中国川续断属药用种遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术分析我国8个川续断属药用种的遗传多样性和亲缘关系,应用POPGENE计算遗传参数,TREECONW软件进行聚类分析。结果表明:26 对引物共检测到558条带,其中多态性条带539条;种间的PPB=96.59%,N_a=1.965 9,N_e=1.337 5,H=0.214 3,I=0.342 3,表明8个川续断属药用种的遗传多样性较高;种内各遗传参数的平均值为PPB=6.97%,N_a=1.069 7,N_e=1.031 1,H=0.018 7,I=0.029 1,表明种内遗传多样性较低;Nei's 基因多样性指数计算的遗传分化系数(G_st=0.912 6)说明大部分遗传变异存在于种间;聚类结果与传统经典分类的吻合度极高,且同种的不同植株均聚在一起,证实采用SRAP分子标记进行川续断属药用种的快速鉴别是可靠的,可作为川续断属植物亲缘关系研究的有效方法之一。     

基于ISSR的地黄栽培品种与野生群体遗传多样性研究

目的 基于ISSR分子标记研究地黄Rehmannia glutinosa栽培品种与野生群体遗传多样性，比较它们的遗传多样性差异，构建它们之间亲缘关系，为地黄种质资源保护及新品种选育提供参考。方法 应用ISSR分子标记技术对地黄栽培品种，野生群体及其近缘种106个样品进行分析，利用POPGEN软件分析Nei’s基因多样性指数（H）等遗传信息参数，应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 7条引物在所有取样群体中，共检测到85个位点，其中多态性位点83个，多态位点百分率（PPB）为97.65%。地黄栽培品种与野生群体及其近缘种的种群间H值为0.265 9，Shannon’s多样性信息指数（I）为0.412 5。地黄栽培品种的多态性位点26个，PPB为30.59%。河南省地黄野生群体多态性位点71个，PPB为83.53%。ISSR聚类分析结果显示地黄栽培品种，野生群体及其近缘种共分成7个组。结论 ISSR分子标记揭示地黄野生群体比栽培品种具有更高的遗传多样性，河南分布的野生地黄群体的遗传多性高于其他地区，与其作为栽培地黄的道地产区，具有一定的相关性。地黄野生群体间亲缘关系与其地理分布格局并无明显相关性。     

基于叶绿体DNA序列和ISSR分子标记的菘蓝不同种质遗传变异分析

目的 对47个菘蓝种质进行序列变异和遗传多样性分析，开展其遗传分化和遗传结构研究。方法 采用试剂盒提取法提取菘蓝基因组DNA，用2条叶绿体DNA（cp DNA）序列和5条简单重复序列（ISSR）引物进行扩增并测序，通过软件Chromas、Mega 7.0、DanSP5、GenALEx对得到的序列进行校正、拼接及序列特征分析，利用软件PERMUT、PopGen1.31进行遗传多样性参数和遗传结构分析，最后利用NTSYS软件得到47个菘蓝种质的非加权组平均法（UPGMA）聚类树状图。结果 菘蓝47个种质的129个样本被成功扩增和测序，2个cp DNA序列经拼接后长度为1 412 bp，共有377个多态性变异位点，单倍型数为36个，Fu and Li''s D*检验在P<0.01水平上显著；基于cp DNA的核苷酸多样性（Pi）、平均遗传多样性（H_S）和总遗传多样性（H_T）分别为0.119 89、0.787和0.891，遗传分化系数遗传分化系数（Gst）、核苷酸分化系数（Nst）和群体间遗传分化指数（Fst）分别为0.117、0.468和0.488，基因流（Nm）值为0.615；基于ISSR的多态位点百分率（PPB）、香农（Shannon）信息多样性指数(I)、Nei''s基因遗传多样度指数(H)和Gst平均值为78.85%、0.334 8、0.218 6和0.754 4，Nm值为0.162 8。结论 菘蓝在物种水平上遗传多样性较高，具有丰富的单倍型类型，不同种质居群间遗传分化较明显，且基因交流不频繁，遗传变异主要存在于居群间，种群近期积累了较多的低频基因突变，推测其历史上曾经历了显著的区域扩张。     

