2011年天津市手足口病病原检测与基因特征分析

目的对天津市2011年手足口病(HFMD)进行病原学检测,并对引起HFMD的肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)进行基因特征分析,为天津市HFMD的防控提供基础资料。方法采用Real time RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,用人横纹肌瘤(RD)细胞对部分阳性标本进行病毒分离;随机挑取16株EV71病毒分离株和9株CVA16病毒分离株,进行VP1区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果共检测HFMD疑似病例1 853例,总阳性率为70.91%(1314/1853),其中EV71占49.10%,CVA16占21.61%,EV71和CVA16双阳性占0.91%,其他肠道病毒(EV)占28.46%。16株EV71分离株与C4a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(97.3%～99.1%),属于C4a基因亚型;9株CVA16分离株与B1b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(94.9%～95.4%),属于B1b基因亚型。结论 2011年引起天津市HFMD的EV71型病毒流行株为C4a基因亚型,CVA16型病毒流行株为B1b亚型,并兼有一定比例的其他肠道病毒。     

2011年上海地区轻、重症手足口病患者肠道病毒71型分离株VP1、VP4区的基因特征分析

目的 了解2011年上海地区手足口病重症和轻症患儿中肠道病毒71型(EV71)分离株VP1、VP4区的基因特征.方法 对来自2011年重症与轻症手足口病患儿的各5株EV71分离株进行VP1、VP4全序列的RT-PCR扩增测序,并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C基因型代表株进行核苷酸、氨基酸比对分析和系统进化分析.结果 轻、重症患儿的EV71分离株之间VP1基因的核苷酸同源性为96.0％～98.1％;VP4基因的核苷酸同源性为93.7％～99.5％.轻、重症患儿的EV71分离株与C基因型代表株比较接近,VP1区核苷酸同源性分别为86.9％～98.2％、87.4％o～98.5％,VP4区核苷酸同源性分别为85.5％～100.0％、84.5％～99.5％,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株(C4亚型)VP1区核苷酸同源性分别可达97.0％～98.2％、97.9％～98.5％,VP4区核苷酸同源性分别可达96.1％～100.0％、97.1％～99.5％.3例重症患儿分离株在VP1和VP4的天冬酰胺(N)282丝氨酸(S)、苏氨酸(T)7丙氨酸(A)同时发生变异.结论 2011年上海地区10例轻、重症手足口病患儿中分离的EV71流行株均属C基因型的C4亚型;3例重症患儿分离株在VP1和VP4的N282S、T7A同时发生变异.     

手足口病患儿密切接触家属分泌物肠道病毒检测分析

目的 了解手足口病（HFMD）患儿密切接触家属呼吸道、消化道分泌物肠道病毒检出情况.方法 随机选取HFMD患儿密切接触家属50例,分别于患儿入院（急性期）及出院时（恢复期）采集咽拭子、粪便标本共200份,应用荧光定量RT-PCR方法进行肠道病毒（EV）核酸检测,包括EV、EV71、柯萨奇A组16型（CoxA16）.结果 EV阳性患儿密切接触家属总EV阳性率78％,其中97.3％为隐性感染者.HFMD患儿密切接触家属EV阳性检出率粪便明显高于咽拭子（P≤0.05）,且在患儿疾病恢复期阳性率高于急性期（P≤0.05）,尤其是粪便标本（P≤0.05）.结论 手足口患儿病密切接触家属EV隐性感染率高,应加入防控重点范围.     

