2011－2016年江苏省苏州市脑膜炎奈瑟菌分子流行特征分析

目的 对2011 – 2016年江苏省苏州市分离于患者、健康人群和密切接触者的脑膜炎奈瑟菌（Nm）进行血清群鉴定,了解苏州市Nm的血清群及遗传进化关系。 方法 采用乳胶凝集和多位点序列分型方法,对分离到的33株Nm的7个管家基因序列进行测定,并与PubMLST数据库中序列进行比对,确定等位基因谱型及序列型,采用Cluster 3.0分析菌株间的进化关系。 结果 33株Nm中B群占66.67%（22/33）,W135群占24.24%（8/33）,C群、Y群和未分群各占3.03%（1/33）;2011年分离的3株W135群属于高致病性克隆系ST-11 complex/ET-37 complex,2012 – 2013年分离的B群5株属于高致病性克隆系ST-4821 complex。 结论 2011 – 2016年苏州市Nm主要以B群为主,W135群次之,基因型以多克隆系并存,出现高致病性克隆系ST-11 complex/ET-37 complex W135群和ST-4821 complex B群,提示应密切监测菌株型别,预防流行性脑脊髓膜炎的暴发流行。      

2008－2017年鄂西北地区脑膜炎奈瑟菌药物敏感性及分子分型研究

目的 分析鄂西北地区2008 – 2017年分离到的72株脑膜炎奈瑟菌（Nm）的药物敏感性及分子分型特征。 方法 对Nm菌株进行生化鉴定和血清学分群,并采用荧光聚合酶链式反应进行基因分群,用K-B纸片和E-test检测试纸条进行药敏试验;选取部分菌株进行多位点序列分型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）。 结果 血清分群结果为B群14株、C群10株、W群3株、E群1株、不可分群44株。基因分群结果:B群33株、C群10株、W群3株、E群1株,其他及不可分群25株。70株Nm菌株对复方新诺明、萘啶酸、环丙沙星、米诺环素、氯霉素5种抗生素的敏感率分别为7.14%、21.43%、28.57%、98.57%和98.57%,对美罗培南、亚胺培南、阿奇霉素、头孢曲松、头孢噻肟、青霉素和利福平均敏感。17株菌株共有12种序列型别,其中12株菌株不能归入现有克隆群,其他5株属于CC4821（4株）和CC175（1株）。55株菌株分为48种不同的PFGE带型,带型相同的菌株其基因群亦相同。 结论 2008 – 2017年鄂西北地区分离的Nm菌株主要为B群;对复方新诺明、萘啶酸和环丙沙星具有较高的耐药性。MLST分型以CC4821为优势克隆。PFGE分型特征呈多态性,未出现优势带型。      

2006–2017年辽宁省脑膜炎奈瑟菌分子分型研究

目的 对2006 — 2017年辽宁省流行性脑脊髓膜炎（流脑）患者、密切接触者分离的17株脑膜炎奈瑟菌（Nm）进行分析,了解菌群种类及分子分型特征。 方法 采用多位点序列分型技术,应用Splits Tree软件、eBURST方法进行菌株遗传进化和聚类分析。 结果 17株菌株共有11种不同序列型（ST）,分属于ST-5、ST-4821、ST-11克隆群和其他无序列群分类（UA）。ST-5 complex/subgroup Ⅲ所占比例最多,占47.06%（8/17）,来自A群的患者5株,密切接触者3株,ST-7型为主要优势型别。ST-4821克隆群有ST-4821型和ST-5664型。ST-4821型来自1例2012年的C群患者,ST-5644型来自1例2012年的B群密切接触者。ST-11克隆群仅1株为ST-11型,来自2009年W135群的密切接触者。B群和不可分群6株有6种ST型,呈多样性,不存在优势序列群。其中ST-12994为新发现ST,来自2017年密切接触者。 结论 辽宁省流脑菌株分子基因型别多样性,存在多个克隆群,ST-5 complex/subgroup Ⅲ克隆群为A群优势克隆群。初步揭示了辽宁省Nm的遗传进化关系,为流脑疾病控制和预防提供了有力科学依据。      

