基于网络药理学探索蒙药肉豆蔻治疗缺血性心脏病的作用机制

摘 要：目的 采用网络药理学探索蒙药肉豆蔻治疗缺血性心脏病的作用机制。方法 课题组主要通过中药系统药理学分析平台（TCMSP），检索得到蒙药肉豆蔻的主要化学成分以及作用的靶点。使用Uniprot数据库，检索与靶蛋白相对应的基因，运用软件（Cyoscape 3.7.2）绘制“化合物-靶点-通路”网络模型进行可视化，通过DAVID数据库进行GO分析以及KEGG通路分析，预测其作用机制。结果 “化合物-靶点-通路”网络模型中包含10个化合物以及与之对应的靶点54个，关键性靶点涉及PTGS2、KDR、MMP9、ESR1、JAK2等。肉豆蔻治疗缺血性心脏病涉及催乳素信号通路、雌激素信号通路、炎症信号通路、癌症通路等多条信号通路。结论 本文将网络药理学运用于蒙药肉豆蔻治疗缺血性心脏病中，筛选活性成分、靶点蛋白、相关信号通路，将三者结合绘制“活性成分-靶蛋白-通路”网络图并预测其作用机制，为后期研究蒙药肉豆蔻治疗缺血性心脏病提供新的研究思路。     

基于网络药理学和GEO数据研究三七、黄芪和丹参防治缺血性脑卒中作用机制

目的 基于网络药理学和GEO数据研究中药三七、黄芪、丹参防治缺血性脑卒中作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选得到三七、黄芪、丹参中活性成分以及潜在靶点,在OMIM和Genecards数据库中检索获取缺血性脑卒中疾病相关靶点,用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-作用靶点”以及“疾病-中药-活性成分-作用靶点”网络图。将三七、黄芪、丹参有效成分靶点与缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）疾病靶点交集后所得相关靶点蛋白通过STRING平台以及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络和潜在核心靶蛋白。利用DAVID平台对潜在核心靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。同时结合GEO数据集对核心靶蛋白进行验证。结果 中药三七中活性成分为13个,黄芪活性成分为21个,丹参活性成分为65个。三七、黄芪、丹参活性成分在IS中的潜在作用靶蛋白160个,其中筛选得到潜在核心靶蛋白8个。核心蛋白在GO富集和KFGG通路富集中涉及脂多糖介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控蛋白磷酸酶、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等...     

基于网络药理学探讨何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:基于网络药理学,探讨何首乌治疗动脉粥样硬化(AS)的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法:搜索中医药数据库和文献,从中对何首乌有效成分及靶点蛋白进行筛选整合,在TCMSP数据库和Drugbank数据库中检索并获取何首乌有效成分及作用靶点,在Cytoscape软件中构建何首乌的化合物-靶点网络及其相应的蛋白质相互作用(PPI)网络,并在DAVID数据库中进行基因GO功能和KEGG通路富集分析。筛选出何首乌治疗动脉粥样硬化的有效成分及作用靶点,并绘制靶点通路网络模型。结果:预测得出治疗AS的药物活性成分8个和有效靶点109个,并推断奎硫醇、大黄酸、扁蓄苷等成分具有潜在治疗动脉粥样硬化的作用,如钙调蛋白、醛糖还原酶、胰蛋白酶等靶基因可能起着关键性的作用。结论:基于网络药理学探究了何首乌治疗动脉粥样硬化多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,进行深入研究,以期为系统阐明何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学对三才封髓丹组方治疗复发性口腔溃疡的作用机制研究

目的：研究三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的网络药理学作用机制。方法：利用TCMSP、BATMAN数据库预测和筛选出三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的潜在靶点,采用CTD和DisGeNET数据库对口腔溃疡相关基因和靶标筛选,并与前面数据库筛选的靶标整合,缩小范围。基于Cytoscape插件对获得的靶点蛋白进行GO富集分析和KEGG通路注释,绘制蛋白相互作用网络和“活性成分-靶点-信号通路”网络图确定组方的作用机制。结果：组方中71个活性成分被筛选出。通过交叉验证55个靶蛋白显著富集28条GO功能术语中,最后划分为8个类别功能。靶蛋白主要通过JAK-STAT信号通路、细胞因子-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等通路作用。基于草药-成分-靶蛋白-通路构建网络药理学网络,最终构建网络共122个节点,363条关系对,其中化学成分节点27个,靶蛋白节点73个,通路相关靶蛋白节点35个,通路节点17个。结论：本研究结果初步预测了三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的主要活性成分、靶点和相关通路,为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学探讨逍遥散治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用机制