新疆胀果甘草遗传多样性的ISSR分析

目的 揭示新疆塔里木盆地分布的野生胀果甘草Glycyrrhiza inflata的遗传多样性和种群遗传结构。方法 利用ISSR分子标记方法,对来自新疆南疆不同地理方位的胀果甘草6个种群总计167个个体进行分析。结果 对胀果甘草6个种群共筛选出46条引物,扩增获得193条多态条带,多态位点比率（PPL）为69.68%,Nei''s遗传多样性指数（H）为0.272 2,Shannon多样性指数（I）为0.401 0;Nei''s总种群遗传多样性指数（H_t）为0.513 0,种群间遗传分化系数（G_st）为0.530 7,基因流（N_m）为0.438 8,Mantel检验显示种群间的遗传分化与地理距离无相关性;种群间遗传变异丰度和遗传多样性水平呈现BC>KEL>PS>QM>AQS>KC的递减趋势,聚类分析将6个种群在遗传相似性系数为0.69处分为3类;6个种群内个体间PPL的变化范围为52.11%~81.87%,观测等位基因数（N_a）和有效等位基因数（N_e）的变化范围分别为1.521 1~1.818 7和1.307 9~1.498 9,H平均为0.240 8,I平均为0.357 1。结论 胀果甘草有较高的遗传多样性水平,但种群间的分化程度较种群内大,遗传多样性更多的存在于种群水平。生境片段化可能是造成其遗传多样性空间分布现状的主要原因,土壤水分含量可能是影响其种群遗传多样性的制约因素。研究结果对全面了解和掌握胀果甘草自然资源现状、物种进化潜力等,制定资源利用与保护的正确策略提供了重要的研究基础。     

迁地保护黄檗群体的遗传多样性评价

目的:评价迁地保护黄檗群体的遗传多样性水平。方法:利用8对荧光引物,对10个迁地保护黄檗群体共计67株个体进行AFLP分析。结果:共扩增1 574条谱带,其中多态带1 354条;黄檗物种水平的遗传多样性高于迁地保护群体水平,多态位点百分率PPL分别是86.02,41.55,有效等位基因数Ne分别为1.427 5,1.237 6,Nei基因多样性指数H分别是0.231 2,0.140 0,Shannon信息指数I分别是0.397 3,0.211 3。结论:初步评价了黄檗迁地保护效果。     

栽培太子参的遗传多样性与质量分析

目的 对栽培太子参的遗传多样性与药材质量进行综合评价,为合理利用太子参种质资源及优良品种选育提供理论依据。方法 采用ISSR分子标记分析太子参12个栽培种源的遗传多样性,HPLC法测定各种源药材中太子参环肽B的量。结果 10条ISSR引物扩增出82条带,其中多态性条带73条,多态位点百分率（PPL）为89.02%。Nei’s遗传多样性指数（H）平均值为0.257 9,Shannon’s多态性指数（I）平均值为0.388 4,遗传分化系数（G_st）为0.274 1,种源间基因流（N_m）为1.323 8。基于遗传一致度,12个种源可聚为3类。12个种源间及种源内个体中的太子参环肽B量差异明显,种源4的变异系数（9.51%）较小,且太子参环肽B量（0.049 4%）明显高于其他种源。结论 栽培太子参各产地间的换种及其生物学特性是其遗传多样性水平丰富的主要原因;综合考虑遗传多样性水平和太子参环肽B的量,种源3和4种质较为优良,可作为太子参种质资源保存及品种选育的对象。     

基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析

目的 采用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记方法研究广藿香的种质遗传多样性。方法 采用12对引物对14个品种共212个样本进行AFLP分析;利用POPGENE 32,Arlequinver 3.5,MEGA7,NTSYSpc 2.10e等生物学分析软件进行多态性参数计算、主坐标分析以及聚类分析。结果 12对引物共扩增出2 238个位点,其中多态性位点有2 226个,多态位点百分率为99.38%;在种群间,有效等位基因数（Ne）为1.365 6±0.066 3,Nei''s基因多样性指数（H）为0.220 7±0.036 4,Shannon多态性信息指数（I）为0.343 7±0.050 2;在种群内,Ne为1.118 5±0.038 7,H为0.071 3±0.023 0,I为0.109 4±0.035 0;分子方差学分析（AMOVA）表明广藿香的总变异有71.57%来源于种群间,28.43%来源于种群内;聚类分析可将14个种群分为4大类。结论 AFLP分子标记结果显示,广藿香种间具有比较丰富的遗传多样性,种内遗传多样性相对较小,种间遗传分化显著,可为广藿香后续的优良种质筛选等研究提供参考依据。     