2005－2016年北京市侵袭性脑膜炎奈瑟菌分子分型特征研究

目的 了解2005 — 2016年北京市侵袭性脑膜炎奈瑟菌（Nm）分子分型特征,为完善预防控制措施提供依据。 方法 通过玻片凝集对经过生化方法鉴定的24株Nm进行血清分群,用荧光聚合酶链式反应对所有菌株和4份核酸阳性标本进行基因分群检测;采用多位点序列分型方法对收集的28份标本Nm序列进行分型分析,同时对porA和fetA基因进行分型分析。 结果 北京市侵袭性Nm主要为A、B、C血清群,2009年前16份标本全部为A群和C群,2009年后12份标本全部为C群和B群。 A群序列型均属于ST-5克隆群,porA P1.20,9仅在ST-7型中检出,fetA均为F3-1;ST-4821克隆群在C群菌株中占绝对优势,ST-4821型porA有P1.12-1,16-8、P1.7-2,14和P1.20,23-7,fetA均为F3-3。 B群序列型结构复杂、分散。 结论 北京市侵袭性Nm优势菌特征为A:P1.20,9,F3-1:ST-5（ST-5克隆群）和C:P.12-1,F3-3:ST-4821（ST-4821克隆群）,且有A群明显减少、B群增长趋势。 提示侵袭性Nm随时间变迁已经发生改变,需加强其分子流行病学监测,尤其要关注尚无有效疫苗应对的B群菌株。      

山东省济南市脑膜炎奈瑟菌多位点序列分型研究

目的 分析2005 — 2018年山东省济南市分离的脑膜炎奈瑟菌（Nm）分子流行病学特征。 方法 采用多位点序列分型（MLST）方法,对Nm的分子分型进行研究,并使用BioNumerics软件进行分子分型分析。 结果 2005 — 2018年,共分离到130株Nm,涵盖A、B、C、W135、Y 5种血清群及不可分群（NG）。 130株Nm分为37种序列型（ST）:2株A群分为2种ST,分别属于已知克隆群（cc）5和未知克隆群（UA）;24株B群分为17种ST,分别属于cc4821、cc162及UA;39株C群分为8种ST,分别属于cc4821、cc32及UA;54株W135群分为3种ST,分别属于cc11和cc4821;1株Y群为ST-92型,属于cc92;10株NG分为8种ST,分别属于cc4821、cc198及UA。 108株已知cc菌株中,cc11占48.15%（52/108）,cc4821占45.37%（49/108）;22株UA菌株包括18种ST,其中,15株B群具有10种ST。 结论 济南市2005 — 2018年分离的Nm ST型别分布呈现多态性,在NG和B群中尤为明显。 cc4821和cc11为两大优势克隆群,B群Nm呈现多克隆化趋势。      

深圳市一起B群流行性脑脊髓膜炎疫情的调查

目的 调查B群流行性脑脊髓膜炎（流脑）疫情的原因。 方法 于2018年2月22、27日对患者和密切接触者进行流行病学调查,并收集脑脊液、血液和咽拭子样品进行分离培养、PCR检测和二代测序。 结果 在患者血液及其母亲咽拭子中均分离出B群脑膜炎奈瑟菌,多位点序列分型均为ST-3200/CC4821,2株菌的16S rRNA及耐药基因、多肽编码基因的相似性为100%。 结论 该疫情是由健康携带B群脑膜炎奈瑟菌的母亲传播给患者而引起。      

中国脑膜炎奈瑟菌ST-4821克隆群荚膜基因簇分布特征

目的了解中国脑膜炎奈瑟菌（Neisseria meningitidis,Nm）高致病性ST-4821克隆群（CC4821）荚膜基因簇分布特征,为流行性脑脊髓膜炎的传播扩散机制研究提供依据。方法使用Artemis、MEGA 6、SimPlot和RDP等软件分析41株Nm全基因组序列,分析荚膜基因簇序列差异性、序列重组和基因排布等特征。结果荚膜基因簇ACE区差异较大,重组现象多集中在AC区。 D和D′区有明显差异序列,表明这2个区并非精准复制。 荚膜基因簇存在基因反转现象。结论Nm高致病性CC4821荚膜基因簇呈现多态性、重组和基因反转等多种荚膜调节机制,可能有助于该克隆群菌株的传播扩散。     

