生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

基于多数据库综合分析胰腺癌中TRIM29基因表达及甲基化水平的预后价值

摘要:目的 探究三结构域蛋白29(TRIM29)作为胰腺癌患者预后标志物的价值。方法 通过生物信息学方法,利 用 TCGA、GEO、ICGC数据库探究 TRIM29mRNA 表达及甲基化水平在胰腺癌患者预后中的作用。结果 TRIM29在 胰腺癌组织中显著上调(P<0.05)。TRIM29高表达的胰腺癌患者总生存期(OS)显著低于 TRIM29低表达的胰腺癌患 者(P<0.05)。Meta分析验证了 TRIM29上调是胰腺癌患者 OS的不利预后因素。TRIM29表达水平与胰腺癌 T 分期 和病理分期密切相关(均P<0.05)。TRIM29表达水平是胰腺癌患者预后的独立危险因素(HR=1.19,95%CI=1.03 ~1.36,P<0.05)。列线图分析同样验证了 TRIM29的预测能力。GO 富集分析结果显示 TRIM29可能具有调节细胞 外基质结构成分,参与细胞间连接等分子功能;KEGG富集分析结果显示 TRIM29可能与粘着斑和PI3K-Akt等信号通路 相关。TRIM29甲基化水平和表达量呈负相关(r=-0.71,P<0.01),且 TRIM29低甲基化的胰腺癌患者 OS和无进展生 存期(PFS)显著低于 TRIM29高甲基化的胰腺癌患者(均P<0.05)。结论 TRIM29在胰腺癌组织中呈现高表达和低甲基 化水平,且与胰腺癌患者预后不良密切相关,甲基化调控可能在 TRIM29促进胰腺癌的发生发展中具有重要作用。     

TIMP1基因表达与结直肠癌预后及免疫浸润相关性研究

目的 探索组织金属蛋白酶抑制剂1（TIMP1）基因表达与结直肠癌预后及免疫浸润的相关性。方法 使用癌症基因组图谱（TCGA）数据库RNA表达数据分析TIMP1基因表达水平与结直肠癌患者临床病理特征的相关性,并分析TIMP1在结直肠癌和正常组织中的表达。采用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析TIMP1与预后的相关性。采用基因集合富集分析（GSEA）和单样本基因集富集分析（ssGSEA）研究TIMP1的富集通路和功能,并进行免疫细胞浸润的关联分析。结果 TIMP1在结直肠癌中高表达,并和结直肠癌患者的预后不良有关,ECM通路、MAPK通路及免疫相关通路等可能是TIMP1调控的关键通路。同时,TIMP1在结直肠癌中的表达与免疫浸润水平有关。结论 TIMP1可作为结直肠癌的潜在治疗靶点和预后生物标志物。     

OSTC对头颈部鳞状细胞癌预后及免疫治疗的影响

目的基于数据挖掘分析寡糖转移酶复合物非催化亚基（OSTC）的表达对头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后及免疫治疗效果的影响。方法利用TIMER2.0数据库分析OSTC在不同肿瘤中的整体表达情况;并进一步分析TCGA-HNSC队列中HNSCC及正常组织的OSTC基因表达差异,通过Kaplan-Meier生存分析比较OSTC高表达组、低表达组患者总生存时间和无进展生存时间的差异,分析其表达量与临床特征的关系,并构建预后预测列线图;使用GSEA算法分析OSTC高表达组、低表达组的生物学功能及信号通路富集差异;通过CIBERSORT算法对肿瘤免疫细胞浸润情况进行量化比较,并分析OSTC基因与免疫检查点基因表达量的相关性;通过分析TCIA数据库中的数据评估不同组间的免疫药物的疗效差异,并使用pRRo-phetic包评估其对化疗药物的药物敏感性。结果TIMER2.0数据库分析提示OSTC基因在绝大多数肿瘤组织中呈高表达趋势,且HNSCC组织OSTC表达高于癌旁正常组织。Kaplan-Meier分析显示,OSTC高表达组患者远期生存率下降,低表达组较高表达组预后更好,且HNSCC中OSTC的表达水平与患者的肿瘤分级、临床分期、T分期、N分期明显相关;GSEA分析提示OSTC低表达组患者免疫相关生物学功能及信号通路更活跃;免疫相关分析提示OSTC低表达组对免疫治疗反应更好,而高表达组对化疗更敏感。结论OSTC与HNSCC患者预后密切相关,可作为一个新的生物学标志物来预测HNSCC患者的生存率,对HNSCC患者制定个性化治疗方案有潜在指导意义。     