基于SSR分子标记的灯盏花遗传多样性分析

目的 研究灯盏花Erigeron breviscapus居群遗传多样性，为灯盏花资源的合理利用与保护提供科学依据。方法 采用12对简单重复序列（SSR）分子标记对灯盏花16个野生居群共243个样品进行遗传多样性研究，计算遗传多样性参数，并进行主坐标分析和结构聚类分析。结果 共检测到209个等位基因，平均每个位点的等位基因数为17.417个；基于12对SSR引物和16个灯盏花居群，观测杂合度（H₀）分别为0.603，0.613，期望杂合度（H_e）分别为0.658，0.659，香浓（Shannon）信息指数（I）分别为1.443，1.446，遗传分化系数（F_st）0.123，基因流（N_m）2.077；分子方差分析（AMOVA）与遗传分化分析结果显示主要变异来源于居群内个体间变异；居群间遗传距离和遗传一致度分别为0.107（YA和XY）~0.713（SZ和XZD），0.490（SZ和XZD）~0.899（YA和XY）；主坐标分析和结构聚类分析分别将16个居群分为2组。结论 SSR分子标记结果显示，灯盏花居群遗传多样性较高，居群内和居群间具有一定的遗传分化和N_m；遗传变异主要存在于居群内个体间。该实验结果可为灯盏花后续的优良种质选育等研究提供参考依据。     

相关系列扩增多态性分子标记分析部分山药品种遗传多样性

 目的评价山药资源的多样性,为山药品种鉴定及亲缘关系的研究提供科学依据。方法以8个山药栽培居群中的21个山药品种为试材,进行相关系列扩增多态性（SRAP）分析,Popgene1.32软件计算遗传参数,UPGMA方法构建亲缘关系聚类图。结果相关系列扩增多态性引物共检测到309条清晰条带,其中多态性条带289条;Nei基因多样性指数（H）为0.2881、Shannon信息指数为（I）0.4416、居群间基因多样性（Ht）为0.2891,阐明了山药居群间具有很高的多样性;居群内以河南温县薯蓣居群多样性最高,PPB为35.92％,而福建三明（FJSM）和浙江高楼（ZJRG）山薯居群多样性最低（PPB＝0％）;居群间基因分化系数Gst为0.8658、基因流（Nm）为0.0775,揭示山药居群间遗传变异大于居群内遗传变异;8个居群间的遗传距离在0.0498～0.4879,因栽培物种的不同被聚为4类;相关系列扩增多态性标记可将21个山药品种分别归属到薯蓣、参薯、褐苞薯蓣、山薯种内。结论山药品种呈现较高遗传多样性,4种基原山药种间遗传差异较大,相关系列扩增多态性是鉴别我国山药品种的有效方法。     

金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增（inter-primer binding site，iPBS）分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析，并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱，采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带，多态性条带为143条，多态条带百分率（percentage of polymorphic bands，PPB）为90.51%；在遗传距离0.70处，35份种质分为7大类群，居群在分子水平上出现明显分化；遗传相似系数（genetic similarity coefficient，G_s）变化范围为0.559 0～0.975 9，变幅为0.416 9；平均观测等位基因数（observed number of alleles，N_a）、平均有效等位基因数（effective number of alleles，N_e）、Nei’s基因多样性指数（Nei’s gene diversity index，H_e）、Shannon多样性信息指数（Shannon information index，I）分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2，居群间存在丰富遗传多样性；基因多样度（total genetic diversity，H_t）、各居群基因分化系数（gene diversity within population，H_s）、居群间遗传分化系数（coefficient of gene differentiation，G_st）分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0，居群间遗传变异占总变异的28.30%，居群内的遗传变异占总变异的71.70%，遗传变异主要来源于居群内部；基因流（gene flow，N_m）为1.266 5，居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质，试验基于引物2399的“0，1”矩阵构建35份种质的指纹图谱，此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富，总变异主要来源于居群内变异，居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性，为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。     

