肿瘤抑制基因HTPAP单体型构建及其与肝癌转移潜能的关系

目的探讨肝细胞癌(HCC)患者肿瘤组织DNA的HTPAP基因单体型与肝癌转移潜能的关系。方法提取864例HCC手术样本DNA,应用焦磷酸测序行SNPs检测,并予单体型构建,分析其与肝癌转移潜能的关系。构建HTPAP启动子单体型pGL3质粒,并分别转染MHCC-97H、HepG2肝癌细胞和正常的肝Hela细胞,分析不同HTPAP启动子单体型对基因转录活性的影响。结果共发现6个SNPs位点[-1053A/G、+64G/C、+357C/G、+1648-/TAAG(无插入和插入TAAG等位基因分别以T/G示,后同)、+1838A/G、+3528C/T]。单体型构建发现HTPAP中共存在11个单体型,其中AGCTAC、GCGGGT、AGCTGC、GCGGAT四种单体型占94.75%。临床病理特征分析提示单体型GCGGGT与高转移潜能正相关(P=0.0003)。启动子序列中两个SNPs(-1053AG和+64GC)存在完全LD,故只有三种启动子单体型(-1053AA/+64GG、-1053AG/+64GC GC和-1053GG/+64CC);双荧光报告法发现三种单体型的HTPAP启动子都具有显著转录活性,其中-1053AA/+64GG单体型启动子转录活性较-1053GG/+64CC和-1053AG/+64GC单体型启动子强,差异具有统计意义(P=0.005,0.009)。结论肿瘤转移抑制基因HTPAP的GCGGGT单体型与HCC高转移潜能正相关。HTPAP启动子单体型对基因的转录活性有显著影响并与术后复发密切相关,提示HCC中HTPAP的不同SNP单体型可能是潜在侵袭转移和复发预后的预测指标。     

骨质疏松性骨折与OPG-IANK-IANKL系统基因多态 性的关联分析

目的从基因水平分析OPG-RANK-RAN^CL系统基因多态性与髋部骨质疏松性骨折的复杂关联关系。方法采用关 联分析,以OPG~RANK~RANKL基因为候选基因,以700个无关汉族个体为研究对象,对候选基因的75个SNP进行了分型实 验。根据分型结果,利用Haploview进行了单体型识别,并对单体型识别的结果与髋部骨折表型进行关联分析。结果 Haploview分析识别出了 OPG~RANK~RANKL基因每个单体域的单体型,并挑选出标签SNP。结论关联分析的结果表明,位 于OPG基因的SNP位点rs2460985、位于RANK基因的rs1805034、位于RANKL基因的rs9525625与髋部骨折之间存在相关性 (rs2460985,P =0. 0299 ;rs1805034,P =0. 0234 ; rs9525625,P =0.0144),这证明 OPG~RANK~RANKL 系统在调节骨代谢方面起 了重要的作用。利用haploview进行的单体型关联分析结果发现,OPG单体域1内CACC,RANK单体域1内AAAAA,RANKL 单体域1内CAAACC和单体域3内AAACACAA都与骨折存在关联,在病例组和对照组中的差异具有统计学意义(P <0.05)。     

骨质疏松性骨折与OPG-RANK-RANKL系统基因多态性的关联分析

目的从基因水平分析OPG-RANK-RANKL系统基因多态性与髋部骨质疏松性骨折的复杂关联关系。方法采用关联分析,以OPG-RANK-RANKL基因为候选基因,以700个无关汉族个体为研究对象,对候选基因的75个SNP进行了分型实验。根据分型结果,利用Haploview进行了单体型识别,并对单体型识别的结果与髋部骨折表型进行关联分析。结果 Haploview分析识别出了OPG-RANK-RANKL基因每个单体域的单体型,并挑选出标签SNP。结论关联分析的结果表明,位于OPG基因的SNP位点rs2460985、位于RANK基因的rs1805034、位于RANKL基因的rs9525625与髋部骨折之间存在相关性(rs2460985,P=0.0299;rs1805034,P=0.0234;rs9525625,P=0.0144),这证明OPG-RANK-RANKL系统在调节骨代谢方面起了重要的作用。利用haploview进行的单体型关联分析结果发现,OPG单体域1内CACC,RANK单体域1内AAAAA,RANKL单体域1内CAAACC和单体域3内AAACACAA都与骨折存在关联,在病例组和对照组中的差异具有统计学意义(P0.05)。     