基于生物信息学分析SSX1与卵巢癌预后及免疫细胞浸润的关系

目的 探究SSX1在卵巢癌（OV）中的表达水平、预后价值及与免疫细胞浸润的相关性。方法 基于癌症基因组图谱数据库（TCGA）、基因型组织表达（GTEx）数据库分析SSX1 mRNA在卵巢癌组织及正常卵巢组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier(KM)plotter及COX回归评估SSX1在卵巢癌中的预后价值,利用TIMER2.0网站分析SSX1与卵巢癌患者免疫细胞浸润的相关性。结果 SSX1 mRNA在卵巢癌的表达水平明显高于正常卵巢组织（P<0.01）;Kaplan-Meier plotter和COX回归模型分析显示高表达SSX1与OV患者预后不良存在相关性（P=0.0013）,且SSX1高表达是OV患者预后的独立危险因素。免疫浸润结果显示,SSX1表达与多种免疫浸润细胞呈负相关。结论 通过生物信息学的数据挖掘发现SSX1在OV中高表达,且与OV患者的预后及免疫细胞浸润存在相关性。     

BUB1B与胰腺癌的发生、免疫浸润细胞及预后的相关性分析

目的:利用在线数据库和生物信息学的方法,研究BUB1B在胰腺腺癌(pancreatic adenocarcinoma, PAAD)组织中的表达水平及与预后和免疫细胞浸润的相关性。方法:利用GEPIA数据库分析BUB1B在各种癌症中的表达情况;GEPIA、Kaplan-Meier Plotter数据库检索BUB1B的表达与PAAD患者预后的相关性;随后利用String数据库构建BUB1B共表达基因的蛋白互作网络,并用David数据库分析其GO生物学功能及KEGG信号通路;最后使用TIMER数据库分析BUB1B基因的表达与免疫浸润细胞之间的相关性。结果:在PADD组织中,BUB1B表达水平高于正常组织(P<0.01);BUB1B的高转录水平与性别、年龄、种族、肥胖状况、饮酒习惯、慢性胰腺炎、淋巴转移和癌症阶段密切相关(P<0.05);BUB1B mRNA表达水平与PAAD预后和免疫细胞浸润相关(P<0.05)。结论:BUB1B在PADD中高表达,与PAAD预后、免疫浸润相关,可作为胰腺癌诊断、预后、药物治疗的潜在标志物。     

RNA结合蛋白RBM45在肝癌中的表达及其临床意义

目的 探讨核糖核酸结合基序蛋白45(RNA-binding motif protein 45,RBM45)在肝癌中的表达及其临床应用价值。方法 应用癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库分析RNA结合蛋白RBM45在肝癌中的表达,并关联临床资料及病理特征进行统计学分析。运用基因富集分析软件GSEA对肝癌组织中与RBM45相关的基因进行KEGG信号通路富集分析。结果 与癌旁组织相比,肝癌组织中RBM45表达明显升高（P <0.001）,且RBM45表达水平与患者临床分期、肿瘤分级及预后均显著相关（P <0.05）,通过构建单变量和多变量COX风险回归模型分析RBM45表达与临床资料的相关性,结果表明RBM45可做为肝癌患者独立预后的危险因素（HR:2.756 95%CI:1.785-4.255,P=4.813e-06）;KEGG富集分析显示,RBM45可能与细胞周期、卵母细胞减数分裂、泛素介导的蛋白水解等信号通路密切相关。结论 RBM45在肝癌组织中高表达,且其高表达的患者预后较差;RBM45表达可作为肝癌患者预后判断的独立标志物。     