明党参野生居群生物学及其药材质量调查

目的：调查明党参种质资源现状,为筛选明党参优良种质提供依据。方法：对9个不同居群的野生明党参的群落生态环境、物候期、形态学特征等方面进行调查比较,并通过对9个居群的野生明党参和句容产栽培明党参的酯酶同工酶电泳酶谱探讨明党参野生居群间亲缘关系。结果：野生明党参资源正日趋减少,居群处于濒危状态。栽培明党参种子发芽率一般高于野生明党参种子,但野生明党参根中多糖含量一般高于栽培明党参。南京周边地区明党参多糖含量较高。不同产地明党参居群的存在着亲缘关系的地理学远近差异。结论：野生明党参资源处于濒危状态；南京周边地区特别是紫金山明党参的种质比较优良,可以作为进一步筛选优良种质的依据。     

基于ISSR的连翘遗传多样性研究

目的研究不同居群连翘的遗传多样性。方法采用ISSR分子标记技术对连翘25个自然居群的样本进行分析,利用POPGENE32软件分析多态位点百分率(P)、Nei’s基因多样性指数(H)及Shannon多样性指数(I);居群间遗传一致度采用NTSYSpc-2.10软件进行聚类分析。结果选出13条ISSR引物,扩增出353条清晰条带,物种水平P为100%,H为0.252 3,I为0.394 0,遗传分化系数(Gst)为0.331 8,居群间基因流(Nm)为1.007 0,遗传距离0.031 0～0.155 5;NTSYSpc软件进行系统聚类,将25个聚群划分为2大类,7分组;连翘个体间进行聚类分析,195份连翘样品划分为2大类,5分组。结论连翘种群遗传多样性水平较高,但连翘种群间遗传距离与地理距离没有相关性,与生态因子和生长环境有关。     

基于ISSR标记的麻花艽遗传多样性分析

目的探讨秦艽基原植物之一麻花艽Gentiana straminea的遗传多样性,并构建DNA指纹谱。方法在其自然分布区广泛取样,共涉及西藏、青海、甘肃及四川等地28个居群83份样本,应用ISSR分子标记技术,POPGEN软件分析遗传信息参数,NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果从100条引物中筛出7条多态性好、条带清晰的引物用于ISSR分析。共检测到95个条带,其中多态性条带88个,多态性条带百分率(PPL)为92.63%;麻花艽居群间的期望杂合度(H_e)为0.288 2,多样性信息指数(I_m)为0.437 1,种群间基因分化系数(G_(st))为0.678 3,基因流(N_m)为0.237 1,遗传距离为0.074 3~0.490 0。UPGMA树将麻花艽居群主要分为2大支。结论麻花艽种群遗传多样性水平较高,居群间遗传多样性水平高于居群内;其遗传变异主要存在于居群间;遗传特性与地理分布具有一定相关性。该工作可为麻花艽品种鉴定、物种就地保护、探讨环境等因素对于遗传分化的影响及药材道地性研究提供基础资料。     

基于ISSR的甘肃不同产区栽培当归遗传多样性研究

目的研究甘肃不同产区栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省41个居群的栽培当归样本进行分析,利用Popgene 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用Ntsys软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 8条引物共检测到154个位点,其中多态性位点119个,多态位点百分率(PPB)为77.27%。栽培当归居群间的H为0.222 9,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.337 4,种群间基因分化系数(Gst)为0.683 9,基因流(Nm)为0.2311,遗传距离变化范围0.042 9~0.327 8。结论甘肃栽培当归遗传多样性在物种水平上较高;居群间遗传多样性水平明显高于居群内;居群间遗传分化程度大,且基本无基因交流。     

