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相似文献
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1.
目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性肾炎的作用靶点和机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄芪的有效中药活性成分及中药靶标,之后从Gene Cards数据库筛出慢性肾炎的疾病靶标,然后利用Cytoscape 3.7.0软件绘制得到相应调控网络,在String数据库中构建出黄芪与慢性肾炎共同靶标的蛋白相互作用网络。最后利用R软件对二者的共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选后得到黄芪有效药物成分20个,对应的药物-疾病作用靶点共74个,包括VEGFA、蛋白激酶AKT1、CXCL8等。GO功能富集分析主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、氧化还原酶活性等。涉及的KEGG通路主要包括HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论运用网络药理学研究方法可推测黄芪治疗慢性肾炎的主要活性成分、功能活动、作用机制和信号通路,为日后的进一步研究提供了理论支撑和思路。  相似文献   

2.
【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。  相似文献   

3.
目的 基于网络药理学探讨锦灯笼(PCF)在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库(PDB)和小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作(PPI)网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库(DAVID)对交集基因进行基因本体(GO)生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 (TNF)和T细胞受体 (TCR) 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 (AKT1)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 (Caspase-3) 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<-6.0 kcal·mol-1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。  相似文献   

4.
目的: 基于网络药理学的方法探讨宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID 19)的药效作用机制。方法: 利用TCMSP数据库查询13 味中药活性化合物及对应的靶标信息,通过Uniprot数据库得到关键靶点的基因名,采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物疾病靶点网络图,利用GeneCards数据库检索与COVID 19相关的基因,采用Venny平台筛选与COVID-19交集靶标,利用STRING数据库构建化合物靶点PPI网络图,通过DAVID数据库对靶点相关通路进行GO和KEGG富集分析,使用R软件对富集结果进行生物功能的可视化分析。结果: 宣白清肺解毒汤共筛选出活性化学成分122种,靶标638个,筛选核心靶标35个;通过GO富集分析,获得P<0.01的生物学过程共138个,包括缺乏配体的外源性凋亡信号通路、药物反应、脂多糖介导信号通路等;KEGG富集分析共得到(P<0.01)的通路有35个,共8类,其中与疾病相关的条目有结核病、乙型肝炎、美洲锥虫病等;相关的通路有癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等条目。分子对接结果显示所含活性化合物与COVID-19相关靶标(ACE2)的结合能均小于-5 kJ/mol,结合活性较高。结论: 该研究揭示了宣白清肺解毒汤治疗COVID 19潜在的活性化学成分及可能的药效作用机制。  相似文献   

5.
目的探讨黄芪抑制胶质瘤的作用机制和基因靶点。方法基于网络药理学分析获得黄芪可能治疗胶质瘤的基因靶点,采用基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出Hub基因,最后构建疾病-药物-成分-靶点-通路的可视化网络。同时取胶质瘤细胞株U251进行细胞实验论证,采用细胞计数试剂盒、活死细胞双染色法检测不同浓度黄芪培养液对U251细胞存活率和凋亡的影响。结果共筛选出145个黄芪可能治疗胶质瘤的基因靶点,GO富集分析显示最主要的生物学功能包括不同蛋白结合、相同蛋白结合、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调控、酶结合等,KEGG通路分析显示最主要的信号通路包括癌症通路、脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活等。Hub基因关联程度从高到低依次为血管内皮生长因子A、蛋白激酶B(AKT)1、JUN、基质金属蛋白酶9、PTGS2、IL-6、IL-1B、CASP3、TP53、HIF1A。在所有生物活性成分中,MOL000098(槲皮素)的度值最高,为118;在所有信号通路中,hsa05200(癌症通路)的度值最高,为61;在所有基因靶点中,AKT1、RELA、PTGS2、MAPL1、TP53的度值较高,分别为21、20、20、19、18。细胞实验证实,不同浓度(1、5、10mg/mL)黄芪培养液对U251细胞增殖均有抑制和促进凋亡作用,其作用强度呈浓度依赖性(均P<0.05)。结论黄芪对U251细胞增殖具有抑制和促进凋亡作用,主要基因靶点包括AKT1、RELA、PTGS2、MAPL1、TP53。  相似文献   