基于生物信息学分析剪接因子SRSF11在胃癌中的表达及临床意义

目的 基于数据库分析剪接因子SRSF11在胃癌中的表达及其与临床病理特征、预后的关系，并探讨相关机制。方法 基于癌症基因组图谱（TCGA）、基因表达综合（GEO）数据库分析SRSF11在胃癌中的表达情况；利用UALCAN、KM Plotter评估SRSF11表达与临床病理特征、预后的关系；利用TIMER工具分析SRSF11表达对肿瘤微环境免疫细胞浸润的影响；结合TCGA spliceSeq中可变剪接数据和RNA-seq数据分析SRSF11调控的可变剪接事件和基因，并对靶基因进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 胃癌组织中SRSF11表达明显上调（P <0.05），且与患者淋巴结转移和TP53基因突变有关（P <0.05）;SRSF11高表达与胃癌患者预后不良相关（P <0.001）;SRSF11表达可影响胃癌中多种免疫细胞的浸润水平，巨噬细胞高浸润量与患者预后不良相关（P <0.05）；靶基因KEGG富集分析显示主要参与病毒感染、溶酶体、三磷酸腺苷结合盒转运体和肿瘤相关信号通路等。结论 SRSF11在胃癌组织中呈现高表达，且...     

基于TCGA数据库探索POLA2基因在肝癌中的表达及其与预后的相关性

目的 探索DNA聚合酶α亚基B（POLA2）在肝癌中的表达,分析POLA2表达与肝癌患者临床病理特征和预后的关系。方法 利用肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库和qRT-PCR技术分析POLA2在肝癌组织及肝癌细胞中的表达水平,利用人类蛋白表达图谱（HPA）数据库评估POLA2蛋白在肝癌组织中的表达水平;应用ROC曲线评估POLA2对肝癌诊断的敏感性,采用Logistic回归分析POLA2表达与肝癌临床病理特征的相关性,通过Kaplan-Meier法、单及多因素Cox回归模型分析POLA2的表达与肝癌患者预后的关系。并进一步寻找TCGA数据库中POLA2共表达基因,进行基因本体（GO）生物功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析POLA2与肝癌免疫浸润的相关性。结果 POLA2在肝癌组织和肝癌细胞中呈显著高表达（均P<0.05）,ROC曲线下面积为0.954。POLA2表达与肝癌TNM分期、组织学分级和临床分期均密切相关（均P<0.01）,单及多变量Cox分析表明高表达的POLA2可作为肝细胞癌（HCC）的独立生物学标志物。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,POLA2基因可能参与保持解旋酶活性和DNA依赖的ATP酶活性,主要富集于细胞周期、DNA复制和范可尼贫血通路。TIMER数据库分析显示POLA2与免疫浸润细胞（Th2细胞、B细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞）具有显著正相关（均P<0.01）。结论 POLA2表达与肝癌患者预后及免疫浸润具有相关性,可作为肝癌诊断及预后评估的重要生物学靶标。     

TRIM28在乳腺癌中的表达及临床价值

目的：分析TRIM28在乳腺癌中的表达及其预后价值。方法：乳腺癌患者114例运用荧光实时定量PCR及免疫组织化学法检测癌组织中TRIM28的表达,分析TRIM28表达与患者临床病理特征的关系,使用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验分析总生存期和无进展生存期,使用Cox回归模型分析影响预后的危险因素。结果：乳腺癌组织中TRIM28表达水平显著高于癌旁组织,差异有统计学意义（P＜0.001）。TRIM28表达与乳腺癌淋巴结转移（P=0.013）、TNM分期（P=0.013）、分子分型（P=0.014）密切相关。TNM分期等级越高,癌组织TRIM28表达水平越高,差异有统计学意义（P＜0.001）。乳腺癌组织免疫组化评分高于癌旁组织,差异有统计学意义（P＜0.001）。三阴性乳腺癌免疫组化评分高于非三阴性乳腺癌,差异有统计学意义（P=0.01）。与阴性者相比,TRIM28阳性表达患者总生存期（P=0.001）和无进展生存期（P＜0.001）更短,差异均有统计学意义。多因素分析显示,分子分型、TRIM28表达是影响总生存期的独立危险因子,TRIM28、HER-2表达、分子分型是影响无病生存期的独立危险因子。结论：TRIM28在乳腺癌中高表达,是预测乳腺癌不良预后的潜在生物标志物,有望作为乳腺癌治疗的新靶点。     