我国首例感染Y群脑膜炎奈瑟菌CC23病例的实验室分析

目的对广东省首例Y群流行性脑脊髓膜炎病例及其密切接触者进行病原学及分子分型分析。方法对分离自患者及171例密切接触者咽拭子的菌株,进行生化、血清鉴定、荧光聚合酶链式反应（PCR）及多位点序列分型（MLST）检测。结果生化、血清鉴定以及PCR检测结果均显示,该分离自患者的菌株为Y群脑膜炎奈瑟菌（Nm）菌株,MLST结果分析其属于ST-23克隆群（CC23）,从171份密切接触者咽拭子中分离到1株Y群Nm,4株B群Nm。 Y群Nm属于CC23,4株B群Nm中1株为ST-11110型,无克隆群归类,2株可能属于ST-4821克隆群,1株为ST-5664,属于ST-4821克隆群。结论该病例为广东省首例Y群流脑病例,也是我国首例由Y群CC23引起的流脑病例,提示今后需进一步加强Y群流脑的病原学监测。     

2017年山西省婴幼儿流行性脑脊髓膜炎病例病原学分析

目的分析2017年山西省由B群脑膜炎奈瑟菌引起的3例婴幼儿流行性脑脊髓膜炎（流脑）病例病原学特征。方法收集3例婴幼儿流脑病例的临床流行病学资料,采集病例脑脊液和血液标本进行脑膜炎奈瑟菌培养、分离、鉴定和血清分群,采用多位点序列分型（MLST）方法进行分子分型,药敏E-test试纸条法检测抗生素敏感性。结果3例B群流脑病例发病月龄分别为12 d、5月龄和8月龄,符合化脓性脑膜炎症状,脑脊液标本均分离培养出3株B群脑膜炎奈瑟菌。 MLST序列分型分析显示,2株菌为ST-5664（CC4821）,1株为ST-5662。 3株B群菌株均对环丙沙星、左氧氟沙星和复方新诺明等药物耐药。结论山西省首次从病例标本中分离到B群脑膜炎奈瑟菌,3例B群流脑病例均为婴幼儿发病,且主要基因型属于CC4821。     

中国不可分群脑膜炎奈瑟菌的分子分型分析

目的了解我国血清不可分群(non-serogroupable,NG)脑膜炎奈瑟菌分子分型特征。方法选取我国2005-2011年分离的104株血清不可分群脑膜炎奈瑟菌作为研究对象,采用多位点序列分型(MLST)和聚合酶链反应(PCR)基因分群(A、B、C、W、E、X、Y、Z、H、I、L、K、cnl)方法,检测其ST序列群及基因群。结果 104株不可分群脑膜炎奈瑟菌中,基因群分布为荚膜基因缺失菌株(capsule null locus,cnl)(36株)、B群(20株)、C群(14株)、W群(9株)、E群(9株)、X群(3株)和Y群(3株),余下10株未鉴定出基因群;未发现其他基因群菌株。MLST分型将104株NG菌株分为45种ST型,其中14种为新的ST型;17种ST型可归为7个序列群(65株);cnl菌株全属于ST-198序列群,B群和C群菌株以ST-4821为优势序列群,W群以ST-11和ST-174序列群为主。结论我国NG脑膜炎奈瑟菌具有基因多态性,其中ST-198序列群全部为cnl菌株。     

