹泻的病原学构成和分布情况及相关病毒的分子特征。方法　收集2012年11月-2013年5月于珠江医院就诊的腹泻患者的粪便标本,采用免疫层析法检测轮状病毒和腺病毒抗原,实时荧光PCR检测诺如病毒GI/GII,上述检测阳性标本进行病毒基因测序分型。结果　290例患者中,3种常见病毒的检出率分别为21.4%、15.5%和1.7%;男性患者病毒阳性率显著高于女性患者（χ2＝0.017,P＜0.05）;≤5岁患者轮状病毒阳性率最高,为28.49%（χ2＝0.017,P＜0.05）,＞5岁患者诺如病毒阳性率最高,为21.62%;轮状病毒性腹泻秋冬季节高发;轮状病毒G/P分型以G1P8、G9P8、G2P4和G3P8为主,占92.16%,诺如病毒共检测出8种基因型,以GII.4型为主,占53.33%;病毒合并其他常见腹泻病原体感染占病毒阳性标本的15.89%。结论　轮状病毒和诺如病毒分别是广州地区婴幼儿和成人病毒性腹泻的主要病原体,本地区流行的轮状病毒和诺如病毒优势株分别是G1P8和GII.4,诺如病毒基因型多样性更丰富;混合感染常见,需引起重视。     

感染性腹泻的实验室诊断

感染性腹泻是由于食品和饮水受细菌、病毒和寄生虫污染所致。常见的病原体有 :(1 )细菌 :霍乱弧菌、沙门菌、志贺痢疾杆菌、致病性大肠杆菌、弯曲菌等 ,属于革兰阴性菌 ;金黄色葡萄球菌属于革兰阳性菌 ,李斯特菌为革兰阳性的短小杆菌 ;(2 )病毒 :甲、戊型肝炎病毒和轮状病毒等 ;(3 )寄生虫 :溶组织阿米巴、蓝氏贾弟鞭毛虫等。粪便检查是最主要的实验室检查方法 ,包括粪便常规、免疫学检查和细菌培养及药敏试验。若为细菌感染 ,对可疑食物、患者呕吐物及粪便作细菌培养 ,能分离出同一致病菌。血常规见白细胞升高 ,多提示细菌性感染 ,血红蛋白…     

2015年呼和浩特市病毒性腹泻病原学监测结果

目的了解呼和浩特市2015年病毒性腹泻病原学分布特征,为病毒性腹泻防控工作提供参考。方法采集2015年1—12月内蒙古自治区妇幼保健院监测患儿粪便标本并进行问卷调查。结果 321份检测标本中,杯状病毒检出率最高,达到33.02%;其次为轮状病毒,为20.87%。轮状病毒G血清型检测,以G[9]型为主,占79.10%;P基因型检测中,以P[8]型为主,占80.60%。分别对4种腹泻病毒感染的不同性别、不同城乡分布进行比较,差异无统计学意义。结论杯状病毒中的诺如病毒是导致呼和浩特市5岁以下儿童腹泻的主要病原体;2015该地轮状病毒的主要流行株为G[9]P[8]。     

2011年西宁地区儿童腹泻病毒流行病学调查

目的:对2011年西宁市腹泻病毒进行流行病学调查,对青海省腹泻病毒流行株和流行趋势进行统计分析,为腹泻病毒引起的腹泻提供实验室资料,更好地控制病毒性腹泻的流行。方法:用巢式PCR和多重PCR方法对西宁地区488例婴幼儿腹泻标本进行腹泻病毒检测。结果:西宁地区腹泻儿童中腹泻病毒的检出率分别为:轮状病毒A组阳性33例(6.76%),其中G9型15例、G3型13例、P6型1例、P8型2例、P9型2例;轮状病毒B/C组阳性3例(0.61%);杯状病毒阳性23例(4.71%),其中扎如病毒17例、诺如病毒GⅡ型6例;星状病毒阳性7例(1.43%)。结论:轮状病毒A组和杯状病毒是西宁地区婴幼儿腹泻的主要病原体之一。     

