不同产地温莪术遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析＊

目的 采用简单序列重复区间（ISSR）分子标记技术分析不同产地温莪术的遗传多样性和亲缘关系。方法 以3个产地8个温莪术居群的42个样品为材料，从20条ISSR引物中筛选出6条进行PCR扩增，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测后，利用PopGene 32软件对不同居群ISSR标记结果进行多态性分析，通过UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。结果 6条引物共扩增出 42 个多态性位点，居群水平多态位点平均百分率为29.17%。居群间遗传分化系数Gst为0.3886，居群间每代个体的基因流系数（Nm）为 0.7868。8个居群遗传一致性范围为 0.8481-0.9736，遗传距离范围为 0.0268-0.1647。结论 供试8个温莪术居群之间的遗传多样性水平偏低，遗传变异较少，基因流动性水平较低。本研究的开展为温莪术的引种栽培及育种提供了一定的分子生物学依据。     

明党参与川明参群体遗传结构及分子鉴定的ISSR分析

目的:明党参和川明参群体遗传遗传多样性、遗传结构及分子鉴定的研究。方法:对7个不同野生群体的明党参和1个栽培群体的川明参进行ISSR分析。利用POPGENE分析软件分析了群体的遗传多样性和遗传结构。结果:共检测了152个位点,总的多态性位点百分率P为90.8％,群体遗传分化值Gst为57.5％,明党参群体水平的遗传多样性(A=1.272;P=27.26％;I=0.132;H=0.087)高于川明参群体(A=1.217;P=21.7％;I=0.103;H=0.067)。结论:明党参的遗传多样性较高,遗传变异主要存在于不同群体间。川明参的遗传多样性低于明党参。聚类分析结果表明,川明参与明党参在DNA水平出现了相当的遗传分化。并通过ISSR分析筛选出了川明参一个特有的分子标记。对明党参和川明参的系统发育关系也进行了探讨。     

基于ISSR和SRAP分子标记的黄精种质遗传多样性研究

目的 研究黄精Polygonati Rhizoma居群遗传多样性,为黄精药材资源保护和新品种培育提供依据。方法 以4个居群22个种源47份黄精种质资源为材料,选用14条ISSR和11对SRAP分子标记进行多态性检测、遗传多样性比较和聚类分析,揭示黄精种质的遗传多样性及地理分布特征。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出186和142条清晰带数,其中多态性条带数分别为185和140,多态性比率（percentage of polymorphic bands,PPB）分别为99.46%和98.59%;遗传多样性分析显示,ISSR和SRAP标记下基因分化系数（G_st）分别为0.279 9和0.231 6,即黄精遗传变异主要发生在种群内,居群间基因流（N_m）分别为1.286 4和1.659 3,遗传相似系数在0.053 3~0.948 1和0.032 8~0.967 7。聚类结果显示,相同黄精药材基原种质聚在一起,ISSR和SRAP标记分别将黄精居群分为5和3大类群,且以ISSR标记的聚类结果更符合实际地域分布。结论 黄精种质遗传多样性丰富,ISSR和SRAP标记可适用于黄精亲缘性鉴定,研究结果可为黄精资源的保护和育种提供一定参考。     

秦皇岛柽柳ISSR遗传多样性分析与指纹图谱构建

目的 研究河北省秦皇岛市柽柳居群遗传多样性和亲缘关系,也为柽柳的杂交育种和个体鉴定提供依据。方法 采用ISSR分子标记技术,以白花柽柳、松柏柽柳和刚毛柽柳为对照研究秦皇岛29份柽柳的遗传多样性。结果 筛选的9条ISSR引物扩增出114个DNA位点,110个多态位点,占总位点的96.49%。32份柽柳的平均有效等位基因数为1.5437,平均Nei''s基因多样性指数为0.3203,平均Shannon信息指数为0.4842。基于ISSR分子标记数据建立的UPGMA亲缘关系聚类图,32份柽柳在遗传距离28.79处将32份柽柳分成2大类群;同时利用多态性ISSR引物构建32份柽柳的分子指纹图谱。结论 秦皇岛柽柳遗传多样性非常丰富,ISSR分子标记技术可以有效地用于柽柳资源评价和指纹图谱构建。     