烟台地区病毒性脑炎病毒分离与病原学分析

目的了解烟台地区病毒性脑炎病原谱及其基因特征。方法采集烟台地区病毒性脑炎患者脑脊液46份及粪便标本10份,通过细胞培养分离病毒,RT-PCR扩增肠道病毒VP1区并测序,进行基因序列分析。结果从46例病毒性脑炎患者脑脊液标本中分离到11株病毒,分离率为23.91%,10份粪便标本中分离病毒5株。16株病毒经鉴定7株为肠道病毒,其中EV71型4株。EV71与其他地区流行株VP1区序列差异较小。结论烟台市病毒性脑炎以肠道病毒为主,有EV71型流行,与其他地区流行株相比,EV71型VP1区基因变异较小。     

山东省部分地区肠道病毒71型的RT-PCR检测及基因特征分析

目的采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测2008年山东省部分地区手足口病（HFMD）患者肠道病毒71型（EV71）,对毒株进行诊断及基因特征初步分析。方法以肠道病毒特异引物对EV71进行RT-PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳鉴定阳性标本,纯化后与pGEM-T载体连接,转化大肠埃希菌DH5α,筛选后测序,所得序列与我国阜阳、深圳、台湾株及美国EV71标准流行株的核苷酸序列在线进行BLAST比对,分析其同源性。结果42份标本中检出EV71 33例（78.57%）,所得序列经种系进化分析,与阜阳2008年HFMD暴发分离株同源性为98.7%99.1%,与深圳1998年HFMD散发分离的EV71毒株同源性为93.4%93.8%,与台湾1998年HFMD病例分离毒株同源性为91.2%91.6%,与美国EV71毒株同源性为79.2%79.7%。有9株EV71的563位苏氨酸（T）替代了EU703813的异亮氨酸（I）。结论EV71 C4亚型是2008年山东省部分地区HFMD暴发流行的病原,同源性分析表明山东省部分地区EV71分离株与阜阳、深圳及台湾地区分离株有较高的同源性,提示该病毒在中国大陆有较广泛的传播。     

轻或重症手足口病患儿HEV71分离鉴定及其VP1基因型分析

目的 从不同病情手足口病(HFMD)患儿中分离鉴定人肠道病毒71型(HEV71)并分析其VP1基因型及药物结合位点突变情况。方法 从2014年浙江省绍兴地区轻、重症各4例HFMD患儿标本中分离HEV71并用RT-PCR进行鉴定。采用RT-PCR扩增病毒分离株全长VP1基因并测序。采用专业生物信息学软件,对HEV71分离株进行VP1基因分型、确定VP1基因中药物结合位点突变情况及构建HEV71分离株系统进化树。结果 8例HFMD患儿标本中均分离出HEV71。HEV71分离株与文献报道的VP1-C4a基因亚型的核苷酸和氨基酸序列相似性分别高达97.2%~98.8%和99.3%~99.7%。2例重症患儿HEV71分离株分别在VP1基因序列第179位药物结合位点发生V179L点突变。5株HEV71与安徽和湖南分离株、3株与上海和山东分离株亲缘关系较近。结论 本地区不同病情HFMD患儿分离的HEV71均为VP1-C4a基因亚型,重症患儿HEV71分离株VP1基因第179位药物结合位点突变可能与病情严重程度有关。     

手足口病患儿感染肠道病毒71型全基因组基因特征分析

目的从手足口病患儿粪便中分离肠道病毒71型(EV71),对其进行全基因组测序,了解秦皇岛市EV71全基因组基因特征,为手足口病的综合防治提供依据。方法从秦皇岛市各医院收集手足口病患儿粪便标本,进行EV71检测,阳性标本进行病毒分离及核酸提取,通过RT-PCR进行全基因组序列扩增,通过电泳、测序及序列拼接一系列操作分析其基因特征。结果用提取的核酸扩增出7 406bp的目的基因片段测序后与已记录的EV71相应序列进行比对完全一致,且测序峰图较好,可信度也较高;各基因片段间通过核苷酸序列拼接后得出,秦皇岛市医院EV71全基因组序列长7 406bp,编码区各基因片段的长度分别为:2A450bp、2B297bp、2C987bp、3A258bp、3B66bp、3C549bp、3D1 386bp、VPl 891bp、VP2 762bp、VP3 726bp、VP4 207bp。结论秦皇岛市EV71分离株为C4a型全基因组序列长7 406bp,可为当地手足口病的防控提供参考。     