广州市某哨点医院腹泻儿童蓝氏贾第鞭毛虫感染的分子流行病学调查

目的 了解广州市某哨点医院门诊腹泻儿童蓝氏贾第鞭毛虫感染现状和分子流行病学特征.方法 收集2012年6月～2013年5月广州市某哨点医院门诊腹泻儿童的人口资料学和粪便标本,采用巢氏聚合酶链式反应(nested-polymerase chain reaction,nested-PCR)方法检测粪便标本中的蓝氏贾第鞭毛虫.结果 348份粪便标本中蓝氏贾第鞭毛虫的检出率为4.60％ (16/348),发病年龄以3岁以内为主,检出率在患者的性别差异无统计学意义(x2=1.29,P=0.256),检出高峰为7～ 10月.检出的16株蓝氏贾第鞭毛虫经测序分型,14个分离株为集聚型A,2个分离株为集聚型B,其中A-Ⅰ亚型9株,A-Ⅱ亚型5株,B-Ⅲ亚型2株.结论 广州某哨点医院腹泻儿童存在蓝氏贾第鞭毛虫感染,检出高峰在7～10月,以3岁以内婴幼儿为主,主要流行集聚型A.     

北京市某区儿童腹泻病原谱分析

目的 分析北京市某区导致儿童感染性腹泻的病原谱,为儿童感染性腹泻科学防控提供参考。方法 收集2021年12月至2022年11月北京市某区儿童感染性腹泻病例基础信息和粪便标本,进行腹泻常见12种细菌和3种病毒核酸的荧光PCR检测,构建病原谱,分析病原流行特征。结果 共收集200例儿童感染性腹泻标本,病原总检出率为35.00%(70/200)。其中细菌检出率为26.00%(52/200),检出率前3位分别为致泻大肠埃希菌(12.50%,25/200)、沙门菌(9.00%,18/200)和副溶血性弧菌(5.50%,11/200);病毒检出率为10.50%(21/200),轮状病毒和诺如病毒检出率分别为4.00%(8/200)和6.50%(13/200)。在混合感染中,2种细菌混合感染检出率为5.00%(10/200),1种细菌和1种病毒混合感染检出率为1.50%(3/200)。不同季节细菌病原(χ²=16.225,P=0.001)和病毒检出率(χ²=35.184,P<0.001)差异均有统计学意义。结论 致泻大肠埃希菌、沙门菌、副溶血性弧菌、...     

2013—2018年襄阳市区腹泻病监测结果分析

目的了解襄阳市腹泻病病原学特征,为腹泻病的防控提供科学依据。方法采集2013—2018年襄阳市第一人民医院就诊的1341例儿科门诊及内科门诊、住院腹泻患者的新鲜粪便并进行病原学检测,分析其病原构成、人群及时间分布特征。结果1341粪便标本中,检出病原学阳性标本443例(33.04%),其中腺病毒检出率最高为8.28%(111/1341),主要为Ad31型以及其他呼吸道感染的腺病毒,其次为诺如病毒,主要为GII.3型和轮状病毒,主要流行株为P[8]G9,细菌性感染比例占1.04%(14/1341)。检出率性别差异无统计学意义(P>0.05);不同年龄组人群中,0~10岁组儿童感染比例最高为45.39%(256/564);4~6月腺病毒检出率最高,10~12月轮状病毒和诺如病毒检出率较高。结论襄阳市腹泻病由多种原因引起,以病毒性腹泻为主,主要病原体为腺病毒、诺如病毒和轮状病毒,细菌性感染比例较低,该研究对指导婴幼儿喂养和病毒性腹泻的防控提供了针对性的帮助。     

2015—2017年河源市感染性腹泻症状和病原学监测分析

目的 了解河源市感染腹泻流行状况和病原学分布特征,为疾病预防控制提供依据。方法 2015—2017年在河源市哨点监测医院开展腹泻症状和腹泻病毒监测,对符合病毒性感染腹泻病例定义的患者进行粪便标本的采集,应用ELISA方法检测轮状病毒,采用实时荧光RT-PCR方法检测诺如病毒、星状病毒、腺病毒,应用SPSS20.0软件进行统计学分析。结果 2015年5月—2017年4月河源市腹泻监测共采集673份标本,腹泻病毒总阳性率23.48%,分别检出诺如病毒(6.69%)、轮状病毒(16.79%),未检出星状病毒、腺病毒,诺如病毒均为GII型。71.11%的诺如病毒及80.53%的轮状病毒阳性标本来自5岁以下婴幼儿腹泻病例;60岁以上老年人腹泻病例总检出率为10.71%。轮状病毒在每年2月出现流行峰,诺如病毒在每年9—11月及2—3月出现检出率高峰。腹泻病例门诊就诊比例在0.36%与1.04%之间,与病原学检出率的秩相关分析呈显著正相关( 相关系数r＝0.493,P=0.014)。结论 诺如和轮状病毒是2015—2017年冬春季河源市感染腹泻的主要病原体,5岁以下婴幼儿是重点防控对象,结合腹泻症状监测可为疾病风险评估、预警提供可靠依据。     