钙敏感受体基因多态性与江西赣南地区含钙肾结石的相关性研究

目的:探讨钙敏感受体(calcium-sensing receptor,CaSR)基因多态性与江西赣南地区含钙肾结石(calcium nephrolithiasis,CN)的相关性。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,Real-time PCR)TaqMan-MGB探针法检测赣南地区220例含钙肾结石患者(CN组)和250例健康人群(对照组)CaSR基因rs9740、rs1501899、rs3749207、rs4678174、rs6776158、rs7652589、rs1042636、rs1801725、rs1801726、rs7632399和rs9883981位点单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),同时检测两组人群血钙和尿钙,应用R语言中SNPassoc 1.9-2和Haplo.stats 2.17.0软件分析CaSR基因型和单体型与含钙肾结石的相关性。结果:CN组中rs1501899位点的A等位基因频率高于对照组(P0.001);与对照组相比,CN组中rs1501899位点GG基因型频率显著增高(P0.001);CN组+对照组CaSR基因rs1501899 SNP位点GG型组尿钙(9.509±2.493)mg/dL显著高于AA型组(8.719±2.460)mg/dL(P=0.012)及AG型组(8.813±2.483)mg/dL(P=0.016)。基因单体型分析显示,AATCAGAGCAA、AGCTGAGGCGG单体型与CN的形成呈正相关(OR=1.57,95%CI=1.46～1.69;OR=1.55,95%CI=1.46～1.64),AGCTAGGGCAA与CN的形成呈负相关(OR=0.87,95%CI=0.79～0.96)。结论:CaSR基因多态性与江西赣南地区含钙肾结石的形成显著相关。     

Toll样受体2基因单核苷酸多态性与肝细胞癌易感性的关系

目的:研究Toll样受体2(TLR2)基因单核苷酸多态性(SNP)与肝癌易感性之间的关系。方法:采用病例组与对照组研究,收集211例肝细胞癌(肝癌组)和232例非肝细胞癌(对照组)外周血标本,对TLR2的5个SNP采用多重单碱基延伸SNP分型技术进行基因分型。采用卡方检验比较基因型在病例组与对照组之间分布的差异,采用非条件logistic回归分析多态基因型与肝细胞癌发生危险度的关系。结果:rs3804099、rs3804100基因型在肝癌组与对照组中的分布具有显著性差异(P<0.05)。rs3804099和rs3804100带CT突变杂合子与带TT的野生型纯合子比较,发生HCC的危险性显著降低;经年龄、性别校正后OR值分别为0.493(95%CI:0.331~0.736)和0.509(95%CI:0.342~0.759)(P<0.01)。结论:TLR2基因SNP与肝细胞癌的发生显著相关。     

膝骨关节炎与相关金属蛋白酶的基因多态性关联研究

目的探讨带有血小板凝血酶敏感蛋白样模体的解整链蛋白金属蛋白酶5(ADAMTS-5)基因单核苷酸多态性(SNP)与膝骨关节炎的关联性。 方法连续收集洛阳正骨医院188例膝骨关节炎患者作为病例组，对照组收集排除疾病诊断的100人。应用基因组变异服务器(GVS)网站选择ADAMTS-5基因共计15个SNP位点，采用基质辅助激光解析飞行时间质谱分析技术(MALDI-TOF-MS)进行SNP分型，先行哈迪温伯格(HW)平衡检测，对符合HW平衡的SNP位点等位基因进行卡方检验及单体型分析，对基因型进行logistic回归分析。 结果病例组rs2249350位点C等位基因显著多于对照组[比值比(OR)＝1.176，95%置信区间(CI)(1.025，1.351)，P＝0.016]，A等位基因显著少于对照组[OR＝0.761，95%CI(0.612，0.947)，P＝0.016]；rs2249350位点AA基因型[OR＝0.288，95%CI(0.124，0.669)，P＝0.004]及隐性基因模型[OR＝0.348，95%CI(0.162，0.749)，P＝0.007]均与膝关节骨关节炎负相关；rs229054、rs2249350两位点存在连锁不平衡，构成GC、GA、AC共3个单体型区块，其中病例组单体型GC显著多于对照组[OR＝1.259，95%CI(1.032，1.537)，P＝0.019]，而GA则显著少于对照组[OR＝0.763，95%CI(0.614，0.949)，P＝0.017]。 结论ADAMTS-5基因rs2249350位点C等位基因可能是膝关节骨关节炎的致病性因素，A等位基因则可能是保护性因素；rs2249350位点AA基因型可能是膝关节骨关节炎的保护性基因型，降低患病风险，且A等位基因可能为隐性基因，隐性遗传；rs229054、rs2249350位点GC单体型可能是膝关节骨关节炎的致病性因素，而GA单体型则可能是保护性因素。该位点等位基因、基因型及单体型与膝关节骨关节炎的关系仍需进一步深入研究和验证。     

陕西关中人群骨质疏松性骨折与雌激素受体β基因的关联分析

目的 探讨骨质疏松性髋部骨折(OHF)与雌激素受体β(ER-β)基因多态性的相关性.方法 采用群体关联分析的方法,对来自陕西关中人群的400例骨质疏松性髋部骨折患者和400例正常对照进行3个单核苷酸多态性(SNP)位点和单体型的病例对照研究.结果 共700个个体分型成功,haploview关联分析的结果 表明rs7154455,rs960070的多态性对骨折有影响;单体型分析的结果 表明,ER-β单体域GGT和CCT与骨折存在关联.结论 ①ER-β基因和我们所研究的陕西关中汉族群体的OF发病率关联;②ER-β基因可能对中国陕西关中汉族人群髋部OF发病率的变化起到影响.     

