大鼠MIP3基因的电子克隆和特性分析

210 .seq是一个在大鼠心肌缺血预适应中表达上调的表达序列标签 (expressedsequencetag ,EST) ,用GENSCAN预测、Blast(Basiclocalalignmentsearchtool)比对、序列拼接、多序列比对等生物信息学方法克隆了该EST代表的大鼠MIP3基因的cDNA序列。大鼠MIP3基因的开放阅读框为 1332bp ,起始密码子前同一相位存在一个终止密码子 ,起始密码子邻近的序列符合Kozak规则 ;推测编码 4 4 3个氨基酸 ,与小鼠和人的MIP3基因or tholog的同源性很高 ,但是与数据库中其它蛋白质的同源性不高。TMpred分析显示该多肽有一个跨膜区域 ,氨基端位于膜内。Motifscan分析仅发现一个脯氨酸富集区域。以上结果显示MIP3基因是一个功能未知的新基因     

大鼠MIP3基因的电子克隆和特性分析

210．seq是一个在大鼠心肌缺血预适应中表达上调的表达序列标签(expressed sequence tag，EST)，用GENSCAN预测、Blast(Basic local alignment search tool)比对、序列拼接、多序列比对等生物信息学方法克隆了该EST代表的大鼠MIP3基因的cDNA序列。大鼠MIP3基因的开放阅读框为1332bp，起始密码子前同一相位存在一个终止密码子，起始密码子邻近的序列符合Kozak规则；推测编码443个氨基酸，与小鼠和人的MIP3基因ortholog的同源性很高，但是与数据库中其它蛋白质的同源性不高。TMpred分析显示该多肽有一个跨膜区域，氨基端位于膜内。Motifscan分析仅发现一个脯氨酸富集区域。以上结果显示MIP3基因是一个功能未知的新基因。     

缺血再灌可诱导新基因的克隆及其基本特性

目的：发现并克隆缺血再灌可诱导基因,方法：应用mRNA差异显示技术,在猪的心肌组织,分离缺血再灌可诱导基因的cDNA片段,随后筛选狸心脏cDNA文库,经克隆,测序,杂交后,分析克隆基因的基本特性,结果：发现和分离到一个缺血再灌上调基因的cDNA片段,通过筛选cDNA文库获得一个编码608个氨基酸开放式阅读框架的阳性克隆子。序列分析显示该克隆子的DNA和氨基酸序列与已知基因,蛋白质氨基酸均无同源性,Northern杂交分析显示该基因在缺血再灌猪心肌组织的表达明显增高,并且在正常猪的心,肝,肺,肾,脾,肠,脑和骨骼肌组织均可检测到其表达,Southern杂交分析显示该基因具有高度的进化保守性,结论：克隆的基因为缺血再灌可诱导新基因,它在缺血再灌的应答中可能起着重要的作用。     

缺血再灌可诱导新基因的克隆及其基本特性

目的 :发现并克隆缺血再灌可诱导基因。方法 :应用mRNA差异显示技术 ,在猪的心肌组织 ,分离缺血再灌可诱导基因的cDNA片段 ,随后筛选猪心脏cDNA文库。经克隆、测序、杂交后 ,分析克隆基因的基本特性。结果 :发现和分离到一个缺血再灌上调基因的cDNA片段 ,通过筛选cDNA文库获得一个编码 6 0 8个氨基酸开放式阅读框架的阳性克隆子。序列分析显示该克隆子的DNA和氨基酸序列与已知基因、蛋白质氨基酸均无同源性。Northern杂交分析显示该基因在缺血再灌猪心肌组织的表达明显增高 ,并且在正常猪的心、肝、肺、肾、脾、肠、脑和骨骼肌组织均可检测到其表达。Southern杂交分析显示该基因具有高度的进化保守性。结论 :克隆的基因为缺血再灌可诱导新基因 ,它在缺血再灌的应答中可能起着重要的作用。     