2017年烟台市病毒性腹泻病原学监测分析

目的研究2017年烟台市病毒性腹泻病原学的分布特征,为感染性腹泻防治提供依据。方法采集烟台市二级以上医院2017年1月-12月的病毒性腹泻病例粪便标本。采用ELISA法检测轮状病毒(Rotavirus,RV),利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法对得到的阳性标本进行RV-A病毒的检测,用RT-PCR法进一步对阳性标本进行基因分型。诺如病毒(Norovirus,NV)利用qRT-PCR法检测并分型。利用SPSS 17.0软件进行数据统计分析。结果共检测753份标本,ELISA法检测轮状病毒阳性率为16.33%(123例),qRT-PCR法检测阳性率轮状病毒A组为13.94%(105例),诺如病毒为10.36%(78例)。轮状病毒腹泻主要在冬春季流行,3月和12月份阳性率较高。诺如病毒全年均可发病,主要在6月份流行。2种病毒各年龄段均可感染,轮状病毒婴幼儿感染居多。2种病毒感染无性别差异。轮状病毒A组基因型以G9型和P[8]型为主,诺如病毒基因型以GⅡ型为主。结论病毒性腹泻全年均可发生,各年龄组男女均可感染。轮状病毒阳性检出率较高,为烟台地区病毒性腹泻的主要病原。     

2012-2016年河北省5岁以下腹泻患儿轮状病毒感染情况及流行特征分析

目的 了解2012-2016年河北省5岁以下腹泻患儿轮状病毒流行病学特点和基因型别。方法 收集河北省病毒性腹泻监测哨点医院2012年1月-2016年12月0~59月龄腹泻患儿粪便标本1 614份。采用ELISA方法检测轮状病毒抗原,阳性标本采用RT-PCR法进行分型鉴定。采用SPSS 20.0软件对腹泻患儿轮状病毒的感染情况及流行特征进行分析。结果 1 614份标本轮状病毒抗原阳性率为45.23%(730/1 614),男女阳性率分别为42.96%(412/959)、48.55%(318/655),男女患儿差异有统计学意义(χ²=4.906,P=0.027)。轮状病毒感染呈现明显的季节性分布,秋冬季(11月-次年3月)检出率最高。轮状病毒感染在0~59月龄均有发生,集中在3~35月龄,占全部的96.44%,且随月龄增长呈现先升高后降低趋势,不同年龄组患儿中轮状病毒阳性率差异有统计学意义(χ² =94.369,P=0.000)。730例轮状病毒阳性标本在2012-2016年均以G9血清型为主,所占比例呈逐年上升趋势,P分型以P[8]为主。G/P组合以G9P[8]为主,占70.14%,其次为G2P[4],占7.53%。结论 2012-2016年,轮状病毒是河北地区5岁以下儿童病毒性腹泻的主要病原,秋冬季高发,G9P[8]为该地区的流行株。     

Changing pattern of prevalence and genetic diversity of rotavirus,norovirus, astrovirus,and bocavirus associated with childhood diarrhea in Asian Russia, 2009–2012

