利用抑制消减杂交技术(SSH)研究与Ty21a免疫相关的基因

目的:利用抑制消减杂交技术（SSH）筛选与Ty21a免疫相关的新基因。方法:以Ty21a免疫小鼠的肠细胞为tester,以正常小鼠的肠细胞为diver,提取mRNA,反转录构建cDNA文库,利用SSH技术筛选Ty21a免疫相关的新基因。结果:通过SSH技术和cDNA微矩阵技术,发现了7条与GenBank中已公布的表达序列标签（expressed　sequence tag,EST）片段没有明显同源性,可能为Ty21a免疫相关的新基因。其中3条正在用RACE-PCR法进行获得全长cDNA的工作。结论:SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法,Ty21a可诱导多种免疫相关新基因的表达。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

目的 :应用基因芯片技术研究Graves病 (GD)和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达。方法 :分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将GD组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。结果 :GD组和正常对照组之间共筛选出80条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 31条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 (0 5倍以下 )。结论 :基因表达谱芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、…     

D-半乳糖导致小鼠海马基因表达谱变化

本实验采用cDNA芯片研究D-半乳糖皮下注射小鼠海马的基因表达变化。小鼠皮下注射D-半乳糖[50m∥(kg．d)]60d造模，Morris水迷宫测试小鼠行为，分别提取模型组和对照组海马组织总RNA，掺入荧光分子Cy3和Cy5，经逆转录合成cDNA荧光探针与4000点小鼠cDNA基因芯片杂交。结果显示，在4000条待研究的基因中，两组小鼠海马间存在2倍表达差异的有76条，其中上调26条，下调50条。经分析，模型组基因表达谱与老年性痴呆(AD)相关基因表达谱在氧应激、能量代谢相关基因等方面有相似之处。提示D-半乳糖小鼠模型有可能作为拟AD病理模型。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

应用基因芯片技术研究Graves病 (GD )和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达。分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将GD组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。GD组和正常对照组之间共筛选出 80条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 31条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 (0 5倍以下 )。基因表达谱芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感、高通量等特性。通过筛选所得差异基因提示GD的发病涉及细胞因子、受体信号转导等多个方面 ,为进一步阐明GD的发病机制提供新线索。     

实验性肺纤维化相关基因的表达谱研究

目的：通过研究小鼠肺纤维化组织和正常肺组织基因的差异表达，寻找与纤维化相关的基因。方法：以包含4 096个cDNA基因表达谱芯片研究不同时间肺纤维化的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达基因271条，包括高表达的炎性基因43条和与细胞外基质代谢有关的基因46条，112条基因表达下降。结论：基于cDNA微矩阵技术的肺纤维化基因表达谱能够高通量筛选与肺纤维化发生密切相关的基因。     

应用基因芯片技术对甲状腺癌基因的研究

目的 :应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌 (PTC)和正常成人甲状腺组织基因的差异表达。方法 :分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将PTC组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。结果 :PTC组和正常对照组之间共筛选出 6 5条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 4 8条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 17条 (0 5倍以下 )。结论 :基因表达谱芯片筛选PTC与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高…     

肠淋巴管结扎对失血性休克大鼠肺组织基因表达谱的影响

目的：应用DNA芯片技术,检测和分析肠淋巴管结扎对失血性休克大鼠肺组织基因表达谱的影响,筛选肠淋巴途径与休克肺损伤的相关基因。方法：20只Wistar雄性大鼠随机分为休克组与休克肠淋巴管结扎组,无菌手术,均复制重症失血性休克模型;输液复苏后休克肠淋巴管结扎组行肠淋巴管结扎,休克组仅在肠淋巴管下穿线;于输液复苏后3 h无菌留取固定位置肺组织,制备匀浆,提取总RNA,反转录cDNA,制备Cy3和Cy5标记的cDNA探针,与包含12 028种基因的大鼠全基因组cDNA芯片杂交,分析差异表达基因。结果：在获得的6 979个有效数据中,2组的基因转录变化在2倍以上的基因共有218个,其中肠淋巴管结扎引起失血性休克大鼠肺组织7个基因上调,211个下调。这些差异表达基因编码蛋白的功能涉及运输、转录调控、信号转导、应激、代谢、细胞发育与分化、细胞黏附、细胞凋亡等方面。结论：肠淋巴管结扎干预休克肺损伤的机制与上调或下调上述相关基因的表达有关。     

应用基因芯片研究As2O3诱导K562细胞前后差异表达基因

目的研究三氧化二砷(As2O3)处理K562细胞前后,基因表达的变化。方法提取As2O3作用K562细胞前后的总RNA,逆转录成cDNA并用Cy3标记对照组,Cy5标记处理组,与自制的包含162个cDNA片段的K562芯片杂交。结果K562细胞经As2O3作用后,162个基因片段的表达都有所降低,其中25个基因片段的表达降低较为显著(Cy5/Cy3<0.5)。这些表达下调的基因片段包括转导因子、代谢酶、信号通路蛋白、激酶等,有6个差异表达基因与细胞的凋亡通路密切相关。As2O3可能通过抑制胰岛素样生长因子的功能,诱导细胞凋亡。结论应用自制的基因芯片筛选到了As2O3诱导K562细胞前后差异表达的基因,主要与细胞凋亡密切相关。     