6.
目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...  相似文献   

7.
目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症(EMS)的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作(PPI)网络图。对潜在靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个,与EMS相关潜在作用靶基因71个,KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活,脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分,能通过多靶点,多通路发挥EMS保护作用。  相似文献   

8.
目的 探讨健脾温阳凝胶剂(SSWYG)治疗慢性腹泻的临床疗效及作用机制。方法 80例脾胃虚弱型慢性腹泻患者随机分为对照组和试验组,每组40例。两组均调整规范的生活方式,对照组给予双歧三联活菌胶囊、试验组给予SSWYG脐疗,1周后评估慢性腹泻的情况。依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)、GeneCards、NCBI、OMIM数据库及GEO数据库(GSE14841)获得SSWYG的活性成分和靶点蛋白以及慢性腹泻相关疾病靶点,构建蛋白互作网络(PPI)后,应用拓扑分析获得关键靶点,并对关键靶标进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,运用AutoDock软件进行分子对接以验证SSWYG对特定靶标的亲和力及结合特性。结果 对照组和试验组患者胃肠道症状评定量表(GSRS),Bristol评分及中医证候评分均有改善(P<0.05),试验组均优于对照组(P<0.05);经筛选,SSWYG治疗慢性腹泻的靶点共68个,拓扑分析筛得最可能的关键靶点33个,GO及KEGG富集分析预测出与慢性腹泻相关的TNF、IL-17等多条通路;分子对接研究提示SS...  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学和生物信息学挖掘长春新碱作用靶点和信号通路,探讨长春新碱治疗乳腺癌的分子机制。方法 通过Drugbank、Swiss Target Prediction及STITCH数据库预测长春新碱作用靶点,从GEO基因芯片、CTD及OMIM等数据库挖掘与乳腺癌相关靶点,建立长春新碱治疗乳腺癌相关靶点PPI网络,利用Cytoscape3.7.1软件进行拓扑学分析,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,采用分子对接技术对核心治疗靶点与长春新碱进行分子对接。结果 从数据库中得到124个长春新碱作用靶点,1003个乳腺癌靶点,得到26个长春新碱治疗乳腺癌潜在靶标,拓扑学分析得到关键节点10个,GO功能和KEGG通路富集结果得到140个显著条目和65条显著通路,分子对接技术显示长春新碱与3个核心治疗靶点具有较好的结合能力。结论 基于网络药理学和生物信息学方法,能有效筛选长春新碱治疗乳腺癌靶点,分析生物学功能和作用信号通路,为进一步探讨长春新碱治疗乳腺癌作用分子机制提供思路。  相似文献   

10.
目的 从网络药理学和分子对接角度探讨独活续断汤治疗腰椎间盘突出症(lumbar disc herniation,LDH)的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索获得候选中药成分,并借助SwissTargetPrediction、TargetNet、CTD、GeneCards、DisGeNET等数据库对药物成分靶点和腰椎间盘突出症靶标进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶标取交集,通过CytoScape 3.8.0软件进行可视化构建“中药-有效成分-治疗靶点”网络,借助STRING 11.0数据库构建PPI蛋白互作网络,并进行拓扑分析,筛选出网络中发挥重要作用的蛋白质。将潜在治疗靶点导入RStudio软件并利用clusterProfiler包对核心靶点进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,利用AutoDock Vina(Vina)平台分子对接,对活性化合物和关键靶点相结合的活性进行验证。结果通过筛选共获得116个潜在治疗靶点。独活续断汤中槲皮素、山柰酚、β谷甾醇等成分对AKT1、IL6、STAT3、TP53、MAPK1、VEGFA等相关...  相似文献   

11.
目的 借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果 筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论 高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。  相似文献   

12.
Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学探讨香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:利用数据库收集香青兰提取物和溃疡性结肠炎的靶基因,通过蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks, PPI)网络分析以及中心网络拓扑筛选,对靶基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)通路富集分析。结果:通过检索数据库共获得172个香青兰提取物活性成分治疗溃疡性结肠炎的潜在靶点,同时,利用PPI网络分析筛选出了关键治疗基因,并对蛋白质群进行了生物学功能注释,此外,KEGG通路富集分析表明香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎时涉及消化、免疫系统反应和炎症反应的多条相关通路。结论:香青兰提取物中的活性成分具有多种生物学功能,可作用于多条炎症、免疫及癌症相关通路,具有多成分、多靶点协同作用的特点。  相似文献   