This hospital-based surveillance study was carried out in Novosibirsk, Asian Russia from September 2009 to December 2012. Stool samples from 5486 children with diarrhea and from 339 healthy controls were screened for rotavirus, norovirus, astrovirus, and bocavirus by RT-PCR. At least one enteric virus was found in 2075 (37.8%) cases with diarrhea and 8 (2.4%) controls. In the diarrhea cases, rotavirus was the most commonly detected virus (24.9%), followed by norovirus (13.4%), astrovirus (2.8%) and bocavirus (1.1%). Mixed viral infections were identified in 4.3% cases. The prevalence of enteric viruses varied every season. Rotavirus infection was distributed in a typical seasonal pattern with a significant annual increase from November to May, while infections caused by other viruses showed no apparent seasonality. The most common rotavirus was G4P[8] (56%), followed by G1P[8] (20.1%), G3P[8] (5.5%), G9P[8], G2P[4] (each 1.3%), six unusual (1.2%), and five mixed strains (0.5%). Norovirus GII.3 (66.5%) was predominant, followed by GII.4 (27.3%), GII.6 (3.7%), GII.1 (1.6%), and four rare genotypes (totally, 0.9%). Re-infection with noroviruses of different genotypes was observed in four children. The classic human astrovirus belonged to HAstV-1 (82%), HAstV-5 (8%), HAstV-4 (4.7%), HAstV-3 (4%) and HAstV-2 (1.3%). Consecutive episodes of HAstV-1 and HAstV-4 infections were detected in one child with an 8-month interval. Bocavirus strains were genotyped as HBoV2 (56.5%), HBoV1 (38.7%), HBoV4 (3.2%) and HBoV3 (1.6%). In the controls, norovirus strains belonged to GII.4 (n = 4), GII.1, GII.3, and GII.6, and HBoV2 strain were detected. Most of the detected virus isolates were characterized by a partial sequencing of the genomes. The genotype distribution of most common enteric viruses found in the Asian part of Russia did not differ considerably from their distribution in European Russia in 2009–2012.     

2018年昌平区感染性腹泻监测结果分析

目的 了解昌平区感染性腹泻病原分布特征以及病原菌耐药谱,为昌平区感染性腹泻病防控提供理论依据。方法 收集2018年5月—2019年4月昌平区唯一一家哨点医院肠道门诊腹泻病人粪便标本,进行分离培养、血清学鉴定及药敏实验检测。结果 380份腹泻标本中共分离病原菌68株,其中以沙门菌(23株)、副溶血性弧菌(22株)、致泻性大肠杆菌(21株)为主。副溶血性弧菌对头孢唑林的耐药率最高为81.8%,对其余抗菌药物敏感性较好;沙门菌对萘啶酸和磺胺异噁唑耐药率最高分别为73.9%和65.2%,且多重耐药现象严重;致泻性大肠杆菌总耐药率(76.2%)低于沙门菌(91.3%),且对氨苄西林的耐药率最高为47.6%。结论 2018年昌平区腹泻病原谱多样细菌性腹泻高发于夏季,病毒性腹泻发病率无明显季节差异;沙门菌耐药率高且多重耐药情况严重。     

深圳市2010－2015年轮状病毒腹泻流行特征分析

目的 分析深圳市轮状病毒腹泻的流行病学及病原学特征,为今后开展科学防控及探索研究方向提供依据。 方法 对“中国疾病预防控制信息系统”中上报的RV 腹泻病例信息和深圳市病毒性腹泻病原谱哨点监测系统数据进行分析。 结果 深圳市2010－2015年共报告轮状病毒腹泻113 823例,逐年发病率为150.17/10万、186.55/10万、147.08/10万、298.82/10万、146.76/10万和149.76/10万,平均为179.86/10万,2013年为最高峰。疫情每年约10月开始上升,11－12月为发病高峰;具有明显地区聚集特征,宝安、龙华等流动人口聚集的郊区高发,南山、福田等市区以及东部沿海大鹏新区低发;以男性为主,占61.8%;年龄以2岁以下为主,占83.2%。实验室病原学哨点监测阳性率月度分布趋势与疫情流行趋势一致;2011－2015年P基因型以P8为主,G血清型逐渐经过2011年G9为主,演变为2012年G9、G1和G3三足鼎立,至2013年高峰期以G1为主,2014年后又以G9为主。 结论 2010－2015年深圳市轮状病毒腹泻疫情总体平稳,但G血清型流行株的变化与疫情大幅波动有关。应加强流动人口聚集地区轮状病毒腹泻防控工作,重视轮状病毒分型监测和免疫策略探索。     