不同产区艾叶ISSR遗传多样性分析

目的 对不同产区艾Artemisia argyi叶进行遗传多样性分析,为艾叶规范化种植及新品种选育工作奠定基础。方法 采用ISSR分子标记技术对36个不同产区的艾叶样品进行扩增,然后利用POPGENEv1.32软件进行遗传学分析,得出它们的遗传特征系数,用Ntsyspc2.1对艾叶ISSR分子标记结果进行UPGMA聚类分析。结果 筛选出16条引物,共扩增出条带402条,其中多态性条带398条,多态性百分比为99%;在对栽培种和野生种之间遗传距离分析后发现,两者之间的遗传一致度为0.989 1,遗传距离为0.011 0;对按纬度划分的4个区域艾资源进行遗传结构与遗传变异分析,4个区域间基因多样性指数（diversity index,H_t）为0.192 7、遗传多样性指数（genetic diversity index,H_s）为0.164 2、遗传变异指数（genetic variation index,G_st）为0.147 9、基因流（gene flow,N_m）为2.881 8,NTSYSpc软件对4个区域进行系统聚类分析,可将4个区位划分为2大类,且4区位相邻2个之间均具有一定的遗传相似性。结论 艾叶具有极其丰富的遗传多样性,栽培种和野生种之间亲缘关系接近、遗传背景差异较小。艾叶其遗传特性随着纬度的变化呈现出一种递进式遗传扩散,其中河南南部居群多样性最为丰富,其次为河南中西部和河南中部,北部居群遗传多样性最低。     

栽培太子参的遗传多样性与质量分析

目的 对栽培太子参的遗传多样性与药材质量进行综合评价,为合理利用太子参种质资源及优良品种选育提供理论依据。方法 采用ISSR分子标记分析太子参12个栽培种源的遗传多样性,HPLC法测定各种源药材中太子参环肽B的量。结果 10条ISSR引物扩增出82条带,其中多态性条带73条,多态位点百分率（PPL）为89.02%。Nei’s遗传多样性指数（H）平均值为0.257 9,Shannon’s多态性指数（I）平均值为0.388 4,遗传分化系数（G_st）为0.274 1,种源间基因流（N_m）为1.323 8。基于遗传一致度,12个种源可聚为3类。12个种源间及种源内个体中的太子参环肽B量差异明显,种源4的变异系数（9.51%）较小,且太子参环肽B量（0.049 4%）明显高于其他种源。结论 栽培太子参各产地间的换种及其生物学特性是其遗传多样性水平丰富的主要原因;综合考虑遗传多样性水平和太子参环肽B的量,种源3和4种质较为优良,可作为太子参种质资源保存及品种选育的对象。     

基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析

目的 采用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记方法研究广藿香的种质遗传多样性。方法 采用12对引物对14个品种共212个样本进行AFLP分析;利用POPGENE 32,Arlequinver 3.5,MEGA7,NTSYSpc 2.10e等生物学分析软件进行多态性参数计算、主坐标分析以及聚类分析。结果 12对引物共扩增出2 238个位点,其中多态性位点有2 226个,多态位点百分率为99.38%;在种群间,有效等位基因数（Ne）为1.365 6±0.066 3,Nei''s基因多样性指数（H）为0.220 7±0.036 4,Shannon多态性信息指数（I）为0.343 7±0.050 2;在种群内,Ne为1.118 5±0.038 7,H为0.071 3±0.023 0,I为0.109 4±0.035 0;分子方差学分析（AMOVA）表明广藿香的总变异有71.57%来源于种群间,28.43%来源于种群内;聚类分析可将14个种群分为4大类。结论 AFLP分子标记结果显示,广藿香种间具有比较丰富的遗传多样性,种内遗传多样性相对较小,种间遗传分化显著,可为广藿香后续的优良种质筛选等研究提供参考依据。     

广东省巴戟天DNA条形码及遗传多样性分析＊

目的 构建广东省巴戟天DNA条形码数据库以及研究广东省不同产地巴戟天的遗传多样性。方法 采用DNA条形码技术对149个巴戟天样本进行分析，构建DNA条形码数据库。利用ISSR分子标记技术对广东省8个居群的巴戟天进行遗传多样性分析。结果 巴戟天五个通用条形码的PCR测序成功率为psbA-trnH > rbcL > matK > ITS2 > ITS，149个巴戟天样本建立了含有569条序列的数据库。研究筛选出6条ISSR引物，从巴戟天中扩增得80条条带，多态性比率为92.50%，遗传相似系数在0.5625-0.8910，表明广东省巴戟天的遗传多样性较高。ISSR标记揭示的PCoA结果、UPGMA聚类分析结果一致，八个居群分为两大支。结论 广东省巴戟天具有较高的遗传多样性。     