黄梅县手足口病临床分离株的基因型分析

目的:了解手足口病暴发高峰时段临床患者的咽拭子标本中分离出的人肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的基因型,为手足口病的防治提供依据。方法:将手足口病高峰时期收集的咽拭子标本109份进行病毒分离鉴定,对分离到的4株EV71型病毒株的227bp VP3-VP1基因序列和3株CA16株的736bp VP1-2A基因序列进行基因测序,并进行系统进化分析。结果:检测到的4株EV71分离毒株均属C4a亚群,3株CA16分离毒株均属于B1b亚群。结论:2013年黄梅县手足口病暴发高峰时段的EV71流行株为C4a亚群,CA16流行株为B1b亚群。     

2009～2010年泰安市手足口病病原体基因型特征分析北大核心CSCD

目的检测泰安市手足口病的主要病原体EV71和CoxA16,并进行分子生物学分析,了解泰安市手足口病致病病毒的基因型特征。方法采用Real-time PCR法检测肠道病毒EV71和CoxA16;采用Nested PCR和RT-PCR扩增VP1区片段并测序。用DNASTAR、Bioedit、MEGA4等软件进行序列分析。结果与各基因亚型参考株的VP1序列进行对比,泰安市分离株EV71的基因亚型为C4a型,CoxA16可分为B1a、B1b两个基因亚型。结论泰安市分离株EV71属于我国的优势基因型C4a型。CoxA16可分为B1a、B1b两亚型,表明泰安市存在不同的传播链,对公众健康构成威胁,提示应加强对泰安市手足口病的监测及其流行规律的研究。     

2009～2010年泰安市手足口病病原体基因型特征分析

目的检测泰安市手足口病的主要病原体EV71和CoxA16,并进行分子生物学分析,了解泰安市手足口病致病病毒的基因型特征。方法采用Real-time PCR法检测肠道病毒EV71和CoxA16;采用Nested PCR和RT-PCR扩增VP1区片段并测序。用DNASTAR、Bioedit、MEGA4等软件进行序列分析。结果与各基因亚型参考株的VP1序列进行对比,泰安市分离株EV71的基因亚型为C4a型,CoxA16可分为B1a、B1b两个基因亚型。结论泰安市分离株EV71属于我国的优势基因型C4a型。CoxA16可分为B1a、B1b两亚型,表明泰安市存在不同的传播链,对公众健康构成威胁,提示应加强对泰安市手足口病的监测及其流行规律的研究。     

2008年上海及周边地区婴幼儿手足口病病原学研究

目的 了解2008年上海及周边地区婴幼儿手足IZl病病原体分布情况及其基因特征.方法 采集2008年5月至6月手足口病流行期间复旦大学附属儿科医院及浙江省德清市住院患儿咽拭标本,部分患儿同时采集脑脊液标本,分别接种于Vem、MRC-5及RD细胞进行病原体分离,RTPCR检测肠道病毒属、柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)、肠道病毒71型(EV71),并对扩增产物测序鉴定.结果 100例患儿的107份咽拭和22份脑脊液标本中,共计50例患儿的咽拭标本致细胞病变,经鉴定肠道病毒感染37例,占74.0%,其中EV71为26例,占52.0%(26/50例),CoxAl6为10例,占20.0%(10/50例),其他肠道病毒(CoxB3)1例,占2.O%(1/50例);肠道病毒属外的其他病原体13例,占26.0%,且其中1例患儿的脑脊液标本致Vero细胞病变.所有26例EV71病毒株与2008年中国浙江省及安徽省阜阳市EV71病毒株相似,同属于C基因型;10例CoxA16病毒株均属于C遗传世系.结论 手足口病病原复杂,2008年上海及周边地区婴幼儿手足口病的主要病原体仍是EV71和CoxA16,但尚存在一定比例的其他未知病原体.     