cDNA微阵列结合聚类分析探讨大鼠心肌缺血-再灌诱导的基因表达谱改变

目的：探讨大鼠心肌缺血-再灌诱导的基因表达谱改变,为揭示心肌内源性保护的分子机制提供新的线索和思路。方法：采用反复短时间结扎及松解左冠状动脉主支构建大鼠心肌缺血-再灌反应动物模型,运用含4 097个大鼠基因点的cDNA芯片检测大鼠心肌缺血-再灌处理后不同时间点（1,3,6,12,24 h）的基因表达情况,并采用SOM算法将具有相似表达模式的基因进行聚类。结果：短时间缺血后再灌1,3,6,12,24 h分别有75,779,205,155,166个基因表达发生改变。具有相同表达模式的基因被聚为12类。结论：心肌缺血-再灌可以诱导心肌的基因表达谱发生改变,具有相似表达模式的基因可能具有相似的功能或相似的表达调控机制。     

ATRA诱导上调基因RIG-C的cDNA克隆和序列分析及蛋白表达

目的克隆和表达维甲酸诱导上调的新基因RIG-C.方法运用Blast、pfam等生物信息学手段对RIG-C的全长cDNA序列进行结构与功能预测;将RIG-C全长阅读框架插入原核表达载体pET22b中,在JM109(DE3)菌株中进行诱导表达;将全长RIG-C插入真核表达的绿荧光蛋白载体pEGFP-C1中,转染NIH3T3细胞以观察RIG-C的亚细胞定位.结果 RIG-C基因cDNA全长1266 bp,编码421个氨基酸,N端具有多个WD40结构域,C端有一个SOCS家族典型结构.原核表达的RIG-C蛋白大小约45kd,NIH 3T3细胞表达的RIG-C定位于细胞浆.结论克隆和表达了新基因RIG-C,为进一步研究其生物学功能和蛋白质的空间结构奠定了基础.     

华支睾吸虫乙醛脱氢酶基因的克隆、表达和序列分析

[目的]通过筛选华支睾吸虫成虫cDNA质粒文库,发现并识别新基因,将发现的新基因编码区克隆到原核表达质粒pGEX-4T-1并表达出融合蛋白.[方法]用文库通用引物对华支睾吸虫cDNA质粒文库进行PCR扩增,对产物为500 bp以上的质粒测序,结果在NCBI和ExPasy网站上进行序列分析,并应用ORFfind、ClustalW、NCBI Conserved Dom ain Search等程序对其进行开放阅读框(ORF)、进化树及结构域分析.根据载体多克隆位点及新基因ORF设计引物,PCR扩增,产物克隆到目的载体上.筛选并鉴定出阳性克隆,对鉴定过的重组体进行诱导表达,表达产物经SDS-PAGE电泳鉴定.[结果]发现CsALDH基因,完整阅读框含1467个碱基,编码489个氨基酸,理论相对分子质量Mr≈52.564×103,理论pI为5.43.序列分析表明,CsALDH基因编码的氨基酸序列与其它物种有较高的同源性,CsALDH与爪蛙属乙醛脱氢酶的同源性为59%,具有乙醛脱氢酶保守功能域.构建的重组原核表达质粒经鉴定与目标基因相符.电泳显示表达产物在Mr≈78×103处有一条特异性条带.[结论]发现华支睾吸虫磷酸甘油醛脱氢酶基因,成功构建重组原核表达质粒并表达出融合蛋白.     