目的通过网络药理学分析逍遥散治疗非酒精性脂肪性肝炎(nonalcoholic steatohepatitis,NASH)的作用靶点及信号通路,探讨其潜在的作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选逍遥散的活性成分并预测其作用靶点,构建活性成分-靶点网络。通过人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、基因组注释数据库(GeneCards)检索NASH的潜在靶点,采用STRING平台获取NASH靶点蛋白相互作用的网络,并对数据进行可视化分析,构建NASH靶点的蛋白互作网络。将逍遥散的预测靶点与NASH靶点重合,其交集靶点即为逍遥散治疗NASH的潜在靶点。继而运用R软件3.6.3进行生物功能及信号通路富集分析。再通过Cytoscape 3.7.1软件构建逍遥散治疗NASH的潜在靶点-信号通路网络。结果筛选出162个逍遥散的活性成分,预测出逍遥散治疗NASH的潜在靶点44个。通过GO及KEGG富集分析,筛选出与逍遥散主要成分相关的信号通路127条。结论逍遥散可能通过降脂、抗炎、抗细胞凋亡等多靶点、多通路发挥对NASH的治疗作用,可为其后续临床疗效评价指标的筛选提供研究方向。     

基于网络药理学和分子对接探讨密蒙花颗粒剂治疗干眼的作用机制

目的运用网络药理学方法和分子对接技术探究密蒙花颗粒剂治疗干眼可能的作用机制。方法通过运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出密蒙花颗粒剂口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的化合物作为候选药效成分,根据TCMSP的"Related Targets"对密蒙花颗粒剂的活性成分的作用靶点进行预测,采用Cytoscape 3.6.0软件构建化合物-靶点网络。通过OMIM、DisGeNET数据库查找干眼相关基因,通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析。通过Venny图将密蒙花颗粒剂活性成分靶点与干眼疾病靶点取交集,得到密蒙花颗粒剂有效活性成分治疗干眼的关键靶点,构建药物-活性成分-关键靶点-疾病网络。使用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集。运用AutoDock vina 1.1.2软件对选取的密蒙花颗粒剂主要活性成分与关键靶点进行分子对接。结果得到密蒙花颗粒剂对应靶点的活性成分46个,预测作用靶点248个,干眼相关基因237个,密蒙花颗粒剂治疗干眼的关键靶点18个,靶点参与的功能主要有细胞增殖调控、基因表达的调控、细胞凋亡、蛋白磷酸化、免疫反应、衰老、调控细胞炎症相关因子等,作用的主要通路为糖尿病、NOD样受体、Toll样受体、MAPK信号通路等。分子对接的结果显示主要活性成分与获得的有效靶点具有较好结合活性。结论密蒙花颗粒剂可能主要通过抑制炎症相关因子和通路,减轻泪腺组织的炎症,从而达到治疗干眼的目的。     

黄芪-丹参药对活性成分网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法对黄芪-丹参药对的主要活性成分的作用机制进行分析,探讨其多成分、多靶点、多通路的相关关系。方法:首先将黄芪-丹参药对中14个主要活性成分(黄芪甲苷、芒柄花苷、芒柄花素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、丹酚酸B、紫草酸、迷迭香酸、丹参素、原儿茶醛、丹参酮IIA、二氢丹参酮I、丹参酮I、隐丹参酮)依据Pharm Mapper数据库构建多成分-蛋白网络;然后采用MAS和KEGG数据库获得靶蛋白的作用通路;最后,采用Cytoscape软件建立黄芪-丹参药对成分-靶点-通路网络模型。结果:黄芪-丹参药对中的14个效应成分涉及63个靶点蛋白和69条作用通路。预测结果得到文献印证。网络模型中每个靶点蛋白、每条作用通路出现的平均频次分别为8.31次、7.62次,每个效应成分的平均靶点蛋白数、平均作用通路数分别为4.57、4.93。结论:为深入研究黄芪-丹参药对的药效作用及其机制提供参考。     