2010年上海地区肠道病毒71型分离株VP1区基因特征分析

目的 了解2010年上海地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区基因特征.方法 选取2010年不同时间的轻症与重症病例EV71分离株18株,对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定、比对,并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C各基因型分离株序列进行比对,构建系统发生树.结果 上...     

手足口病病例及其密切接触者病原检测与基因特征分析

目的了解广东省手足口病病例及其密切接触者病原体基因型,为科学防控手足口病提供依据。方法采集手足口病病例及其密切接触者的粪便标本,采用荧光定量PCR检测病原体基因,采用RDa细胞进行病毒分离,对毒株进行VP1区全序列分析。结果EVT1或CA16感染病例密切接触者均分别检出EVT1或CA16,阳性率分别为25．64％和38．03％;EV71毒株与C4亚型的C4a群同源性最高（98．50～98．7％）;5株CA16毒株与B1亚型的B1b群同源性最高（94．9％～97．1％）;16株CA16毒株与B1亚型的B1a群同源性最高（97．4％～98．1％）;病例与其密切接触者的EV71或CA16毒株核苷酸同源性分别为99．9％～100．0％和99．8％～100．0％。结论2010年广东省手足口病病原体EV71属C4亚型C4a群;CA16属B1亚型,包括Bla和B1b两个群;病例与其密切接触者病毒分离株的VP1区核苷酸高度同源,但存在变异现象。     

2010—2013年常州地区手足口病病原学分析

目的对2010—2013年常州地区手足口病病原体检出情况进行分析。方法选取2010年1月—2013年12月常州地区1945例手足口病患儿的肛拭子和咽拭子标本。用实时荧光定量聚合酶链反应对所有标本进行肠道病毒核酸检测,比较不同年份、不同年龄组、不同性别、不同部位标本检出的病原体型别分布及总阳性率。结果 1945例手足口病患儿中,检出肠道病毒(enterovirus,EV)71型591例(30.39%),柯萨奇病毒A组(coxasckievirus A,Cox A)16型526例(27.04%),其他肠道病毒476例(24.47%)。不同年份病原体型别分布不同(P0.05):2010和2012年以Cox A16型最多,EV71次之;2011年以EV71最多,Cox A16型次之;2013年以非EV71、Cox A16其他的EV型最多,EV71型次之。在总体阳性率方面,除1~岁组高于0~岁组外,其余各组间差异均无统计学意义。不同年龄组3种病原体型别分布差异具有统计学意义,其中0~岁组和1~岁组均以非EV71、Cox A16型最多,EV71次之,Cox A16最少;3~岁组和6~岁组均以EV71最多,Cox A16型次之,非EV71、Cox A16的其他EV型最少。肛拭子组阳性率显著高于咽拭子组。结论 EV71和Cox A16型是2010—2013年常州地区手足口病主要病原体,3~6岁儿童是高发人群,肛拭子总阳性检出率高于咽拭子。     

海南西部地区手足口病流行病学及病原学特征分析

目的了解2012—2015年海南西部地区手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)流行病学及病原学特征,为防控工作提供依据。方法收集2012年1月—2015年12月海南西部地区10 258例HFMD患儿的资料,分析其流行病学特征。对粪便或咽拭子标本采用实时荧光定量PCR扩增基因序列进行肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A组(Coxasckie virus A,CA)16型和其他肠道病毒核酸检测。结果 2012—2015年海南西部地区累计报告HFMD患儿10 258例,年发病率为121.34/10万,病死率为0.19%。HFMD患儿发病年龄主要集中在5岁儿童,其中1~3岁组发病率最高,占69.31%。HFMD发病有明显的季节性,发病高峰出现在5—8月,呈单峰分布。实验室诊断率为60.20%(6175/10 258),其中EV71阳性3907例(63.27%),CA16阳性875例(14.17%),其他肠道病毒阳性1393例(22.56%)。EV71和CA16感染构成比随季节变换而发生变化,EV71构成比在5月份高达74.28%(719/968),CA16构成比在8月份高达19.44%(146/751)。重症患儿和死亡患儿均以EV71感染构成比最高,分别占80.00%(20/25),81.82%(9/11)。结论海南西部地区HFMD疫情处于高流行态势,5岁儿童是主要发病人群,EV71和CA16为主要病原,应采取相应措施,更好防控HFMD的发生和流行。     