基于ISSR和SRAP标记的栀子种质遗传多样性研究

目的对栀子遗传多样性进行研究,为栀子资源保护和新品种培育提供依据。方法采用12条ISSR和9对SRAP分子标记,以3个居群21份栀子种质资源为材料,通过多态性检测水平、遗传多样性比较和聚类分析,揭示栀子种质资源遗传多样性。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出125和80条带数,多态性条带数分别为100和74,多态性比率(PPB)分别为80.00%和92.50%,栀子居群的总体物种水平的等位基因观察数(Na)分别为1.461 3和1.579 2,有效等位基因数(Ne)分别为1.307 7和1.342 1,Nei's基因多样性指数(H)分别为0.173 1和0.197 4,Shannon's指数(I)分别为0.254 5和0.295 9;遗传多样性分析结果表明,ISSR和SRAP标记中3个居群之间的遗传多样性(Ht)分别为0.239 1和0.289 9,种间遗传多样性(Hs)分别为0.173 1和0.197 4,基因分化系数(Gst)分别为0.276 2和0.318 9,即72.38%和68.11%的遗传变异在种群内进行,居群间基因流(Nm)分别为1.310 3和1.068 0,证明居群间存在一定的基因流动(Nm1);UPGMA聚类分析表明,ISSR和SRAP标记将栀子资源分为2个类群,且以SRAP分析的聚类结果更符合实际居群。结论取样栀子种质有丰富的遗传多样性,遗传分化主要发生在居群内,SRAP标记更适合用于栀子遗传多样性分析,对栀子资源的保护和育种提供了参考。     

贵州不同产地粗毛淫羊藿药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16%,Shannon’s信息指数(I)为0.455 7,Nei’s基因多样性指数(H_e)为0.297 3,有效等位基因数(N_e)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(H_t)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(H_s)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间。利用UPGMA法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支。结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析。     

绞股蓝的遗传多样性和群体结构研究

目的研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun的遗传多样性和群体遗传结构,为绞股蓝植物资源的保护和合理利用提供理论依据。方法利用6对SSR引物对绞股蓝28个自然居群426份个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果绞股蓝遗传多样性水平较低:平均多态性位点比率(PPL)为58.33%,Nei’s遗传多样性指数(He)平均为0.18,Shannon指数(I)在0.02~0.50。AMOVA揭示遗传变异主要存在于居群间(居群间变异78.86%,居群内变异21.14%),居群遗传分化(FST=0.673)明显,基因流水平(Nm=0.142)较低。聚类分析表明不同倍性的居群间遗传关系较为明显。结论绞股蓝自然居群遗传多样性较低,群体遗传结构清晰;建议对绞股蓝遗传多样性水平较高的居群进行原地保护,同时对一些包含特有基因型的居群进行原地和迁地重点保护。     

基于ISSR的甘肃中麻黄遗传多样性研究

目的研究甘肃不同居群中麻黄Ephedra intermedia的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省11个居群的中麻黄样本进行分析,利用POPGENE 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 12条引物共检测到175个位点,其中多态性位点150个,多态位点百分率(PPL)为85.71%。中麻黄居群间的H为0.211 4,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.332 1,种群间基因分化系数(Gst)为0.259 3,基因流(Nm)为1.428 6,遗传距离0.014 4~0.159 8。结论甘肃中麻黄种群遗传多样性水平较高,但居群内遗传多样性水平低于居群间;中麻黄种群的遗传变异主要存在于居群内;亲缘关系与地理分布具有一定的相关性。     

不同产地菘蓝ISSR分析与鉴定

目的应用ISSR-PCR标记技术探讨不同产地菘蓝的遗传多样性,为其种质鉴定及育种提供参考。方法对采自全国不同地区的菘蓝及其变异类型的23份样本进行ISSR-PCR分析,采用NTSYS-pc软件计算Jaccard遗传相似系数,按非加权配对算术平均法(UPGMA)建立所研究类群的系统聚类图。结果 10条引物共扩增出109个条带,其中多态性条带为88条,占总扩增条带数的80.7%,菘蓝种质具有较丰富的遗传多样性。从聚类分析图可以看出,所研究样本聚为3支,第1支包括绝大多数样本,第2支为一被毛变异类型,第3支相距最远,从相似度0.62处即被分开,表明为一独立类群。结论 ISSR标记可以为菘蓝的种质资源鉴定、遗传关系分析及栽培育种提供分子生物学依据。