14.
目的利用网络药理学方法预测“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病的主要活性成分、作用靶点、信号通路与作用机制。方法通过检索TCMSP、Pub Chem、Swiss Target Prediction、Uni Prot等数据库获得药物活性成分和靶点;在Gene Cards数据库获取冠心病相关靶点;借助Cytoscape软件构建药物—疾病靶点网络和PPI网络;利用R语言对“黄芪—水蛭”治疗冠心病的靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Auto Dock Tools和Pymol软件绘制蛋白-药物分子对接模型。结果共获得“黄芪-水蛭”药对79个活性成分、425个药物基因靶点、630个疾病靶点,药物-疾病共同靶点101个,PPI核心网络包含靶点76个,并得出前20位GO和KEGG富集结果,所得药物成分与靶点蛋白可成功对接。结论“黄芪-水蛭”药对起效的主要活性物质包括常春藤皂苷元、联苯双酯、熊竹素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、芒柄花黄素、12-甲基十四烷酸甲酯、Hirudinoidine A、10-十九烯酸甲酯、11-十六碳烯酸甲酯、Hirudinoidine B等成分,可能通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗信号通路、松弛素信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等调控NPM1、HSPA5、YWHAZ、EGFR、ESR1、VCAM1、MYC等基因表达,进而对气虚血瘀型冠心病起到治疗作用。  相似文献   

15.
目的基于网络药理学方法探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的作用机制。方法利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获取补中益气汤的活性成分和作用靶点。从GEO数据库、DisGeNET数据库、GenCLiP 3数据库、GeneCards数据库以及TTD数据库收集DGP相关基因。将补中益气汤作用靶点和DGP相关基因取交集,得到补中益气汤治疗DGP的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-DGP靶点网络。运用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件对结果进行可视化。利用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件、CluePedia插件分别对交集靶点基因进行基因分类(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果筛选得到补中益气汤的185个活性成分,作用于130个DGP靶点基因,其中关键靶点10个,包括胰岛素(INS)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL6)、内皮型一氧化氮合成酶(NOS3)和肾上腺素能受体(AR)等。GO和KEGG通路富集分析显示,补中益气汤可能通过抑制凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应,调节胰岛素、血糖水平,改善胃肠道平滑肌细胞和Cajal间质细胞损伤,以影响DGP的发生发展。结论本研究初步揭示了补中益气汤可能通过多成分-多靶点-多通路治疗DGP的作用机制。  相似文献   

16.
  目的   探讨扶土生金康复方治疗新型冠状病毒肺炎恢复期免疫抑制的作用机制。   方法   采用中医药网络药理学智能信息平台,检索扶土生金康复方的化学成分以及对应的靶点,通过GeneCards数据库获得免疫抑制相关靶点,将药物成分靶点与免疫抑制相关靶点对应,筛选交集靶点及相关功效成分。利用Cytoscape软件,构建“中药-成分-作用靶点-疾病”网络。通过STRING平台,进行PPI网络构建,找出核心靶点,再对交集靶点进行GO、KEGG富集分析。   结果   扶土生金康复方作用于免疫抑制的活性成分主要为槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素等,关键靶点为mTOR、TLR2、TNF、AKT1、MAPK3等,GO与KEGG富集分析提示通过T细胞活化、氧化应激等参与体内生物过程以及调控PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药通路等方式调节免疫功能。   结论   阐述了扶土生金康复方治疗新型冠状病毒肺炎恢复期免疫抑制的作用机制,为未来研究提供了理论基础和研究方向。   相似文献   

17.
目的:通过网络药理学方法,以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示,为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法:在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点,在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因;在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点;使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点;在String数据库中进行蛋白相互作用(PPI)数据分析,在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析;使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析,使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果:泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点,与胃溃疡有109个交集靶点,获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论:泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点,以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路,发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用,对胃溃疡起到治疗目的。  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...  相似文献   

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