成人手足口病四例患者肠道病毒71型的检测及核苷酸序列分析

目的 了解成人手足口病的病原体,并分析肠道病毒71型(EV71)核苷酸序列特征.方法 RT-PCR技术对4例成人手足口病患者标本进行肠道病毒基因检测,并测定EV71核苷酸序列,所得序列通过BLAST程序作EV71序列的进一步确认,与基因库中不同基因型EV71核苷酸序列进行比对分析、同源性分析,并构建种系进化树.结果 4例患者肠道病毒通用引物和EV71特异性引物RT-PCR检测均阳性.经BLAST分析,测序所得4条核苷酸序列(分别命名为GZl9610、GZ99310、GZ99355和GZ46477)与EV71毒株序列同源.序列分析表明,4条核苷酸序列之间的同源性为96.O%～99.1%,与2008年初我国安徽省阜阳市暴发的手足口病疫情所分离的EV71毒株同源性最高.EV71序列遗传进化分析确定其均为EV71基因亚型C4,与阜阳、深圳、重庆、上海地区及2004年我国台湾地区流行毒株基因型一致,且距离最近.结论 成人也可感染EV71引起手足口病,与我国现在及既往流行病毒株相比,此次4例成人手足几病患者感染的EV71未发生大的变异;应加强对成人手足口病患者的隔离治疗,以免其传播病毒引起疾病更大的流行.     

1323例手足口病流行病学特征及EV71检测结果分析

目的 研究2011年深圳市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的流行病学特征和肠道病毒(enterovirus,EV)71的季节分布规律。方法 以2011年我院1323例HFMD住院患者为研究对象,对该病发生的地区、时间、人群分布进行统计。运用反转录聚合酶链反应方法对所有HFMD患者粪便标本进行EV71和柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CoxA16)检测。结果 HFMD患者多来自原特区外,除2月有零星发病外,全年均有散在流行,1~4岁年龄段多发;1323例患者中EV71阳性175例(13.2%),CoxA16阳性20例(1.5%);EV71阳性患者主要分布在5、6、7月,占总阳性患者的62.9%。结论 HFMD仍然是深圳市重要的公共卫生问题,应对其保持高度警惕。在2011年HFMD高发季节,EV71仍是实验室诊断的主要病原。     

2012年天津市手足口病病原与分子流行病学分析

目的对天津市2012年的手足口病病例进行病原学检测,并对引起HFMD流行的肠道EV71型（EV71）和柯萨奇A组16型（CVA16）病毒进行分子生物学特征分析。方法利用Real—time PCR检测HFMD疑似病例标本,用人横纹肌肉瘤（RD）细胞对Real—time PCR检测阳性的部分病例标本进行病毒分离。随机挑取9株EV71病毒分离株和8株CVA16病毒分离株,采用PCR扩增VPl全基因,并进行核苷酸序列和遗传进化分析。结果共检测HFMD疑似病例1829例,肠道病毒总阳性率为81．30％（1487／1829）,其中EV71占39．88％,CVA16占38．33％,其他EV占21．79％。9株EV71分离株与C4亚型的C4a分支代表株的核苷酸序列同源性为97．3％～98．5％,均归属于C4a分支;8株CVA16分离株与B1亚型代表株的核苷酸序列同源性为92．9％～97．1％,其中7株属于B1b分支,1株属于B1a分支。结论导致天津市2012年HFMD流行的EV71为C4亚型中的C4a病毒株,CVA16为B1亚型的B1b病毒株。