大鼠小脑颗粒神经元凋亡相关的差异表达基因ARNT2的克隆

[目的]研究凋亡与非凋亡大鼠小脑颗粒神经元(cerebellar granule neuron,CGN)细胞中基因表达的差异,克隆出与大鼠CGN凋亡相关的基因.[方法]用荧光差异显示聚合酶链反应(florescent differential display polymerase chain reaction,FDD PCR)从低钾诱导的大鼠CGN凋亡模型中筛选出差异表达序列标签(expressed sequence tag,EST),反向Northern blot杂交进一步验证后,用cDNA 5′末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA 5′Ends,5′RACE)克隆差异表达EST的目标基因,用RT-PCR及Western blot进一步验证目标基因mRNA 及蛋白质水平的表达差异.[结果]用FDD PCR筛选出5号差异表达EST,经反向Northern blot验证后,用5′RACE法成功地克隆到5号EST完整开放阅码框,序列同源性分析证实为大鼠基因ARNT2,RT-PCR及Western blot证实低钾诱导后ARNT2mRNA与蛋白质水平的表达均显著地上调,统计学分析显示差异有显著性(P<0.001).[结论]ARNT2在低钾诱导的大鼠凋亡CGN中表达上调,提示ARNT2与CGN凋亡相关并在该过程中发挥重要作用.     

利用电子差异展示方法克隆人类睾丸特异性新基因

目的 克隆一个新的人睾丸特异性基因.方法 运用电子差异展示方法筛选人类睾丸特异表达新基因,获得有差异显示的代表新基因的克隆重叠群,挑选其中一个克隆重叠群Hs.180197进行多组织RT-PCR验证该重叠群在人睾丸中的表达.然后从包含该重叠群的IMAGE克隆出发,采用生物信息学方法克隆一个人类新基因的全长eDNA序列.结果 新基因全长1197 bp,开放阅读框为504～806 bp,定位于6p21.1-p21.2.编码由100个氨基酸组成,相对分子质量为10 000,等电点为6.81的一个蛋白,该蛋白与已知蛋白无同源性.克隆实验验证该基因阅读框完全正确,推测其可能与精子生成相关,暂命名为TDRGI(restis development related gene 1),GenBank登录号为DQ168992.结论 电子差异展示方法与实验验证相结合用于发现人类功能新基因足行之有效的.     

家蚕蚕蛹过敏原几丁质酶基因的克隆和原核表达载体的构建

目的 克隆、表达家蚕蚕蛹过敏原几丁质酶基因,并构建其原核表达载体.方法 提取家蚕的总RNA,RT-PCR克隆家蚕过敏原几丁质酶的全长基因,设计简并引物,扩增家蚕几丁质酶基因的完整开放阅读框,与pET-28a载体连接,构建原核表达载体.结果 成功克隆家蚕主要变应原几丁质酶基因并构建其原核表达载体.该基因含有长度为1 668 bp的开放阅读框,编码555个氨基酸.该蛋白质的相对分子质量为61 500,电点为5.78,编码序列与数据库中已知的家蚕几丁质酶基因的同源性为99%.结论 成功克隆家蚕蚕蛹主要过敏原几丁质酶基因并构建了原核表达载体,为家蚕蚕蛹过敏原几丁质酶的重组表达和免疫活性鉴定等奠定了基础.     

人源性蓝氏贾第鞭毛虫Elp3基因的克隆及序列分析

目的克隆蓝氏贾第鞭毛虫Elp3基因,并应用生物信息学方法进行分析。方法根据蓝氏贾第鞭毛虫Elp3已知基因序列的特点设计引物,利用PCR技术扩增获得Elp3的核苷酸序列,连接到pET28a载体并测定序列。应用生物信息学方法分析Elp3基因的序列同源性与结构特征。结果扩增片段长度为1767bp,测序结果与蓝氏贾第鞭毛虫WB株(GL50830)同源性100%。可构建生物进化树,进行同源结构建模发现,71-362aa具有一个保守的S-腺甙基蛋氨酸区域,458-584aa具有组蛋白乙酰基转移酶区域。结论成功克隆了蓝氏贾第鞭毛虫Elp3基因,生物信息学分析发现,其在进化上与其它物种不属同一起源,具有SAM和HAT的结构和功能,这些发现为进一步研究其生物学功能提供了依据和线索。     