重型乙型肝炎与无症状HBsAg携带者免疫相关基因表达差异的研究

目的：应用基因芯片研究重型乙型肝炎（FHB）与无症状HBsAg携带者（ASC）外周血单个核细胞（PBMC）免疫相关基因表达差异，方法：应用含8192条人cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞标记的cDNA，分析了10例重型乙肝和10例无症状HBsAg携带者基因表达谱。通过应用GenePix4000扫描仪和ImaGene3.0分析软件比较Cy5标记的FHB来源cDNA与Cy3标记的ASC来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果：在8192个基因中，初筛出21个（0．25％）表达差异2倍以上的免疫相关基因。结论：在乙型肝炎病毒（HBV）感染机体致慢性重型肝炎过程中，全面改变了宿主细胞内免疫相关基因表达，这些差异表达基因可能与慢性重型肝炎的发生有关。     

基因芯片筛选HepG2与HepG2.2.15细胞中的差异表达基因

目的 探讨HepG2细胞及HepG2.2.15细胞中差异表达的基因并对其基因表达谱进行生物学信息分析.方法 用Trizol一步法提取HepG2细胞及HepG2.2.15细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与基因芯片杂交;采用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为2倍的标准来确定差异表达基因.结果 在54614个基因表达谱的筛选中,发现有4462个基因表达水平显著上调,2592个基因表达水平显著下调.结论 HBV基因组及其表达产物对于肝细胞基因表达谱有显著影响,可能参与了肝癌的发生发展.     

代谢相关基因在先兆子痫胎盘中的表达情况分析

目的探讨细胞代谢相关基因在先兆子痫胎盘组织中的表达变化及其影响机制。方法使用含12000个与代谢、凋亡、细胞粘附、信号传导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,检测4例重度妊娠高血压疾病子痫前期及正常的胎盘组织的基因表达谱差异,并差异表达的细胞代谢相关基因进行了Northern验证。结果4先兆子痫胎盘中同时有44种基因表达发生了变化,其中糖原磷酸化酶（GP—M）基因、瘦素（1eptin）基因、脂蛋白酯酶（LPL）基因及糖代谢相关基因（Glucose transporter）表达增强,核苷酸代谢基因（CD73）与能量代谢调节基因（Creatine kinase B）表达下降。结论多种基因表达异常与先兆子痫的病理发生有关,细胞代谢相关基因表达异常可能是血管内皮损伤的原因之一。     

先兆子痫胎盘的基因表达谱研究

目的： 利用cDNA芯片分析先兆子痫胎盘中基因表达的变化情况,寻找新的先兆子痫相关基因。方法: 建立含12 000个与代谢、凋亡、细胞黏附、信号转导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,将先兆子痫及正常胎盘mRNA与cDNA芯片进行杂交,得到先兆子痫的基因表达谱;对部分差异表达基因进行Northern验证。结果: 在4例先兆子痫胎盘组织中发现均有差异表达的基因44个,其中表达上调有30个,表达下调有14个,Northern杂交鉴定的结果与芯片结果相符合。结论: 重度妊娠高血压疾病的基因表达谱存在明显差异,差异的基因可能涉及信号转导、细胞代谢、炎性细胞因子等方面,这些基因可能与妊娠高血压病的发病相关。     

Improvement of the live vaccine strain Salmonella enterica serovar Typhi Ty21a for antigen delivery via the hemolysin secretion system of Escherichia coli

The attenuated Salmonella enterica serovar Typhi strain Ty21a (Ty21a) is the only attenuated live oral vaccine against typhoid fever. Ty21a is also an attractive carrier for the delivery of heterologous antigens. We have used Ty21a for antigen delivery via the hemolysin (HlyA) secretion system of Escherichia coli, the prototype of the type I secretion system (T1SS). In this study, we identified by genetic complementation that the specific mutation of rpoS correlated with the hemolysin production of strain Ty21a. We furthermore showed that complementation with a plasmid encoding rfaH, which is described to be a downstream target of rpoS, led to increased expression and secretion of hemolysin. Finally, we demonstrated a significant enhancement of antibody responses against the heterologous HlyA antigen of Ty21a after immunization of mice with rfaH complemented S. typhi strain secreting HlyA compared with the same strain without rfaH plasmid.     

X chromosome-specific cDNA arrays: identification of genes that escape from X-inactivation and other applications

Mutant alleles are frequently characterized by low expression levels. Therefore, cDNA array-based gene expression profiling may be a promising strategy for identifying gene defects underlying monogenic disorders. To study the potential of this approach, we have generated an X chromosome-specific microarray carrying 2423 cloned cDNA fragments, which represent up to 1317 different X-chromosomal genes. As a prelude to testing cell lines from patients with X-linked disorders, this array was used as a hybridization probe to compare gene expression profiles in lymphoblastoid cell lines from normal males, females and individuals with supernumerary X chromosomes. Measurable hybridization signals were obtained for more than half of the genes represented on the chip. A total of 53 genes showed elevated expression levels in cells with multiple X chromosomes and many of these were found to escape X-inactivation. Moreover, the detection of a male-viable deletion encompassing three genes illustrates the utility of this array for the identification of small unbalanced chromosome rearrangements.     