麻疹的双相移位研究进展

近年新生儿、婴儿、成人麻疹患者逐年增加,临床表现一般仍较典型,成年人麻疹患者全身中毒症状较重。麻疹抗体检测结果阳性是主要的诊断依据。麻疹发病的双相移位的机理可能是,免疫保护力不足,婴儿出生时麻疹抗体力低。孕期母传胎的麻疹抗体减弱,母经乳汁传给婴儿的抗体减弱,成人麻疹抗体水平逐年下降。预防措施是怀孕前给予育龄妇女麻疹疫苗接种,鼓励母乳喂养,麻疹疫苗计划免疫适当提前,在成人追加麻疹疫苗的免疫,加强病毒变异的研究等。     

妊娠晚期重度妊高征的监测

重度妊高征表现为高血压、蛋白尿、浮肿等症状 ,严重可以导致母婴死亡。对妊娠足月的重度妊高征 ,可以根据其临产与否及宫颈条件 ,立即决定其为阴道分娩或是剖宫产术。对于妊娠晚期的重度妊高征 ,因其胎龄不足月 ,胎儿生长发育及胎肺成熟度情况需通过一定时间的治疗 ,根据其病情变化来决定其治疗方案或终止妊娠的时机[1,2 ] 。这就需要我们对这一阶段的治疗进行监测 ,防止母儿并发症的发生。现将 2 0 0 0年至今我院收治妊娠晚期重度妊高征 30例的监测结果回顾分析如下。1　资料和方法1.1　研究对象　选择孕 31～ 36周重度妊高征 30例 ,其中 …     

80例局限性银屑病误诊原因分析

本文报告80例局限于小腿或手或足的银屑病。均经皮肤组织病理检查确诊。因部位比较特殊。受多种理化因素影响,使皮疹形态发生轻重程度不同的变化,常看不到典型损害,因而误诊为神经性皮炎,湿疹,慢性皮炎及癣等。作者对误诊原因进行了分析后,提出了鉴别诊断方法。     

腰椎间盘突出症再次手术的原因分析

目的解决腰椎间盘突出症手术中神经压迫。方法对1980～1998年再手术资料进行统计分析,讨论分析再手术原因,再次手术前影像学检查,观察病理变化以确定再手术方法。结果对11例随访6个月～1年,优7例(68．4％),良3例(36．8％),差1例(2．8％)。结论初次手术前详细查体和分析X线片,术中用导尿管和神经剥离探查,尽量避免髓核遗留,手术范围不宜太大,尽量减少对软组织和脊柱结构的破坏,避免形成硬膜囊与神经根粘连而致单纯形疤痕。     

人工全髋关节置换术的手术配合

目的：介绍人工全髋关节置换术的手术配合做法;方法：主要在手术配合的六个方面,解决防感染、防栓塞等问题。结果：30例人工全髋关节置换术均获成功,结论：手术配合是护士责任心和基本功的全面体现,对提高手术效果有至关重要的影响。     

降钙素原变化率的测定对细菌性肺炎的评估价值

目的 探讨降钙素原变化率的测定对细菌性肺炎的评估价值.方法 选取住院治疗的细菌性肺炎患者72例,根据治疗效果分为治疗有效组(有效组)47例和治疗无效组(无效组)25例,对治疗有效组和无效组中的降钙素酶原变化及影响肺炎治疗效果的危险因素进行分析.结果 有效组治疗后3天及治疗后7天的降钙素酶原显著低于无效组的患者(P＜0.05);年龄＞65岁、心功能≥3级、COPD、糖尿病、肺部双侧受累(X线示)、菌血症、感染性休克和3天内降钙素酶原变化率＜30％是影响细菌性肺炎治疗效果的危险因素;感染性休克、肺部双侧受累、3天内降钙素酶原变化率＜30％及心功能≥3级是影响细菌性肺炎治疗效果的独立危险因素.结论 测定降钙素原变化率对细菌性肺炎的疗效评估具有重要临床意义,可在临床推广应用.     

正常增殖期子宫内膜细胞增生状态的定量观察

以＾３氢－胸腺嘧啶核苷放射自显影法及ＨＥ染色，观察并分别测定了１８例正常子宫内膜增殖中期，１５例增殖晚期的腺上皮细胞或间质细胞的标记指数、分裂指数。结果显示：子宫内膜增殖晚期腺上皮细胞或间质细胞之ＬＩ均明显高于增殖中期。同时，增殖晚间质细胞之ＭＩ也明显高于增殖中期，即此两种细胞在增殖晚期中增生明显，其增生状态初步获得了定位定量测定的正常值。