两例TTV感染者不同TTV克隆的DNA序列分析

目的探讨TTV的基因变异及其与致病性的关系。方法在ORF1区的高变区设计特异性引物建立巢式多聚酶链反应（PCR），扩增献血员与慢性非甲-庚型重型肝炎患者血清中的TTV DNA。PCR产物纯化回收后进行分子克隆，每例挑选10个不同TTV DNA克隆进行测序。不同们TTV DNA克隆之间及其与日本株TA278之间进行序列比较并进行进化树分析。结果成功地构建了TTV DNA克隆。与G1a亚型TA278的序列相比较有74％～95％的同源。献血员存在2种不同的TTV病毒株，其序列有7％的差异，都为G1a亚型。慢性非甲-庚型重型肝炎患者中存在7种不同的TTV病毒株，彼此之间序列有5％～24％不同，分别属于G1a和G1b亚型。结论慢性非甲-庚型重型肝炎患者中TTV的基因变异比献血员中的复杂得多。TTV基因变异的复杂性及其基因变异过程中可能产生的强毒力病毒株均有可能在其致病机制中起一定作用。G1b亚型可能有一定的致病性。     

大鼠锌指蛋白ZFP580的原核表达与分离纯化

【目的】构建ZFP580基因的原核表达质粒,转化大肠杆菌,诱导表达并分离纯化大鼠锌指蛋白ZFP580。【方法】根据ZFP580 cDNA序列的开放阅读框设计引物,利用PCR技术扩增ZFP580的开放阅读框cDNA序列,将PCR扩增的目的片段与载体pET30a分别双酶切、回收纯化后做定向连接,Nco I、Xho I双酶切电泳筛选、鉴定并测序。将构建的重组质粒pET30a-ZFP580转化大肠杆菌BL21(DE3),由异丙基-β-D-半乳糖苷(IPTG)诱导表达并纯化目的蛋白。【结果】成功扩增ZFP580基因并构建了表达质粒pET30a-ZFP580,测序结果表明与GeneBank公布的序列一致。含有该质粒的大肠杆菌BL21(DE3)经IPTG诱导表达后,产物蛋白分子量约为19 kDa。【结论】成功表达并纯化了大鼠ZFP580蛋白,为进一步研究锌指蛋白ZFP580的功能奠定了基础。     

ZNF580基因原核表达载体的构建与鉴定

【目的】构建ZNF580基因原核表达载体,为获得大量重组ZNF580蛋白并制备其多克隆抗体奠定基础。【方法】根据ZNF580cDNA序列的开读框架设计上、下游引物,利用PCR技术扩增ZNF580开放阅读框cD-NA序列,将PCR扩增的目的片段与载体pET30a分别双酶切、回收纯化后做定向连接,EcoRI、XhoI双酶切电泳筛选、鉴定并测序。【结果】双酶切pET30a-ZNF580,电泳分析插入片段长度为524 bp,与预期的结果一致,经连接点两端进行测序,测序结果显示接头两端序列连接正确。【结论】成功构建原核表达载体pET30a-ZNF580。     

深圳地方株人乳头瘤病毒18型E6E7基因的克隆、序列分析及E6/E7融合基因的构建

[摘要] 目的 克隆人乳头瘤病毒18型E6E7基因序列,构建E6/E7融合基因,为HPV治疗性疫苗的研制打下基础。方法 采用PCR 技术扩增1例HPV18阳性患者组织中HPV18 E6E7基因。将PCR产物回收,插入pSC-A质粒载体构建pSC-A/HPV18 E6E7重组质粒并进行核酸限制性内切酶鉴定及DNA测序分析;通过点突变方法使HPV18 E6、E7基因的开放读码框(ORF)融合以简化后续的基因表达问题。结果 成功构建了pSC-A/HPV18E6E7重组质粒,测序分析表明克隆的HPV18 E6E7基因与GenBank收录的德国株(AY262282)完全一致,点突变成功使E6基因的终止密码子突变,使HPV18 E6、E7基因融合。结论 本研究获得了正确的HPV18 E6E7基因,为其重组表达及其相关研究奠定了良好基础。     