含缬酪肽蛋白基因单核苷酸多态性在肝细胞癌中的研究

目的:探讨含缬酪肽蛋白(valosin containing protein,VCP)基因不同位点单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的关系。方法:采用病例组与对照组研究,收集122例HCC(HCC组)和120例非HCC(对照组)外周血标本,对VCP基因的4个标签SNPs采用直接测序法进行基因测定分型。采用卡方检验比较基因型及等位基因在HCC组与对照组之间分布的差异,采用非条件Logistic回归分析多态基因型与HCC的关系。结果:rs546982位点等位基因及基因型在HCC组与对照组中的分布具有显著性差异(P<0.05)。携带rs546982位点AA基因型者比GG基因型者发生HCC风险低,而携带AA基因型的HCC病人比携带GG基因型的HCC病人发生脉管癌栓及淋巴结转移的风险高。位点rs2074549、rs607671、rs10972300的基因型在HCC组和对照组之间差异无统计学意义。结论:VCP基因多态性与HCC存在关联,rs546982位点AA基因型可降低HCC发生率,但可增加HCC病人的淋巴结转移及脉管癌栓的风险。     

血管生成相关基因多态性与肾透明细胞癌的相关性研究

目的 探讨血管生成相关基因多态性与肾透明细胞癌发病风险的关系. 方法 选取2005年6月至2012年9月收治的859例经病理检查证实的肾透明细胞癌患者及1 004例健康对照人群,采集研究对象外周血,在7个与血管生成有关的基因中(HIF1A,EPAS1,VEGFA,VEGFR1,VEGFR2,VEGFR3和PDGFRB)筛选出24个候选单核苷酸多态性位点,采用单碱基微测序技术进行基因分型.应用Logistic回归模型调整混杂因素后,分析各基因型与肾透明细胞癌发生的关系.结果 24个SNP位点中19个对照组基因型均符合遗传平衡定律.VEGFA基因rs2010963位点,VEGFR1基因rs3812867位点,VEGFR3基因rs1382302、rs448012、rs 1049095位点等5个位点的多态性与肾透明细胞癌发生显著相关(P＜0.05).多重检验校正后,仅有VEGFA基因rs2010963位点和VEGFR3基因的rs448012位点与肾透明细胞癌发生存在相关性(P＜0.05).VEGFA基因rs2010963位点携带CC/GC基因型的患者较携带GG基因型患者的肾透明细胞癌发病率显著升高(FDR=0.048,OR=1.38,95％ CI:1.13 ～ 1.69),VEGFR3基因rs448012位点携带CC/GC基因型的患者肾透明细胞癌的发病率显著高于携带GG基因型的患者(FDR=0.045,OR=1.36,95％CI:1.12～1.66). 结论 VEGFA基因的rs2010963位点与VEGFR3基因的rs448012位点多态性与肾透明细胞癌发病相关.     

胃癌发生与XPC基因单倍型的关系

目的 探讨XPC基因多态性位点rs2228000和rs2228001位点与胃癌发生风险的关系.方法 采用聚合酶链反应.限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对203例胃癌患者和210例对照者进行XPC基因rs2228000位点和rs2228001位点多态性检测;并采用PHASE 2.0软件构建这两个多态性位点的单倍型,以非条件Logistic回归校正混杂因素,进行多态性与胃癌风险相关性的统计学分析.结果 XPC基因多态性位点rs2228000与rs2228001在胃癌与正常对照组之间差异无统计学意义(P>0.05).该两个SNPs构建的单倍型AT与CT与胃癌的易感关联的差异有统计学意义(P<0.01),OR值分别为2.62,10.51;分层分析显示AT与cT单倍型在性别、吸烟、饮酒、年龄分层中的差异均有统计学意义(P<0.05),且在AT单倍型中随年龄的增大,OR值逐渐增高,在<50岁、50～60岁、>60岁3个年龄层中OR值分别为1.91(95%CI:1.08～3.38)、3.49(95%CI:1.50～8.15)、5.43(95%CI:1.58～18.67).结论 XPC基因rs2228000与rs2228001多态性位点的单倍型与胃癌的发生明显相关.