基于网络药理学慈丹胶囊抗肝癌作用机制研究

目的 构建慈丹胶囊活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能以及通路进行分析,探讨慈丹胶囊抗肝癌作用机制。方法 通过TCMSP数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)挖掘获取慈丹胶囊中丹参、当归、黄芪、莪术、鸦胆子、马钱子、冰片、牛黄、山慈菇的主要活性成分。利用GeneCard数据库(http://www.genecards.org/)和OMIM数据库 (Online Mendelian Inheritance in Man,http://www.omim.org/)预测和筛选慈丹胶囊活性成分对应靶点中与肝细胞癌相关靶点。采用Cytoscape构建活性成分-作用靶点网络,采用String数据库(http://string-db.org/)和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络。采用DAVID数据库(The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery,https://david.ncifcrf.gov/)对靶点进行GO (Gene ontology) 及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes )通路分析。结果 筛选得到慈丹胶囊活性成分24个,共得100个作用靶点。网络分析结果表明,慈丹胶囊主要涉及细胞过程、生物调控、代谢过程、对化学刺激反应等生物过程。靶点通路分析结果显示,慈丹胶囊抗肝癌作用的靶点主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。结论 慈丹胶囊抗肝癌作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节TNF、PI3K-Akt、MAPK等相关通路发挥作用。     

基于网络药理学研究六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性的机制

  目的  通过网络药理学分析六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的靶点和信号通路,并探讨其作用机制。  方法  从中药网络药理学数据和分析平台(TCMSP)搜索六君子汤6味中药的化学成分,并筛选出可能活性成分;在Swiss Target Prediction数据库查询活性成分的对应靶点;使用DrugBank、TTD和OMIM数据库收集AMD的疾病靶点;Venny分析得到活性成分和疾病的共同靶点;从String数据库获取共同靶点的蛋白相互作用信息,使用Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络和活性成分-靶点相互作用网络;通过David数据库进行共同靶点基因功能GO和KEGG通路富集分析;采用SD大鼠制备含药血清,通过ARPE-19细胞,验证六君子汤对关键信号通路的影响。  结果  获得六君子汤活性成分154个、对应靶点934个,AMD疾病靶点266个,两者共同靶点92个;蛋白相互作用网络分析得到37个主要靶点,活性成分-靶点网络分析获得39个关键活性成分;GO分析获得277个生物过程条目,主要富集在转录因子结合、丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白质磷酸化、蛋白激酶C活性、蛋白激酶活性、蛋白脱乙酰酶活性、蛋白自磷酸化、肽-丝氨酸磷酸化、NAD依赖的组蛋白脱乙酰酶活性、MAP激酶活性等。KEGG通路分析产生107个条目,主要富集在VEGF信号通路、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、NOD样受体信号通路、催乳素信号通路、神经营养素信号通路、MAPK信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等;六君子汤对氧化损伤ARPE-19细胞有保护作用,能下调VEGF、AKT、ERK1/2及p38蛋白表达。  结论  六君子汤是通过多组分、多途径、多靶点发挥治疗AMD的作用,潜在机制是影响细胞增殖和迁移、细胞凋亡、血管形成、炎症过程。      

基于网络药理学的抗骨痹方治疗多发性骨髓瘤的作用机制研究

目的基于网络药理学和生物信息学的方法探讨抗骨痹方中4味主要中药（白花蛇舌草、半枝莲、山慈菇、蚤休）的活性成分、作用靶点以及抗多发性骨髓瘤（MM）的作用机制。方法采用TCMSP、BATMAN数据库分别获得白花蛇舌草、半枝莲、山慈菇、蚤休的活性成分和靶点,通过DisGeNET数据库获得MM相关靶点蛋白;采用软件Cytoscape构建成分-靶点网络和蛋白-蛋白相互作用网络,并对靶点进行了拓扑属性分析,运用其插件ClusterONE进行聚类分析,ClueGO进行通路富集分析。结果白花蛇舌草的活性成分有7个,半枝莲29个,山慈菇3个,蚤休4个。β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素等主要活性成分可作用于AKT激酶、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸-3-激酶、过氧化物合酶2等关键蛋白靶点,与调控细胞凋亡、神经营养因子信号通路以及慢性粒细胞白血病发生、发展等有关。结论抗骨痹方的主要4味药可通过调控细胞凋亡、抗血小板聚集等过程发挥多靶点、多通路的抗MM的作用。     