人Tumstatin功能区基因原核表达载体的构建

【目的】构建人肿瘤抑素（Tumstatin）功能区Tum-5原核融合表达载体pET42a-Tum5。【方法】根据人Tumstatin基因序列以及大肠杆菌密码子的偏爱性设计合成多个寡核苷酸,经PCR拼接获得Tum-5基因;酶切目的基因与pET42a载体,回收纯化后做定向克隆连接,转化E.coliDH5α;重组质粒通过PCR、BglⅡ与XhoⅠ的双酶切、DNA测序加以鉴定。【结果】重组质粒PCR扩增出的产物与目的基因大小相同;重组质粒双酶切电泳分析,插入片段大小约320 bp,与预期结果一致;对连接点两端进行测序,结果显示接头两端序列连接正确,插入序列与载体读码框架相匹配。【结论】成功构建人Tum-5基因表达载体,该研究为抗血管药物治疗实体瘤奠定了基础。     

口腔链球丙酮酸氧化酶的克隆和序列分析

目的 阐明血链球菌产生过氧化氢及其调节的分子机理。方法 根据已知的肺炎链球菌丙酮酸氧化酶基因（spxB）序列设计PCR引物,扩增血链球菌ATCC10557的丙酮酸氧化酶基因,以pUC18及M13mp18、M13mp19为载体进行克隆和亚克隆,并进行序列分析。结果 成功地从血链球菌ATCC10557扩增出丙酮酸氧化酶基因,获得该基因的全部序列（1788bp),具有完整的开放读框,能编码591个氨基酸的多肽。结论 血链球菌丙酮酸氧化酶基因的克隆和序列分析,为进一步研究调节血链球菌产生过氧化氢的分子机理打下了基础。     

小鼠IL-17基因的克隆及其真核表达载体的构建

目的克隆小鼠IL-17（mIL-17）基因编码区并构建其真核载体。方法将10 ug LPS和等体积的完全福氏乳化后免疫C57BL/6小鼠,7 d后,取小鼠脾脏,提取脾细胞总RNA,通过RT-PCR扩增mIL-17基因全长编码区并将其克隆至pcDNA3.1载体。菌落PCR筛选阳性克隆,限制性内切酶消化和序列分析进行鉴定。结果构建的重组载体中含有mIL-17基因编码区的全长序列,与NCBI公布的序列一致。结论获得mIL-17基因并构建了其真核表达载体,为研究IL-17在自身免疫性疾病中的作用奠定了基础。     

MAGE-3基因片段真核表达质粒的构建

目的克隆人MAGE-3基因片段，以构建真核重组表达质粒pcDNA3-1-MAGE-3，为制备以MAGE-3基因片段为基础的核酸疫苗及探讨相关的肿瘤免疫治疗提供实验依据。方法RT—PCR法从肝癌组织制备出含BamHI、EcoRI酶切位点的MAGE-3基因片段，pGEM-TEasy为克隆载体，pcDNA3，1为真核表达载体，采用DNA重组技术，将目的基因先克隆至pGEM—TEasy载体再亚克隆至pcDNA3．1载体上，然后，据氨苄青酶素（Amp）抗性、蓝白筛选实验、克隆鉴定引物T7／SP6PCR扩增方法鉴定阳性克隆，并对阳性克隆pcDNA3．1-MAGE-3中的插入序列进行DNA测序。结果扩增出了MAGE-3目的基因片段；经蓝白筛选实验、克隆鉴定引物扩增方法鉴定得到重组子pGEM—T—MAGE-3；引物扩增方法鉴定得到重组子pcD—NA3，1-MAGE-3;DNA测序后与GenBank中MAGE-3相应序列比较，结果完全一致。结论成功构建了重组pcDNA3．1-MAGE-3肿瘤核酸疫苗，为肿瘤免疫治疗提供了条件。