光滑假丝酵母菌和热带假丝酵母菌环境分离株的氟康唑敏感性与多位点序列分型分析

目的 分析分离自树叶、树皮和腐殖质的光滑假丝酵母菌和热带假丝酵母菌,对其进行耐药性分析和分子流行病学分型,比较环境分离株与临床分离株的进化关系,为流行病学调查及有效控制侵袭性假丝酵母菌感染提供理论支持。 方法 2017年9月采集云南省境内环境标本,分离培养提取菌株DNA进行转录间隔区测序鉴定;使用微量肉汤稀释法进行氟康唑药敏实验;采用多位点序列分型进行分子流行病学分型;利用eBURST分析菌株亲缘性。 结果 采集环境标本200份,分离光滑假丝酵母菌3株和热带假丝酵母菌10株。 13株环境分离株均对氟康唑敏感。 3株光滑假丝酵母菌的序列型均为ST3,10株热带假丝酵母菌被分为7个二倍体序列（DST）,包括4个新DST型（DST813 ~ DST816）。 eBURST分析显示,光滑假丝酵母菌均为CC3型,CC730是热带假丝酵母菌环境株的主要型别。 结论 环境分离株与临床分离株存在相同的起源株。 树叶、树皮或腐殖质中的光滑假丝酵母菌和热带假丝酵母菌可能对人类健康造成危害,是人类假丝酵母菌感染的潜在来源。      

2017年辽宁省人感染汉坦病毒G2片段基因序列特征分析

目的 了解2017年辽宁省肾综合征出血热（HFRS）患者感染汉坦病毒的（HV）的基因型别及变异情况。 方法 采集HFRS患者急性期血清,采用酶联免疫吸附试验筛选IgM抗体阳性标本,从阳性标本全血中提取HV的RNA,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增G2基因片段并进行基因分型,对扩增产物进行核苷酸序列测定,利用DNAStar软件包分析。 结果 10份标本经RT-PCR提取扩增出的目的片段,4份为汉滩型（HTN型）,6份为汉城型（SEO型）。 扩增产物测序结果与已测得国内毒株及部分国际标准株比较,4份HTN型HV之间核苷酸同源性达到95.6% ~ 98.9%。 与HTN76–118株同源性最高,为89.3% ~ 90.1%,氨基酸同源性为98.4% ~ 99.2%。 6份SEO型HV间核苷酸同源性高达98.3% ~ 99.8%。 与80–39株同源性最高,为96.3% ~ 96.6%,推导氨基酸同源性为99.3% ~ 99.6%。 结论 辽宁省是以SEO型HV为主的SEO型和HTN型混合型疫区,病毒G2基因片段间高度同源,无明显变异,遗传物质相对稳定。      

猪链球菌wzy基因与血清型别的相关性分析

目的 分析wzy基因序列与血清分型相关性,评价基于wzy基因的基因组水平血清分型的可行性。 方法 建立了33个已知血清型（1 ~ 31,33与1/2型）及21种新型cps型别（NCL1 ~ 20与Chz型）的wzy基因的氨基酸序列数据库,用来检索公开发表的767个有传统血清分型结果的基因组序列,以确定它们的分子血清型别,并与其用传统血清分型结果进行比对。 结果 767个基因组中,有765个基因组含有1种且仅含有1种数据库中的wzy基因,剩余的2个基因组携带数据库中没有的wzy基因,本研究中将其cps型别命名为NCL21。 94.13%（722/767）基因组的分子血清型别与其传统血清分型结果一致。 在二者结果有差异的基因组中,其cps基因簇的核苷酸序列与其传统血清分型结果相应的血清型标准菌株cps序列有明显的差异。 结论 基因组水平检测血清型特异性的wzy基因的分型策略,显著优于传统的血清分型方法。      

新疆维吾尔自治区蜱携带白蛉病毒属病毒遗传特征分析

目的 对新疆维吾尔自治区（新疆）蜱携带的白蛉病毒属病毒进行系统进化分析。 方法 制备蜱悬液提取蜱总RNA,运用反转录聚合酶链式反应筛选阳性标本并扩增白蛉病毒属病毒的全基因组,测序后对病毒基因组进行序列特征和系统发生分析。 结果 成功扩增3株病毒株（BL10、BL33、BL79）的全长L、S节段。经同源性分析发现,BL10、BL33、BL79与已知蜱携带的Bole Tick Virus 1序列的同源性为98.0% ~ 99.7%;系统进化分析结果表明,BL10、BL33、BL79与Bole Tick Virus 1亲缘关系最近。 结论 本研究的3株毒株属于白蛉病毒属,且与Bole Tick Virus 1为同种病毒。      