Use of the alpha-hemolysin secretion system of Escherichia coli for antigen delivery in the Salmonella typhi Ty21a vaccine strain

This study examined the suitability of the hemolysin secretion system of Escherichia coli for expression and delivery of alpha-hemolysin (HlyA) by the S. typhi Ty21a strain, the only live oral Salmonella vaccine strain licensed for human use, under in vitro and in vivo conditions. For this purpose, two plasmid vectors encoding either the whole alpha-hemolysin of E. coli (pANN202-812/pMOhly2) or the hemolysin secretion signal (pMOhly1) were transferred into S. typhi Ty21a. S. typhi Ty21a carrying pANN202-812/pMOhly2 revealed efficient secretion of hemolysin in vitro. After formulation according to a process suitable for commercial production of Salmonella-based live bacterial vaccines, plasmids were shown to be stable in Ty21a and hemolysin secretion was demonstrated even after storage of the strains under real-time and stress conditions. After intranasal immunization of mice with S. typhi Ty21a/pANN202-812 plasmids are stable in vivo, and immunization induced a profound immune response against the heterologous HlyA antigen. Therefore, the combination of the hemolysin secretion system and S. typhi Ty21a could form the basis for a new generation of live bacterial vaccines.     

胃癌基因表达谱的cDNA微阵列与聚类分析

目的 分析胃癌与非肿瘤胃组织中基因表达特征，探讨其生物学意义。方法 提取18例进展期胃癌患者术前未行治疗的新鲜肿瘤和非肿瘤胃组织总RNA，逆转录标记cy5和cy3制备cDNA探针，与148个基因组成的cDNA微阵列杂交，应用平均联接等级聚类和微阵列数据显著差异分析(significance analysis of microarrays，SAM)方法分析146个符合入选条件基因的实验数据。结果 胃癌与非肿瘤胃组织各被聚为一类，胃癌和非肿瘤胃组织又分别聚为两个亚类。基因在两种组织表达有3个特征，明显基因表达差异表现在特征B和特征C．特征B基因在胃癌组织呈低表达或不表达，特征C基因在胃癌组织呈高表达。在特征A，T2-S2亚类与T1和T2-S1亚类的基因表达存在差异性，然而13例患者的配对胃癌与非肿瘤胃组织有相似基因表达。结合SAM分析，从特征B和特征C分别检出19个和12个在两种组织间呈差异性表达基因。结论 cDNA微阵列实验结果客观地反映了胃癌和非肿瘤胃组织的基因表达特征，可以将胃癌与非肿瘤胃组织各聚为一类．胃癌组织之间基因表达既有相似性，又有异质性，反映了胃癌基因表达变异的复杂性．应用cDNA微阵列技术研究胃癌基因差异性表达特征，有助于阐明胃癌发生、发展的分子基础，为胃癌早期诊断和预后评估的生物标记物研究提供科学依据．     

尿毒症免疫高敏患者外周血单个核细胞基因差异表达研究

目的:从基因水平探索外周血单个核细胞(PBMCs)在尿毒症患者免疫高敏发生中的作用机制。方法:选择群体抗体反应 (PRA) >85%的尿毒症患者30例为免疫高敏组;PRA(-)尿毒症患者为对照组,均采新鲜血液。用Ficoll技术分离单个核细胞,并采用一步法提取总RNA,同组RNA样品等量混合,荧光染料标记后,逆转录合成cDNA探针。采用高通量基因表达谱芯片(16,920点基因)进行芯片杂交,扫描后得到Cy3/Cy5图像文件,筛选出基因差异表达的结果。结果: 差异性表达基因877条,上调基因88条,下调基因789条。通过资料分析,对某些基因与免疫高敏发生机制的关系进行初步探讨。 结论:外周血单个核细胞在免疫高敏发生中的作用可能与自身抗原识别、B淋巴细胞分化增强、抗凋亡作用增强和免疫抑制药物的耐药机制有关。     

人退变椎间盘组织的基因表达谱

目的：研究人类退变椎间盘的基因表达谱，分析人退变椎间盘基因表达水平的变化。方法：按条件优化的一步法抽提人退变及正常椎间盘组织的总RNA各3例，分别用cy3，cy5荧光标记，获得2组椎间盘cDNA的探针，与含有4096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片杂交，扫描芯片荧光信号图像，对所获得的基因进行生物信息学分析。结果：在4096条基因中，有差异表达的基因706条，358条基因表达量明显下降，298条基因表达量明显上升。在有差异表达的基因中，细胞凋亡相关类蛋白8条，其中上皮细胞膜蛋白(EMP-1)基因的表达上调明显。结论：退变椎间盘的基因表达发生变化，细胞凋亡增加可能是椎间盘退变发生和发展的因素之一。