丹参治疗糖尿病神经病变分子机制及其归经实质探讨

目的:探析丹参治疗糖尿病神经病变分子机制及其归经实质。方法:通过TCMSP数据库、PubChem数据库、PharmMapper数据库、CTD数据库、String数据库、BioGPS数据库收集药物成分、靶点、靶点相互关系、靶点在心肝胰肺肾等器官的蛋白表达情况和涉及的主要通路等相关信息。结果:获得36个丹参活性成分,133个中药相关靶点,通过CTD检索糖尿病神经病变相关基因靶点18 044个,其中丹参治疗糖尿病神经病变基因靶点129个。根据degree>30筛选得到关键靶点32个;涉及生物功能33个,信号通路23条,其中FoxO信号通路、PI3K-Akt信号通路及MAPK信号通路富集的靶点最多。通过BioGPS数据库检索丹参133个基因在心肝胰肺肾等器官的表达情况,结果显示54个基因在心脏表达最高,35个基因在肝脏表达最高;与糖尿病神经病变相关的129个基因,在心肝胰肺肾等器官均有表达。结论:丹参治疗糖尿病神经病变主要通过23条信号通路发挥效果,其中以FoxO信号通路、PI3K-Akt信号通路及MAPK信号通路进行实验验证成功的可行性高。靶点表达数据表明丹参归经心肝与靶点的表达有关,糖尿病神经病变是一个复杂的系统性疾病,其发病与五脏相关;丹参不仅仅是通过心肝的靶点,还通过胰肺肾等器官的靶点达到治疗糖尿病神经病变的效果。     

枸杞子-丹参对小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2表达的影响

目的观察枸杞子-丹参对rd10小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2表达的影响。方法将40只rd10小鼠随机分为5组,空白组灌胃生理盐水;对照组灌胃维生素A溶剂;枸杞组灌胃枸杞子中药超微配方颗粒溶液;丹参组灌胃丹参中药超微配方颗粒溶液;枸杞加丹参组(杞参组)灌胃枸杞子加丹参中药超微配方颗粒溶液;8只C57小鼠为野生组,灌胃生理盐水。给药28 d后,RT-qPCR检测小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2 mRNA表达情况,免疫组化、免疫荧光法检测小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2蛋白表达情况。结果 RT-qPCR检测显示:除杞参组外,各组小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2 mRNA相对表达量高于野生组,差异有统计学意义(P<0.05);杞参组小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2 mRNA相对表达量低于空白组、对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。免疫组化检测显示:各组小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2平均光密度高于野生组,差异均有统计学意义(P<0.05);杞参组Caspase-12前体、Caspase-2蛋白平均光密度低于空白组、对照组、枸杞组、丹参组,差异均有统计学意义(P<0.05)。免疫荧光检测显示:各组小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2蛋白平均荧光强度高于野生组,差异均有统计学意义(P<0.05);杞参组Caspase-12前体、Caspase-2蛋白平均荧光强度低于空白组、对照组、枸杞组、丹参组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论枸杞子-丹参可以抑制rd10小鼠视网膜Caspase-12前体、Caspase-2 mRNA和蛋白的表达,从而抑制感光细胞的凋亡,维持视网膜正常功能结构,保护视功能。     

基于网络药理学的熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎作用机制的初步探究

目的:对熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎(RA)的多成分、多靶点、多途径的作用机制进行初步探 究。方法:通过文献查找和TCMSP数据库筛选出候选成分，利用PubChem数据库、TTD数据库和DrugBank数据库筛选出各 成分所作用的并与RA相关的靶点，再将靶点信息导入David数据库，得到重要靶点和通路信息。最后使用 Cytoscape3.7.0软件对筛选后的成分、靶点和通路建立网络图。结果:由网络图的分析报告得知肿瘤坏死因子（TNF） 、白细胞介素（IL）-1β、IL-6和核因子-κB（NF-κB）抑制蛋白-α（IκBα）是熟地黄环烯醚萜类成分作用的关键 靶点；NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡是其产生抗RA活性的主要通路；说明熟地黄环 烯醚萜类成分的“多成分-多靶点-多通路”的作用机制。结论:熟地黄环烯醚萜成分主要是通过细胞因子和细胞调节 发挥抗RA活性。     

柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎网络药理学分子机制研究

目的基于网络药理学研究柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎的药物成分,预测作用靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集柴胡-黄芩药对的药物成分及相应作用靶点;运用STRING数据库与Cytoscape软件构建"药物成分-靶点"网络和蛋白相互作用网络;通过ClueGO对靶点的基因本体(GO)及KEGG通路进行富集分析。结果以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)两个参数为标准,共筛选得到52个药物成分;疾病相关的作用靶点共刷选出41个;通过富集分析得出多条相关的基因本体(GO)功能和KEGG通路。结论该研究结果初步预测了柴胡-黄芩药防治新型冠状病毒肺炎的的主要药物成分、靶点和信号通路,为进一步开展其作用机制的研究提供了新思路和新方向。     

经方中甘草运用撷英

考据《伤寒杂病论》原文,从用量用法、主治证候、配伍应用3个方面,考查相关经方中甘草的运用规律。发现:经方中甘草的用量以27.8 g居多,最多可用至69.5 g,最小用至3.5 g;生甘草多用于热证、疔毒、疮疡、饮证等,而炙甘草多用于表证、中焦虚弱、脾胃虚寒、中气不足、营卫不和等证;经方中未标注用法的甘草并非一定是生甘草,应根据病因、病机、病证以及甘草在方中的作用而定;经方中的炙甘草应当是“炒甘草”,而非蜜炙甘草;甘草能调和诸药,在不同的方剂(可用于散剂、攻剂、温剂、清剂、毒剂)中发挥不同的功效,当方中甘草用量较大或与方中其他药物等量时又可明显体现出主治作用,如治疗肺系疾病、心悸、羸瘦、产后虚等,并能很好地缓解躁、急、痛等症状;甘草常与麻黄、桂枝、大黄、桔梗、芍药、干姜、小麦、大枣等配伍,功效显著。     

降脂汤治疗高脂血症52例临床研究

降脂汤由决明子、焦山楂、菊花、红花、何首乌、紫丹参、生大黄、泽泻等药物组成。临床治疗组52例服用降脂汤，显效34例，有效14例，无效4例，有效率92．30％；对照组38例服用多稀康胶丸，显效15例，有效12例，无效11例，有效率71．05％。     

赤首乌和白首乌的HPLC指纹图谱鉴定研究

目的建立赤、白首乌HPLC指纹图谱鉴定方法。方法用RP-HPLC(DAD)法,梯度洗脱,测定赤、白首乌、加工炮制品及其何首乌粉的指纹图谱,并作相似度比较分析。结果何首乌不同样品指纹图谱相似度较好,而何首乌与白首乌的指纹图谱具有明显区别,何首乌炮制前后、白首乌加工前后也有差异。结论HPLC指纹图谱具有重现性好、特征性强、方法简便等特点,可用于赤、白首乌药材的鉴别。     

黄元御治疗妇科病组方用药规律探析

黄元御治疗妇科病多从肝脾论治,首重木气通行,行肝血,润肝燥,常用桂枝、牡丹皮、何首乌等药,同时健运脾阳,常用干姜、茯苓、甘草等,并结合脏性寒温并用,重视整体气机升降,且组方精小,用量轻清,对临床有一定指导意义。     

HPLC-DPPH在线联用技术评价制首乌的抗氧化活性

建立高效液相色谱-1,1-二苯基-2-三硝基苯肼（HPLC-DPPH）在线联用技术对3种不同炮制方法的制首乌抗氧化活性进行了评价。通过分析16批制首乌样品的化学指纹峰（峰）和活性指纹峰（效）,建立量效关系方程,并以活性加和的方式量化各批次何首乌的抗氧化总活性。结果表明,所建立的HPLC-DPPH在线联用技术可评价不同批次不同炮制方法的制首乌抗氧化活性,为制首乌的质量评价提供了数据支持和科学依据。     

基于网络药理学和实验验证探讨苦参治疗乙型病毒性肝炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术,探讨苦参治疗乙型病毒性肝炎的作用机制,为临床防治提供指导.方法 通过GeneCards、OMIM和TTD数据库获取乙型病毒性肝炎靶点,使用TCMSP、BATMAN-TCM、ETCM、HERB数据库及查阅相关文献获取苦参活性成分及靶点,并利用VENNY作图取两者的交集.用Cytosca...