2011-2016年郑州地区5岁以下腹泻儿童病毒检测结果分析

目的 探讨郑州地区5岁以下儿童病毒性腹泻的流行特征及病原学种类。方法 收集2011-2016年郑州地区5岁以下腹泻住院儿童粪便样本1 285份,采用ELISA法检测样本中的A组轮状病毒抗原,并对阳性者采用RT-PCR进行G/P基因分型;采用RT-PCR/PCR检测杯状病毒、星状病毒及肠道腺病毒。结果 共检出阳性样本552份,其中混合感染样本29份,总阳性率为42.96%。4种病毒阳性率分别为:31.98%、6.54%、4.20%、2.49%。A组轮状病毒和杯状病毒全年均可检出,A组轮状病毒的发病高峰为秋冬季,基因分型以G9和P[8]为主;杯状病毒季节特征不明显,6月和9月阳性率稍高,以诺如Ⅱ型为主。1岁半以内儿童4种腹泻病毒感染率分别占93.67%、94.05%、90.74%、87.50%。结论 郑州地区5岁以下婴幼儿腹泻的主要病原为A组轮状病毒和杯状病毒,1岁半以内儿童是病毒性腹泻的高发人群。     

广东省2012年病毒性腹泻病原学特征分析

目的系统掌握广东省病毒性腹泻的病原学特征及变化趋势,为病毒性腹泻防治工作提供参考依据。方法在广东省选择广州、深圳、肇庆等11个地级市23家哨点医院,每家哨点医院每周至少收集≤5岁和〉5岁门诊就诊腹泻病例粪便样本各3份进行轮状病毒和诺如病毒检测。结果2012年广东省11个哨点监测市23家哨点医院共采集门诊腹泻病例粪便样本4644份,轮状病毒和诺如病毒阳性检出率分别为13．94％（645／4627）和22．14％（1028／4644）。轮状病毒≤5岁年龄组阳性率为18．60％（445／2393）,〉5岁年龄组阳性率为8．95％（200／2234）,差异有统计学意义（P〈0．01）。诺如病毒≤5岁年龄组阳性率为21．88％（524／2395）,〉5岁年龄组阳性率为22．41％（504／2249）,差别无统计学意义（P〉0．05）。轮状病毒阳性检出率最高的月份是1月,为41．50％（105／253）;诺如病毒阳性检出率最高的月份是10月,为40．15％（218／543）。从1028份诺如病毒阳性样本中随机抽取226份进行序列测定,结果显示诺如病毒基因型GII型203份、GI型23份。203份GIL型中,GIL4型172份（其中GIL 4Sydney2012变异株87份、GIL 42006b变异株78份、GIL42010变异株4份、未分型3份）。结论2012年广东省病毒性腹泻的优势病毒是诺如病毒,而诺如病毒占优势与出现新的诺如病毒GIL4Sydney2012变异株有关。     

2017-2019年湖北省病毒性腹泻哨点监测病例中诺如病毒流行及基因特征

  目的  了解湖北省2017-2019年病毒性腹泻哨点监测病例中诺如病毒(norovirus, NV)的流行病学特征和基因型别特征。  方法  收集2017年1月1日-2019年12月30日成人和儿童腹泻患者的粪便标本共1 957份,采用实时荧光RT-PCR法进行NV GI和GII型别鉴定;对NV检测阳性的GII型标本应用RT-PCR扩增开放阅读框(open reading frame, ORF)1/ORF2铰链区,将获得的PCR产物直接测序并进行基因型别和重组分析。  结果  男性和女性腹泻患者中NV阳性检出率差异有统计学意义(χ2 =5.18, P=0.023)。各年龄组腹泻患者间NV阳性检出率差异有统计学意义(χ2 =98.04, P＜0.001),其中1~＜2岁年龄组腹泻患者NV阳性检出率最高,为23.50%。2017-2019年湖北省NV感染呈现2个流行峰,高峰出现在10-12月间,低峰出现在3-4月。NV主要为GII基因型,其中以GII.4、GII.2和GII.3亚型为主。主要的重组型有GII.2[P16]、GII.4[P31]、GII.3[P12]和GII.4[P16]。  结论  2017-2019年湖北地区存在多种基因型NV的感染,并发现不同的重组亚型。加强NV的基因型别监测和重组分析有利于掌握NV的分子流行病学特征,为科学防控提供理论依据。