基于叶绿体DNA序列和ISSR分子标记的菘蓝不同种质遗传变异分析

目的 对47个菘蓝种质进行序列变异和遗传多样性分析，开展其遗传分化和遗传结构研究。方法 采用试剂盒提取法提取菘蓝基因组DNA，用2条叶绿体DNA（cp DNA）序列和5条简单重复序列（ISSR）引物进行扩增并测序，通过软件Chromas、Mega 7.0、DanSP5、GenALEx对得到的序列进行校正、拼接及序列特征分析，利用软件PERMUT、PopGen1.31进行遗传多样性参数和遗传结构分析，最后利用NTSYS软件得到47个菘蓝种质的非加权组平均法（UPGMA）聚类树状图。结果 菘蓝47个种质的129个样本被成功扩增和测序，2个cp DNA序列经拼接后长度为1 412 bp，共有377个多态性变异位点，单倍型数为36个，Fu and Li''s D*检验在P<0.01水平上显著；基于cp DNA的核苷酸多样性（Pi）、平均遗传多样性（H_S）和总遗传多样性（H_T）分别为0.119 89、0.787和0.891，遗传分化系数遗传分化系数（Gst）、核苷酸分化系数（Nst）和群体间遗传分化指数（Fst）分别为0.117、0.468和0.488，基因流（Nm）值为0.615；基于ISSR的多态位点百分率（PPB）、香农（Shannon）信息多样性指数(I)、Nei''s基因遗传多样度指数(H)和Gst平均值为78.85%、0.334 8、0.218 6和0.754 4，Nm值为0.162 8。结论 菘蓝在物种水平上遗传多样性较高，具有丰富的单倍型类型，不同种质居群间遗传分化较明显，且基因交流不频繁，遗传变异主要存在于居群间，种群近期积累了较多的低频基因突变，推测其历史上曾经历了显著的区域扩张。     

野生地黄种内遗传多样性的RAPD，ISSR分析

目的：分析野生地黄群落之间的遗传差异类型，比较RAPD和ISSR分子标记在分析地黄野生种质遗传多样性中的应用。方法：应用RAPD和ISSR分子标记技术，对55份地黄材料进行了遗传差异分析。结果：平均每条RAPD引物扩增出1600条带，平均每条ISSR引物扩增出1908条带，多态性位点百分率分别为8958%和9432%；聚类分析表明，55份地黄分成7大类群。结论：野生地黄具有丰富的遗传多样性；不同地理居群的相似性为063～098；ISSR标记比RAPD标记能检测到地黄种内更高的遗传差异性。     

月季花、玫瑰及其近缘种ISSR分析与鉴定

目的基于ISSR分子标记技术研究药用植物月季花、玫瑰及其同属近缘种的遗传多样性,构建它们之间系统发育关系,为蔷薇属种质资源分子鉴定及育种提供参考。方法应用ISSR分子标记技术对药用植物月季花、玫瑰及其同属近缘种的15个种33个样品进行分析,利用POPGEN软件分析Nei’s基因遗传多样性指数(H)等遗传信息参数,应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 6条引物共检测到110个位点,其中多态性位点109个,多态位点百分率(PPB)为99.09%。药用植物月季花、玫瑰及其同属近缘种的种群间H平均值为0.370 5,Shannon’s多样性信息指数(I)的平均值为0.546 4,种群间基因分化系数(Gst)的平均值为0.886 8,基因流(Nm)的平均值为0.063 8,遗传距离(D)的变化范围为0.169 1~0.730 2,聚类分析结果显示蔷薇属15个种,在遗传相似系数(GS)0.60处分成6个组。结论药用植物月季花、玫瑰及其同属近缘种具有丰富的遗传多样性,聚类分析与基于形态特征的蔷薇属属下的分类学研究结果相吻合,ISSR分子标记可以有效鉴别药用植物月季花、玫瑰及其同属近缘种,为蔷薇属植物资源的收集和种间分类提供理论依据。     