2014－2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒监测与遗传进化分析

目的 对广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒流行情况和基因进化特点进行监测分析,为人感染H7N9禽流感防控提供研究数据。 方法 采集2014 — 2017年广州市禽类市场外环境标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测H7N9禽流感病毒并绘制血凝素（HA）基因遗传进化树,分析H7N9禽流感病毒流行特点和基因进化特点。 结果 2014 — 2017年累计检测外环境标本28 252份,检出H7N9阳性标本888份,阳性率为3.14%。 检出率2015年最低,2014年最高,分别为1.60%和3.89%。2 — 5月出现H7N9禽流感病毒流行高峰,4月检出率最高为13.00%。 测序分析结果显示,HA基因核苷酸同源性为88.6% ~ 100%,氨基酸同源性为92.0% ~ 100%。 裂解位点分析发现,2017年外环境开始出现高致病性H7N9病毒。 进化分析发现,HA基因呈现多进化分支特点。 结论 2014 — 2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒持续存在且病毒变异较快,呈现基因多样性。 2017年外环境已发现高致病性H7N9病毒,近年病毒HA基因归属于华南分支,呈现本土化,同时监测到来源于野鸟的另一独立分支的病毒存在,提示加强本地区野鸟H7N9禽流感病毒监测的必要性。      

食品检验用标准菌株分子水平质控方法的建立与应用

目的 建立食品检验用标准菌株分子水平质控方法,并进行应用。 方法 使用16S rRNA基因序列分析、脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点序列分型等分子生物学技术手段,对食品安全国家标准中使用的标准菌株进行分子确认,并对不同的批号进行验证。 结果 16S rRNA基因序列比对结果符合该菌株所在的菌属,并获得标准菌株16S rRNA基因标准序列,不同批号的标准菌株16S rRNA基因序列完全一致;确定了每株标准菌株的ST型和基因型,并对不同批号的菌株进行了基因型比较,未发现型别改变;对无PulseNet标准操作方法的菌株,开展方法学研究,获得了最适用的限制性内切酶和电泳参数,建立了标准菌株分子指纹图谱,比较不同批号菌株的PFGE图谱,相似性均为100%。 结论 本研究首次将分子生物学技术应用到标准菌株的质量控制,突破了使用传统质控方法的瓶颈,从分子水平实现对标准菌株稳定性的评价,保证了标准菌株在食品检验过程中的稳定性和一致性。      

一起单增李斯特菌引起新生儿败血症的溯源研究

目的 调查自贡市1例单核细胞增生性李斯特菌所引起的新生儿败血症病原学及流行病学特征,为防控提供参考。 方法 检测新生儿血液样本、产妇阴道及外阴拭子样本中的单增李斯特菌,采集该新生儿家庭住所的食品及环境样本、住所附近农贸市场的食品样本,检测样本中的单增李斯特菌,同时对产妇进行问卷调查;对分离到的单增李斯特菌进行血清型鉴定,并运用多位点序列分型（MLST）,脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术研究菌株的同源性。 结果 从新生儿及其母亲样品中分离到7株单增李斯特菌、居住地附近的农贸市场凉拌熟食摊中分离到1株,8株菌株的血清型均为1/2b,ST型均为ST87型,PFGE带型相似度100%。 感染母亲与市场中污染凉拌熟肉的单增李斯特菌来自同一污染源,新生儿李斯特菌感染由母婴垂直传播导致。 结论 凉拌熟肉制品很可能是孕产妇单增李斯特菌感染的危险因素,需要在食品安全风险监测项目中重点监测。 围产期妇女单增李斯特菌感染的筛查应作为产妇产检的重要内容。