野生与栽培当归遗传多样性比较

目的比较野生当归Angelica sinensis与栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记对48个栽培当归居群和7个野生当归居群1 038个样本进行扩增,利用Popgen 1.32软件对其Shannon’s多样性信息指数(I)等遗传信息参数进行分析,并利用SPSS 19.0中的独立样本t检验进行差异显著性检验;运用Gen Al Ex 6.5软件对野生和栽培当归2个组群遗传变异进行AMOVA分析;应用NTSYS软件构建当归野生和栽培各居群的Nei’s遗传距离UPGMA聚类树状图,并使用Gen Al Ex6.5软件中的Mental test分析遗传距离与地理距离的相关性。结果野生当归居群和栽培当归居群的多态位点百分率(PPB)为83.77%和96.10%,I平均值为0.221 7和0.282 8,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.344 4和0.434 3,且存在极显著差异(P0.001);野生和栽培当归居群的种群间遗传分化指数(Gst)、基因流(Nm)值分别为0.299 1、1.171 8和0.733 4、0.181 7,组间变异百分比为15.85%,居群间变异百分比为54.3%,居群内变异百分比为29.85%;遗传距离变化范围0.014 4~0.730 7。结论当归野生居群的遗传多样性低于栽培居群,野生居群间的遗传分化程度明显低于栽培居群,当归总的遗传变异来自于居群间,野生居群与栽培居群亲缘关系较远,且遗传距离与地理距离存在相关性。     

基于ISSR的甘肃不同产区栽培当归遗传多样性研究

目的研究甘肃不同产区栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省41个居群的栽培当归样本进行分析,利用Popgene 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用Ntsys软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 8条引物共检测到154个位点,其中多态性位点119个,多态位点百分率(PPB)为77.27%。栽培当归居群间的H为0.222 9,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.337 4,种群间基因分化系数(Gst)为0.683 9,基因流(Nm)为0.2311,遗传距离变化范围0.042 9~0.327 8。结论甘肃栽培当归遗传多样性在物种水平上较高;居群间遗传多样性水平明显高于居群内;居群间遗传分化程度大,且基本无基因交流。     

基于ISSR分子标记的野生山莨菪遗传多样性研究

目的通过对甘肃、青海山莨菪Anisodus tanguticus遗传多样性研究,为野生山莨菪资源的保护提供依据。方法采用ISSR分子标记技术,对11个野生山莨菪居群的127份DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和Mantel检验地理距离,对野生山莨菪居群间遗传多样性差异进行分析。结果 10条ISSR引物共检测到131个条带,每条引物11~15个,平均13.1个,共858个多态性位点;居群平均多态性位点百分率(PPB)59.54%;Nei’s遗传多样性指数(H)为0.220 4,Shannon信息指数(I)为0.325 4;遗传距离变化范围0.073 3~0.306 2;Mantel检验P=0.002。结论 11个野生山莨菪居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离显著相关,甘肃,青海山莨菪居群间存在较高多态性,物种遗传多样性较为丰富,对野生山莨菪资源的保护与可持续利用提供了参考。     

不同产地菘蓝ISSR分析与鉴定

目的应用ISSR-PCR标记技术探讨不同产地菘蓝的遗传多样性,为其种质鉴定及育种提供参考。方法对采自全国不同地区的菘蓝及其变异类型的23份样本进行ISSR-PCR分析,采用NTSYS-pc软件计算Jaccard遗传相似系数,按非加权配对算术平均法(UPGMA)建立所研究类群的系统聚类图。结果 10条引物共扩增出109个条带,其中多态性条带为88条,占总扩增条带数的80.7%,菘蓝种质具有较丰富的遗传多样性。从聚类分析图可以看出,所研究样本聚为3支,第1支包括绝大多数样本,第2支为一被毛变异类型,第3支相距最远,从相似度0.62处即被分开,表明为一独立类群。结论 ISSR标记可以为菘蓝的种质资源鉴定、遗传关系分析及栽培育种提供分子生物学依据。     

贵州不同产地粗毛淫羊藿药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16%,Shannon’s信息指数(I)为0.455 7,Nei’s基因多样性指数(H_e)为0.297 3,有效等位基因数(N_e)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(H_t)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(H_s)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间。利用UPGMA法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支。结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析。     

基于ISSR的连翘遗传多样性研究

目的研究不同居群连翘的遗传多样性。方法采用ISSR分子标记技术对连翘25个自然居群的样本进行分析,利用POPGENE32软件分析多态位点百分率(P)、Nei’s基因多样性指数(H)及Shannon多样性指数(I);居群间遗传一致度采用NTSYSpc-2.10软件进行聚类分析。结果选出13条ISSR引物,扩增出353条清晰条带,物种水平P为100%,H为0.252 3,I为0.394 0,遗传分化系数(Gst)为0.331 8,居群间基因流(Nm)为1.007 0,遗传距离0.031 0～0.155 5;NTSYSpc软件进行系统聚类,将25个聚群划分为2大类,7分组;连翘个体间进行聚类分析,195份连翘样品划分为2大类,5分组。结论连翘种群遗传多样性水平较高,但连翘种群间遗传距离与地理距离没有相关性,与生态因子和生长环境有关。     

牻牛儿苗种质资源遗传多样性的ISSR研究

目的:研究牻牛儿苗亲缘关系和遗传多样性.方法:23个样品进行简单序列重复区间(ISSR)分析,利用NTSYS软件计算材料间遗传相似系数,并用UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.结果:从100条ISSR引物中筛选出14条多态性明显、反应稳定的引物,在23份供试材料DNA中共扩增出185条谱带,其中多态性条带142条,占76.8％.材料间ISSR标记遗传相似性系数(GS)在0.458 ～0.916.聚类分析结果显示,所有供试材料均可区分开,并聚为6组.结论:分子标记研究结果与牻牛儿苗的地理位置、形态性状存在显著的相关性,较好地揭示了牻牛儿苗种源间的遗传关系,可为牻牛儿苗资源划分和良种选育提供科学依据.     

基于SRAP分子标记技术研究浙江产细叶石仙桃的遗传多样性

目的以药用植物细叶石仙桃为材料,利用SRAP分子标记技术进行遗传多样性研究,为进一步开展该物种的保护奠定基础。方法从81对SRAP引物组合中,共筛选出7对用于SRAP-PCR,对浙江省境内5个自然居群的68份细叶石仙桃进行了遗传多样性分析。结果共获得197个电泳谱带,其中多态性条带为190条,每对引物平均提供27.29个标记信息,平均有效等位基因数目(N_e)为1.238 1。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为96.45%,N_ei’s基因多样性指数(H)为0.188 2,Shannon’s信息指数(I)为0.312 5;在居群水平上,PPB为30.46%~46.19%,平均为40%,H为0.089 1~0.155 9,平均0.120 8,I为0.138 7~0.234 9,平均0.186 4;5个居群的基因分化系数(G_(st))为35.81%,基因流(N_m)为0.896 3。UPGMA聚类结果表明,68份样品可分成5组,同一居群的细叶石仙桃聚于同一分支。结论细叶石仙桃具有较高的遗传多样性水平,居群间也存在一定的遗传分化和基因交流,但大部分遗传变异存在于居群内。     

基于核基因ITS及叶绿体psbA-trnH和trnS-trnG基因怀地黄栽培起源探讨

目的从野生型驯化为栽培品种角度分析地黄Rehmannia glutinosa的遗传多样性,探讨河南焦作地区怀地黄的栽培起源。方法对地黄野生自然居群,栽培品种及其近缘物种ITS、psb A-trn H和trn S-trn G序列进行扩增和测序,分析比较中药材地黄野生自然居群,栽培品种间各序列的单倍型类型和核苷酸多态性,构建Neighbor-Joining(NJ)分子系统发育树。结果单倍型分析结果显示,地黄野生居群单倍型类型数量(ITS 6个,psb A-trn H 8个,trn S-trn G 9个)明显高于怀地黄栽培品种单倍型类型数量(ITS 3个,psb A-trn H 2个,trn S-trn G 3个)。地黄野生居群的单倍型多样性和核苷酸多样性均远高于怀地黄栽培品种间,在3个基因联合系统树上,地黄野生居群和栽培品种所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为90%;23个栽培品种(29个样本)与来自温县的10号地黄野生居群聚为一支,支持率为78%。结论地黄野生型驯化为栽培品种过程发生了明显的遗传瓶颈,导致现存怀地黄栽培品种遗传基础狭窄,遗传多样性降低。怀地黄栽培品种可能起源于河南温县区域的地黄野生群体。